BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171B14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 46,671,433 - 46,818,932
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383690
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171B14.bB6Ng01-171B14.g
ACCGA000072GA000073
length1,0921,102
definitionB6Ng01-171B14.b B6Ng01-171B14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,671,433 - 46,672,529)(46,817,819 - 46,818,932)
sequence
gaattcaatttttgtaacaaatacacttttagtagtcaatctgtttgtaa
attggaggaatcttggctgtgtaaaactccatatgataatcgtatatcac
agttagattctcagatgccatattttatgattgaacaatctagattactg
ggaattcattggtctcacaatatttaccttggagagagtaataatgagct
tctgaacacaaaataagagtggaagagtattttgaacacaggtttgttaa
gggaaagctgaatagaattaacttatttaagaatatcttgattctgcatg
taaaaggtcacgatttgcatacagccatactgatatgtaaaatattttat
aaaacttaatttatcctcactcttgaggccaaaatctgtctggagaagat
aatttagttcatgttattgtgctgtgtgctgtagaatgaagtgatttctc
atctaaattcatttattcttagtaatcattaataaaatgtatgtttttag
aataaattttcaatttggagtaattatttcctgtttatacttctttatta
tggagagactccgcagtgaaaagtggagagcttaggaaaggagtatggtt
gaaaacagccattcagaccctccttaggtgattacattttgaccatctta
atctctgatttttctgaagcctactaaattttaggatcttataacatctt
ttactaattaatccttagtcttcctataggcactgatattcctaagattc
tttctatctaatatcaaagttcttacagcctattctatcaacatatcatt
agcttttctttaggcactgatcaccttatgggtatcttctatcctataaa
ggcttctaagaatggcataggtattggtttgtcatgacatagcattaagc
atgtttcttctagtgagttatatgattcaatgctaatcgatcccaggaca
attataggacacttggtgcttgggtgctttagagaatcataaataaggtt
tatgtataatgttatttatctatgcttctcatctatttggagatttagcc
aaacttattggattcaacttacatatacaatacatttgtgct

gaattctacctaagcaacataaaatgtagtacaaatttcatccatctgat
ggacataagttctcaggactggctgctttaacatggcgatggtcctgtaa
atatcagaaaggagacatgattgtcacgctcctgatatcataaagggaag
gaggagataaattttaagtcaataaggaggttaatataaatacacagaag
caattgggtgtagtagtaacatatatggcataccattctgtcaagggaaa
tttttgagcataaaatgacaattattattaccctaataatgataccattg
gcaatttggatcatatggtatatcctgagaattatgggaggacatgagtt
ttccatagtatatttggctttaataaattgcctgtttcaaaaaatcttct
tgtatattagatgagtaatttttttgaaacataaatggacccttctctct
gagcaataggtcgtcagagaatcatattctgctttgacaaagtaacaaca
gataccaactcagttctcccatcagaatgcttttgcatcttccactttca
gtagtttttgtgtgcctatctactaatcctaatcacagtacttcaaataa
tgtagatattataattgaggattgaatcagttcttatctacttataattg
gatactaatatgtaagttaacaaacgattgctgagtgctgtcatccatat
atcactggagtaaaatggaaaaaaaatggggaaagaattagaaatgcaca
ttgtgaatatcacagtctggatatagaaattacacaataatatatggaaa
cttacaccaaccttagttcatacctctacagtacaatagagccataggag
aatttaacagcctagactgctattgagtataggctggaaacacctagagt
gatttggagtggggttaggtgttgagaactgaggctatacctgactctag
gattactaaatcagagtaattgtaatgagttacagcatgggagaagggca
gtgtgcactctgtcaatgaccacataagccatgttcagatgtccaactgg
acatctaatacttgaagtcaattagactcttgtgtcttggaaacagtgtg
gt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_46671433_46672529
seq2: B6Ng01-171B14.b_47_1138

seq1  GAATTCAATTTTTGTAACAAATACACTTTTAGTAGTCAATCTGTTTGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTTTGTAACAAATACACTTTTAGTAGTCAATCTGTTTGTAA  50

seq1  ATTGGAGGAATCTTGGCTGTGTAAAACTCCATATGATAATCGTATATCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGGAATCTTGGCTGTGTAAAACTCCATATGATAATCGTATATCAC  100

seq1  AGTTAGATTCTCAGATGCCATATTTTATGATTGAACAATCTAGATTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATTCTCAGATGCCATATTTTATGATTGAACAATCTAGATTACTG  150

seq1  GGAATTCATTGGTCTCACAATATTTACCTTGGAGAGAGTAATAATGAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCATTGGTCTCACAATATTTACCTTGGAGAGAGTAATAATGAGCT  200

seq1  TCTGAACACAAAATAAGAGTGGAAGAGTATTTTGAACACAGGTTTGTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACACAAAATAAGAGTGGAAGAGTATTTTGAACACAGGTTTGTTAA  250

seq1  GGGAAAGCTGAATAGAATTAACTTATTTAAGAATATCTTGATTCTGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGCTGAATAGAATTAACTTATTTAAGAATATCTTGATTCTGCATG  300

seq1  TAAAAGGTCACGATTTGCATACAGCCATACTGATATGTAAAATATTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGTCACGATTTGCATACAGCCATACTGATATGTAAAATATTTTAT  350

seq1  AAAACTTAATTTATCCTCACTCTTGAGGCCAAAATCTGTCTGGAGAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTAATTTATCCTCACTCTTGAGGCCAAAATCTGTCTGGAGAAGAT  400

seq1  AATTTAGTTCATGTTATTGTGCTGTGTGCTGTAGAATGAAGTGATTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGTTCATGTTATTGTGCTGTGTGCTGTAGAATGAAGTGATTTCTC  450

seq1  ATCTAAATTCATTTATTCTTAGTAATCATTAATAAAATGTATGTTTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAATTCATTTATTCTTAGTAATCATTAATAAAATGTATGTTTTTAG  500

seq1  AATAAATTTTCAATTTGGAGTAATTATTTCCTGTTTATACTTCTTTATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTTTCAATTTGGAGTAATTATTTCCTGTTTATACTTCTTTATTA  550

seq1  TGGAGAGACTCCGCAGTGAAAAGTGGAGAGCTTAGGAAAGGAGTATGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGACTCCGCAGTGAAAAGTGGAGAGCTTAGGAAAGGAGTATGGTT  600

seq1  GAAAACAGCCATTCAGACCCTCCTTAGGTGATTACATTTTGACCATCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGCCATTCAGACCCTCCTTAGGTGATTACATTTTGACCATCTTA  650

seq1  ATCTCTGATTTTTCTGAAGCCTACTAAATTTTAGGATCTTATAACATCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGATTTTTCTGAAGCCTACTAAATTTTAGGATCTTATAACATCTT  700

seq1  TTACTAATTAATCCTTAGTCTTCCTATAGGCACTGATATTCCTAAGATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAATTAATCCTTAGTCTTCCTATAGGCACTGATATTCCTAAGATTC  750

seq1  TTTCTATCTAATATCAAAGTTCTTACAGCCTATTCTATCAACATATCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATCTAATATCAAAGTTCTTACAGCCTATTCTATCAACATATCATT  800

seq1  AGCTTTTCTTTAGGCACTGATCACCTTAT-GGTATCTTCTATCCTATAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTCTTTAGGCACTGATCACCTTATGGGTATCTTCTATCCTATAAA  850

seq1  GGCTTCTAAGAATGGCATAGGTATTTGTTTGTCATGACATAGCATTAAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTAAGAATGGCATAGGTATTGGTTTGTCATGACATAGCATTAAGC  900

seq1  ATGTTTCTTCTAGTGAGTTTAATATGATTCAATGCT-ATCGATCCCAGGA  948
      |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGTTTCTTCTAGTGAGTT--ATATGATTCAATGCTAATCGATCCCAGGA  948

seq1  CAATTATAGGACAACTTGGTGCTT-GGTGCTTTTAAGAGAATCATAAAAT  997
      |||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||
seq2  CAATTATAGGAC-ACTTGGTGCTTGGGTGCTTT--AGAGAATCAT-AAAT  994

seq1  AAGTTTTATGTATAATGTTATTTTATCTATGCTTCTCATTCTATTT-GAG  1046
      ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  AAGGTTTATGTATAATGTTA-TTTATCTATGCTTCTCA-TCTATTTGGAG  1042

seq1  ATTTAAGCCAAAC-TATTTGTATCAACTTTACATATAC-ATACATTTTGT  1094
      |||| |||||||| |||| |  ||||| |||||||||| ||||| |||||
seq2  ATTT-AGCCAAACTTATTGGATTCAAC-TTACATATACAATACA-TTTGT  1089

seq1  GCT  1097
      |||
seq2  GCT  1092


seq1: chr2_46817819_46818932
seq2: B6Ng01-171B14.g_68_1169 (reverse)

seq1  ACCACACTGTTCTCAAAGACACAGAAGTCTTACATTGAACTTCAAAGTAT  50
      ||||||||||| || ||||||||  |||||   |||| ||||| ||||||
seq2  ACCACACTGTT-TCCAAGACACAAGAGTCT--AATTG-ACTTC-AAGTAT  45

seq1  TAGATGTCCCAGTTTGACATCTGAACATTTGCTAATGTGGTCATGTGACA  100
      ||||||| |||||| |||||||||||| | ||| |||||||||| |||||
seq2  TAGATGT-CCAGTTGGACATCTGAACA-TGGCTTATGTGGTCAT-TGACA  92

seq1  GAGTGCACACCTTGCCCTCTTCCCATGCTGTTAACTCATTACATTTACTC  150
      ||||||||||  ||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  GAGTGCACAC--TGCCCTTCTCCCATGCTG-TAACTCATTACAATTACTC  139

seq1  TGGATTTAGTAATCCTTAGAGTCAGGTATAGCCTCAGTTCTCAACACCTA  200
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GATTTAGTAATCC-TAGAGTCAGGTATAGCCTCAGTTCTCAACACCTA  187

seq1  A-CCCACTCCAAATCACTCTAGGTGTTTCCAGCCTATACTCAATAGCAGT  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACTCCAAATCACTCTAGGTGTTTCCAGCCTATACTCAATAGCAGT  237

seq1  CTAGGCTGTTAAATTCTCCTATGGCTCTATTGTACTGTAGAGGTATGAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGTTAAATTCTCCTATGGCTCTATTGTACTGTAGAGGTATGAAC  287

seq1  TAAGGTTGGTGTAAGTTTCCATATATTATTGTGTAATTTCTATATCCAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTGGTGTAAGTTTCCATATATTATTGTGTAATTTCTATATCCAGA  337

seq1  CTGTGATATTCACAATGTGCATTTCTAATTCTTTCCCCATTTTTTTTCCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATATTCACAATGTGCATTTCTAATTCTTTCCCCATTTTTTTTCCA  387

seq1  TTTTACTCCAGTGATATATGGATGACAGCACTCAGCAATCGTTTGTTAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTCCAGTGATATATGGATGACAGCACTCAGCAATCGTTTGTTAAC  437

seq1  TTACATATTAGTATCCAATTATAAGTAGATAAGAACTGATTCAATCCTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATATTAGTATCCAATTATAAGTAGATAAGAACTGATTCAATCCTCA  487

seq1  ATTATAATATCTACATTATTTGAAGTACTGTGATTAGGATTAGTAGATAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATATCTACATTATTTGAAGTACTGTGATTAGGATTAGTAGATAG  537

seq1  GCACACAAAAACTACTGAAAGTGGAAGATGCAAAAGCATTCTGATGGGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACAAAAACTACTGAAAGTGGAAGATGCAAAAGCATTCTGATGGGAG  587

seq1  AACTGAGTTGGTATCTGTTGTTACTTTGTCAAAGCAGAATATGATTCTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGTTGGTATCTGTTGTTACTTTGTCAAAGCAGAATATGATTCTCT  637

seq1  GACGACCTATTGCTCAGAGAGAAGGGTCCATTTATGTTTCAAAAAAATTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGACCTATTGCTCAGAGAGAAGGGTCCATTTATGTTTCAAAAAAATTA  687

seq1  CTCATCTAATATACAAGAAGATTTTTTGAAACAGGCAATTTATTAAAGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTAATATACAAGAAGATTTTTTGAAACAGGCAATTTATTAAAGCC  737

seq1  AAATATACTATGGAAAACTCATGTCCTCCCATAATTCTCAGGATATACCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACTATGGAAAACTCATGTCCTCCCATAATTCTCAGGATATACCA  787

seq1  TATGATCCAAATTGCCAATGGTATCATTATTAGGGTAATAATAATTGTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATCCAAATTGCCAATGGTATCATTATTAGGGTAATAATAATTGTCA  837

seq1  TTTTATGCTCAAAAATTTCCCTTGACAGAATGGTATGCCATATATGTTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCTCAAAAATTTCCCTTGACAGAATGGTATGCCATATATGTTAC  887

seq1  TACTACACCCAATTGCTTCTGTGTATTTATATTAACCTCCTTATTGACTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACACCCAATTGCTTCTGTGTATTTATATTAACCTCCTTATTGACTT  937

seq1  AAAATTTATCTCCTCCTTCCCTTTATGATATCAGGAGCGTGACAATCATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTATCTCCTCCTTCCCTTTATGATATCAGGAGCGTGACAATCATG  987

seq1  TCTCCTTTCTGATATTTACAGGACCATCGCCATGTTAAAGCAGCCAGTCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTCTGATATTTACAGGACCATCGCCATGTTAAAGCAGCCAGTCC  1037

seq1  TGAGAACTTATGTCCATCAGATGGATGAAATTTGTACTACATTTTATGTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACTTATGTCCATCAGATGGATGAAATTTGTACTACATTTTATGTT  1087

seq1  GCTTAGGTAGAATTC  1114
      |||||||||||||||
seq2  GCTTAGGTAGAATTC  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |