BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215C23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 40,903,306 - 41,043,076
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrp1b
Upstream geneLOC100042604, Magmas-ps, LOC666531
Downstream geneLOC100042629, LOC625094
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215C23.bB6Ng01-215C23.g
ACCGA032229GA032230
length7961,131
definitionB6Ng01-215C23.b B6Ng01-215C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,903,306 - 40,904,100)(41,041,954 - 41,043,076)
sequence
gaattcaaaagctaaatctcatgccatgttccctcagaatgcctttcaat
atattttcccaaacattcaagcagcacgtgaagaatgtgacagtctcttt
gagacatgggatgtggaggtgaacatgctcaccccaggaaacatgtctat
agaccacatacactaaacagatagggtagtgtgcgtcagagagttccttt
caccccgagagatacttcccacgggaaaggtctggggtgctaagagacag
aatggcattgtaggtttgggaatactgcataactcttgcatgtcatcaag
gcaggattttaattagaagagagtactacatgatctatagtaaacgtgtc
ataaagccaattttaagattgatagatataaagtatgcttttaggtgaaa
attgtaggaagtcatctgagtagaatgaaagacaaagagtgtattctcac
taatttaaaacaaataatcttcctctgtcacagaaaaaaaaaaggaaaac
aagagagggttcaaatacattgtatttttataaatttttataaattattc
aaaaaatggaatttatatcctttgagtatatattatgaaaagagaacata
ttaattggtttaaaatgtatactatctcttaagtttgggcctttgattca
aatatatatatttgagactataatttgaaataacttcagaagccagaaaa
gtagaaagaacctgtaaggtaggggtgaagaaaaggatagtaggatgtag
gtgatatggagaaagagtataaaaagtgaggagctggataggaaaa

gaattcagtcagatcttcagccttagtaatagcaagtgcctttacttact
gagttgtcttgccaccctaaatgtttgtaattttaaaaactaatttgaca
cacacacacacaaacccctcaattccaacttactacttgcttctacactc
aactcaaatttgttaatgttggagtaagcagccatggttgtttaggtggg
atatttgcacaatttgaaatcagtcctgttcatttcttccagctatttag
acaaaacaccactgatatctggagcttcagatttgcatattcgagggact
agaacacttctgggagagaactatgtaccaccttaaagattctatgcact
ctttttattccatattctatagatatgttatttcacaaaatactgctttt
tggtttttttttagctatattgtacagccaataataagaattcagttttg
ggactggaaagatggctcagtggttaacaggacgggctgcccttccaggg
atcttgagtgcaattcccagcaaccacgtggtggctcacgactatctata
atgtgatctgctgccctcttgaggcaagcagttgtatatgcagatagaat
actcatacattaaataaataaataaataaataaataaataaataaataaa
tagaataaactcaaaagaaaaacctgttttatcttaaacaatatcactat
actacttgagaaatatataagtcataattatgacttattgtatttaaaat
aatatatgtaagtggccattattctatgtcagtccctattgaaaggatct
tggaacattgtgacttactttcacccttgtaagttgatgagatggatcac
ctaattttctaatcataaaactgaggtacaagggacattagctaagatca
agttttgtgatttacaagtaataggcatattaaagatagataattttatt
ttaataatatctgtgcgtgtggtggtgtattttccaattatattagcaaa
ttgaacaagttgtaagtaatatgaactttctggtagtaagattatattct
atatacctactttaccaataacattctttatatttcacatgtttttatga
tgttcttaaaatgtatgaggcaaaacttaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_40903306_40904100
seq2: B6Ng01-215C23.b_48_843

seq1  GAATTCAAAAGCTAAATCTCATGCCATGTTCCCTCAGAATGCCTTTCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGCTAAATCTCATGCCATGTTCCCTCAGAATGCCTTTCAAT  50

seq1  ATATTTTCCCAAACATTCAAGCAGCACGTGAAGAATGTGACAGTCTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCCCAAACATTCAAGCAGCACGTGAAGAATGTGACAGTCTCTTT  100

seq1  GAGACATGGGATGTGGAGGTGAACATGCTCACCCCAGGAAACATGTCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATGGGATGTGGAGGTGAACATGCTCACCCCAGGAAACATGTCTAT  150

seq1  AGACCACATACACTAAACAGATAGGGTAGTGTGCGTCAGAGAGTTCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACATACACTAAACAGATAGGGTAGTGTGCGTCAGAGAGTTCCTTT  200

seq1  CACCCCGAGAGATACTTCCCACGGGAAAGGTCTGGGGTGCTAAGAGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCGAGAGATACTTCCCACGGGAAAGGTCTGGGGTGCTAAGAGACAG  250

seq1  AATGGCATTGTAGGTTTGGGAATACTGCATAACTCTTGCATGTCATCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCATTGTAGGTTTGGGAATACTGCATAACTCTTGCATGTCATCAAG  300

seq1  GCAGGATTTTAATTAGAAGAGAGTACTACATGATCTATAGTAAACGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATTTTAATTAGAAGAGAGTACTACATGATCTATAGTAAACGTGTC  350

seq1  ATAAAGCCAATTTTAAGATTGATAGATATAAAGTATGCTTTTAGGTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCAATTTTAAGATTGATAGATATAAAGTATGCTTTTAGGTGAAA  400

seq1  ATTGTAGGAAGTCATCTGAGTAGAATGAAAGACAAAGAGTGTATTCTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAGGAAGTCATCTGAGTAGAATGAAAGACAAAGAGTGTATTCTCAC  450

seq1  TAATTTAAAACAAATAATCTTCCTCTGTCACAGAAAAAAAAAAGGAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAAAACAAATAATCTTCCTCTGTCACAGAAAAAAAAAAGGAAAAC  500

seq1  AAGAGAGGGTTCAAATACATTGTATTTTTATAAATTTTTATAAATTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGGGTTCAAATACATTGTATTTTTATAAATTTTTATAAATTATTC  550

seq1  AAAAAATGGAATTTATATCCTTTGAGTATATATTATGAAAAGAGAACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGGAATTTATATCCTTTGAGTATATATTATGAAAAGAGAACATA  600

seq1  TTAATTGGTTTAAAATGTATACTATCTCTTAAGTTTGGGCCTTTGATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGGTTTAAAATGTATACTATCTCTTAAGTTTGGGCCTTTGATTCA  650

seq1  AATATATATATTTGAGACTATAATTTGAAATAACTTCAGAAGCCAGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATATTTGAGACTATAATTTGAAATAACTTCAGAAGCCAGAAAA  700

seq1  GTAGAAAGAACCTGTAAGGTAGGGGTGAAGAAAAGGATAGTAGGATGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAGAACCTGTAAGGTAGGGGTGAAGAAAAGGATAGTAGGATGTAG  750

seq1  GTGATATGGAGAAAGAGTATAAAAAGTGAGGAGGGGGA-AGGAAAA  795
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||
seq2  GTGATATGGAGAAAGAGTATAAAAAGTGAGGAGCTGGATAGGAAAA  796


seq1: chr2_41041954_41043076
seq2: B6Ng01-215C23.g_68_1198 (reverse)

seq1  ATTAAGTTTTGCCCTTCATACATTTT-AGAACATCATAAAAACATGTG-A  48
      |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  ATTAAGTTTTGCC--TCATACATTTTAAGAACATCATAAAAACATGTGAA  48

seq1  ATATAAAG-ATGTTATT-GTAAAGTAAGTATATAG-ATATAATCTTACTA  95
      |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  ATATAAAGAATGTTATTGGTAAAGTAGGTATATAGAATATAATCTTACTA  98

seq1  CCAG-AAGTTCATA-TACTAAC-ACTTGTTCAATTTGCTAATAT-ATTGG  141
      |||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCAGAAAGTTCATATTACTTACAACTTGTTCAATTTGCTAATATAATTGG  148

seq1  AAAATACA-CACCACACGCACAGATATTATTAAAATAAAATTATCTATCT  190
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACACCACCACACGCACAGATATTATTAAAATAAAATTATCTATCT  198

seq1  TTAAATATGCCTATTACTTGTAAATCACAAAACTTGATCTTAGCTAATGT  240
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-AATATGCCTATTACTTGTAAATCACAAAACTTGATCTTAGCTAATGT  247

seq1  -CCTTGTACCTCAGTTTTATGATTAGAAAATTAGGTGATCCATCTCATCA  289
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTACCTCAGTTTTATGATTAGAAAATTAGGTGATCCATCTCATCA  297

seq1  ACTTACAAGGGTGAAAGTAAGTCACAATGTTCCAAGATCCTTTCAATAGG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAAGGGTGAAAGTAAGTCACAATGTTCCAAGATCCTTTCAATAGG  347

seq1  GACTGACATAGAATAATGGCCACTTACATATATTATTTTAAATACAATAA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACATAGAATAATGGCCACTTACATATATTATTTTAAATACAATAA  397

seq1  GTCATAATTATGACTTATATATTTCTCAAGTAGTATAGTGATATTGTTTA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAATTATGACTTATATATTTCTCAAGTAGTATAGTGATATTGTTTA  447

seq1  AGATAAAACAGGTTTTTCTTTTGAGTTTATTCTATTTATTTATTTATTTA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAACAGGTTTTTCTTTTGAGTTTATTCTATTTATTTATTTATTTA  497

seq1  TTTATTTATTTATTTATTTATTTAATGTATGAGTATTCTATCTGCATATA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTTATTTATTTATTTAATGTATGAGTATTCTATCTGCATATA  547

seq1  CAACTGCTTGCCTCAAGAGGGCAGCAGATCACATTATAGATAGTCGTGAG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTTGCCTCAAGAGGGCAGCAGATCACATTATAGATAGTCGTGAG  597

seq1  CCACCACGTGGTTGCTGGGAATTGCACTCAAGATCCCTGGAAGGGCAGCC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACGTGGTTGCTGGGAATTGCACTCAAGATCCCTGGAAGGGCAGCC  647

seq1  CGTCCTGTTAACCACTGAGCCATCTTTCCAGTCCCAAAACTGAATTCTTA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTGTTAACCACTGAGCCATCTTTCCAGTCCCAAAACTGAATTCTTA  697

seq1  TTATTGGCTGTACAATATAGCTAAAAAAAAACCAAAAAGCAGTATTTTGT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGCTGTACAATATAGCTAAAAAAAAACCAAAAAGCAGTATTTTGT  747

seq1  GAAATAACATATCTATAGAATATGGAATAAAAAGAGTGCATAGAATCTTT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAACATATCTATAGAATATGGAATAAAAAGAGTGCATAGAATCTTT  797

seq1  AAGGTGGTACATAGTTCTCTCCCAGAAGTGTTCTAGTCCCTCGAATATGC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGTACATAGTTCTCTCCCAGAAGTGTTCTAGTCCCTCGAATATGC  847

seq1  AAATCTGAAGCTCCAGATATCAGTGGTGTTTTGTCTAAATAGCTGGAAGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGAAGCTCCAGATATCAGTGGTGTTTTGTCTAAATAGCTGGAAGA  897

seq1  AATGAACAGGACTGATTTCAAATTGTGCAAATATCCCACCTAAACAACCA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACAGGACTGATTTCAAATTGTGCAAATATCCCACCTAAACAACCA  947

seq1  TGGCTGCTTACTCCAACATTAACAAATTTGAGTTGAGTGTAGAAGCAAGT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTTACTCCAACATTAACAAATTTGAGTTGAGTGTAGAAGCAAGT  997

seq1  AGTAAGTTGGAATTGAGGGGTTTGTGTGTGTGTGTGTCAAATTAGTTTTT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTGGAATTGAGGGGTTTGTGTGTGTGTGTGTCAAATTAGTTTTT  1047

seq1  AAAATTACAAACATTTAGGGTGGCAAGACAACTCAGTAAGTAAAGGCACT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACAAACATTTAGGGTGGCAAGACAACTCAGTAAGTAAAGGCACT  1097

seq1  TGCTATTACTAAGGCTGAAGATCTGACTGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTACTAAGGCTGAAGATCTGACTGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |