BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208G12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 168,025,089 - 168,181,689
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdnp, Dpm1, Mocs3, LOC100043908, Kcng1
Upstream genePtgis, LOC668951, B4galt5, Slc9a8, Spata2, Zfp313, Snai1, Ube2v1, AI840826, Cebpb, LOC100043728, Ptpn1, 2310033K02Rik, Pard6b
Downstream geneLOC668952, Nfatc2, Atp9a, Sall4, Zfp64, LOC100043909
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208G12.bB6Ng01-208G12.g
ACCGA027296GA027297
length1,199537
definitionB6Ng01-208G12.b B6Ng01-208G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(168,180,476 - 168,181,689)(168,025,089 - 168,025,631)
sequence
gaattctctatttcgcctcctggtttcagaggtattttatgggtcagtca
tggcagagagggcaagggcagagttgagcagttcacctcatggtggcccc
caaacagaaggagaaacaggcagactctgagaagaggtacatccaaggac
ccgacccctgtgactacttcccctaatgaggccccacctcctgaagtttc
cacaaccttccaaaacagcaccatcaactggggatcaaacacccgatatg
tgagcctttttcagggactgttcgtacccaagtcgtaagagtgggtgttt
actgctgtgatcaaactccaagagctgggtagattcgggtataattattt
tgaatttaaaactcaatctgggccaggttagatgactccatggataaaat
gactgcccccaaagcaagatgacctgagttcaaacctccagaacccactt
taaatagccaggcacagaggagcgtagttcaattccagccctacttggcg
agctccaggccagtgagggaacctgtctcaaaacaataaagttgatagcg
cctgaggaaaatatgtagggttgatctctgacctccacaagcacatatgt
gcaccccaaatgtttgtatgatgtttgtagatgtggccttccctgagcct
cattactggaccagtttgctggctcaaatttgctctgagaatcatattcc
agaaggttctggggcaggaatacgatgagttaaagagccctgtgtgccag
cctccaccggtagaaactcattaggacgttttttatatggtctgcctttg
gaatggagttcttctataaacctgagcaatgttccccaacttaaaatgtc
aaacacaaatcacccataaagccaagcttcagtccccagcagccttcgtt
ccgcccgtgcctgcctctcttggggacttagcttgcagcgagggaggtct
cctcacacagtggctttccttggaagtcattattcccaagtgagcagcct
tgggctgttattcccctcttcacccaagactgtaccttttgggatttcga
atgccacacacccccatcaagacctggactgactagcagcagcatgtgct
tgctgtgaggctcttttccggaccttgggcctctctgggaccagtgggat
gtaatgctgtgcacgtatggctcaccataagctgcgctccactgatggg
taacttagaactcacacctgcaacttaaaatgtaaagctgccgcagcacc
atatgcaaagttctcaccacacactgttctgaaagtgagcagacaaccac
aaagctccgcacagagttcagaaagaagggacaagagctaggattgctaa
gcagtcactatccagccaagtcagagcaggaaccagacaacccaaagcac
tggggcagcaacgggacctgagcaagcaactacagatgcactaatgcaaa
ctgcacaactcatatccatttctcattgggctgaccagaacccatccatg
caggatcactggtgtatgcagacaatagtgaagagctcactgaagcacga
aaagtgtcccaaggaatagctgcaaagatggtttaatagtaagagcacgc
cgggtgtggtggtgcacacctttaatcccagcactcgggaggcagaggca
ggtggatttctgagttcgaggccagcctggtctacagagtgagtttcagg
acagccagggctatacagaggaacccagtctcgaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_168180476_168181689
seq2: B6Ng01-208G12.b_50_1248 (reverse)

seq1  CCCATCAGTGG-GCGCAGCTTATGTGGCTGAGCCCCACTACTGTCCACAG  49
      ||||||||||| |||||||||||   | ||||||  ||    || |||||
seq2  CCCATCAGTGGAGCGCAGCTTAT---GGTGAGCCATAC----GTGCACAG  43

seq1  CATTTACATCCCCACTGGGCCCCAGAGAGTGCCCCAAGGTCTGG-AAAGA  98
      || |||||| |||||||| |||   |||| | ||||||||| || |||||
seq2  CA-TTACAT-CCCACTGGTCCC---AGAGAGGCCCAAGGTCCGGAAAAGA  88

seq1  GCCTCACAGCACAGCACAATGCTGCTGCTAGTCAGTTCAGGGTCTTGGTT  148
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||| | 
seq2  GCCTCACAGCA-AGCAC-ATGCTGCTGCTAGTCAGTCCA-GGTCTTGAT-  134

seq1  GGGGGTTGTGTGGCATTTGAAAATCCCAAAGGTACCAGTCTTGGGTGAAG  198
       |||| ||||||||||| ||||  || ||||||| |||||||||||||||
seq2  -GGGGGTGTGTGGCATTCGAAATCCCAAAAGGTA-CAGTCTTGGGTGAAG  182

seq1  AGGGGA--TACAGCCCAAGGCTGGCCTCACTTGGGAAT-ATGACTTCCCA  245
      ||||||   ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |
seq2  AGGGGAATAACAGCCCAAGGCTG--CTCACTTGGGAATAATGACTTCCAA  230

seq1  GGAAAGCCACTGTGTGAGGAGACCTCCCTCGCTGCAAGCTAAGTCCCCAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCCACTGTGTGAGGAGACCTCCCTCGCTGCAAGCTAAGTCCCCAA  280

seq1  GAGAGGCAGGCACGGGCGGAACGAAGGCTGCTGGGGACTGAAGCTTGGCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAGGCACGGGCGGAACGAAGGCTGCTGGGGACTGAAGCTTGGCT  330

seq1  TTATGGGTGATTTGTGTTTGACATTTTAAGTTGGGGAACATTGCTCAGGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTGATTTGTGTTTGACATTTTAAGTTGGGGAACATTGCTCAGGT  380

seq1  TTATAGAAGAACTCCATTCCAAAGGCAGACCATATAAAAAACGTCCTAAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAAGAACTCCATTCCAAAGGCAGACCATATAAAAAACGTCCTAAT  430

seq1  GAGTTTCTACCGGTGGAGGCTGGCACACAGGGCTCTTTAACTCATCGTAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCTACCGGTGGAGGCTGGCACACAGGGCTCTTTAACTCATCGTAT  480

seq1  TCCTGCCCCAGAACCTTCTGGAATATGATTCTCAGAGCAAATTTGAGCCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCCCAGAACCTTCTGGAATATGATTCTCAGAGCAAATTTGAGCCA  530

seq1  GCAAACTGGTCCAGTAATGAGGCTCAGGGAAGGCCACATCTACAAACATC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTGGTCCAGTAATGAGGCTCAGGGAAGGCCACATCTACAAACATC  580

seq1  ATACAAACATTTGGGGTGCACATATGTGCTTGTGGAGGTCAGAGATCAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACATTTGGGGTGCACATATGTGCTTGTGGAGGTCAGAGATCAAC  630

seq1  CCTACATATTTTCCTCAGGCGCTATCAACTTTATTGTTTTGAGACAGGTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATATTTTCCTCAGGCGCTATCAACTTTATTGTTTTGAGACAGGTT  680

seq1  CCCTCACTGGCCTGGAGCTCGCCAAGTAGGGCTGGAATTGAACTACGCTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACTGGCCTGGAGCTCGCCAAGTAGGGCTGGAATTGAACTACGCTC  730

seq1  CTCTGTGCCTGGCTATTTAAAGTGGGTTCTGGAGGTTTGAACTCAGGTCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCCTGGCTATTTAAAGTGGGTTCTGGAGGTTTGAACTCAGGTCA  780

seq1  TCTTGCTTTGGGGGCAGTCATTTTATCCATGGAGTCATCTAACCTGGCCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTTGGGGGCAGTCATTTTATCCATGGAGTCATCTAACCTGGCCC  830

seq1  AGATTGAGTTTTAAATTCAAAATAATTATACCCGAATCTACCCAGCTCTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGAGTTTTAAATTCAAAATAATTATACCCGAATCTACCCAGCTCTT  880

seq1  GGAGTTTGATCACAGCAGTAAACACCCACTCTTACGACTTGGGTACGAAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTGATCACAGCAGTAAACACCCACTCTTACGACTTGGGTACGAAC  930

seq1  AGTCCCTGAAAAAGGCTCACATATCGGGTGTTTGATCCCCAGTTGATGGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTGAAAAAGGCTCACATATCGGGTGTTTGATCCCCAGTTGATGGT  980

seq1  GCTGTTTTGGAAGGTTGTGGAAACTTCAGGAGGTGGGGCCTCATTAGGGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTGGAAGGTTGTGGAAACTTCAGGAGGTGGGGCCTCATTAGGGG  1030

seq1  AAGTAGTCACAGGGGTCGGGTCCTTGGATGTACCTCTTCTCAGAGTCTGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTCACAGGGGTCGGGTCCTTGGATGTACCTCTTCTCAGAGTCTGC  1080

seq1  CTGTTTCTCCTTCTGTTTGGGGGCCACCATGAGGTGAACTGCTCAACTCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTCCTTCTGTTTGGGGGCCACCATGAGGTGAACTGCTCAACTCT  1130

seq1  GCCCTTGCCCTCTCTGCCATGACTGACCCATAAAATACCTCTGAAACCAG  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGCCCTCTCTGCCATGACTGACCCATAAAATACCTCTGAAACCAG  1180

seq1  GAGGCGAAATAGAGAATTC  1214
      |||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGAAATAGAGAATTC  1199

seq1: chr2_168025089_168025631
seq2: B6Ng01-208G12.g_69_611

seq1  GAATTCTAACTTAGAACTCACACCTGCAACTTAAAATGTAAAGCTGCCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACTTAGAACTCACACCTGCAACTTAAAATGTAAAGCTGCCGC  50

seq1  AGCACCATATGCAAAGTTCTCACCACACACTGTTCTGAAAGTGAGCAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCATATGCAAAGTTCTCACCACACACTGTTCTGAAAGTGAGCAGAC  100

seq1  AACCACAAAGCTCCGCACAGAGTTCAGAAAGAAGGGACAAGAGCTAGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAAAGCTCCGCACAGAGTTCAGAAAGAAGGGACAAGAGCTAGGAT  150

seq1  TGCTAAGCAGTCACTATCCAGCCAAGTCAGAGCAGGAACCAGACAACCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGCAGTCACTATCCAGCCAAGTCAGAGCAGGAACCAGACAACCCA  200

seq1  AAGCACTGGGGCAGCAACGGGACCTGAGCAAGCAACTACAGATGCACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTGGGGCAGCAACGGGACCTGAGCAAGCAACTACAGATGCACTAA  250

seq1  TGCAAACTGCACAACTCATATCCATTTCTCATTGGGCTGACCAGAACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACTGCACAACTCATATCCATTTCTCATTGGGCTGACCAGAACCCA  300

seq1  TCCATGCAGGATCACTGGTGTATGCAGACAATAGTGAAGAGCTCACTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCAGGATCACTGGTGTATGCAGACAATAGTGAAGAGCTCACTGAA  350

seq1  GCACGAAAAGTGTCCCAAGGAATAGCTGCAAAGATGGTTTAATAGTAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGAAAAGTGTCCCAAGGAATAGCTGCAAAGATGGTTTAATAGTAAGA  400

seq1  GCACGCCGGGTGTGGTGGTGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGCCGGGTGTGGTGGTGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCA  450

seq1  GAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGT  500

seq1  TTCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGGAACCCAGTCTCGAAAA  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGGAACCCAGTCTCGAAAA  543