BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218O14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 65,150,745 - 65,309,921
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9330158F14Rik, Scn3a
Upstream geneLOC620544, LOC667291, Grb14, Cobll1, LOC383705
Downstream geneScn2a1, A330102K23Rik, Galnt3, LOC620893, Ttc21b, Scn1a, LOC100039486, LOC383706
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218O14.bB6Ng01-218O14.g
ACCGA034909GA034910
length1,1011,149
definitionB6Ng01-218O14.b B6Ng01-218O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,308,816 - 65,309,921)(65,150,745 - 65,151,888)
sequence
gaattcatcagaaccggtacatccctcacatgaaagcgagttgctaggat
aattaactacaggtttctaacaagcctgacttcacttcagggatctttta
agcatcgttctgagtgaggtttgcatcttccacagctccagccttgtcct
cctctgctctctccggtagcaagtgtgtcttgtctcacaatataaaatgc
agctgccacgccttcagaactgctttgcccaaaggacagctttgtttaat
ctgctttgaaaatgcacacggatattgaatttcttcaaggccatggggtt
tttagattaggaggtggtttgtttggggcaataaaccccttcagccttga
ctgcagagtttactcagcagcgtggaaaatgaaaccatcctccagctgct
cctgcagcactgagcagagagacgtgcttgccttgcctgctgaaaattct
acttgattgcccatgttaacaaattcataaaactctgttggaaataacaa
tctcctttcagtgctgacatcatccaagcctatgccgtgcttcgtgactt
catagtgatggtttatttaatttcgtttttttttttttaaatcaaagcta
gatcatttttctcatatactatatcccgattacagtttcctctccctctc
ctcctcccagtccctcctcacttcccctcccatctggatccacccccttt
ctgtctctcactggaaaacaaacaggcttctaagggacaataataaaata
agatagaaaaaaaaaaaccctaaaacattgaaatagggtaaaacaaacat
aggaaaaaaagctcaagaaacatatataaatgcagagacccacttcattg
atacactgagaaacctataaaaaaactaaacagaaagacataatatagat
gcaaatgacctgtggagtaaaagcaagggagagatatctatcattatgca
tatgcatatattaaaataaaaataaagcttaaagacagtaattccctgac
atgaacattgggagaacaaggagcctctaagatgacactgattttatttt
gtcttggcataccctgctgactgcagcttacccttgagatagttcttccc
c
gaattctcctattctcaattcctgagtagctagcattctctctctctctc
tctctctctctctctctctatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatacatacacatatacatataggtatgtatgtatactgatatgta
tgtctaaatatgtatgtatggaggctatctacttgttgtagttaattata
agtcttctgagtgctgggattagaggcacatgccaccacacctggtccat
gggttactccctcagcaggactgagtacataaacctggggcttgctcctg
tctaagatacttgaccttaagtgaatatatacaagacctcagcagagaaa
tagttgggaatttcttggctcacctacagttagactcctcataggaaaga
aaagaggtgaggagtgctacttgtcacctgtaccactgtcacctgcactg
ctgcaactggaaatggtctagaagtgagaaaggttacctgctctgagttc
tgaatataattccaggtagaactgaaatgaaagattctaagcaaactggc
taagaatccaatccctacatgacacagatgctgtctgatacatatacata
tacatatacatatacatatacatatacatatacatatacatatacatata
cttatacatatacatacacatatacatatacaccatacacatatacacca
tatacatcaccatatacatatatattacacacatacacacacatttatac
atacacatacatacatatttcatggaaatgtgttgctcagtgtgcacttt
agagtgtccaaattccattctcatcaatgcctctctaacctttaggagac
actttggaagtttaggtatgacagcttaacgagttaaatgacagcctgtg
agttgctttgtgagcaattatggaaaggaaatgaactttggcagatatct
ccttactaggcaaagacaggacttcgtagagatggaaggttaggctttat
ttggcacactgttatttctgcatttctaacaaaacacactgagtcctaaa
ctttcatcctgtcacatgttgaaagatgttggcaatatgcctcctgaata
tcctggatcaagttgatttgttttcatttggtttaataacaagcaaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_65308816_65309921
seq2: B6Ng01-218O14.b_50_1150 (reverse)

seq1  GGGGAAGAAACTATCTCAAGGGTAGGCTGCATGTCCAGCAGTGTATGGCC  50
      ||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||||| |||| |||
seq2  GGGGAAG-AACTATCTCAAGGGTAAGCTGCA-GT-CAGCAGGGTAT-GCC  46

seq1  AAGACAAAATAAAATCAGTGTCATCTTTAGAGGCTCCTTG-TCTCCCAAT  99
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGACAAAATAAAATCAGTGTCATC-TTAGAGGCTCCTTGTTCTCCCAAT  95

seq1  G-TCATGTCAGGGATTTACTGTCTTTAAGCTTTATTTTTATTTTAATATA  148
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTCAGGGAATTACTGTCTTTAAGCTTTATTTTTATTTTAATATA  145

seq1  TGCAATATGCATAATGATAGATATTCTCTCCCTTGCTTTTACTCCACAGG  198
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGC-ATATGCATAATGATAGATA-TCTCTCCCTTGCTTTTACTCCACAGG  193

seq1  TCATTTGCATCTATATTATGTCTTTCTGTTTAGTTTTTTTATAGGTTTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGCATCTATATTATGTCTTTCTGTTTAGTTTTTTTATAGGTTTCT  243

seq1  CAGTGTATCAATG-AGTGGGTCTCTGCATTTATATATGTTTCTTGAGCTT  297
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTATCAATGAAGTGGGTCTCTGCATTTATATATGTTTCTTGAGCTT  293

seq1  TTTTTCCTATTGTTTGTTTTACCCTATTTCAATGTTTTAGGGTTTTTTTT  347
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTA-TGTTTGTTTTACCCTATTTCAATGTTTTAGGGTTTTTTTT  342

seq1  TTTCTATCTTATTTTATTATTGTCCCTTAGAAGCCTGTTTGTTTTCCAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATCTTATTTTATTATTGTCCCTTAGAAGCCTGTTTGTTTTCCAGT  392

seq1  GAGAGACAGAAAGGGGGTGGATCCAGATGGGAGGGGAAGTGAGGAGGGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACAGAAAGGGGGTGGATCCAGATGGGAGGGGAAGTGAGGAGGGAC  442

seq1  TGGGAGGAGGAGAGGGAGAGGAAACTGTAATCGGGATATAGTATATGAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGAGGAGAGGGAGAGGAAACTGTAATCGGGATATAGTATATGAGA  492

seq1  AAAATGATCTAGCTTTGATTTAAAAAAAAAAAAACGAAATTAAATAAACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATCTAGCTTTGATTTAAAAAAAAAAAAACGAAATTAAATAAACC  542

seq1  ATCACTATGAAGTCACGAAGCACGGCATAGGCTTGGATGATGTCAGCACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTATGAAGTCACGAAGCACGGCATAGGCTTGGATGATGTCAGCACT  592

seq1  GAAAGGAGATTGTTATTTCCAACAGAGTTTTATGAATTTGTTAACATGGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGATTGTTATTTCCAACAGAGTTTTATGAATTTGTTAACATGGG  642

seq1  CAATCAAGTAGAATTTTCAGCAGGCAAGGCAAGCACGTCTCTCTGCTCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGTAGAATTTTCAGCAGGCAAGGCAAGCACGTCTCTCTGCTCAG  692

seq1  TGCTGCAGGAGCAGCTGGAGGATGGTTTCATTTTCCACGCTGCTGAGTAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAGGAGCAGCTGGAGGATGGTTTCATTTTCCACGCTGCTGAGTAA  742

seq1  ACTCTGCAGTCAAGGCTGAAGGGGTTTATTGCCCCAAACAAACCACCTCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCAGTCAAGGCTGAAGGGGTTTATTGCCCCAAACAAACCACCTCC  792

seq1  TAATCTAAAAACCCCATGGCCTTGAAGAAATTCAATATCCGTGTGCATTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTAAAAACCCCATGGCCTTGAAGAAATTCAATATCCGTGTGCATTT  842

seq1  TCAAAGCAGATTAAACAAAGCTGTCCTTTGGGCAAAGCAGTTCTGAAGGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCAGATTAAACAAAGCTGTCCTTTGGGCAAAGCAGTTCTGAAGGC  892

seq1  GTGGCAGCTGCATTTTATATTGTGAGACAAGACACACTTGCTACCGGAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGCTGCATTTTATATTGTGAGACAAGACACACTTGCTACCGGAGA  942

seq1  GAGCAGAGGAGGACAAGGCTGGAGCTGTGGAAGATGCAAACCTCACTCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAGGAGGACAAGGCTGGAGCTGTGGAAGATGCAAACCTCACTCAG  992

seq1  AACGATGCTTAAAAGATCCCTGAAGTGAAGTCAGGCTTGTTAGAAACCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATGCTTAAAAGATCCCTGAAGTGAAGTCAGGCTTGTTAGAAACCTG  1042

seq1  TAGTTAATTATCCTAGCAACTCGCTTTCATGTGAGGGATGTACCGGTTCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAATTATCCTAGCAACTCGCTTTCATGTGAGGGATGTACCGGTTCT  1092

seq1  GATGAATTC  1106
      |||||||||
seq2  GATGAATTC  1101

seq1: chr2_65150745_65151888
seq2: B6Ng01-218O14.g_66_1214

seq1  GAATTCTCCTATTCTCAATTCCTGAGTAGCTAGCATTCTCTCTCTCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTATTCTCAATTCCTGAGTAGCTAGCATTCTCTCTCTCTCTC  50

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATATATATATATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATATATATATATATA  100

seq1  TATATATACATACACATATACATATAGGTATGTATGTATACTGATATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATACATACACATATACATATAGGTATGTATGTATACTGATATGTA  150

seq1  TGTCTAAATATGTATGTATGGAGGCTATCTACTTGTTGTAGTTAATTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAAATATGTATGTATGGAGGCTATCTACTTGTTGTAGTTAATTATA  200

seq1  AGTCTTCTGAGTGCTGGGATTAGAGGCACATGCCACCACACCTGGTCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCTGAGTGCTGGGATTAGAGGCACATGCCACCACACCTGGTCCAT  250

seq1  GGGTTACTCCCTCAGCAGGACTGAGTACATAAACCTGGGGCTTGCTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTACTCCCTCAGCAGGACTGAGTACATAAACCTGGGGCTTGCTCCTG  300

seq1  TCTAAGATACTTGACCTTAAGTGAATATATACAAGACCTCAGCAGAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGATACTTGACCTTAAGTGAATATATACAAGACCTCAGCAGAGAAA  350

seq1  TAGTTGGGAATTTCTTGGCTCACCTACAGTTAGACTCCTCATAGGAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGGAATTTCTTGGCTCACCTACAGTTAGACTCCTCATAGGAAAGA  400

seq1  AAAGAGGTGAGGAGTGCTACTTGTCACCTGTACCACTGTCACCTGCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGTGAGGAGTGCTACTTGTCACCTGTACCACTGTCACCTGCACTG  450

seq1  CTGCAACTGGAAATGGTCTAGAAGTGAGAAAGGTTACCTGCTCTGAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACTGGAAATGGTCTAGAAGTGAGAAAGGTTACCTGCTCTGAGTTC  500

seq1  TGAATATAATTCCAGGTAGAACTGAAATGAAAGATTCTAAGCAAACTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATAATTCCAGGTAGAACTGAAATGAAAGATTCTAAGCAAACTGGC  550

seq1  TAAGAATCCAATCCCTACATGACACAGATGCTGTCTGATACATATACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATCCAATCCCTACATGACACAGATGCTGTCTGATACATATACATA  600

seq1  TACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATATA  650

seq1  CTTATACATATACATACACATATACATATACACCATACACATATACACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACATATACATACACATATACATATACACCATACACATATACACCA  700

seq1  TATACATCACCATATACATATATATTACACACATACACACACATTTATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATCACCATATACATATATATTACACACATACACACACATTTATAC  750

seq1  ATACACATACATACATATTTCATGGAAATGTGTTGCTCAGTGTGCACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATACATACATATTTCATGGAAATGTGTTGCTCAGTGTGCACTTT  800

seq1  AGAGTGTCCAAATTCCATTCTCATCAATGCCTCTCTAACCTTTAGGAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTCCAAATTCCATTCTCATCAATGCCTCTCTAACCTTTAGGAGAC  850

seq1  ACTTTGGAAGTTTAGGTATGACAGCTTAACGAGTTAAATGACAGCCTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGAAGTTTAGGTATGACAGCTTAACGAGTTAAATGACAGCCTGTG  900

seq1  AGTTGCTTTGTGAGC-ATTATGGAA--GGAATGAACTTTGGCAGATATCT  947
      ||||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTTGTGAGCAATTATGGAAAGGAAATGAACTTTGGCAGATATCT  950

seq1  CC-TACTAGGCAAAGACAGGAC-TCGTAGAGATGGAAGGTTAGGCTTTAT  995
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTAGGCAAAGACAGGACTTCGTAGAGATGGAAGGTTAGGCTTTAT  1000

seq1  TTGGCCACACTGTTA-TTCTGCATTTCT-ACAAAACAACACTGAGTCCCT  1043
      |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||
seq2  TTGG-CACACTGTTATTTCTGCATTTCTAACAAAAC-ACACTGAGT-CCT  1047

seq1  AAAC-TTCATCCTGTCACAATGTGAAAGATGTTGGCAATAATGCTCCTGA  1092
      |||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||   |||||||
seq2  AAACTTTCATCCTGTCACATGTTGAAAGATGTTGGCAATATGCCTCCTGA  1097

seq1  TAA--CTGGGTCAAAGGTGGTTTTGTTTTCCATTTGTTTAATAACAAGCA  1140
        |  |||| ||||  || | |||||||||  || |||||||||||||||
seq2  ATATCCTGGATCAA--GTTGATTTGTTTTCATTTGGTTTAATAACAAGCA  1145

seq1  AACA  1144
      ||||
seq2  AACA  1149