BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189P20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 138,140,290 - 138,265,979
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBtbd3
Downstream geneLOC628103
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189P20.bB6Ng01-189P20.g
ACCGA013865GA013866
length1,102929
definitionB6Ng01-189P20.b B6Ng01-189P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,264,895 - 138,265,979)(138,140,290 - 138,141,219)
sequence
gaattcctgcgaaatgcatctttttttcctggtgctcattctcacacttt
gaacagtgagctagagtgttgtgcgaaggtgcagagctccgttcagtcac
tgtgccctttagtgtctctcagacacagccacctgacacataagtgtcta
ctgagtgcccccccccccccactttccatgttctcttgactatactgaca
tttctatgttcccagattccgacttggtgtgtggtaggaatgcctgtggt
ctaagtctggagcttattggtgtttctaattgtgctggtttgagatttgc
actttaagaggaatcagaccccagcccaaaatgtggcctatggaaaaagc
actataactgcctataggctcatcaaaaatgtatttccttctgcctacaa
ttatcccactacattaggatctgcaagattggaacctagaaatgtagaat
ttgcctattttccctgttatcctgtgaaccagacagatcacagatccagg
gctaatccctaattagagttacaactttattgttcatttgccatgaaaga
tgtaaagggttgggccatgcaaatattttattcctgttagcatcaattaa
tacaaggagcaggggcatataagggaccctggaaactcttgggaaaatct
cagatagcagaggaaaggaagaaagaccagttcaaagatgatgcgaactg
ttggctgcactccatacctgagataaagttagagacttgagatcaggaaa
atcaggaaccccaactcatcaaaacaagacaagaataattctggaaactg
gcccaataagtatgaaggctttcctctctattaatgacctgctgagcatg
tttaaagttatgatttatattcaaagaatattaaaaaattaaaattatac
ataatcattattccagtgagaaaatgtgatctctctgcattggatatttt
ggtatgtattacatatccctcaaacattcatataccatatagcaaagcta
ttttttaatacataaaagtagtcggtatacacatttttcatactcatgaa
ggtgtaaatatgccactatataggtaatatattattattcaatttatata
ta
gaattcttaaaataagaaacctatcttccatcatctttgcaaatagatga
agaactgactctgttagctaaacttggctccgtaacaaaccatcccatgt
cactgacttgaaataacagtgatttacttagctcatgatagtgtggctaa
caaatttaggatgggtgtagcaggacagcttcgtcactctgtgctaaatt
tgtgcatttgtgggcagatcctggtcaattgagagtgaccaggatagggc
gaccacagccacatggtttatcctcccagcatggggaacccacctctgaa
aagccagcccagaccaagatgaccgagcaggtttcaacagaggcatcttt
cctgtgcaagtgtctgaggccagctctgaggatataggcagtgtcacggg
tgctacctgcctttgatcagagcaagttagaaggctgcctaaggtgacag
cagaaagtggaacccaccctttggtgggacacacagtggagctcccagag
cagagcgtggatatagggaagcacacgcaattgtggacatttttttatcc
ttagtgattctgactgacaaaatgttaagtagttggcttgaggaaaatga
acaaacttttaggacaacttacccaccatcatgggatcctggctcttggt
ttatctcttggattctccgtgtaagctatgctctcctaggccccactttc
cttatctacagagagagagagtgagaagatttaacttcctctgcttccac
cagctcccaatcggtgttatgtgttgaacttcttggctgtcctcaggcag
ggaatctgcaacagaggggcagtaatagttgggcagaactctgggagccc
tgtccagtacctgaaagcagcgtctttggaaagagctgttgaaagaccag
aagaatttactagggtggggggggggcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_138264895_138265979
seq2: B6Ng01-189P20.b_45_1146 (reverse)

seq1  --TATATATAT------------TATTA-CTATATATGTGCATATTTACA  35
        |||||| ||            ||||| |||||||   |||||||||||
seq2  TATATATAAATTGAATAATAATATATTACCTATATAGTGGCATATTTACA  50

seq1  CCTCCATGAGTATG-AAAATGTGTATA-CGACTACTTTTATGTAT--AAA  81
      ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||
seq2  CCTTCATGAGTATGAAAAATGTGTATACCGACTACTTTTATGTATTAAAA  100

seq1  AATAGCTTTGCTATATGGTATTATGAATGTTTTTGAGGGATATGTAATAC  131
      |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTTTGCTATATGGTA-TATGAATG--TTTGAGGGATATGTAATAC  147

seq1  ATACCAAAATATCCAATGCAGAGAGATCACATTTTCTCACTGG-ATAATG  180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATACCAAAATATCCAATGCAGAGAGATCACATTTTCTCACTGGAATAATG  197

seq1  ATTATGTATAATTTTAATTTTTAAATATTCTTTGAATATAAATCATAACT  230
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTATAATTTTAATTTTTTAATATTCTTTGAATATAAATCATAACT  247

seq1  TTAAACATGCTCAGCAGGTCATTAATAGAGAGGAAAGCCTTCATACTTAT  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATGCTCAGCAGGTCATTAATAGAGAGGAAAGCCTTCATACTTAT  297

seq1  TGGGCCAGTTTCCAGAATTATTCTTGTCTTGTTTTGATGAGTTGGGGTTC  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCAGTTTCCAGAATTATTCTTGTCTTGTTTTGATGAGTTGGGGTTC  347

seq1  CTGATTTTCCTGATCTCAAGTCTCTAACTTTATCTCAGGTATGGAGTGCA  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTCCTGATCTCAAGTCTCTAACTTTATCTCAGGTATGGAGTGCA  397

seq1  GCCAACAGTTCGCATCATCTTTGAACTGGTCTTTCTTCCTTTCCTCTGCT  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACAGTTCGCATCATCTTTGAACTGGTCTTTCTTCCTTTCCTCTGCT  447

seq1  ATCTGAGATTTTCCCAAGAGTTTCCAGGGTCCCTTATATGCCCCTGCTCC  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGATTTTCCCAAGAGTTTCCAGGGTCCCTTATATGCCCCTGCTCC  497

seq1  TTGTATTAATTGATGCTAACAGGAATAAAATATTTGCATGGCCCAACCCT  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTAATTGATGCTAACAGGAATAAAATATTTGCATGGCCCAACCCT  547

seq1  TTACATCTTTCATGGCAAATGAACAATAAAGTTGTAACTCTAATTAGGGA  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCTTTCATGGCAAATGAACAATAAAGTTGTAACTCTAATTAGGGA  597

seq1  TTAGCCCTGGATCTGTGATCTGTCTGGTTCACAGGATAACAGGGAAAATA  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCTGGATCTGTGATCTGTCTGGTTCACAGGATAACAGGGAAAATA  647

seq1  GGCAAATTCTACATTTCTAGGTTCCAATCTTGCAGATCCTAATGTAGTGG  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATTCTACATTTCTAGGTTCCAATCTTGCAGATCCTAATGTAGTGG  697

seq1  GATAATTGTAGGCAGAAGGAAATACATTTTTGATGAGCCTATAGGCAGTT  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTGTAGGCAGAAGGAAATACATTTTTGATGAGCCTATAGGCAGTT  747

seq1  ATAGTGCTTTTTCCATAGGCCACATTTTGGGCTGGGGTCTGATTCCTCTT  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCTTTTTCCATAGGCCACATTTTGGGCTGGGGTCTGATTCCTCTT  797

seq1  AAAGTGCAAATCTCAAACCAGCACAATTAGAAACACCAATAAGCTCCAGA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCAAATCTCAAACCAGCACAATTAGAAACACCAATAAGCTCCAGA  847

seq1  CTTAGACCACAGGCATTCCTACCACACACCAAGTCGGAATCTGGGAACAT  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACCACAGGCATTCCTACCACACACCAAGTCGGAATCTGGGAACAT  897

seq1  AGAAATGTCAGTATAGTCAAGAGAACATGGAAAGTGGGGGGGGGGGGGCA  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTCAGTATAGTCAAGAGAACATGGAAAGTGGGGGGGGGGGGGCA  947

seq1  CTCAGTAGACACTTATGTGTCAGGTGGCTGTGTCTGAGAGACACTAAAGG  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGACACTTATGTGTCAGGTGGCTGTGTCTGAGAGACACTAAAGG  997

seq1  GCACAGTGACTGAACGGAGCTCTGCACCTTCGCACAACACTCTAGCTCAC  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGACTGAACGGAGCTCTGCACCTTCGCACAACACTCTAGCTCAC  1047

seq1  TGTTCAAAGTGTGAGAATGAGCACCAGGAAAAAAAGATGCATTTCGCAGG  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAAGTGTGAGAATGAGCACCAGGAAAAAAAGATGCATTTCGCAGG  1097

seq1  AATTC  1085
      |||||
seq2  AATTC  1102

seq1: chr2_138140290_138141219
seq2: B6Ng01-189P20.g_64_992

seq1  GAATTCTTAAAATAAGAAACCTATCTTCCATCATCTTTGCAAATAGATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAAATAAGAAACCTATCTTCCATCATCTTTGCAAATAGATGA  50

seq1  AGAACTGACTCTGTTAGCTAAACTTGGCTCCGTAACAAACCATCCCATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGACTCTGTTAGCTAAACTTGGCTCCGTAACAAACCATCCCATGT  100

seq1  CACTGACTTGAAATAACAGTGATTTACTTAGCTCATGATAGTGTGGCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTTGAAATAACAGTGATTTACTTAGCTCATGATAGTGTGGCTAA  150

seq1  CAAATTTAGGATGGGTGTAGCAGGACAGCTTCGTCACTCTGTGCTAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAGGATGGGTGTAGCAGGACAGCTTCGTCACTCTGTGCTAAATT  200

seq1  TGTGCATTTGTGGGCAGATCCTGGTCAATTGAGAGTGACCAGGATAGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTTGTGGGCAGATCCTGGTCAATTGAGAGTGACCAGGATAGGGC  250

seq1  GACCACAGCCACATGGTTTATCCTCCCAGCATGGGGAACCCACCTCTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAGCCACATGGTTTATCCTCCCAGCATGGGGAACCCACCTCTGAA  300

seq1  AAGCCAGCCCAGACCAAGATGACCGAGCAGGTTTCAACAGAGGCATCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGCCCAGACCAAGATGACCGAGCAGGTTTCAACAGAGGCATCTTT  350

seq1  CCTGTGCAAGTGTCTGAGGCCAGCTCTGAGGATATAGGCAGTGTCACGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCAAGTGTCTGAGGCCAGCTCTGAGGATATAGGCAGTGTCACGGG  400

seq1  TGCTACCTGCCTTTGATCAGAGCAAGTTAGAAGGCTGCCTAAGGTGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTGCCTTTGATCAGAGCAAGTTAGAAGGCTGCCTAAGGTGACAG  450

seq1  CAGAAAGTGGAACCCACCCTTTGGTGGGACACACAGTGGAGCTCCCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGTGGAACCCACCCTTTGGTGGGACACACAGTGGAGCTCCCAGAG  500

seq1  CAGAGCGTGGATATAGGGAAGCACACGCAATTGTGGACATTTTTTTATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCGTGGATATAGGGAAGCACACGCAATTGTGGACATTTTTTTATCC  550

seq1  TTAGTGATTCTGACTGACAAAATGTTAAGTAGTTGGCTTGAGGAAAATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGATTCTGACTGACAAAATGTTAAGTAGTTGGCTTGAGGAAAATGA  600

seq1  ACAAACTTTTAGGACAACTTACCCACCATCATGGGATCCTGGCTCTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTTTTAGGACAACTTACCCACCATCATGGGATCCTGGCTCTTGGT  650

seq1  TTATCTCTTGGATTCTCCGTGTAAGCTATGCTCTCCTAGGCCCCACTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCTTGGATTCTCCGTGTAAGCTATGCTCTCCTAGGCCCCACTTTC  700

seq1  CTTATCTACAGAGAGAGAGAGTGAGAAGATTTAACTTCCTCTGCTTCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTACAGAGAGAGAGAGTGAGAAGATTTAACTTCCTCTGCTTCCAC  750

seq1  CAGCTCCCAATCGGTGTTATGTGTTGAACTTCTTGGCTGTCCTCAGGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCAATCGGTGTTATGTGTTGAACTTCTTGGCTGTCCTCAGGCAG  800

seq1  GGAATCTGCAACAGAGGGGCAGTAATAGTTGGGCAGAACTCTGGGAGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTGCAACAGAGGGGCAGTAATAGTTGGGCAGAACTCTGGGAGCCC  850

seq1  TGTCCAGTACCTGAAAGCAGCGTCTTTGGAAAGAGCTGTTGAAAGACCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGTACCTGAAAGCAGCGTCTTTGGAAAGAGCTGTTGAAAGACCAG  900

seq1  AAGAATTTACTAGGGGTGGGGGGGGGGCAA  930
      |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTACTA-GGGTGGGGGGGGGGCAA  929