BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206J10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 63,416,236 - 63,580,457
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIfih1, Gca, Kcnh7, EG667257
Downstream geneFign, LOC620544
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206J10.bB6Ng01-206J10.g
ACCGA025965GA025966
length1,176216
definitionB6Ng01-206J10.b B6Ng01-206J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,579,262 - 63,580,457)(63,416,236 - 63,416,451)
sequence
gaattcacagcaagtaacagacatttttttgatcagcagtggatgacaga
catacaaagagtgctcagaagaaaaaatttgacttgtagttagaaaaaac
cctaataatagataataagtggtaatttaaaatcgagagaaaaatggtgt
aagtactgtaagtacaaacagtaaacttatttgaattttaatgtgataca
tgttttgcttagcaccctcactatcgtggtaaagatttttgtcttgaaga
tgttctgaagtaaatggggaaagcatctatgagctagatcctttaggatc
tttgttgcatgcagtgacttttaaatagtatgtcaacacactgttaacag
gttgtaaaactcaagactcttacctatgtcatacagttttagaagtttta
aaccaatcatgtatctgtagcctcaaagcattatgtttcctatgtttaat
aacactctattgtatttattgcaaatcttagatgagcatttatctccctg
agaatgtattctttagacatgccatttctacttttaagatgaggaagcta
aatggcagtgaagctgaagaccttggatactcaactgtgaatagtgatac
agtctttctgattcaaagccaaggattttcttcagtttttaattttaggg
ggctaatgttacatgcacatgatcaatgctgtaatttctcggagaagtca
tgtgtttatgtgaagactggtacaaataaatatatttgctgagttatatt
aaccttaatgtttaatgtggctggaacccatagagtgacaaatgaggctg
aatgacatgtgctggccccacaaaagcgtagtgaactcaagtgataagca
gcatctctggatttctcagtagctacttgatgtaattttaaattggagta
taataatatccctagagtcaaccaaaagggtaagaagtaacttgaaatgg
ctctcccaatctattaaaaataattttgtggatttaaggtatactttatg
catcatctattgggacttggctgcatatttatggctagttattttcaatc
acatttagatatcttttgattatggggtatatggacttgataatcatggt
tgtctccctactctctagatccaccctctggtttcctgcacacattggtt
cctttttcttttcttgacttttctta

ttttgaaaaatttaatataagtaaactggactatagaaggacatgggcat
attaaaatgctatcagaaaaaaacaggaccaaggactgacttagtccaca
ctaagtagagaaaactccttcacctggatcacataaagaaaaagacacat
tgatgatcctatctacttgtcatctaactttgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_63579262_63580457
seq2: B6Ng01-206J10.b_45_1220 (reverse)

seq1  TAAGAAAAAAGACCAAGGAAAAGAAAAAGGACACAATGGTTGGTGGGCAG  50
      ||||  ||||| |  | ||||||||||||||  ||||     ||| ||||
seq2  TAAG--AAAAGTC--AAGAAAAGAAAAAGGAACCAAT-----GTGTGCAG  41

seq1  GGAACAAGAGGGTGGATCTAGAGGAGTAGGGAGAACAACAATGAATATAA  100
      | ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||  
seq2  GAAACCAGAGGGTGGATCTAGA-GAGTAGGGAG-ACAACCATGATTAT--  87

seq1  TCAAAGTCCATTATACACCATATTCAAAGAATTAATCTAAATGTGATTTG  150
         ||||||| ||||| ||||| |||||  ||  |||||||||||| |||
seq2  --CAAGTCCA-TATACCCCATAATCAAAAGAT--ATCTAAATGTGA-TTG  131

seq1  AAAATAACTAG-CATAAATATGCAGCCAAGTTCCCAATAAGATGATGCAT  199
      ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  AAAATAACTAGCCATAAATATGCAGCCAAG-TCCCAAT-AGATGATGCAT  179

seq1  AAAGTTATA-CTTAAAT-CACAAAATTATTTTTAATAGATTGGGAGAGCC  247
      |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAG-TATACCTTAAATCCACAAAATTATTTTTAATAGATTGGGAGAGCC  228

seq1  ATTTCAAGTTACTTTCTTACCTTTTTGGTTGACTCTAGGGATATTATTAT  297
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAGTTAC-TTCTTACCCTTTTGGTTGACTCTAGGGATATTATTAT  277

seq1  ACTCCAATTTAAAATTACATCAAGTAGCTACTGAGAAATCCAGAGATGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAATTTAAAATTACATCAAGTAGCTACTGAGAAATCCAGAGATGCT  327

seq1  GCTTATCACTTGAGTTCACTACGCTTTTGTGGGGCCAGCACATGTCATTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATCACTTGAGTTCACTACGCTTTTGTGGGGCCAGCACATGTCATTC  377

seq1  AGCCTCATTTGTCACTCTATGGGTTCCAGCCACATTAAACATTAAGGTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATTTGTCACTCTATGGGTTCCAGCCACATTAAACATTAAGGTTA  427

seq1  ATATAACTCAGCAAATATATTTATTTGTACCAGTCTTCACATAAACACAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACTCAGCAAATATATTTATTTGTACCAGTCTTCACATAAACACAT  477

seq1  GACTTCTCCGAGAAATTACAGCATTGATCATGTGCATGTAACATTAGCCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCCGAGAAATTACAGCATTGATCATGTGCATGTAACATTAGCCC  527

seq1  CCTAAAATTAAAAACTGAAGAAAATCCTTGGCTTTGAATCAGAAAGACTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAATTAAAAACTGAAGAAAATCCTTGGCTTTGAATCAGAAAGACTG  577

seq1  TATCACTATTCACAGTTGAGTATCCAAGGTCTTCAGCTTCACTGCCATTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTATTCACAGTTGAGTATCCAAGGTCTTCAGCTTCACTGCCATTT  627

seq1  AGCTTCCTCATCTTAAAAGTAGAAATGGCATGTCTAAAGAATACATTCTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCTCATCTTAAAAGTAGAAATGGCATGTCTAAAGAATACATTCTC  677

seq1  AGGGAGATAAATGCTCATCTAAGATTTGCAATAAATACAATAGAGTGTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATAAATGCTCATCTAAGATTTGCAATAAATACAATAGAGTGTTA  727

seq1  TTAAACATAGGAAACATAATGCTTTGAGGCTACAGATACATGATTGGTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATAGGAAACATAATGCTTTGAGGCTACAGATACATGATTGGTTT  777

seq1  AAAACTTCTAAAACTGTATGACATAGGTAAGAGTCTTGAGTTTTACAACC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCTAAAACTGTATGACATAGGTAAGAGTCTTGAGTTTTACAACC  827

seq1  TGTTAACAGTGTGTTGACATACTATTTAAAAGTCACTGCATGCAACAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACAGTGTGTTGACATACTATTTAAAAGTCACTGCATGCAACAAAG  877

seq1  ATCCTAAAGGATCTAGCTCATAGATGCTTTCCCCATTTACTTCAGAACAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAAAGGATCTAGCTCATAGATGCTTTCCCCATTTACTTCAGAACAT  927

seq1  CTTCAAGACAAAAATCTTTACCACGATAGTGAGGGTGCTAAGCAAAACAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGACAAAAATCTTTACCACGATAGTGAGGGTGCTAAGCAAAACAT  977

seq1  GTATCACATTAAAATTCAAATAAGTTTACTGTTTGTACTTACAGTACTTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCACATTAAAATTCAAATAAGTTTACTGTTTGTACTTACAGTACTTA  1027

seq1  CACCATTTTTCTCTCGATTTTAAATTACCACTTATTATCTATTATTAGGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTTTTCTCTCGATTTTAAATTACCACTTATTATCTATTATTAGGG  1077

seq1  TTTTTTCTAACTACAAGTCAAATTTTTTCTTCTGAGCACTCTTTGTATGT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTAACTACAAGTCAAATTTTTTCTTCTGAGCACTCTTTGTATGT  1127

seq1  CTGTCATCCACTGCTGATCAAAAAAATGTCTGTTACTTGCTGTGAATTC  1196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCCACTGCTGATCAAAAAAATGTCTGTTACTTGCTGTGAATTC  1176


seq1: chr2_63416236_63416451
seq2: B6Ng01-206J10.g_74_289

seq1  TTTTGAAAAATTTAATATAAGTAAACTGGACTATAGAAGGACATGGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAAAATTTAATATAAGTAAACTGGACTATAGAAGGACATGGGCAT  50

seq1  ATTAAAATGCTATCAGAAAAAAACAGGACCAAGGACTGACTTAGTCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATGCTATCAGAAAAAAACAGGACCAAGGACTGACTTAGTCCACA  100

seq1  CTAAGTAGAGAAAACTCCTTCACCTGGATCACATAAAGAAAAAGACACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAGAGAAAACTCCTTCACCTGGATCACATAAAGAAAAAGACACAT  150

seq1  TGATGATCCTATCTACTTGTCATCTAACTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATCCTATCTACTTGTCATCTAACTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  200

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTG  216
      ||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTG  216


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |