BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175E02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 81,759,857 - 81,895,573
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp804a
Upstream geneLOC100040655, LOC100040704
Downstream geneLOC100041308, A130030D18Rik, EG624362, LOC433550, LOC269292, LOC433440, Fsip2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175E02.bB6Ng01-175E02.g
ACCGA003107GA003108
length1,175992
definitionB6Ng01-175E02.b B6Ng01-175E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,759,857 - 81,761,047)(81,894,589 - 81,895,573)
sequence
gaattccaaacccaaagtcttgcttaaggacgatctaggactgctggaac
actgaggctttagctatgtcagaattcaatcttaaaaggcacttataata
gaacgatattgaaagagagcacgtgggtccatacactagactaacgcggg
aatggagaattaagggaatgccagactccaggaggagagcttccttgaaa
ctcttttcctcgtgagtgacttttaaacctctcggctcccgctgactcga
ccggagtgcgtggcaggggccctttgttccatccaatagatgactgtgaa
catccacttctgtatttgccagacactggcatagcctcacaacagacagg
tacataagggtccttgaggacacaagttaacaaatgtttaggacatttcc
agttaatcactacaacagacaaacaaaaacacattttaactaaatcaata
aaacaaatgagtatttaaaaattctagcttaggcaagacaaaacaaacaa
acaaacagcaataatcatactaaaatatataacgccaaactgttaacata
catactaatctaactaaagctagaagtaattatataacattagtgtgaaa
gaattcttgtagtttcttaaatggtaacgtgcttaatgaagttctcattc
attcatttttaagattttaattaatcatattatatggtggccataagctt
agtatacaaaaacattaactggaatgtaggaggcattaatcactcacata
ctcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
tacacacacacacacacacacacacacacacactccacaaaacaaaatta
cttagacaaaaattcctagtctccttagagcttccaatgttagagtaggt
aaaagtctgctgaaagtgagtgaaatcatctgtatagtaaatactgcaaa
agaataaaacagagcagggggtgtgtagctgtgcctctgtataggtagag
ctatagcaattcagatgaagtgacccaaaagggcctcactgaaaaatatg
accacaagtaataccctccagagtaaaagggagtgacctgtacctacctg
gtttggtcaggaagtgcataaatatagcggaagttaaaacctgacgttca
gactcatacatccattaaggagaat

gaattcttgactgttttagctctgcacaatggaagtatctcccttgtcta
gttcttttgcttacccttaaattatatttagtttaatgtataatgttgaa
gaaagggctgtttaaaatattagctgacctctctgagagtccagacagtt
tcaataatccttctagactctgcctaccctatagtactcaactaatgatg
tctggagcatgggttctcagtgcaacagaaagagcaaataaacacatcct
gaacaataaagacatcaggagtacatcaaatgcaccccatgggtgtctca
atccacttaaatcttcaaatgagaacttttcatcctcaaaaaaataggga
attatttattaatgcgtatatacttttaaacatataaagaatctggggct
ttgaaaactatattcgctttgagctacgtgtgtccttgacttactctacc
tatctttttcagataaatactaggagaaatctagagcaaagtctgccagt
gggcacagacttcagaaagtcttccacttttaccacctgatttgggctgg
actctcagtgcacatactaagagaactccacgctgctgctttctgccttt
ggagaagtggttacttctcctgacacccttgctcatgagagttggttctg
tagggaggctttgcgtatgatgtgatgagcctttgtggatgatgggaatt
gggtggaaagtagaagctactccgtgctctctctatgctcagcacatctt
ccactaatcaagagcgctttttcctgctgggtgctgaaggacaagctgtg
cttgtcagtgagaatagctgtgtgggttttgttttctaacatgcttccct
actgtctgtactttgtgacacagtgatcacctttccacccatatccccaa
tactcttaagtgtgacaagctgcaagtagttgggcagatggaatattctg
ctttagcttcaccacgaaaacttctcaaggaaaagtttcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_81759857_81761047
seq2: B6Ng01-175E02.b_48_1222

seq1  GAATTCCAAACCCAAAGTCTTGCTTAAGGACGATCTAGGACTGCTGGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACCCAAAGTCTTGCTTAAGGACGATCTAGGACTGCTGGAAC  50

seq1  ACTGAGGCTTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGCTTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAATA  100

seq1  GAACGATATTGAAAGAGAGCACGTGGGTCCATACACTAGACTAACGCGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGATATTGAAAGAGAGCACGTGGGTCCATACACTAGACTAACGCGGG  150

seq1  AATGGAGAATTAAGGGAATGCCAGACTCCAGGAGGAGAGCTTCCTTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGAATTAAGGGAATGCCAGACTCCAGGAGGAGAGCTTCCTTGAAA  200

seq1  CTCTTTTCCTCGTGAGTGACTTTTAAACCTCTCGGCTCCCGCTGACTCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCCTCGTGAGTGACTTTTAAACCTCTCGGCTCCCGCTGACTCGA  250

seq1  CCGGAGTGCGTGGCAGGGGCCCTTTGTTCCATCCAATAGATGACTGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGTGCGTGGCAGGGGCCCTTTGTTCCATCCAATAGATGACTGTGAA  300

seq1  CATCCACTTCTGTATTTGCCAGACACTGGCATAGCCTCACAACAGACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACTTCTGTATTTGCCAGACACTGGCATAGCCTCACAACAGACAGG  350

seq1  TACATAAGGGTCCTTGAGGACACAAGTTAACAAATGTTTAGGACATTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGGGTCCTTGAGGACACAAGTTAACAAATGTTTAGGACATTTCC  400

seq1  AGTTAATCACTACAACAGACAAACAAAAACACATTTTAACTAAATCAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATCACTACAACAGACAAACAAAAACACATTTTAACTAAATCAATA  450

seq1  AAACAAATGAGTATTTAAAAATTCTAGCTTAGGCAAGACAAAACAAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATGAGTATTTAAAAATTCTAGCTTAGGCAAGACAAAACAAACAA  500

seq1  ACAAACAGCAATAATCATACTAAAATATATAACGCCAAACTGTTAACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAGCAATAATCATACTAAAATATATAACGCCAAACTGTTAACATA  550

seq1  CATACTAATCTAACTAAAGCTAGAAGTAATTATATAACATTAGTGTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTAATCTAACTAAAGCTAGAAGTAATTATATAACATTAGTGTGAAA  600

seq1  GAATTCTTGTAGTTTCTTAAATGGTAACGTGCTTAATGAAGTTCTCATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTAGTTTCTTAAATGGTAACGTGCTTAATGAAGTTCTCATTC  650

seq1  ATTCATTTTTAAGATTTTAATTAATCATATTATATGGTGGCCATAAGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTTTAAGATTTTAATTAATCATATTATATGGTGGCCATAAGCTT  700

seq1  AGTATACAAAAACATTAACTGGAATGTAGGAGGCATTAATCACTCACATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACAAAAACATTAACTGGAATGTAGGAGGCATTAATCACTCACATA  750

seq1  CTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  800

seq1  TACACACACACACACACACACACACACACACACTCCACAAAACAAAATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACACACACACACACACACACACACTCCACAAAACAAAATTA  850

seq1  CTTAGACAAAAATTCCTAGTCTCCTTAGAGCTTCCAATGTTAGAGTAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACAAAAATTCCTAGTCTCCTTAGAGCTTCCAATGTTAGAGTAGGT  900

seq1  AAAAGTCTGCTGAAAGTGAGTGAAATCATCTGTATAGTAAATACTGCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTGCTGAAAGTGAGTGAAATCATCTGTATAGTAAATACTGCAAA  950

seq1  AGAATAAAACAGAGCAGGGGGTGTGTAGGCTGTGCTCTTGTATAGGTAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| 
seq2  AGAATAAAACAGAGCAGGGGGTGTGTA-GCTGTGCCTCTGTATAGGTAG-  998

seq1  AGGCTATAGCAATTTCAGATGAAGTGACCCAAAAGGG-CTCACTG-AAAA  1048
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  -AGCTATAGCAA-TTCAGATGAAGTGACCCAAAAGGGCCTCACTGAAAAA  1046

seq1  TATGA-CACAAGTAATTACCT-CAGAGT-AAAGGGAGTGGACCTGTACCT  1095
      ||||| ||||||||||  ||| |||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TATGACCACAAGTAATACCCTCCAGAGTAAAAGGGAGT-GACCTGTACCT  1095

seq1  ACCTTGTTTTGTCAGGGAAAGTGCATTAAATATAGCGAGAAGTATAAAAC  1145
      |||| |||| ||||||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ACCTGGTTTGGTCAGG--AAGTGCA-TAAATATAGCG-GAAGT-TAAAAC  1140

seq1  ACTGAAACCTGTTTCAGGAACTCATACATTTCATTTAAGGAAGAAT  1191
       ||||       |||||  |||||||||  ||  |||||| |||||
seq2  -CTGA-----CGTTCAG--ACTCATACA--TCCATTAAGG-AGAAT  1175


seq1: chr2_81894589_81895573
seq2: B6Ng01-175E02.g_65_1056 (reverse)

seq1  CAGGAAACTTCT-CTTGAGAAGTTTTCTGTGTGAAGCT-AAGCAGAATAT  48
      |||||||||| | ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||
seq2  CAGGAAACTTTTCCTTGAGAAGTTTTCGTGGTGAAGCTAAAGCAGAATAT  50

seq1  TCCCATCTGCCC-ACTACTTGCAGCTTGTCACACTTTAGAGT-TTGGGGA  96
      | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  T-CCATCTGCCCAACTACTTGCAGCTTGTCACACTTAAGAGTATTGGGGA  99

seq1  TATGGGTGG-AAGGTGATCACTGTGTCAC-AAGTACAGACAGTA-GGAAG  143
      ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  TATGGGTGGAAAGGTGATCACTGTGTCACAAAGTACAGACAGTAGGGAAG  149

seq1  CATGTTAGAAAACAAAACCCACACAGCTATTCTCACTGACAAGCACAGCT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAGAAAACAAAACCCACACAGCTATTCTCACTGACAAGCACAGCT  199

seq1  TGTCCTTCAGCACCCAGCAGG-AAAAGCGCTCTTGATTAGTGGAAGATGT  242
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTCAGCACCCAGCAGGAAAAAGCGCTCTTGATTAGTGGAAGATGT  249

seq1  GCTGAGCATAGAGAGAGCACGGAGTAGCTTCTACTTTCCACCCAATTCCC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCATAGAGAGAGCACGGAGTAGCTTCTACTTTCCACCCAATTCCC  299

seq1  ATCATCCACAAAGGCTCATCACATCATACGCAAAGCCTCCCTACAGAACC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCCACAAAGGCTCATCACATCATACGCAAAGCCTCCCTACAGAACC  349

seq1  AACTCTCATGAGCAAGGGTGTCAGGAGAAGTAACCACTTCTCCAAAGGCA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCATGAGCAAGGGTGTCAGGAGAAGTAACCACTTCTCCAAAGGCA  399

seq1  GAAAGCAGCAGCGTGGAGTTCTCTTAGTATGTGCACTGAGAGTCCAGCCC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGCAGCGTGGAGTTCTCTTAGTATGTGCACTGAGAGTCCAGCCC  449

seq1  AAATCAGGTGGTAAAAGTGGAAGACTTTCTGAAGTCTGTGCCCACTGGCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGGTGGTAAAAGTGGAAGACTTTCTGAAGTCTGTGCCCACTGGCA  499

seq1  GACTTTGCTCTAGATTTCTCCTAGTATTTATCTGAAAAAGATAGGTAGAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGCTCTAGATTTCTCCTAGTATTTATCTGAAAAAGATAGGTAGAG  549

seq1  TAAGTCAAGGACACACGTAGCTCAAAGCGAATATAGTTTTCAAAGCCCCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAAGGACACACGTAGCTCAAAGCGAATATAGTTTTCAAAGCCCCA  599

seq1  GATTCTTTATATGTTTAAAAGTATATACGCATTAATAAATAATTCCCTAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTTATATGTTTAAAAGTATATACGCATTAATAAATAATTCCCTAT  649

seq1  TTTTTTGAGGATGAAAAGTTCTCATTTGAAGATTTAAGTGGATTGAGACA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGAGGATGAAAAGTTCTCATTTGAAGATTTAAGTGGATTGAGACA  699

seq1  CCCATGGGGTGCATTTGATGTACTCCTGATGTCTTTATTGTTCAGGATGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGGGTGCATTTGATGTACTCCTGATGTCTTTATTGTTCAGGATGT  749

seq1  GTTTATTTGCTCTTTCTGTTGCACTGAGAACCCATGCTCCAGACATCATT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTGCTCTTTCTGTTGCACTGAGAACCCATGCTCCAGACATCATT  799

seq1  AGTTGAGTACTATAGGGTAGGCAGAGTCTAGAAGGATTATTGAAACTGTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGTACTATAGGGTAGGCAGAGTCTAGAAGGATTATTGAAACTGTC  849

seq1  TGGACTCTCAGAGAGGTCAGCTAATATTTTAAACAGCCCTTTCTTCAACA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCTCAGAGAGGTCAGCTAATATTTTAAACAGCCCTTTCTTCAACA  899

seq1  TTATACATTAAACTAAATATAATTTAAGGGTAAGCAAAAGAACTAGACAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATTAAACTAAATATAATTTAAGGGTAAGCAAAAGAACTAGACAA  949

seq1  GGGAGATACTTCCATTGTGCAGAGCTAAAACAGTCAAGAATTC  985
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATACTTCCATTGTGCAGAGCTAAAACAGTCAAGAATTC  992


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |