BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181C15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 37,706,784 - 37,863,892
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDennd1a
Upstream geneOlfr351, Olfr352, Olfr353, Olfr354, Olfr355, Olfr356, Olfr357, Olfr358, Olfr359-ps1, Olfr360, Olfr361, Olfr362, Olfr364-ps1, Olfr365, Olfr366, Olfr367, Olfr368, Pdcl, Rc3h2, Zbtb6, Zbtb26, Rabgap1, Gpr21, 6430510M02Rik, Strbp, LOC639491
Downstream geneLOC100040947, Lhx2, Nek6, Psmb7, LOC674251, Nr5a1, Nr6a1, Olfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181C15.bB6Ng01-181C15.g
ACCGA007401GA007402
length1,115911
definitionB6Ng01-181C15.b B6Ng01-181C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,862,764 - 37,863,892)(37,706,784 - 37,707,692)
sequence
gaattcctctggggattaaagtcacagttagttaattgataatccccagg
aagagattagatatgtggttttttaaatgattatttttctagtccaatac
tcctatgccttaggcatgtaataaagtttttctgttctttttctcattta
aaaagaaaaagaatgattactggtactctctcctagatatttggccattt
aacagcaagtcagatgagtatttgaataattgggtattgctgacaaggat
agtattcatacattttggaatgctctgtacagtgatggcaccaggtagac
acaaagatgctttctaatttaatttatgtgttatagaaataggagccatt
atcatctgacaggacctgtgtgagaatcccaattctgtcacattgtcacc
atgtggccttgtgctagttatttcacctttgagactgtttcctgtctatg
aagtgtggtagagagtgtgtctgggtacctatgtgagcatacctctaaaa
caaggcttcccatgagcctccatcctaatactgtgcctgctgcatgtact
gcagggatttttcttttagaatggagtcttatttttaatcctatattatg
gaatcagatgaaacattggaatcttatgacttaaccatcagtttatctac
tatctctgagaaataccttaaactgaaaacacaaaagagcaggcatggca
tcttgtgctttttttcacctgcatcattgatcactcctcattcatgtcct
acccacattgttctttctatttttcccagccacacaggaaactaatgaag
ccagatatagagctctaagatataactgaccttgtgcacctttaattgag
gacagaatttgctaaagtgccgccaccacccaccagtggttactttacag
cctgtgtcctggctagactggctgctggctgtataatttgtctagttttg
tctggagccttagactatcagctgcttcaggcaaaatctttggggtgtca
taatgggatgataatggcttctgatgatattcattgtactaatgactttg
ggcaatttaacacatacaattctttctatctctaccagtgagaatattga
tagaatcattcctca
gaattcattgtcagccaaagcgggaatttaaatgcttagtaagagcaaat
tattttccaattaaaagaaaggaatcaattccttcgacccatttcaagtt
aatgaggatttccccaactttataaagttgaaactgctttcaattaaaac
agaaccaacacacactgcctagatagtggtacaattaggggtttggggga
aatggccccagatatcttttgcaaaagaaaatacacgtttgggggaagca
gtaggcggtacagagtggaagtattctgacagcagaggtcaacagatctg
acatctaatcctgtctttgctaggctcatacaatgtggccttgggcgaat
tacctcacctgtgaattagtctctttactcacagctttgttctagggatt
tggggtgacagcttctactctggctcatcttgaacatggagtggcaatca
cagtattggcaggcatgctacaatggtgttacacgcacaccactgcccgg
ctctggttacacagctgtacccccctgggacccaagttatagaaattcca
gccacagccactacatgcaaattttttgatggaccatagagacaatccga
gcctctgcttgcttgcatgtaccttatgcataggctaggctactcttgct
ctgtgcagcgttgggggagacctatggtattcccttcctgcttgctcatt
gtgtgtatctgcttggaaacagggtggtcctttctctgggtatgcttttg
ggtttaagttagaccagagcgtacgcagggtggctgtaggaacagagtga
caccgggatggtggagagtatgtatgagggagccagtgttgctgggttcc
tgcaaatctcaggtcttgttggggtggagttgggagacagagttaactct
gatctcactcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_37862764_37863892
seq2: B6Ng01-181C15.b_39_1153 (reverse)

seq1  TGAGGAAAATGATTCTATCAAATATCTCACTTGGTAGGAGAATAGAAAG-  49
      |||||  ||||||||||||||   |||||| ||||| ||| |||||||| 
seq2  TGAGG--AATGATTCTATCAATATTCTCAC-TGGTA-GAG-ATAGAAAGA  45

seq1  ATTGTATGTGTAAAATTTGCCCAAAGTCATTAGTTACAATGAATATTCAT  99
      ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATTGTATGTGTTAAA-TTGCCCAAAGTCATTAG-TACAATGAATA-TCAT  92

seq1  CAGAAGCCAATTATCAATCCCATTTAATGACACCCCAAAAGATTTTGCCC  149
      |||||||| |||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||| ||
seq2  CAGAAGCC-ATTATC-ATCCCATT--ATGACACCCC-AAAGATTTTG-CC  136

seq1  TGAAGCAGCTGAATAGTCTAAGGCTCCAGACAAAACTAGACAAATTATAC  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGCTG-ATAGTCTAAGGCTCCAGACAAAACTAGACAAATTATAC  185

seq1  AGCCAGCAGCCAGTCTAGCCAGGACACAGGCTGTAAAGTAACCACTGGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCAGCCAGTCTAGCCAGGACACAGGCTGTAAAGTAACCACTGGTG  235

seq1  GGTGGTGGCGGCACTTTAGCAAATTCTGTCCTCAATTAAAGGTGCACAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGCGGCACTTTAGCAAATTCTGTCCTCAATTAAAGGTGCACAAG  285

seq1  GTCAGTTATATCTTAGAGCTCTATATCTGGCTTCATTAGTTTCCTGTGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTATATCTTAGAGCTCTATATCTGGCTTCATTAGTTTCCTGTGTG  335

seq1  GCTGGGAAAAATAGAAAGAACAATGTGGGTAGGACATGAATGAGGAGTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAAAAATAGAAAGAACAATGTGGGTAGGACATGAATGAGGAGTGA  385

seq1  TCAATGATGCAGGTGAAAAAAAGCACAAGATGCCATGCCTGCTCTTTTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGATGCAGGTGAAAAAAAGCACAAGATGCCATGCCTGCTCTTTTGT  435

seq1  GTTTTCAGTTTAAGGTATTTCTCAGAGATAGTAGATAAACTGATGGTTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAGTTTAAGGTATTTCTCAGAGATAGTAGATAAACTGATGGTTAA  485

seq1  GTCATAAGATTCCAATGTTTCATCTGATTCCATAATATAGGATTAAAAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAAGATTCCAATGTTTCATCTGATTCCATAATATAGGATTAAAAAT  535

seq1  AAGACTCCATTCTAAAAGAAAAATCCCTGCAGTACATGCAGCAGGCACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCCATTCTAAAAGAAAAATCCCTGCAGTACATGCAGCAGGCACAG  585

seq1  TATTAGGATGGAGGCTCATGGGAAGCCTTGTTTTAGAGGTATGCTCACAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGATGGAGGCTCATGGGAAGCCTTGTTTTAGAGGTATGCTCACAT  635

seq1  AGGTACCCAGACACACTCTCTACCACACTTCATAGACAGGAAACAGTCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCCAGACACACTCTCTACCACACTTCATAGACAGGAAACAGTCTC  685

seq1  AAAGGTGAAATAACTAGCACAAGGCCACATGGTGACAATGTGACAGAATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGAAATAACTAGCACAAGGCCACATGGTGACAATGTGACAGAATT  735

seq1  GGGATTCTCACACAGGTCCTGTCAGATGATAATGGCTCCTATTTCTATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCTCACACAGGTCCTGTCAGATGATAATGGCTCCTATTTCTATAA  785

seq1  CACATAAATTAAATTAGAAAGCATCTTTGTGTCTACCTGGTGCCATCACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAATTAAATTAGAAAGCATCTTTGTGTCTACCTGGTGCCATCACT  835

seq1  GTACAGAGCATTCCAAAATGTATGAATACTATCCTTGTCAGCAATACCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAGCATTCCAAAATGTATGAATACTATCCTTGTCAGCAATACCCA  885

seq1  ATTATTCAAATACTCATCTGACTTGCTGTTAAATGGCCAAATATCTAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCAAATACTCATCTGACTTGCTGTTAAATGGCCAAATATCTAGGA  935

seq1  GAGAGTACCAGTAATCATTCTTTTTCTTTTTAAATGAGAAAAAGAACAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTACCAGTAATCATTCTTTTTCTTTTTAAATGAGAAAAAGAACAGA  985

seq1  AAAACTTTATTACATGCCTAAGGCATAGGAGTATTGGACTAGAAAAATAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTTATTACATGCCTAAGGCATAGGAGTATTGGACTAGAAAAATAA  1035

seq1  TCATTTAAAAAACCACATATCTAATCTCTTCCTGGGGATTATCAATTAAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAAAAACCACATATCTAATCTCTTCCTGGGGATTATCAATTAAC  1085

seq1  TAACTGTGACTTTAATCCCCAGAGGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTGACTTTAATCCCCAGAGGAATTC  1115

seq1: chr2_37706784_37707692
seq2: B6Ng01-181C15.g_61_971

seq1  GAATTCATTGTCAGCCAAAGCGGGAATTTAAATGCTTAGTAAGAGCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTCAGCCAAAGCGGGAATTTAAATGCTTAGTAAGAGCAAAT  50

seq1  TATTTTCCAATTAAAAGAAAGGAATCAATTCCTTCGACCCATTTCAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCAATTAAAAGAAAGGAATCAATTCCTTCGACCCATTTCAAGTT  100

seq1  AATGAGGATTTCCCCAACTTTATAAAGTTGAAACTGCTTTCAATTAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGATTTCCCCAACTTTATAAAGTTGAAACTGCTTTCAATTAAAAC  150

seq1  AGAACCAACACACACTGCCTAGATAGTGGTACAATTAGGGGTTTGGGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAACACACACTGCCTAGATAGTGGTACAATTAGGGGTTTGGGGGA  200

seq1  AATGGCCCCAGATATCTTTTGCAAAAGAAAATACACGTTTGGGGGAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCCCCAGATATCTTTTGCAAAAGAAAATACACGTTTGGGGGAAGCA  250

seq1  GTAGGCGGTACAGAGTGGAAGTATTCTGACAGCAGAGGTCAACAGATCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCGGTACAGAGTGGAAGTATTCTGACAGCAGAGGTCAACAGATCTG  300

seq1  ACATCTAATCCTGTCTTTGCTAGGCTCATACAATGTGGCCTTGGGCGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTAATCCTGTCTTTGCTAGGCTCATACAATGTGGCCTTGGGCGAAT  350

seq1  TACCTCACCTGTGAATTAGTCTCTTTACTCACAGCTTTGTTCTAGGGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCACCTGTGAATTAGTCTCTTTACTCACAGCTTTGTTCTAGGGATT  400

seq1  TGGGGTGACAGCTTCTACTCTGGCTCATCTTGAACATGGAGTGGCAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGACAGCTTCTACTCTGGCTCATCTTGAACATGGAGTGGCAATCA  450

seq1  CAGTATTGGCAGGCATGCTACAATGGTGTTACACGCACACCACTGCCCGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTGGCAGGCATGCTACAATGGTGTTACACGCACACCACTGCCCGG  500

seq1  CTCTGGTTACACAGCTGTACCCCCCTGGGACCCAAGTTATAGAAATTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTTACACAGCTGTACCCCCCTGGGACCCAAGTTATAGAAATTCCA  550

seq1  GCCACAGCCACTACATGCAAATTTTTTGATGGACCATAGAGACAATCCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGCCACTACATGCAAATTTTTTGATGGACCATAGAGACAATCCGA  600

seq1  GCCTCTGCTTGCTTGCATGTACCTTATGCATAGGCTAGGCTACTCTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCTTGCTTGCATGTACCTTATGCATAGGCTAGGCTACTCTTGCT  650

seq1  CTGTGCAGCGTTGGGGGAGACCTATGGTATTCCCTTCCTGCTTGCTCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGCGTTGGGGGAGACCTATGGTATTCCCTTCCTGCTTGCTCATT  700

seq1  GTGTGTATCTGCTTGGAAACAGGGTGGTCCTTTCTCTGGGTATGCTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATCTGCTTGGAAACAGGGTGGTCCTTTCTCTGGGTATGCTTTTG  750

seq1  GGTTTAAGTTAGACCAGAGCGTAGGCAGGGTGGCTGTAGGAACAGAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAGTTAGACCAGAGCGTACGCAGGGTGGCTGTAGGAACAGAGTGA  800

seq1  CACCGGGATGGTGGAGAGTATGTATGAGGGAGCCAGTGTTGCTGGGTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGGGATGGTGGAGAGTATGTATGAGGGAGCCAGTGTTGCTGGGTTCC  850

seq1  TGCAAATCCCAGG-CCTGGTGGGGTGG-GTTGGGAGACAGTGGTAACTCT  898
      |||||||| |||| | || |||||||| |||||||||||| | |||||||
seq2  TGCAAATCTCAGGTCTTGTTGGGGTGGAGTTGGGAGACAGAGTTAACTCT  900

seq1  GAACTCACTCG  909
      || ||||||||
seq2  GATCTCACTCG  911