BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196I06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 35,804,257 - 35,972,851
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNdufa8, 1700010A17Rik, Lhx6, Rbm18
Upstream geneTraf1, Hc, AI182371, Rab14, Gsn, Stom, LOC654354, 4930568D16Rik, 4930402F06Rik, Ggta1, LOC666042, LOC100042194, Dab2ip, Ttll11
Downstream geneLOC100042236, Mrrf, LOC100040493, Ptgs1, Olfr334-ps1, Olfr335, Olfr336-ps1, Olfr337-ps1, Olfr338, LOC675440, Olfr339, Olfr340, Olfr341, Olfr342, Olfr343-ps1, Olfr344, Olfr345, Olfr346, Olfr347, Olfr348, Olfr50, Rpl18p, Olfr3, Olfr349-ps1, Olfr350, Olfr351, Olfr352, Olfr353, Olfr354, Olfr355, Olfr356, Olfr357, Olfr358, Olfr359-ps1, Olfr360, Olfr361, Olfr362
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196I06.bB6Ng01-196I06.g
ACCGA018637GA018638
length1,1231,143
definitionB6Ng01-196I06.b B6Ng01-196I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,971,734 - 35,972,851)(35,804,257 - 35,805,401)
sequence
gaattcaaaagagaattcttggcaaaaagcagctgatcccttgagtgaat
gttgtagcagtctgtttaagaattatgcttattatttccaaatctcagtt
aggaaaatgtggtatacgtcttaaaattgtttatgtcgtcaaagtgtaga
gacacatttaacattttataccacaacagatactctatttggaaatccag
cttttattctttggcaatcatggttttgaatctgaatgaccttgccttct
ataataccaaatgttattactaacccgggttttaatacacttactgcatg
agattgttttatagcatggggttgttgcagttagaactgtatcatgatca
atctaaatagaaaagcagaatttctttgaaaacctaaagtttgctgtatt
ggttactgtcaagcattactttgtcacagttgtatggggctgtaagaagc
agctgagtgaccttgttgcagctgagagagaaagtgcagtgagcagcagg
agtcagcagccggtgctcaggcatcaagaccgtaacaaccacactcgttc
tgtccttttggaagaccgcacggcctaaaactgaacgttaccctgaaagc
atgcttctctccagatatctctgtctccttggagatatgaacatggtagt
atagagacacacatagacagacagccttgggaatgtgtttcttcagctca
gtgctgattgaattggtgccgggcctgacagactgttcattagcaacacc
gttcttcactgagcaggtcactgtcgctcaccacaggtgccacccatgat
gacttgggttgtagagacacttgacttaacttctggggtttcagaatcca
cagaactgtttcagaggaattcttactgcttttcccaagtcggtttttta
gctatctttagatactgaatatgtcccagatttatcagttgtgtgtatct
gtgatgtgggaaaccttctccttccacttgggagcctcattcaggaaagt
ggaccaccgggcctcccatttgtctggtgacttattagaatatagaatca
ccattccatcctttaggtcctccaaagggttgtggtggagtagatttgat
gcccaatagcctctaatttttaa
gaattcacatttctacactttgtaatgtttttattcacaaagctgctgtg
caaacagaagctcgtttactgactgagaataaaagtgtaggtatgttatg
gtgcactgtgtaaagattatccttgtattattcaaatgctgaattccatg
ttcccatatctggctacaatccttattctaagaatctcctgcctcgatgt
tgtgtacattgctccccagttattccctcattcaataaagaagctgatca
gccaatgactgagcaggggaaagaatagagctggactttcccccagccag
gggaggggacaggagagagaggaagaggagattcggccacaaggagggca
agaggagacatcatgggaaaacacacttgaagcccagagagccataccaa
tactaaaacgcaactatcactgggatgttggctgggaggtacacaaatta
gcttagaggaatagaatagatcaatgactgcccaggtattgtgcagtaaa
gcttgattatacaaatctaatagtctctgtcttattgacttgggaactag
ccaggaatagaggaatactgccacttttaaaactagttttacacagaagt
gggaaatacgctttgatatgggcaagcacatttgcagtacatagacagga
gaaaccatccaaaccagtgctttgaacagatggcccaggggctggagaga
ttgctcaatggttacaggcatgtgctccttttgtagaagacttgggtttg
acttccagcacccataaggttgctcacagccccttaactctggttccagg
ggatcaaatcccctcttctggcctccacaggcactgcacacacatggtga
acacacacacacatacagacacaccacatataaattaaaaataataaatc
ttttcaattgaatatactttatagtgagtgtaacaattactatttatgct
taattttctagcacatctgtcctccattctacaccaagaatataatccca
gggttagcaacccagaaacttggaaaggcatcaacttttagattctgaat
ataaatgatctgaaattccaagactaggtaccttagtcaccttgcctagt
gaaccttgcctccatactggttggttggatctaactgcagttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_35971734_35972851
seq2: B6Ng01-196I06.b_46_1168 (reverse)

seq1  TTAAAAATAGAAGGCTATT-GGCATCAAATTCTACTCCACCACAACCCTT  49
      ||||||||   |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATTAGAGGCTATTGGGCATCAAA-TCTACTCCACCACAACCCTT  49

seq1  TG--AGAACTTAAGGATGAAATGGTGAATTCTATATTCTAATAAGTCACC  97
      ||   || || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGACCTAAAGGATGGAATGGTG-ATTCTATATTCTAATAAGTCACC  98

seq1  AGACAAATGGGAG--CCGGTGTTCCCACTTCCCTGAATGA-GCTCCCAAG  144
      |||||||||||||  |||||| | |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  AGACAAATGGGAGGCCCGGTGGT-CCACTTTCCTGAATGAGGCTCCCAAG  147

seq1  TGGAAGGAGA--GTTTCCCACATCACAGATACACACAACTGATAAATCTG  192
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGAGAAGGTTTCCCACATCACAGATACACACAACTGATAAATCTG  197

seq1  GGACATATTCAGTATCTAAAGATAGCTAAAAAACCGACTTGGGAAAAGCA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATATTCAGTATCTAAAGATAGCTAAAAAACCGACTTGGGAAAAGCA  247

seq1  GTAAGAATTCCTCTGAAACAGTTCTGTGGATTCTGAAACCCCAGAAGTTA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAATTCCTCTGAAACAGTTCTGTGGATTCTGAAACCCCAGAAGTTA  297

seq1  AGTCAAGTGTCTCTACAACCCAAGTCATCATGGGTGGCACCTGTGGTGAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGTGTCTCTACAACCCAAGTCATCATGGGTGGCACCTGTGGTGAG  347

seq1  CGACAGTGACCTGCTCAGTGAAGAACGGTGTTGCTAATGAACAGTCTGTC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAGTGACCTGCTCAGTGAAGAACGGTGTTGCTAATGAACAGTCTGTC  397

seq1  AGGCCCGGCACCAATTCAATCAGCACTGAGCTGAAGAAACACATTCCCAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCGGCACCAATTCAATCAGCACTGAGCTGAAGAAACACATTCCCAA  447

seq1  GGCTGTCTGTCTATGTGTGTCTCTATACTACCATGTTCATATCTCCAAGG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCTGTCTATGTGTGTCTCTATACTACCATGTTCATATCTCCAAGG  497

seq1  AGACAGAGATATCTGGAGAGAAGCATGCTTTCAGGGTAACGTTCAGTTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGATATCTGGAGAGAAGCATGCTTTCAGGGTAACGTTCAGTTTT  547

seq1  AGGCCGTGCGGTCTTCCAAAAGGACAGAACGAGTGTGGTTGTTACGGTCT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGTGCGGTCTTCCAAAAGGACAGAACGAGTGTGGTTGTTACGGTCT  597

seq1  TGATGCCTGAGCACCGGCTGCTGACTCCTGCTGCTCACTGCACTTTCTCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCTGAGCACCGGCTGCTGACTCCTGCTGCTCACTGCACTTTCTCT  647

seq1  CTCAGCTGCAACAAGGTCACTCAGCTGCTTCTTACAGCCCCATACAACTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGCAACAAGGTCACTCAGCTGCTTCTTACAGCCCCATACAACTG  697

seq1  TGACAAAGTAATGCTTGACAGTAACCAATACAGCAAACTTTAGGTTTTCA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGTAATGCTTGACAGTAACCAATACAGCAAACTTTAGGTTTTCA  747

seq1  AAGAAATTCTGCTTTTCTATTTAGATTGATCATGATACAGTTCTAACTGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTCTGCTTTTCTATTTAGATTGATCATGATACAGTTCTAACTGC  797

seq1  AACAACCCCATGCTATAAAACAATCTCATGCAGTAAGTGTATTAAAACCC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCCCATGCTATAAAACAATCTCATGCAGTAAGTGTATTAAAACCC  847

seq1  GGGTTAGTAATAACATTTGGTATTATAGAAGGCAAGGTCATTCAGATTCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGTAATAACATTTGGTATTATAGAAGGCAAGGTCATTCAGATTCA  897

seq1  AAACCATGATTGCCAAAGAATAAAAGCTGGATTTCCAAATAGAGTATCTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATGATTGCCAAAGAATAAAAGCTGGATTTCCAAATAGAGTATCTG  947

seq1  TTGTGGTATAAAATGTTAAATGTGTCTCTACACTTTGACGACATAAACAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTATAAAATGTTAAATGTGTCTCTACACTTTGACGACATAAACAA  997

seq1  TTTTAAGACGTATACCACATTTTCCTAACTGAGATTTGGAAATAATAAGC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGACGTATACCACATTTTCCTAACTGAGATTTGGAAATAATAAGC  1047

seq1  ATAATTCTTAAACAGACTGCTACAACATTCACTCAAGGGATCAGCTGCTT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCTTAAACAGACTGCTACAACATTCACTCAAGGGATCAGCTGCTT  1097

seq1  TTTGCCAAGAATTCTCTTTTGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAAGAATTCTCTTTTGAATTC  1123

seq1: chr2_35804257_35805401
seq2: B6Ng01-196I06.g_67_1209

seq1  GAATTCACATTTCTACACTTTGTAATGTTTTTATTCACAAAGCTGCTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATTTCTACACTTTGTAATGTTTTTATTCACAAAGCTGCTGTG  50

seq1  CAAACAGAAGCTCGTTTACTGACTGAGAATAAAAGTGTAGGTATGTTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGAAGCTCGTTTACTGACTGAGAATAAAAGTGTAGGTATGTTATG  100

seq1  GTGCACTGTGTAAAGATTATCCTTGTATTATTCAAATGCTGAATTCCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTGTGTAAAGATTATCCTTGTATTATTCAAATGCTGAATTCCATG  150

seq1  TTCCCATATCTGGCTACAATCCTTATTCTAAGAATCTCCTGCCTCGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATATCTGGCTACAATCCTTATTCTAAGAATCTCCTGCCTCGATGT  200

seq1  TGTGTACATTGCTCCCCAGTTATTCCCTCATTCAATAAAGAAGCTGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACATTGCTCCCCAGTTATTCCCTCATTCAATAAAGAAGCTGATCA  250

seq1  GCCAATGACTGAGCAGGGGAAAGAATAGAGCTGGACTTTCCCCCAGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATGACTGAGCAGGGGAAAGAATAGAGCTGGACTTTCCCCCAGCCAG  300

seq1  GGGAGGGGACAGGAGAGAGAGGAAGAGGAGATTCGGCCACAAGGAGGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGGACAGGAGAGAGAGGAAGAGGAGATTCGGCCACAAGGAGGGCA  350

seq1  AGAGGAGACATCATGGGAAAACACACTTGAAGCCCAGAGAGCCATACCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGACATCATGGGAAAACACACTTGAAGCCCAGAGAGCCATACCAA  400

seq1  TACTAAAACGCAACTATCACTGGGATGTTGGCTGGGAGGTACACAAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAACGCAACTATCACTGGGATGTTGGCTGGGAGGTACACAAATTA  450

seq1  GCTTAGAGGAATAGAATAGATCAATGACTGCCCAGGTATTGTGCAGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAGGAATAGAATAGATCAATGACTGCCCAGGTATTGTGCAGTAAA  500

seq1  GCTTGATTATACAAATCTAATAGTCTCTGTCTTATTGACTTGGGAACTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATTATACAAATCTAATAGTCTCTGTCTTATTGACTTGGGAACTAG  550

seq1  CCAGGAATAGAGGAATACTGCCACTTTTAAAACTAGTTTTACACAGAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAATAGAGGAATACTGCCACTTTTAAAACTAGTTTTACACAGAAGT  600

seq1  GGGAAATACGCTTTGATATGGGCAAGCACATTTGCAGTACATAGACAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATACGCTTTGATATGGGCAAGCACATTTGCAGTACATAGACAGGA  650

seq1  GAAACCATCCAAACCAGTGCTTTGAACAGATGGCCCAGGGGCTGGAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCATCCAAACCAGTGCTTTGAACAGATGGCCCAGGGGCTGGAGAGA  700

seq1  TTGCTCAATGGTTACAGGCATGTGCTCCTTTTGTAGAAGACTTGGGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAATGGTTACAGGCATGTGCTCCTTTTGTAGAAGACTTGGGTTTG  750

seq1  ACTTCCAGCACCCATAAGGTTGCTCACAGCCCCTTAACTCTGGTTCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGCACCCATAAGGTTGCTCACAGCCCCTTAACTCTGGTTCCAGG  800

seq1  GGATCAAATCCCCTCTTCTGGCCTCCACAGGCACTGCACACACATGGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAATCCCCTCTTCTGGCCTCCACAGGCACTGCACACACATGGTGA  850

seq1  ACACACACACACATACAGACAACACCACATATAAATTAAAAATAAATAAA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACACACACACATACAGAC-ACACCACATATAAATTAAAAAT-AATAAA  898

seq1  TCTTTTCAATTGAATATACTTTATAGTGAGTGTAACAATTACTATTTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCAATTGAATATACTTTATAGTGAGTGTAACAATTACTATTTATG  948

seq1  C-TAATTTTCTAGCACATCTGT-CTCCATTCTACA-CAAGAATTATAATC  997
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CTTAATTTTCTAGCACATCTGTCCTCCATTCTACACCAAGAA-TATAATC  997

seq1  CCAGGGGTAGCAAACCCAG-AACT--GGAAGGCATCAACTTTTAGA-TCT  1043
      |||||| |||| ||||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||
seq2  CCAGGGTTAGC-AACCCAGAAACTTGGAAAGGCATCAACTTTTAGATTCT  1046

seq1  G-ATATAAATGATCTGAAATCCAAAGACTA-GTACC-TAGTCACCTTTGG  1090
      | |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||  |
seq2  GAATATAAATGATCTGAAATTCCAAGACTAGGTACCTTAGTCACCTT--G  1094

seq1  CTTAGTTGAACCTTGCCTTCCCTACATGGTTGGTTGTGATCTAACATGCA  1140
      | ||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||| ||||
seq2  CCTAG-TGAACCTTGCC-TCCATAC-TGGTTGGTTG-GATCTAAC-TGCA  1139

seq1  TGTTG  1145
       ||||
seq2  -GTTG  1143