BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182J02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,200,532 - 104,315,265
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD430041D05Rik, Hipk3
Upstream geneElf5, Cat, Abtb2, Nat10, Caprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik, LOC100043349
Downstream geneLOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182J02.bB6Ng01-182J02.g
ACCGA008422GA008423
length636888
definitionB6Ng01-182J02.b B6Ng01-182J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,314,632 - 104,315,265)(104,200,532 - 104,201,410)
sequence
gaattctcaactaggattattttgttaaattagctgggtatttaatccca
acactagggaggcagaatcagatggatctctgaaatagggaatcccatgt
ctgtcacagttaaatagtgaaactctgccttaaaatgtggtaaattagtg
caacttcagaattgccctggagtaaaggtataggatagatgctggagggt
ttgtttttttaacagatgaacttccttaaaggtttaaacaccagagttta
attttgtgactataaagtcttgatctgtctgtgaagtttgtctctgactt
tatagtagggcagtttggacattgggcgggaagcgttggaagctctgtct
tgggtggtgcatttacttttttttttttttttttttttagcatcatagtt
ttgagaccaattacttggtccctttgagctttggttttctttcttgcctt
tctttattatttattattatacataagtacactgtagctgtcttctgaca
caccagaaggagggtgtcagacctcattatgggtgattgttagctaccat
gtggttgctgggattttcaactcaagacctttggaaaagcagtcagtgct
ctttacctgctgagccatcttaccagccctgagctt
gaattccagcctttttatgaattatggaaatgagcagatgttatcctcta
tgtttggccaaagaggtgtagaataagaagtttaactcaagtgttccatg
tccaaatgtttgctttttcctattcttgcaactgcacctggatcgattcc
atatccttatctcatcccacagctgcttcccccctccctctccccccacc
tcccccaccaccaccacccagctcagaggttcctcaatgaaggtagcaca
gggtaaaagggaggagcgaactgatgctcactggtgctaacaggaagctc
cctgatgtgatgtgagacacattcaacacctgcactccaacttagcgcaa
acacagggagccaatcagagggcctacaaccaggaaacctgcaactgata
aaaatgtttaagtagttcccgagaaccaaggaggatagctatagggaaga
caggcagagcttggtcttgctgggaatagcacatgggcacagctttatac
cagttcacgcacccctggcactcacaaccttcctgagatagtttcatcac
ccattaacatcctgccctacgtgacacacattagacatgaagagggtaag
gtaagagatggggccgaagttcaaagtgaaggttccaatcactcagtcat
ttaccccttcagtcatctatcaacccacagcccctgagcttgctttttta
gtctgaatgctgagacacattcataccacagaccacggcttctggacttg
aagactttcaggcttccccatgacctttttcacgggagtctgggcatgcc
catcccccactcaaagcaacacagccatcaaggcttctgtagaataactg
ctctgtggcggttgacggtgggtggtgaagggagccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104314632_104315265
seq2: B6Ng01-182J02.b_41_676 (reverse)

seq1  AAGCTCAGGGCTGGTAAGATGGCTCAGCAGGT-AAGAGCACTGACTGCTT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAGGGCTGGTAAGATGGCTCAGCAGGTAAAGAGCACTGACTGCTT  50

seq1  TTCCAAAGGTCCTGAGTTG-AAATCCCAGCAACCACATGGTAGCTAACAA  98
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGGTCTTGAGTTGAAAATCCCAGCAACCACATGGTAGCTAACAA  100

seq1  TCACCCATAATGAGGTCTGACACCCTCCTTCTGGTGTGTCAGAAGACAGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCATAATGAGGTCTGACACCCTCCTTCTGGTGTGTCAGAAGACAGC  150

seq1  TACAGTGTACTTATGTATAATAATAAATAATAAAGAAAGGCAAGAAAGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGTACTTATGTATAATAATAAATAATAAAGAAAGGCAAGAAAGAA  200

seq1  AACCAAAGCTCAAAGGGACCAAGTAATTGGTCTCAAAACTATGATGCTAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGCTCAAAGGGACCAAGTAATTGGTCTCAAAACTATGATGCTAA  250

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAATGCACCACCCAAGACAGAGCTTCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAATGCACCACCCAAGACAGAGCTTCCA  300

seq1  ACGCTTCCCGCCCAATGTCCAAACTGCCCTACTATAAAGTCAGAGACAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTTCCCGCCCAATGTCCAAACTGCCCTACTATAAAGTCAGAGACAAA  350

seq1  CTTCACAGACAGATCAAGACTTTATAGTCACAAAATTAAACTCTGGTGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGACAGATCAAGACTTTATAGTCACAAAATTAAACTCTGGTGTT  400

seq1  TAAACCTTTAAGGAAGTTCATCTGTTAAAAAAACAAACCCTCCAGCATCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTTTAAGGAAGTTCATCTGTTAAAAAAACAAACCCTCCAGCATCT  450

seq1  ATCCTATACCTTTACTCCAGGGCAATTCTGAAGTTGCACTAATTTACCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATACCTTTACTCCAGGGCAATTCTGAAGTTGCACTAATTTACCAC  500

seq1  ATTTTAAGGCAGAGTTTCACTATTTAACTGTGACAGACATGGGATTCCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGGCAGAGTTTCACTATTTAACTGTGACAGACATGGGATTCCCT  550

seq1  ATTTCAGAGATCCATCTGATTCTGCCTCCCTAGTGTTGGGATTAAATACC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGAGATCCATCTGATTCTGCCTCCCTAGTGTTGGGATTAAATACC  600

seq1  CAGCTAATTTAACAAAATAATCCTAGTTGAGAATTC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAATTTAACAAAATAATCCTAGTTGAGAATTC  636

seq1: chr2_104200532_104201410
seq2: B6Ng01-182J02.g_64_951

seq1  GAATTCCAGCCTTTTTATGAATTATGGAAATGAGCAGATGTTATCCTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTTTTTATGAATTATGGAAATGAGCAGATGTTATCCTCTA  50

seq1  TGTTTGGCCAAAGAGGTGTAGAATAAGAAGTTTAACTCAAGTGTTCCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGCCAAAGAGGTGTAGAATAAGAAGTTTAACTCAAGTGTTCCATG  100

seq1  TCCAAATGTTTGCTTTTTCCTATTCTTGCAACTGCACCTGGATCGATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATGTTTGCTTTTTCCTATTCTTGCAACTGCACCTGGATCGATTCC  150

seq1  ATATCCTTATCTCATCCCACAGCTGCTTCCCCCCTCCCTCTCCCCCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTTATCTCATCCCACAGCTGCTTCCCCCCTCCCTCTCCCCCCACC  200

seq1  TCCCCCACCACCACCACCCAGCTCAGAGGTTCCTCAATGAAGGTAGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCACCACCACCACCCAGCTCAGAGGTTCCTCAATGAAGGTAGCACA  250

seq1  GGGTAAAAGGGAGGAGCGAACTGATGCTCACTGGTGCTAACAGGAAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAAGGGAGGAGCGAACTGATGCTCACTGGTGCTAACAGGAAGCTC  300

seq1  CCTGATGTGATGTGAGACACATTCAACACCTGCACTCCAACTTAGCGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGTGATGTGAGACACATTCAACACCTGCACTCCAACTTAGCGCAA  350

seq1  ACACAGGGAGCCAATCAGAGGGCCTACAACCAGGAAACCTGCAACTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGAGCCAATCAGAGGGCCTACAACCAGGAAACCTGCAACTGATA  400

seq1  AAAATGTTTAAGTAGTTCCCGAGAACCAAGGAGGATAGCTATAGGGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTTAAGTAGTTCCCGAGAACCAAGGAGGATAGCTATAGGGAAGA  450

seq1  CAGGCAGAGCTTGGTCTTGCTGGGAATAGCACATGGGCACAGCTTTATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGAGCTTGGTCTTGCTGGGAATAGCACATGGGCACAGCTTTATAC  500

seq1  CAGTTCACGCACCCCTGGCACTCACAACCTTCCTGAGATAGTTTCATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCACGCACCCCTGGCACTCACAACCTTCCTGAGATAGTTTCATCAC  550

seq1  CCATTAACATCCTGCCCTACGTGACACACATTAGACATGAAGAGGGTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAACATCCTGCCCTACGTGACACACATTAGACATGAAGAGGGTAAG  600

seq1  GTAAGAGATGGGGCCGAAGTTCAAAGTGAAGGTTCCAATCACTCAGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGATGGGGCCGAAGTTCAAAGTGAAGGTTCCAATCACTCAGTCAT  650

seq1  TTACCCCTTCAGTCATCTATCAA-CCACAGCCCCTGAGCTTGC-TTTTTA  698
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTACCCCTTCAGTCATCTATCAACCCACAGCCCCTGAGCTTGCTTTTTTA  700

seq1  GTCTGAATGCTGAGACACATTCATACCACAGACCACGGCTTCTGGACTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAATGCTGAGACACATTCATACCACAGACCACGGCTTCTGGACTTG  750

seq1  AAGAC-TTCAGGCTTCCCCATGACC-TTTTCACGGGAGTCTGGGCATGCC  796
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTCAGGCTTCCCCATGACCTTTTTCACGGGAGTCTGGGCATGCC  800

seq1  CATCCCCCACTCAAAGC-ACACAGCCATC-AGGCTTCTGTAGAATAGCTG  844
      ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  CATCCCCCACTCAAAGCAACACAGCCATCAAGGCTTCTGTAGAATAACTG  850

seq1  CTCTGTGGCGG-TGACGGT-GGTGG-GAAGGGAGCCAC  879
      ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  CTCTGTGGCGGTTGACGGTGGGTGGTGAAGGGAGCCAC  888