BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193I19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 143,026,664 - 143,192,904
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668915
Upstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b, Snrpb2, Otor
Downstream geneLOC668916, Pcsk2, Bfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193I19.bB6Ng01-193I19.g
ACCGA016490GA016491
length9801,126
definitionB6Ng01-193I19.b B6Ng01-193I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,026,664 - 143,027,620)(143,191,761 - 143,192,904)
sequence
gaattcatagaaccatagacttgggaagagtcttgagccttttgtgtcaa
tgcattagaaaacaaaatcttacatctacagaacactaaggctgtgttct
tgtcttctggtaataacagagattataaatgttacttttctataccagag
gctttgccttcgattagttatatgattctggccgaattatgggatctcat
tggatctgtgcccacatccatgtgatgaactgctaagtctctggtctctc
agagtctttacaatgagtctgcatagagtatgtacagaaaaacctctcag
agtcttattacagagccacaaggtacaacacaagcaattcatacaaaact
tatgatattgagcataactgcaaaaaactttattgttccttttccccctc
actcccctcttccccacccccaccccgcttgtattttgagataaggtctt
ttttgttaagttatttatttactttacatccaaattacagcttcccctcc
ctccttttcgcccaatccctccctccctcttgacccccacttcatctttg
acatatcaagttgctgtaggattagggcattttctcctagggaaggcagt
ccaattagggaatccaaaggcaggcaaagtagtcagagacagccctgctc
ttgctttaggaaacccacatgaagacctagctgtacaactgttatatatg
tgcagagggccatcccttgcatggtctctggttgacagttttctctatga
ccctctatggagtgaggctagttcactctgtaacttttcttgtgatgtcc
ttgacccctctggctccttcaatccttccttcccctcttccatagggttg
cccaagctccacttaatgtttggctgtgagtctctgtatcagtttccacc
agttccctggggtgaagctctcagatgacagttatactagagtctccatt
gtcctagatttctagcaaagagctgccccc
gaattccaacacaattctttacagaccttgaaggacaattctcaacttca
tgtaaaaaagcaaagcaaagcaaagcaaagcaaagcaaagcaaagcaaag
caaagcaaagcaaagcaaagcaaaacaaaacaaatatcccagaatagcta
aaaacaaccctgaacaaggtcaaactacattgtccttgtcatggcttctt
ataattcttatcattcatgtatcccatggtctccaaggttatccaaaagc
tcaggtttcaccctgatagatactatgagtgctcttcttgcttctttctc
ttggtgttcatgcccacactgggaatattgtattattgccaatactggga
ttctgcccacaaagggcagatttgtatgttttctttacagcaaaagaaac
tcctgtgctcgctcagaacatgacagacatgcccaagaattggcatccct
ggagataatcagtcatagctgaaggtttacagggctttactgtagttctc
tttctcccgttagttcagcaacttcaggtatttcccaaattctttcccag
aattccacaagtggattcagtttgctttgccccctctaacaatattgatc
attttaaaaaatcctgtactttcagaagctttctttcccttctaatttat
cagtgcctctcaagtgtgtttcttgacctatttcacaaataaacccctgc
acttgagtgtgtatggagtcattccctgtgtctgagggtcccatgcaatt
tctacagttccacttcgagaaggacaaagtttaaattcatcatgatttgg
tcaagaatgatttgactatcaaaacttcattctgatacattttaacttgt
aggatgtgtctaagttctgaaatgggcaatgcaagtcctatttctggctt
cttttccatatgtgaagtgggatatgtgctcataaagatattcttatgaa
agctgcagggatggctcaagttccctgagagctggtgtagcacttctaca
tagctcaggagtgcagaactgagtcggggagagggtggggtccttacatg
gtaacacgaataaaaatcaagctaaatagaatgagttaaggaactatgtg
tcaatcaggcatgtatcagattcaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_143026664_143027620
seq2: B6Ng01-193I19.b_46_1003

seq1  GAATTCATAGAACCATAGACTTGGGAAGAGTCTTGAGCCTTTTGTGTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGAACCATAGACTTGGGAAGAGTCTTGAGCCTTTTGTGTCAA  50

seq1  TGCATTAGAAAACAAAATCTTACATCTACAGAACACTAAGGCTGTGTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTAGAAAACAAAATCTTACATCTACAGAACACTAAGGCTGTGTTCT  100

seq1  TGTCTTCTGGTAATAACAGAGATTATAAATGTTACTTTTCTATACCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTGGTAATAACAGAGATTATAAATGTTACTTTTCTATACCAGAG  150

seq1  GCTTTGCCTTCGATTAGTTATATGATTCTGGCCGAATTATGGGATCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCCTTCGATTAGTTATATGATTCTGGCCGAATTATGGGATCTCAT  200

seq1  TGGATCTGTGCCCACATCCATGTGATGAACTGCTAAGTCTCTGGTCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTGTGCCCACATCCATGTGATGAACTGCTAAGTCTCTGGTCTCTC  250

seq1  AGAGTCTTTACAATGAGTCTGCATAGAGTATGTACAGAAAAACCTCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTTTACAATGAGTCTGCATAGAGTATGTACAGAAAAACCTCTCAG  300

seq1  AGTCTTATTACAGAGCCACAAGGTACAACACAAGCAATTCATACAAAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTATTACAGAGCCACAAGGTACAACACAAGCAATTCATACAAAACT  350

seq1  TATGATATTGAGCATAACTGCAAAAAACTTTATTGTTCCTTTTCCCCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATTGAGCATAACTGCAAAAAACTTTATTGTTCCTTTTCCCCCTC  400

seq1  ACTCCCCTCTTCCCCACCCCCACCCCGCTTGTATTTTGAGATAAGGTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCTCTTCCCCACCCCCACCCCGCTTGTATTTTGAGATAAGGTCTT  450

seq1  TTTTGTTAAGTTATTTATTTACTTTACATCCAAATTACAGCTTCCCCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAAGTTATTTATTTACTTTACATCCAAATTACAGCTTCCCCTCC  500

seq1  CTCCTTTTCGCCCAATCCCTCCCTCCCTCTTGACCCCCACTTCATCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTTCGCCCAATCCCTCCCTCCCTCTTGACCCCCACTTCATCTTTG  550

seq1  ACATATCAAGTTGCTGTAGGATTAGGGCATTTTCTCCTAGGGAAGGCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCAAGTTGCTGTAGGATTAGGGCATTTTCTCCTAGGGAAGGCAGT  600

seq1  CCAATTAGGGAATCCAAAGGCAGGCAAAGTAGTCAGAGACAGCCCTGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAGGGAATCCAAAGGCAGGCAAAGTAGTCAGAGACAGCCCTGCTC  650

seq1  TTGCTTTAGGAAACCCACATGAAGACCTAGCTGTACAACTGTTATATATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTAGGAAACCCACATGAAGACCTAGCTGTACAACTGTTATATATG  700

seq1  TGCAGAGGGCCATCCCTTGCATGGTCTCTGGTTGACAGTTTTCTCTATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGGGCCATCCCTTGCATGGTCTCTGGTTGACAGTTTTCTCTATGA  750

seq1  CCCTCTATGGAGTGAGGCTAGTTCACTCTGTAACTTTTCTTGTGATGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTATGGAGTGAGGCTAGTTCACTCTGTAACTTTTCTTGTGATGTCC  800

seq1  TTGACCCCTCTGGCTCCTTCAATCCTTCCTTCCCCTCTTCCATAGGGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCCTCTGGCTCCTTCAATCCTTCCTTCCCCTCTTCCATAGGGTTG  850

seq1  CCCAAGCTCCACTTAATGTTTGGCTGTGAGTCTCTGTATCAGTTTCCACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCTCCACTTAATGTTTGGCTGTGAGTCTCTGTATCAGTTTCCACC  900

seq1  AGTTCC--TGGGTGAAGCCTCTCAGATGACAGTTATACTAGAGTCTCCAT  948
      ||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCTGGGGTGAAG-CTCTCAGATGACAGTTATACTAGAGTCTCCAT  949

seq1  TGTCCTAGA  957
      |||||||||
seq2  TGTCCTAGA  958

seq1: chr2_143191761_143192904
seq2: B6Ng01-193I19.g_63_1188 (reverse)

seq1  TGTGAACTCTGAAACATGCCTGATTTGAACAATAATGTTCTCTAAACTCA  50
      |||||| ||||| |||||||||| ||||   |||  |||| || ||||||
seq2  TGTGAA-TCTGATACATGCCTGA-TTGACACATA--GTTC-CTTAACTCA  45

seq1  TTTCTATTTTAGCCTTGGATTTTTAATCTGATGTTACCATGGTACGCGCC  100
       ||||| ||||||  | |||||||| ||   ||||||||||  |   |  
seq2  -TTCTA-TTTAGC--TTGATTTTTATTC--GTGTTACCATGTAA---GGA  86

seq1  CCCCACCCTCTCCCCCGAACTCAGTTCTGCCAACTCCTGAGCTATGTAGA  150
      |||||||||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCTCTCCCC--GACTCAGTTCTGC--ACTCCTGAGCTATGTAGA  132

seq1  AGTGCTACACCAGCTCTCAGGGAACTTGAGCCATCCCTGCAGCTTTTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTGCTACACCAGCTCTCAGGGAACTTGAGCCATCCCTGCAGC-TTTCAT  181

seq1  -AGAATATCTTTATTGAGCACATATCCCACTTCACATATGGAAAAGAAGC  249
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATCTTTA-TGAGCACATATCCCACTTCACATATGGAAAAGAAGC  230

seq1  CAG-AATAGGACTTGCATTGCCCATTTCAGAACTTAGACACATCCTACAA  298
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATAGGACTTGCATTGCCCATTTCAGAACTTAGACACATCCTACAA  280

seq1  GTTAAAATGTATCAGAATGAAGTTTTGATAGTCAAATCATTCTTGACCAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATGTATCAGAATGAAGTTTTGATAGTCAAATCATTCTTGACCAA  330

seq1  ATCATGATGAATTTAAACTTTGTCCTTCTCGAAGTGGAACTGTAGAAATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGATGAATTTAAACTTTGTCCTTCTCGAAGTGGAACTGTAGAAATT  380

seq1  GCATGGGACCCTCAGACACAGGGAATGACTCCATACACACTCAAGTGCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGACCCTCAGACACAGGGAATGACTCCATACACACTCAAGTGCAG  430

seq1  GGGTTTATTTGTGAAATAGGTCAAGAAACACACTTGAGAGGCACTGATAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTATTTGTGAAATAGGTCAAGAAACACACTTGAGAGGCACTGATAA  480

seq1  ATTAGAAGGGAAAGAAAGCTTCTGAAAGTACAGGATTTTTTAAAATGATC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAAGGGAAAGAAAGCTTCTGAAAGTACAGGATTTTTTAAAATGATC  530

seq1  AATATTGTTAGAGGGGGCAAAGCAAACTGAATCCACTTGTGGAATTCTGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGTTAGAGGGGGCAAAGCAAACTGAATCCACTTGTGGAATTCTGG  580

seq1  GAAAGAATTTGGGAAATACCTGAAGTTGCTGAACTAACGGGAGAAAGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATTTGGGAAATACCTGAAGTTGCTGAACTAACGGGAGAAAGAGA  630

seq1  ACTACAGTAAAGCCCTGTAAACCTTCAGCTATGACTGATTATCTCCAGGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGTAAAGCCCTGTAAACCTTCAGCTATGACTGATTATCTCCAGGG  680

seq1  ATGCCAATTCTTGGGCATGTCTGTCATGTTCTGAGCGAGCACAGGAGTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAATTCTTGGGCATGTCTGTCATGTTCTGAGCGAGCACAGGAGTTT  730

seq1  CTTTTGCTGTAAAGAAAACATACAAATCTGCCCTTTGTGGGCAGAATCCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCTGTAAAGAAAACATACAAATCTGCCCTTTGTGGGCAGAATCCC  780

seq1  AGTATTGGCAATAATACAATATTCCCAGTGTGGGCATGAACACCAAGAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGGCAATAATACAATATTCCCAGTGTGGGCATGAACACCAAGAGA  830

seq1  AAGAAGCAAGAAGAGCACTCATAGTATCTATCAGGGTGAAACCTGAGCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCAAGAAGAGCACTCATAGTATCTATCAGGGTGAAACCTGAGCTT  880

seq1  TTGGATAACCTTGGAGACCATGGGATACATGAATGATAAGAATTATAAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATAACCTTGGAGACCATGGGATACATGAATGATAAGAATTATAAGA  930

seq1  AGCCATGACAAGGACAATGTAGTTTGACCTTGTTCAGGGTTGTTTTTAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGACAAGGACAATGTAGTTTGACCTTGTTCAGGGTTGTTTTTAGC  980

seq1  TATTCTGGGATATTTGTTTTGTTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGGGATATTTGTTTTGTTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTT  1030

seq1  GCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTTTTACATGAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTGCTTTTTTACATGAA  1080

seq1  GTTGAGAATTGTCCTTCAAGGTCTGTAAAGAATTGTGTTGGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAATTGTCCTTCAAGGTCTGTAAAGAATTGTGTTGGAATTC  1126