BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201I04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 177,959,053 - 178,099,960
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhactr3, Sycp2
Upstream geneLOC100043403, LOC100039198, LOC100043406, LOC668066, LOC621442, LOC628308, OTTMUSG00000016571, LOC100039233, LOC626802, LOC329575, LOC433515, LOC665205, OTTMUSG00000016327, LOC100039263, LOC626848, 2810021G02Rik
Downstream genePpp1r3d, 9030418K01Rik, Cdh26, LOC100039368, LOC665264, LOC100043168, LOC100039413
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201I04.bB6Ng01-201I04.g
ACCGA022262GA022263
length1,132852
definitionB6Ng01-201I04.b B6Ng01-201I04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,959,053 - 177,960,175)(178,099,411 - 178,099,960)
sequence
ggaattctgcatgaagagtattatagcttacgttgttatacagttaaaat
tgcaaggtatatatttataaatgatgtaggagaactgcctcctttaccaa
attaagaatccccagtcaagagcaagaatgtctgcctattatttgagaac
agctttctgtaaccaatataattctagacttaaatttcatcgtttcctcc
cgaggcatcaacaagttattgcacattttatttctgtcatgtaatatttc
gcattcttcattgtaaatgggattctcgttcccttttaaattacctggat
catctttgctaactggttagggaaaaatattgatttgagctcatctactt
tgtgaaacttgccttaaacacactcttaatattcaggttcagtcattgcc
tcttatttaacatttatcctaaattctctctcagaacctctccaggcttc
ctgttgctccctttcagcactctgagtacaggttagctgctgggccacac
acagcaagtgatgagaggggcagatggtctctgggctgctgtgttcagaa
ggcctcggtagcttccggctgaggaggtcctggctcaaggtagttctgct
ccttgactccttcctatgcctatggaatgtaagtggccacttactttcct
gtggacccagtggaaaggaccactcaaacagtgtacctggtggtgggagg
agaccttgggtgtgagtctcaggcccggacaatggaaatgctggtttcca
gccttgttggaggatgggaggtccttggggttgatatggtccagtgtcct
agtgagcagacagtgctgtctctacttccccaagcaggaatttcaagttg
gcaagttagctcacagtagacctgttgtatagtgagcatcactctgtagc
catgtttccacataatcagtctgaacagcatgtggatcaaagccacttgt
tggttatacttctgtaggtcagaaggtcagtggactcacctagtgttgtg
ctcgcttcttggattccatccctcaccctgtaaaacaacaacatattggg
gccatcttgaccttgcctggcccctttggggcattttgaacatcttctac
tttggccaaacaggacttttaacccagcctct
gaattctttatatattttggatattagccctctattggttgtgggttagt
gaagactttttcccacaaccaagaggttggttgccgatttgtcctgttga
ctatgccctttgtgagttttccagttttatgaggtcccatttaccagttc
ttgatcttagagcctgagccattggagttctgtttaggaaatttccccct
gtggcaatgagttcaaggctctttcccactttctcttctattagattcag
tgtatctgattttatgttgaggttcttgatccacctggacttgagctttg
tacaaggtgaaaaatgtgaatctattttcattttctactacatgcagact
gccggttagaccagtaccatttattgaagatgctttccctcccccccccc
ccattgtgtatttttggcttctttgtcaaagatcaagtgactgtaagtgt
gtggttttatttctgggtcttcaattctattccactgatcaatgagtctg
attcattcttacataggaacatgttacaaatactggatttgtgttagttg
aatgcacaactagaagatgttccacaattgagttgtacatgtgactcagt
ctgatgcagcttgcaatctcatgtttaaatgttttcatgttttgcaaaag
gttcagagaaagagttacaggaaactgaaggcaactgttgtcaatgttac
ttctgaatgtccactgtgagtacattttcatgtttgttatttgaagagag
tgggtgttttccttatgcagtcatgctaacatttatctttgtgcttccac
agggatgatgtatataatttcagcttgaatggtgccgatgaacctgttat
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_177959053_177960175
seq2: B6Ng01-201I04.b_46_1176

seq1  GAATTCTGCATGAAGAGTATTATAGCTTACGTTGTTATACAGTTAAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCATGAAGAGTATTATAGCTTACGTTGTTATACAGTTAAAATT  50

seq1  GCAAGGTATATATTTATAAATGATGTAGGAGAACTGCCTCCTTTACCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTATATATTTATAAATGATGTAGGAGAACTGCCTCCTTTACCAAA  100

seq1  TTAAGAATCCCCAGTCAAGAGCAAGAATGTCTGCCTATTATTTGAGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAATCCCCAGTCAAGAGCAAGAATGTCTGCCTATTATTTGAGAACA  150

seq1  GCTTTCTGTAACCAATATAATTCTAGACTTAAATTTCATCGTTTCCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGTAACCAATATAATTCTAGACTTAAATTTCATCGTTTCCTCCC  200

seq1  GAGGCATCAACAAGTTATTGCACATTTTATTTCTGTCATGTAATATTTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATCAACAAGTTATTGCACATTTTATTTCTGTCATGTAATATTTCG  250

seq1  CATTCTTCATTGTAAATGGGATTCTCGTTCCCTTTTAAATTACCTGGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCATTGTAAATGGGATTCTCGTTCCCTTTTAAATTACCTGGATC  300

seq1  ATCTTTGCTAACTGGTTAGGGAAAAATATTGATTTGAGCTCATCTACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGCTAACTGGTTAGGGAAAAATATTGATTTGAGCTCATCTACTTT  350

seq1  GTGAAACTTGCCTTAAACACACTCTTAATATTCAGGTTCAGTCATTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACTTGCCTTAAACACACTCTTAATATTCAGGTTCAGTCATTGCCT  400

seq1  CTTATTTAACATTTATCCTAAATTCTCTCTCAGAACCTCTCCAGGCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTAACATTTATCCTAAATTCTCTCTCAGAACCTCTCCAGGCTTCC  450

seq1  TGTTGCTCCCTTTCAGCACTCTGAGTACAGGTTAGCTGCTGGGCCACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTCCCTTTCAGCACTCTGAGTACAGGTTAGCTGCTGGGCCACACA  500

seq1  CAGCAAGTGATGAGAGGGGCAGATGGTCTCTGGGCTGCTGTGTTCAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGTGATGAGAGGGGCAGATGGTCTCTGGGCTGCTGTGTTCAGAAG  550

seq1  GCCTCGGTAGCTTCCGGCTGAGGAGGTCCTGGCTCAAGGTAGTTCTGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCGGTAGCTTCCGGCTGAGGAGGTCCTGGCTCAAGGTAGTTCTGCTC  600

seq1  CTTGACTCCTTCCTATGCCTATGGAATGTAAGTGGCCACTTACTTTCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTCCTTCCTATGCCTATGGAATGTAAGTGGCCACTTACTTTCCTG  650

seq1  TGGACCCAGTGGAAAGGACCACTCAAACAGTGTACCTGGTGGTGGGAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCCAGTGGAAAGGACCACTCAAACAGTGTACCTGGTGGTGGGAGGA  700

seq1  GACCTTGGGTGTGAGTCTCAGGCCCGGACAATGGAAATGCTGGTTTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGGGTGTGAGTCTCAGGCCCGGACAATGGAAATGCTGGTTTCCAG  750

seq1  CCTTGTTGGAGGATGGGAGGTCCTTGGGGTTGATATGGTCCAGTGTCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGGAGGATGGGAGGTCCTTGGGGTTGATATGGTCCAGTGTCCTA  800

seq1  GTGAGCAGACAGTGCTGTCTCTACTTCCCCAAGCAGGAATTTCAAGTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAGACAGTGCTGTCTCTACTTCCCCAAGCAGGAATTTCAAGTTGG  850

seq1  CAAGTTAGCTCACAGTAGACCTG-TGTATAGTGAGCATCAACTCTGTAGC  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAAGTTAGCTCACAGTAGACCTGTTGTATAGTGAGCATC-ACTCTGTAGC  899

seq1  CATGTTTCCACATAATCAG-CTGAACAGCATGTGGATCAAAGCAACTTG-  947
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CATGTTTCCACATAATCAGTCTGAACAGCATGTGGATCAAAGCCACTTGT  949

seq1  TGGTTATACTTCTGTAGGTCAGA--GGCAGTGGACTCACCTAGTG-TGTG  994
      |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGTTATACTTCTGTAGGTCAGAAGGTCAGTGGACTCACCTAGTGTTGTG  999

seq1  CTCGCTTC-TGGATTCCATCCCTCACCCTGTAAAACAACAACAAAATGGG  1043
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  CTCGCTTCTTGGATTCCATCCCTCACCCTGTAAAACAACAACATATTGGG  1049

seq1  GCCATCTTGACCTTG-CTGGCCCCTTT-GGGCATTTTGAACATC-TCTAC  1090
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  GCCATCTTGACCTTGCCTGGCCCCTTTGGGGCATTTTGAACATCTTCTAC  1099

seq1  TTTGGCCAAACCAGGACTTTACACCCAGCCTCT  1123
      |||||||||| |||||||||  |||||||||||
seq2  TTTGGCCAAA-CAGGACTTTTAACCCAGCCTCT  1131

seq1: chr2_178099411_178099960
seq2: B6Ng01-201I04.g_368_918 (reverse)

seq1  TTATAACAGGTTCATCGGCACCATTCAAGCTGAAATTATATACATCATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACAGGTTCATCGGCACCATTCAAGCTGAAATTATATACATCATCC  50

seq1  CTGT-GAAGCACAAAGATAAATGTTAGCATGACTGCATAAGGAAAACACC  99
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAAGCACAAAGATAAATGTTAGCATGACTGCATAAGGAAAACACC  100

seq1  CACTCTCTTCAAATAACAAACATGAAAATGTACTCACAGTGGACATTCAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTTCAAATAACAAACATGAAAATGTACTCACAGTGGACATTCAG  150

seq1  AAGTAACATTGACAACAGTTGCCTTCAGTTTCCTGTAACTCTTTCTCTGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACATTGACAACAGTTGCCTTCAGTTTCCTGTAACTCTTTCTCTGA  200

seq1  ACCTTTTGCAAAACATGAAAACATTTAAACATGAGATTGCAAGCTGCATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTGCAAAACATGAAAACATTTAAACATGAGATTGCAAGCTGCATC  250

seq1  AGACTGAGTCACATGTACAACTCAATTGTGGAACATCTTCTAGTTGTGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAGTCACATGTACAACTCAATTGTGGAACATCTTCTAGTTGTGCA  300

seq1  TTCAACTAACACAAATCCAGTATTTGTAACATGTTCCTATGTAAGAATGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTAACACAAATCCAGTATTTGTAACATGTTCCTATGTAAGAATGA  350

seq1  ATCAGACTCATTGATCAGTGGAATAGAATTGAAGACCCAGAAATAAAACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACTCATTGATCAGTGGAATAGAATTGAAGACCCAGAAATAAAACC  400

seq1  ACACACTTACAGTCACTTGATCTTTGACAAAGAAGCCAAAAATACACAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTACAGTCACTTGATCTTTGACAAAGAAGCCAAAAATACACAAT  450

seq1  GGGGGGGGGGGGAGGGAAAGCATCTTCAATAAATGGTACTGGTCTAACCG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGGAGGGAAAGCATCTTCAATAAATGGTACTGGTCTAACCG  500

seq1  GCAGTCTGCATGTAGTAGAAAATGAAAATAGATTCACATTTTTCACCTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTGCATGTAGTAGAAAATGAAAATAGATTCACATTTTTCACCTTG  550

seq1  T  550
      |
seq2  T  551