BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210J07
Chromosome2 (Build37)
Map Location 41,191,536 - 41,399,039
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrp1b
Upstream geneLOC666531, LOC100042629
Downstream geneLOC625094
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210J07.bB6Ng01-210J07.g
ACCGA028885GA028886
length1,0141,172
definitionB6Ng01-210J07.b B6Ng01-210J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,191,536 - 41,192,555)(41,397,856 - 41,399,039)
sequence
gaattcatcctatgtagaaccttttcccactctccaatgttcatatatag
cattggttaaatccgaaacaaaacaaaacaaaacatatgtacacaagcta
agattatctaggagagattttcattaaaatgatcccccttcccacagcgc
atcctaccctctgcagaactttaagctagaccaggaacctgcagacccca
cccactccggactctgcttcttccttccagccctgtatgtagcctagaga
gctaggaaacatgacacacagctggaccccaaaatgcatactctagctgg
tgccgagattgtggggccacaactggagcaaacacacacaatatgacatc
tggtgctctcatggatccagcaaaatctctgctttgaacaaaaaaggata
gtgcccccggtgcaagcagggacagacctttggtatcagcccaaagaccc
atcagtatctacaactctaagggaaggcaatcttatattttcctaatttg
ctcttctctggatctatggttgcctttcatttttcattatgggaaacaat
tcattgcaaaataagtaaataaataaataaataaccctcactaaaaagtc
atgtggacatctcctgcccctgtacagcaaccttgcactccactggacac
cattttttaaaaaaatgcgcaaataactattcctggtggtagtctccttt
ttccctcttcctcttgcctacatgatgcaagacacctttacaaacacagg
caaattactatgtcaagaaatgcattgttcttcccaatccccctaccttc
acaatctccaagaactcactaatgattcaagaagtctcatgaaccctgtc
ttcctcctccctcatggcacaagtagaagagtgtctgtcaagcccttggc
tagctctgctttctcactgctagtggtcctgatgcaggaattctggagtc
ccattctcgagtcatgaccacccccactgtgctgattttgcaaagtcagg
tgactatgtctgct

gaattcataagagatttttttctacttcttttctatttaatgttccaaat
ttttcagattttaaaatctgaaaaaaataaataaaaataaaacaaagagg
gctgggagaaagagttaaaaaaatgattagcttaggaatacaaaatctca
ttgtgcactccagagttgcctcgagtttctaatcatgctttaaacttcca
attgtggaagtcagtcaaacatcataaaactctgaatacagaaatatttt
taaaatactgcttcatacgaatgataaacctagatatgtataacttactg
accatttgctatatattgagtgtttatttatcattatcaaaggctttcat
atttacctatttggcatttacaggattaatggcaaggacttccccacata
agcagcctacagttcattgaatttgttaacttactgacaatcctaatatt
cttcacaaaatggatttctctaatttaataaattaaaaagtttcacagtg
tcaatagcttgttacatgaagcaatcaatcatgaggaaacaagcattcat
tttatcatccatagtttttaagatgaaaagcacagtttacaatccatact
ctcatgaaataattttttaaattttccatcatgtttaatatgcatttagt
tgtatgtgtttacatattcatgcaacacagaattcacaggacaaatttat
agttttatttggagttggttctttctttctgtcatgtagattctagggaa
tctaacttgtcagacgtctcctttatctattactaaaacacctcaaggac
actgacagaaaactctcattgtcagttgcaagctgtattgatttgaagtt
gtctgtaggaagtggccagtatgaatgaaacactgctacctgacaattct
caattttcctgtctgtacttaatgagagttcaagtctgttcaccctgtct
gtcttttcttgttccacttcttttgggtttccttcttttaatcttttttt
tttaaaatcatttctcagatatttgttcaagtcatcttatagctaataga
gaagtgatgggcctctgctcctccaggtctattgaaggtatttttaattg
ttattttttatcagggtttaatttgtccttaactttatgaataccaatat
ctgaatggaaaattattataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_41191536_41192555
seq2: B6Ng01-210J07.b_46_1059

seq1  GAATTCATCCTATGTAGAACCTTTTCCCACTCTCCAATGTTCATATATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCTATGTAGAACCTTTTCCCACTCTCCAATGTTCATATATAG  50

seq1  CATTGGTTAAATCCGAAACAAAACAAAACAAAACATATGTACACAAGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTTAAATCCGAAACAAAACAAAACAAAACATATGTACACAAGCTA  100

seq1  AGATTATCTAGGAGAGATTTTCATTAAAATGATCCCCCTTCCCACAGCGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATCTAGGAGAGATTTTCATTAAAATGATCCCCCTTCCCACAGCGC  150

seq1  ATCCTACCCTCTGCAGAACTTTAAGCTAGACCAGGAACCTGCAGACCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACCCTCTGCAGAACTTTAAGCTAGACCAGGAACCTGCAGACCCCA  200

seq1  CCCACTCCGGACTCTGCTTCTTCCTTCCAGCCCTGTATGTAGCCTAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCCGGACTCTGCTTCTTCCTTCCAGCCCTGTATGTAGCCTAGAGA  250

seq1  GCTAGGAAACATGACACACAGCTGGACCCCAAAATGCATACTCTAGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGAAACATGACACACAGCTGGACCCCAAAATGCATACTCTAGCTGG  300

seq1  TGCCGAGATTGTGGGGCCACAACTGGAGCAAACACACACAATATGACATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGAGATTGTGGGGCCACAACTGGAGCAAACACACACAATATGACATC  350

seq1  TGGTGCTCTCATGGATCCAGCAAAATCTCTGCTTTGAACAAAAAAGGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTCTCATGGATCCAGCAAAATCTCTGCTTTGAACAAAAAAGGATA  400

seq1  GTGCCCCCGGTGCAAGCAGGGACAGACCTTTGGTATCAGCCCAAAGACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCCGGTGCAAGCAGGGACAGACCTTTGGTATCAGCCCAAAGACCC  450

seq1  ATCAGTATCTACAACTCTAAGGGAAGGCAATCTTATATTTTCCTAATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTATCTACAACTCTAAGGGAAGGCAATCTTATATTTTCCTAATTTG  500

seq1  CTCTTCTCTGGATCTATGGTTGCCTTTCATTTTTCATTATGGGAAACAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCTGGATCTATGGTTGCCTTTCATTTTTCATTATGGGAAACAAT  550

seq1  TCATTGCAAAATAAGTAAATAAATAAATAAATAACCCTCACTAAAAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCAAAATAAGTAAATAAATAAATAAATAACCCTCACTAAAAAGTC  600

seq1  ATGTGGACATCTCCTGCCCCTGTACAGCAACCTTGCACTCCACTGGACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGACATCTCCTGCCCCTGTACAGCAACCTTGCACTCCACTGGACAC  650

seq1  CATTTTTTAAAAAAATGCGCAAATAACTATTCCTGGTGGTAGTCTCCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTTAAAAAAATGCGCAAATAACTATTCCTGGTGGTAGTCTCCTTT  700

seq1  TTCCCTCTTCCTCTTGCCTACATGATGCAAGACACCTTTACAAACACAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTTCCTCTTGCCTACATGATGCAAGACACCTTTACAAACACAGG  750

seq1  CAAATTACTATGTCAAGAAATGCATTGTTCTTCCCAATCCCCCTACCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTACTATGTCAAGAAATGCATTGTTCTTCCCAATCCCCCTACCTTC  800

seq1  ACAATCTCCAAGAACTCACTAATGATTCAAAGAAGTCTCATGAACCCTGT  850
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTCCAAGAACTCACTAATGATTC-AAGAAGTCTCATGAACCCTGT  849

seq1  CTTCCTCCTCCCTCATGGCACAAGTAGAGAAGGTGTCTGTCAAGCCCTTG  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCTCCCTCATGGCACAAGTAGA-AGAGTGTCTGTCAAGCCCTTG  898

seq1  GCTAGCTCTGCTTTCTCCACTGCTAGTGGTCCTGATGCCAGGAA-TCTGG  949
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  GCTAGCTCTGCTTTCT-CACTGCTAGTGGTCCTGATG-CAGGAATTCTGG  946

seq1  AGTCCCATTCTCGAGTTCATGACCA-CCCCACTGGTGCTGGATTTTGCAA  998
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||
seq2  AGTCCCATTCTCGAG-TCATGACCACCCCCACT-GTGCT-GATTTTGCAA  993

seq1  AGTCAGGTGACTTATGTCTGCT  1020
      ||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTCAGGTGAC-TATGTCTGCT  1014


seq1: chr2_41397856_41399039
seq2: B6Ng01-210J07.g_63_1234 (reverse)

seq1  TCTATAAT-ATTTTTCAATCAGATAATTGTGTATTCATAAAAATTTAAAG  49
      |||||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||  ||| |||| |
seq2  TCTATAATAATTTTCCATTCAGAT-ATTG-GTATTCAT--AAAGTTAAGG  46

seq1  ACAAATTTAAAACCCTGATAAAAAATAACAATTAAAATAACTTTCAAATT  99
      |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||   
seq2  ACAAATT--AAACCCTGATAAAAAATAACAATTAAAAATACCTTCAA---  91

seq1  AAGACCTGGAGGAGCCAGAGGCCCATCACTTCCTCTATTAGCTATTAAGA  149
       ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TAGACCTGGAGGAG-CAGAGGCCCATCACTT-CTCTATTAGCTA-TAAGA  138

seq1  TGACTTGAACAAATATCTGAGAAATGATTTTTAAAAAAAAAAGATTTAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TGACTTGAACAAATATCTGAGAAATGA-TTTTAAAAAAAAAAGA-TTAAA  186

seq1  AGAAGGAAA-CCAAAAGAAGTGGAACAAGAAAAGACAGACAGGGTGAACA  248
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAACCCAAAAGAAGTGGAACAAGAAAAGACAGACAGGGTGAACA  236

seq1  GACTTGAACTCTCATTAAGTACAGACAGGAAAATTGAGAATTGTCAGGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAACTCTCATTAAGTACAGACAGGAAAATTGAGAATTGTCAGGTA  286

seq1  GCAGTGTTTCATTCATACTGGCCACTTCCTACAGACAACTTCAAATCAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTTTCATTCATACTGGCCACTTCCTACAGACAACTTCAAATCAAT  336

seq1  ACAGCTTGCAACTGACAATGAGAGTTTTCTGTCAGTGTCCTTGAGGTGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTGCAACTGACAATGAGAGTTTTCTGTCAGTGTCCTTGAGGTGTT  386

seq1  TTAGTAATAGATAAAGGAGACGTCTGACAAGTTAGATTCCCTAGAATCTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAATAGATAAAGGAGACGTCTGACAAGTTAGATTCCCTAGAATCTA  436

seq1  CATGACAGAAAGAAAGAACCAACTCCAAATAAAACTATAAATTTGTCCTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAGAAAGAAAGAACCAACTCCAAATAAAACTATAAATTTGTCCTG  486

seq1  TGAATTCTGTGTTGCATGAATATGTAAACACATACAACTAAATGCATATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTGTGTTGCATGAATATGTAAACACATACAACTAAATGCATATT  536

seq1  AAACATGATGGAAAATTTAAAAAATTATTTCATGAGAGTATGGATTGTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGATGGAAAATTTAAAAAATTATTTCATGAGAGTATGGATTGTAA  586

seq1  ACTGTGCTTTTCATCTTAAAAACTATGGATGATAAAATGAATGCTTGTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCTTTTCATCTTAAAAACTATGGATGATAAAATGAATGCTTGTTT  636

seq1  CCTCATGATTGATTGCTTCATGTAACAAGCTATTGACACTGTGAAACTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGATTGATTGCTTCATGTAACAAGCTATTGACACTGTGAAACTTT  686

seq1  TTAATTTATTAAATTAGAGAAATCCATTTTGTGAAGAATATTAGGATTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTATTAAATTAGAGAAATCCATTTTGTGAAGAATATTAGGATTGT  736

seq1  CAGTAAGTTAACAAATTCAATGAACTGTAGGCTGCTTATGTGGGGAAGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGTTAACAAATTCAATGAACTGTAGGCTGCTTATGTGGGGAAGTC  786

seq1  CTTGCCATTAATCCTGTAAATGCCAAATAGGTAAATATGAAAGCCTTTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCATTAATCCTGTAAATGCCAAATAGGTAAATATGAAAGCCTTTGA  836

seq1  TAATGATAAATAAACACTCAATATATAGCAAATGGTCAGTAAGTTATACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATAAATAAACACTCAATATATAGCAAATGGTCAGTAAGTTATACA  886

seq1  TATCTAGGTTTATCATTCGTATGAAGCAGTATTTTAAAAATATTTCTGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGGTTTATCATTCGTATGAAGCAGTATTTTAAAAATATTTCTGTA  936

seq1  TTCAGAGTTTTATGATGTTTGACTGACTTCCACAATTGGAAGTTTAAAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGTTTTATGATGTTTGACTGACTTCCACAATTGGAAGTTTAAAGC  986

seq1  ATGATTAGAAACTCGAGGCAACTCTGGAGTGCACAATGAGATTTTGTATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTAGAAACTCGAGGCAACTCTGGAGTGCACAATGAGATTTTGTATT  1036

seq1  CCTAAGCTAATCATTTTTTTAACTCTTTCTCCCAGCCCTCTTTGTTTTAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCTAATCATTTTTTTAACTCTTTCTCCCAGCCCTCTTTGTTTTAT  1086

seq1  TTTTATTTATTTTTTTCAGATTTTAAAATCTGAAAAATTTGGAACATTAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTATTTTTTTCAGATTTTAAAATCTGAAAAATTTGGAACATTAA  1136

seq1  ATAGAAAAGAAGTAGAAAAAAATCTCTTATGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAAGAAGTAGAAAAAAATCTCTTATGAATTC  1172


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |