BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185D06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 45,394,982 - 45,543,004
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042661
Upstream geneGtdc1, Zeb2
Downstream geneLOC100041337, LOC666604, LOC383690
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185D06.bB6Ng01-185D06.g
ACCGA010378GA010379
length1,1751,096
definitionB6Ng01-185D06.b B6Ng01-185D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,394,982 - 45,396,144)(45,541,895 - 45,543,004)
sequence
gaattcttaaagattacacccctttctcctttctttctttctttctttct
catacctagtacagactgagtggtggtacttttaaaaaccagttcagaaa
agtttaagcacaccttacctgtgatttccactgtgctgtcactgatacaa
tgcatcaatgtgacccttgagtctctgaaaagtacaaagtactaattaga
tacggagtagcactcctgtcagccctacctttttactttgaactccatgc
ttaggttgccagcttcacattgtggtgtctgcatctgctcttagcagctt
tagtacctagcataatactgagtactgcaaatgtcagtggaacacagagt
tttggtactgatgctactatgtcagatagtattgaaattttaatatatct
gcagatttttctagattcccatatgtgaatgtgtatatttatgtctgagc
tcgaggcctcacctctctgctgcacaggcttcagatgtgctaatgctggc
aaacgatatgaagagaaccatggcaagcgctgaggttttctgtagacaag
cacatgaagatgagatctaatcttcactctcctcttatttccttttctct
aaagcttcagttgattctcctaactttcattcttgtcatgttgacaagaa
ctcatagggcagcctttgctagcctgaagctccctgtgtagttcgggctg
tccttgtactggcagagatctttatgcttctgtcttcagacctgtgggct
taccaacatgtctcatcatggttggaactccagtttattcatgtgtcctg
agggaagcagacagagagagtgagctttctgcttgcccaaggtgggtttt
caaaaaccattgctacgacctactgttctacaggtttcagctccctcact
gctaaaataaggtgcactaacactgccctgtgatactacagatagatgtc
ctataggtccaaacatctaataagtctcttcacataagaaaagaaatggt
atggtgtttcaacagaaaaggaaagcaagcaaaatgctccaccactaata
ttctgtgcaataaagtaaaagaatcccttgtcctccaatcttcaataatg
agatgtctactgtatgtaagccaatgttcaatttacacacacaattcacc
ataaaatccaacttgaaattatgta

gaattctcaccaaaactgataccagtagttgggaacttacagcaaggtct
ttttgtttcattttgtacttgcacttgatttgtgctcagtaagcaccaat
ctttacttgtgaaatatttcagatataacagagaaagctctaaattgaac
ttctttctctgttttgtctggttgagctagattttaagcttaatagttat
gtgacttatgccactttctcctttcctagttcttgcttaaacactgtgga
gaatcaggaacaagaaacatgctggtgcttttgttcccacaagctgctca
cagttgcttgcctatatgtggttgtgagtgcttgtgagtttgaatggact
tactgttaaagagtgctttacactccacccacactgggagtcagggatac
ctggagtgttcatacggacctattgctaaaccttaccctaaagttctcaa
tcaacaggtataaatacagactctatcaaatcctggatgggcatgataca
gaatggtggggaatcactaagcacaagtactcaatgaagaagcatactct
tcattctccccaaccatgtaaaagattcaagatctcgaggtagagaggga
tgattaaattgtgagtgtgtttttctcatgacaattcatcaatgttatat
ctctaattactaaaggtgggcaataataaaattaaaataattatagagta
aacacagaaatatttaaattacttttgctacttgtcttagtcagggtttc
tattcctggacaaaacatcatgaccaagaaacaagatgggaaggaaaggg
tttattcagcttacacttccatactgctgttcatcaccaagaaagtcatg
actgaaactcaagcaagtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatgga
gggatgttcccttactggcttgcttcccctggcttgctcagcctgctctc
ttatagacccaagactaccagcccagggatggtccacccacagggacctt
ccccaattaatcactatgaaaatgccagctgatctcatggagcaattctg
actgagctctttctctgtgatactcaaccttgtgttcagtgacaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_45394982_45396144
seq2: B6Ng01-185D06.b_44_1218

seq1  GAATTCTTAAAGATTACACCCCTTTCTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAAGATTACACCCCTTTCTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT  50

seq1  CATACCTAGTACAGACTGAGTGGTGGTACTTTTAAAAACCAGTTCAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTAGTACAGACTGAGTGGTGGTACTTTTAAAAACCAGTTCAGAAA  100

seq1  AGTTTAAGCACACCTTACCTGTGATTTCCACTGTGCTGTCACTGATACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAGCACACCTTACCTGTGATTTCCACTGTGCTGTCACTGATACAA  150

seq1  TGCATCAATGTGACCCTTGAGTCTCTGAAAAGTACAAAGTACTAATTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAATGTGACCCTTGAGTCTCTGAAAAGTACAAAGTACTAATTAGA  200

seq1  TACGGAGTAGCACTCCTGTCAGCCCTACCTTTTTACTTTGAACTCCATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGAGTAGCACTCCTGTCAGCCCTACCTTTTTACTTTGAACTCCATGC  250

seq1  TTAGGTTGCCAGCTTCACATTGTGGTGTCTGCATCTGCTCTTAGCAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTGCCAGCTTCACATTGTGGTGTCTGCATCTGCTCTTAGCAGCTT  300

seq1  TAGTACCTAGCATAATACTGAGTACTGCAAATGTCAGTGGAACACAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACCTAGCATAATACTGAGTACTGCAAATGTCAGTGGAACACAGAGT  350

seq1  TTTGGTACTGATGCTACTATGTCAGATAGTATTGAAATTTTAATATATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTACTGATGCTACTATGTCAGATAGTATTGAAATTTTAATATATCT  400

seq1  GCAGATTTTTCTAGATTCCCATATGTGAATGTGTATATTTATGTCTGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTTTTCTAGATTCCCATATGTGAATGTGTATATTTATGTCTGAGC  450

seq1  TCGAGGCCTCACCTCTCTGCTGCACAGGCTTCAGATGTGCTAATGCTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGCCTCACCTCTCTGCTGCACAGGCTTCAGATGTGCTAATGCTGGC  500

seq1  AAACGATATGAAGAGAACCATGGCAAGCGCTGAGGTTTTCTGTAGACAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGATATGAAGAGAACCATGGCAAGCGCTGAGGTTTTCTGTAGACAAG  550

seq1  CACATGAAGATGAGATCTAATCTTCACTCTCCTCTTATTTCCTTTTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAAGATGAGATCTAATCTTCACTCTCCTCTTATTTCCTTTTCTCT  600

seq1  AAAGCTTCAGTTGATTCTCCTAACTTTCATTCTTGTCATGTTGACAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTCAGTTGATTCTCCTAACTTTCATTCTTGTCATGTTGACAAGAA  650

seq1  CTCATAGGGCAGCCTTTGCTAGCCTGAAGCTCCCTGTGTAGTTCGGGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGGGCAGCCTTTGCTAGCCTGAAGCTCCCTGTGTAGTTCGGGCTG  700

seq1  TCCTTGTACTGGCAGAGATCTTTATGCTTCTGTCTTCAGACCTGTGGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTACTGGCAGAGATCTTTATGCTTCTGTCTTCAGACCTGTGGGCT  750

seq1  TACCAACATGTCTCATCATGGTTGGAACTCCAGTTTATTCATGTGTCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACATGTCTCATCATGGTTGGAACTCCAGTTTATTCATGTGTCCTG  800

seq1  AGGGAAGCAGACAGAGAGAGTGAGCTTTCTGCTTGCCCAAGGTGGGTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGCAGACAGAGAGAGTGAGCTTTCTGCTTGCCCAAGGTGGGTTTT  850

seq1  CAAAAACCATTGCTACGACCTACTGTTCTACAGGTTTCAGCTCCCTCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACCATTGCTACGACCTACTGTTCTACAGGTTTCAGCTCCCTCACT  900

seq1  GCTAAAATAAGGTGCACTAACACTGCCCTGTGATACTACAGATAGATGT-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCTAAAATAAGGTGCACTAACACTGCCCTGTGATACTACAGATAGATGTC  950

seq1  CTATAGGTCCAAACATCTAAT-AGTCTCTTCACATA--GAAAGAAATGGT  996
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||
seq2  CTATAGGTCCAAACATCTAATAAGTCTCTTCACATAAGAAAAGAAATGGT  1000

seq1  ATGGTGTTTCAACAGAAAAGGAAAAGCAAGCAAAATGCTCCACCACT-AT  1045
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGGTGTTTCAACAGAAAAGG-AAAGCAAGCAAAATGCTCCACCACTAAT  1049

seq1  ATTCTGTGC-ATAAAGTTAAAAAGATCCTTGT-CTCC-ATCTTC-ATAAT  1091
      ||||||||| ||||||| ||| |   |||||| |||| |||||| |||||
seq2  ATTCTGTGCAATAAAGTAAAAGAATCCCTTGTCCTCCAATCTTCAATAAT  1099

seq1  GAGATGTCTACTGTATGTA--GCAATGTTCAAATTTACACACA-ATTTCA  1138
      |||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| | ||||
seq2  GAGATGTCTACTGTATGTAAGCCAATGTTC-AATTTACACACACAATTCA  1148

seq1  -CATAAAATCC-ACTTAAAATTATGTA  1163
       |||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CCATAAAATCCAACTTGAAATTATGTA  1175


seq1: chr2_45541895_45543004
seq2: B6Ng01-185D06.g_64_1159 (reverse)

seq1  GTTGTCAACTTGACACAAGGTTGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGT  50
      |||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| 
seq2  GTTGTC-ACTGAACACAAGGTTGAG-TATCACAGAGAAA-GAGC-TCAG-  45

seq1  TCAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGGCATTTTTTCAATTAGTGATT  100
      ||||  |||  ||||||||||| |||||||||  ||||||  ||||||||
seq2  TCAG--AATTGCTCCATGAGAT-CAGCTGGCA--TTTTCA--TAGTGATT  88

seq1  AA-TGGGGAAGGTCCCCTTGTGGGTGGGACCATCCCTGGGCTGGTAGTCT  149
      || |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGGAAGGTCCC--TGTGGGT-GGACCATCCCTGGGCTGGTAGTCT  135

seq1  TGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTA  199
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGG-TCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTA  184

seq1  A-GGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGC  248
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACTTGC  234

seq1  TTGAGTTTCAGTCATGACTTTCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTCAGTCATGACTTTCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGT  284

seq1  AAGCTGAATAAACCCTTTCCTTCCCATCTTGTTTCTTGGTCATGATGTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAATAAACCCTTTCCTTCCCATCTTGTTTCTTGGTCATGATGTTT  334

seq1  TGTCCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAAGTAGCAAAAGTAATTTAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAAGTAGCAAAAGTAATTTAAA  384

seq1  TATTTCTGTGTTTACTCTATAATTATTTTAATTTTATTATTGCCCACCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGTGTTTACTCTATAATTATTTTAATTTTATTATTGCCCACCTT  434

seq1  TAGTAATTAGAGATATAACATTGATGAATTGTCATGAGAAAAACACACTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATTAGAGATATAACATTGATGAATTGTCATGAGAAAAACACACTC  484

seq1  ACAATTTAATCATCCCTCTCTACCTCGAGATCTTGAATCTTTTACATGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTAATCATCCCTCTCTACCTCGAGATCTTGAATCTTTTACATGGT  534

seq1  TGGGGAGAATGAAGAGTATGCTTCTTCATTGAGTACTTGTGCTTAGTGAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGAATGAAGAGTATGCTTCTTCATTGAGTACTTGTGCTTAGTGAT  584

seq1  TCCCCACCATTCTGTATCATGCCCATCCAGGATTTGATAGAGTCTGTATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCATTCTGTATCATGCCCATCCAGGATTTGATAGAGTCTGTATT  634

seq1  TATACCTGTTGATTGAGAACTTTAGGGTAAGGTTTAGCAATAGGTCCGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTGTTGATTGAGAACTTTAGGGTAAGGTTTAGCAATAGGTCCGTA  684

seq1  TGAACACTCCAGGTATCCCTGACTCCCAGTGTGGGTGGAGTGTAAAGCAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACTCCAGGTATCCCTGACTCCCAGTGTGGGTGGAGTGTAAAGCAC  734

seq1  TCTTTAACAGTAAGTCCATTCAAACTCACAAGCACTCACAACCACATATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAACAGTAAGTCCATTCAAACTCACAAGCACTCACAACCACATATA  784

seq1  GGCAAGCAACTGTGAGCAGCTTGTGGGAACAAAAGCACCAGCATGTTTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCAACTGTGAGCAGCTTGTGGGAACAAAAGCACCAGCATGTTTCT  834

seq1  TGTTCCTGATTCTCCACAGTGTTTAAGCAAGAACTAGGAAAGGAGAAAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTGATTCTCCACAGTGTTTAAGCAAGAACTAGGAAAGGAGAAAGT  884

seq1  GGCATAAGTCACATAACTATTAAGCTTAAAATCTAGCTCAACCAGACAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAAGTCACATAACTATTAAGCTTAAAATCTAGCTCAACCAGACAAA  934

seq1  ACAGAGAAAGAAGTTCAATTTAGAGCTTTCTCTGTTATATCTGAAATATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAAGAAGTTCAATTTAGAGCTTTCTCTGTTATATCTGAAATATT  984

seq1  TCACAAGTAAAGATTGGTGCTTACTGAGCACAAATCAAGTGCAAGTACAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGTAAAGATTGGTGCTTACTGAGCACAAATCAAGTGCAAGTACAA  1034

seq1  AATGAAACAAAAAGACCTTGCTGTAAGTTCCCAACTACTGGTATCAGTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACAAAAAGACCTTGCTGTAAGTTCCCAACTACTGGTATCAGTTT  1084

seq1  TGGTGAGAATTC  1110
      ||||||||||||
seq2  TGGTGAGAATTC  1096


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |