BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214O14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 149,257,948 - 149,402,094
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCd93, Nxt1, Gzf1, Napb, Cstl1, Cst11, 8030411F24Rik, Cst12, Cst8, Cst13, Cst9, 9230104L09Rik, Cst3, OTTMUSG00000015744, Gm1330, EG668921, LOC433483, LOC383754, LOC100043593, LOC241715, Cst10
Downstream geneEG667048, C530025M09Rik, OTTMUSG00000015750, LOC279056, Zfp120, EG245174, 3300002I08Rik, LOC100043832, OTTMUSG00000015730, LOC668924, OTTMUSG00000015743, LOC545472, Cst7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214O14.bB6Ng01-214O14.g
ACCGA032031GA032032
length1,1741,051
definitionB6Ng01-214O14.b B6Ng01-214O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,400,929 - 149,402,094)(149,257,948 - 149,259,008)
sequence
gaattcagttatcttaatctacctagattctcccttcctagtgtgtctgc
ctgtcagggatttgtctaatctctagtgccttacaagtgcagagtaaacc
tgtgtaaccacaatttaaataagttatctctgttttaattgctcacctag
gaactttgaggcatgataataagaacaaagcacataaccaattcagtcaa
atctgtgaaatcaatgcagtttagccactgatttgacccagtatatctgt
gacctccatgggagaaagactctcactatttggctgatcatggaggtaaa
gctttatctcagaggcctctgggcatgtggatacatgctagggaaaaaca
gttctgagaaataaatgctatctcatgggttgagaagaggaaaagtcctt
ctcagtccatgtgaatgttgctattgcatggagttgcctttctcgagctt
gttcttaccactggtacctcaaggcctatctgctggaaaacttgtgagtt
cctggaggcagtttgtattaggatcggtgaattgctggaagcttaccctg
tgttttctttgatatactgaattcctagggggacagctttattggtaatt
ggtgtagcacctgagcagcagaagcataaacaagtgtgttttgggctggg
tcctttctgagagaagttactacatttctctaatggtaaaagaaattcct
aagctctatgttacctattacattctactttttaaccaaactttcccatc
tctttgctcagccctttctgccttctttttttttctctcttgaagactgt
cttacttttaaatgtaaagaatccataaggttgccaaggacatccttttt
accttacatcataacaatggactctcagccatgtctgagctgagttccca
cagacttagaagaataattttctgaaagtctggaggctaatacatcctga
ttaactaaaactgagtttgtggctgaccacaggctttcttcaaccttgtg
aattcattctggtgcctacctaatggtcctgcttgtgatttattttatta
gactaagagttcaggcttctatagaccagaggtccatatcgatgacagga
agagagacggttcacagccagggagagccttatacatgtccaggccaggg
tggatgaaatgacctgtcagaaca
gaattcttctaatatatgcttcaatgtagacaaaacttgaagttatgcta
agtgaaagagctcacaaaagaagatgtaaattacacagtcctatttatac
aaggtactcaagttcacagaaaaaaaaagtggaaatgataatcacttgta
ggaactgatagaggaagaatgggtgggagctattgtttaaagacatagag
tttcgtctgggaagaagtaaaactctagatatgggtgttcacaataatat
tagtatacttagtgccactaaactgtgttcttaaaagtgattcaaaaagt
gaattattttaatggaataaaaggtcattgtctttgagatatgcacacag
actcatgcagaatgactgaatcagaaaagggatttgcaatgatgagatga
ggaaactgaaggtaaacatgctttaaactaaagcattgattttgcttact
ttgatccccaaatacaaattaatctcatgaaataacgaggaaatgagttg
tatgagacaaaataggaaatgttttatttttcttttatttagtaacagag
ttgagaagacttgtgaacaaaccaactaaaagttgattaaaagttgatgt
tcctctttctactgttgatattttgtgtgtttgtttgttttcctttttca
cctttataaatgggtttctgaaagaagttgtttggctgataactgacagt
ctgagctcttagagaataaagtgctgaatgttcatacttggtttctgtga
atagacactggacaaatagaatatggatggatggggttgtcatgtctgag
acacagagaaatgcctgccccatgttagttcagtttggaaaaagagggtg
tatcagaggaagatatctttctcagaacaatgttccaacaaaggacgagc
aggtcataattactacctatggtttatatcttttagcataccaaggccat
gtgtaaggctttgtcacaggctgtgatgtgctgaaacatgtagaacttgt
agtgtggtctgttgaaaagaattaattattggcaagctatataacaagtg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_149400929_149402094
seq2: B6Ng01-214O14.b_47_1220 (reverse)

seq1  TGTTCTGACA-GTCA-TTCATCCA-CCTG--CTTGACATGTATAAAAGCT  45
      |||||||||| |||| |||||||| ||||  || ||||||||| || |||
seq2  TGTTCTGACAGGTCATTTCATCCACCCTGGCCTGGACATGTAT-AAGGCT  49

seq1  CT-TCTTGCTGTGAAC---GTCTCTTCTTGTCATCTGTATGGACTCTTGG  91
      ||  || |||||||||    ||||||| |||||||  |||||||   |||
seq2  CTCCCTGGCTGTGAACCGTCTCTCTTCCTGTCATCGATATGGACCTCTGG  99

seq1  TCTATAGAAGCCTTGAACTCTTTAGTCTAATAAAAATAAATCACAAGCAA  141
      |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TCTATAGAAGCC-TGAACTC-TTAGTCTAAT-AAAATAAATCACAAGCAG  146

seq1  GACCATTAGGTAGGCA-CAGAATGAATTCACAAGGTTG-AGAAAGCCTGT  189
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GACCATTAGGTAGGCACCAGAATGAATTCACAAGGTTGAAGAAAGCCTGT  196

seq1  GGTCAGCCACAAACTCAGTTTTAGTTAAATCAGGATGTATTAGCCTCCAG  239
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCCACAAACTCAGTTTTAGTT-AATCAGGATGTATTAGCCTCCAG  245

seq1  ACTTTCAGAAAATTATTCTTCTAAGTCTGTGGGAACTCAGCTCAGACATG  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAGAAAATTATTCTTCTAAGTCTGTGGGAACTCAGCTCAGACATG  295

seq1  GCTGAGAGTCCATTGTTATGATGTAAGGT-AAAAGGATGTCCTTGGCAAC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGTCCATTGTTATGATGTAAGGTAAAAAGGATGTCCTTGGCAAC  345

seq1  CTTATGGATTCTTTACATTTAAAAGTAAGACAGTCTTCAAGAGAGAAAAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGATTCTTTACATTTAAAAGTAAGACAGTCTTCAAGAGAGAAAAA  395

seq1  AAAAGAAGGCAGAAAGGGCTGAGCAAAGAGATGGGAAAGTTTGGTT-AAA  437
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAGAAGGCAGAAAGGGCTGAGCAAAGAGATGGGAAAGTTTGGTTAAAA  445

seq1  AGTAGAATGTAATAGGTAACATAGAGCTTAGGAATTTCTTTTACCATTAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAATGTAATAGGTAACATAGAGCTTAGGAATTTCTTTTACCATTAG  495

seq1  AGAAATGTAGTAACTTCTCTCAGAAAGGACCCAGCCCAAAACACACTTGT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTAGTAACTTCTCTCAGAAAGGACCCAGCCCAAAACACACTTGT  545

seq1  TTATGCTTCTGCTGCTCAGGTGCTACACCAATTACCAATAAAGCTGTCCC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTTCTGCTGCTCAGGTGCTACACCAATTACCAATAAAGCTGTCCC  595

seq1  CCTAGGAATTCAGTATATCAAAGAAAACACAGGGTAAGCTTCCAGCAATT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGAATTCAGTATATCAAAGAAAACACAGGGTAAGCTTCCAGCAATT  645

seq1  CACCGATCCTAATACAAACTGCCTCCAGGAACTCACAAGTTTTCCAGCAG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGATCCTAATACAAACTGCCTCCAGGAACTCACAAGTTTTCCAGCAG  695

seq1  ATAGGCCTTGAGGTACCAGTGGTAAGAACAAGCTCGAGAAAGGCAACTCC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCCTTGAGGTACCAGTGGTAAGAACAAGCTCGAGAAAGGCAACTCC  745

seq1  ATGCAATAGCAACATTCACATGGACTGAGAAGGACTTTTCCTCTTCTCAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATAGCAACATTCACATGGACTGAGAAGGACTTTTCCTCTTCTCAA  795

seq1  CCCATGAGATAGCATTTATTTCTCAGAACTGTTTTTCCCTAGCATGTATC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAGATAGCATTTATTTCTCAGAACTGTTTTTCCCTAGCATGTATC  845

seq1  CACATGCCCAGAGGCCTCTGAGATAAAGCTTTACCTCCATGATCAGCCAA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCCCAGAGGCCTCTGAGATAAAGCTTTACCTCCATGATCAGCCAA  895

seq1  ATAGTGAGAGTCTTTCTCCCATGGAGGTCACAGATATACTGGGTCAAATC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAGAGTCTTTCTCCCATGGAGGTCACAGATATACTGGGTCAAATC  945

seq1  AGTGGCTAAACTGCATTGATTTCACAGATTTGACTGAATTGGTTATGTGC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTAAACTGCATTGATTTCACAGATTTGACTGAATTGGTTATGTGC  995

seq1  TTTGTTCTTATTATCATGCCTCAAAGTTCCTAGGTGAGCAATTAAAACAG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTTATTATCATGCCTCAAAGTTCCTAGGTGAGCAATTAAAACAG  1045

seq1  AGATAACTTATTTAAATTGTGGTTACACAGGTTTACTCTGCACTTGTAAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACTTATTTAAATTGTGGTTACACAGGTTTACTCTGCACTTGTAAG  1095

seq1  GCACTAGAGATTAGACAAATCCCTGACAGGCAGACACACTAGGAAGGGAG  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAGAGATTAGACAAATCCCTGACAGGCAGACACACTAGGAAGGGAG  1145

seq1  AATCTAGGTAGATTAAGATAACTGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGGTAGATTAAGATAACTGAATTC  1174

seq1: chr2_149257948_149259008
seq2: B6Ng01-214O14.g_70_1120

seq1  GAATTCTTCTAATATATGCTTCAATGTAGACAAAACTTGAAGTTATGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAATATATGCTTCAATGTAGACAAAACTTGAAGTTATGCTA  50

seq1  AGTGAAAGAGCTCACAAAAGAAGATGTAAATTACACAGTCCTATTTATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAGAGCTCACAAAAGAAGATGTAAATTACACAGTCCTATTTATAC  100

seq1  AAGGTACTCAAGTTCACAGAAAAAAAAAGTGGAAATGATAATCACTTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACTCAAGTTCACAGAAAAAAAAAGTGGAAATGATAATCACTTGTA  150

seq1  GGAACTGATAGAGGAAGAATGGGTGGGAGCTATTGTTTAAAGACATAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGATAGAGGAAGAATGGGTGGGAGCTATTGTTTAAAGACATAGAG  200

seq1  TTTCGTCTGGGAAGAAGTAAAACTCTAGATATGGGTGTTCACAATAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGTCTGGGAAGAAGTAAAACTCTAGATATGGGTGTTCACAATAATAT  250

seq1  TAGTATACTTAGTGCCACTAAACTGTGTTCTTAAAAGTGATTCAAAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATACTTAGTGCCACTAAACTGTGTTCTTAAAAGTGATTCAAAAAGT  300

seq1  GAATTATTTTAATGGAATAAAAGGTCATTGTCTTTGAGATATGCACACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTTTAATGGAATAAAAGGTCATTGTCTTTGAGATATGCACACAG  350

seq1  ACTCATGCAGAATGACTGAATCAGAAAAGGGATTTGCAATGATGAGATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGCAGAATGACTGAATCAGAAAAGGGATTTGCAATGATGAGATGA  400

seq1  GGAAACTGAAGGTAAACATGCTTTAAACTAAAGCATTGATTTTGCTTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGAAGGTAAACATGCTTTAAACTAAAGCATTGATTTTGCTTACT  450

seq1  TTGATCCCCAAATACAAATTAATCTCATGAAATAACGAGGAAATGAGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCCCAAATACAAATTAATCTCATGAAATAACGAGGAAATGAGTTG  500

seq1  TATGAGACAAAATAGGAAATGTTTTATTTTTCTTTTATTTAGTAACAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGACAAAATAGGAAATGTTTTATTTTTCTTTTATTTAGTAACAGAG  550

seq1  TTGAGAAGACTTGTGAACAAACCAACTAAAAGTTGATTAAAAGTTGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAAGACTTGTGAACAAACCAACTAAAAGTTGATTAAAAGTTGATGT  600

seq1  TCCTCTTTCTACTGTTGATATTTTGTGTGTTTGTTTGTTTTCCTTTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTCTACTGTTGATATTTTGTGTGTTTGTTTGTTTTCCTTTTTCA  650

seq1  CCTTTATAAATGGGTTTCTGAAAGAAGTTGTTTGGCTGATAACTGACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATAAATGGGTTTCTGAAAGAAGTTGTTTGGCTGATAACTGACAGT  700

seq1  CTGAGCTCTTAGAGAATAAAGTGCTGAATGTTCATACTTGGTTTCTGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCTTAGAGAATAAAGTGCTGAATGTTCATACTTGGTTTCTGTGA  750

seq1  ATAGACACTGGACAAATAGAATATGGATGGATGGGGTTGTCATGTCTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACACTGGACAAATAGAATATGGATGGATGGGGTTGTCATGTCTGAG  800

seq1  ACACAGAGAAATGCCTGCCCCATGTTAGTTCAGTTTGGAAAAAGAGGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAAATGCCTGCCCCATGTTAGTTCAGTTTGGAAAAAGAGGGTG  850

seq1  TATCAGAGGAAGATATC-TTCTCAGAACAAATGTTCCAACAAA-GACGAG  898
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TATCAGAGGAAGATATCTTTCTCAGAAC-AATGTTCCAACAAAGGACGAG  899

seq1  CAGGTCATAATTACTACCTATGGTTTATATCTTTAAGCATACCAAAGGCC  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  CAGGTCATAATTACTACCTATGGTTTATATCTTTTAGCATACC-AAGGCC  948

seq1  ATGTGTTAAAGGCTTTGTCACCAGGCTGTGATGTTGCTGAAACATGGTAG  998
      ||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATGTGT--AAGGCTTTGTCA-CAGGCTGTGATG-TGCTGAAACAT-GTAG  993

seq1  AACCTTGTAGTTGTGGGTTCCTGTGAAAAGAATTTAAATAATTGGCAAAG  1048
      || ||||||| |||||  ||   |||||||||||  ||| |||||| |||
seq2  AA-CTTGTAG-TGTGG--TCTGTTGAAAAGAATT--AATTATTGGC-AAG  1036

seq1  CTATA-AAC-AGTGG  1061
      ||||| ||| |||||
seq2  CTATATAACAAGTGG  1051