BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219M15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 34,108,764 - 34,244,591
singlet/doubletdoublet
Overlap genePbx3
Upstream geneRalgps1, Zbtb34, Zbtb43, LOC676764, Lmx1b, LOC100041918, 2610528K11Rik, LOC100041931
Downstream geneLOC665948, Mapkap1, LOC623448, LOC623269, Gapvd1, Hspa5, Rabepk, Fbxw2, EG623370, Psmd5, D730039F16Rik, Phf19, Traf1, Hc, AI182371, Rab14, Gsn, Stom, LOC654354, 4930568D16Rik, 4930402F06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219M15.bB6Ng01-219M15.g
ACCGA035524GA035525
length730992
definitionB6Ng01-219M15.b B6Ng01-219M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,108,764 - 34,109,493)(34,243,598 - 34,244,591)
sequence
gaattcccttgttcaggaaaagcacaaaaacacattccagcatttccaca
gctcagatttactattctggatgtcaagaacaatccatgggcagtaattt
gaaactgtttgaaccttcaaatgagggaaattagaaatgttttgagagct
aagattttcagtgaggacctaaaaacctgataaaaatctctaactgttac
attccttcctgcccccttccacatcagagtaagaggcctaaatagtccac
agtgagtttcagccagtgctacagtcacagtactgataagtcaaatttac
cttcactgggttaattttaatggtaatatgactatatgtatgtatgtatg
ccaaatttaatgctaaagccatagacccccactatatagccttctttcat
aactgtcttcttgaacactctggccatcactcaaagcaactttctccagt
acaacttacacgagcaaagttataaagttcagggctccagggatccccag
caggcacagttacaaatatttatataaaaagaacaaagacttttaactta
gtcacacttcaaaacatagacatctcaagttcaaagaaatgtaaacattt
acatggcccattcttgaaccatggtacttgatattttaatattcaacaga
gtgacattcatcttctctagtctcagaatcagtctctctgtctctctgtc
tctctctctctctctctctctccctccccc

gaattctcagctgaggaataccgaatggctgagaagcacctgaaaaaatg
ttcatcatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcaaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaattggacatagtactaccagaggatcccgcaatacctctcctgggc
atatatccagaagatgttctaactggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttaaaatagccagaagctggaaagaacccagat
gcccctcaacagaggaatggatatagaaaatgagaattgtaatttttaag
actggtctgggaagcttggtgagacccatcacaaatcaaaccaaaccaaa
ccaaaccaaaccctgtgactgaaggtggttttacaaagataaacatctgg
atgttttagcatggagagtctacagaatttgttaccaccaagccttaggg
acagaactcaaaaccaggcagacccaagatttccttagtcatatttgacg
ccgcgatctactgcttagaacagggtctttatctgaggtaagcgatcact
aacacttgagctttggtgccacaagcctggaatcccaggtccttagaagg
gtgaaacaggaggatagtaagttcaaagctaacctgggtaacttgagaga
cactgattgtgcgtggggtgacagcttagtgacagagtacccacaagcac
gtgcgaggctctccatcaattcccagcgccataagcaaaacaacctagca
aaccagagactaattgttgagcaaataaataccaatgtcccataaaattt
ggacagtcatctctgtctccaagtcttgcctctctctcctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_34108764_34109493
seq2: B6Ng01-219M15.b_42_771

seq1  GAATTCCCTTGTTCAGGAAAAGCACAAAAACACATTCCAGCATTTCCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTGTTCAGGAAAAGCACAAAAACACATTCCAGCATTTCCACA  50

seq1  GCTCAGATTTACTATTCTGGATGTCAAGAACAATCCATGGGCAGTAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGATTTACTATTCTGGATGTCAAGAACAATCCATGGGCAGTAATTT  100

seq1  GAAACTGTTTGAACCTTCAAATGAGGGAAATTAGAAATGTTTTGAGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGTTTGAACCTTCAAATGAGGGAAATTAGAAATGTTTTGAGAGCT  150

seq1  AAGATTTTCAGTGAGGACCTAAAAACCTGATAAAAATCTCTAACTGTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTCAGTGAGGACCTAAAAACCTGATAAAAATCTCTAACTGTTAC  200

seq1  ATTCCTTCCTGCCCCCTTCCACATCAGAGTAAGAGGCCTAAATAGTCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCCTGCCCCCTTCCACATCAGAGTAAGAGGCCTAAATAGTCCAC  250

seq1  AGTGAGTTTCAGCCAGTGCTACAGTCACAGTACTGATAAGTCAAATTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTTCAGCCAGTGCTACAGTCACAGTACTGATAAGTCAAATTTAC  300

seq1  CTTCACTGGGTTAATTTTAATGGTAATATGACTATATGTATGTATGTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTGGGTTAATTTTAATGGTAATATGACTATATGTATGTATGTATG  350

seq1  CCAAATTTAATGCTAAAGCCATAGACCCCCACTATATAGCCTTCTTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTTAATGCTAAAGCCATAGACCCCCACTATATAGCCTTCTTTCAT  400

seq1  AACTGTCTTCTTGAACACTCTGGCCATCACTCAAAGCAACTTTCTCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTTCTTGAACACTCTGGCCATCACTCAAAGCAACTTTCTCCAGT  450

seq1  ACAACTTACACGAGCAAAGTTATAAAGTTCAGGGCTCCAGGGATCCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTACACGAGCAAAGTTATAAAGTTCAGGGCTCCAGGGATCCCCAG  500

seq1  CAGGCACAGTTACAAATATTTATATAAAAAGAACAAAGACTTTTAACTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACAGTTACAAATATTTATATAAAAAGAACAAAGACTTTTAACTTA  550

seq1  GTCACACTTCAAAACATAGACATCTCAAGTTCAAAGAAATGTAAACATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACTTCAAAACATAGACATCTCAAGTTCAAAGAAATGTAAACATTT  600

seq1  ACATGGCCCATTCTTGAACCATGGTACTTGATATTTTAATATTCAACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCCCATTCTTGAACCATGGTACTTGATATTTTAATATTCAACAGA  650

seq1  GTGACATTCATCTTCTCTAGTCTCAGAATCAGTCTCTCTGTCTCTCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATTCATCTTCTCTAGTCTCAGAATCAGTCTCTCTGTCTCTCTGTC  700

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCCC  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCCC  730


seq1: chr2_34243598_34244591
seq2: B6Ng01-219M15.g_67_1058 (reverse)

seq1  AGAGGAGAGGAGAGGCAAGACTTGGAGACAGAGATGACTGTCCAAATTTT  50
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGA-GAGAGGCAAGACTTGGAGACAGAGATGACTGTCCAAATTTT  49

seq1  ATGGGACATTGGTATTTATTTTGCTCAACAATTAGTCTCTGGTTTGCTAG  100
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACATTGGTATTTA-TTTGCTCAACAATTAGTCTCTGGTTTGCTAG  98

seq1  GTTGTTTTGCTTATGGCGCTGGGAATTGATGGAGAGCCTCGCACGTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTTGCTTATGGCGCTGGGAATTGATGGAGAGCCTCGCACGTGCTT  148

seq1  GTGGGTACTCTGTCACTAAGCTGTCACCCCACGCACAATCAGTGTCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTACTCTGTCACTAAGCTGTCACCCCACGCACAATCAGTGTCTCTC  198

seq1  AAGTTACCCAGGTTAGCTTTGAACTTACTATCCTCCTGTTTCACCCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACCCAGGTTAGCTTTGAACTTACTATCCTCCTGTTTCACCCTTCT  248

seq1  AAGGACCTGGGATTCCAGGCTTGTGGCACCAAAGCTCAAGTGTTAGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACCTGGGATTCCAGGCTTGTGGCACCAAAGCTCAAGTGTTAGTGAT  298

seq1  CGCTTACCTCAGATAAAGACCCTGTTCTAAGCAGTAGATCGCGGCGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTACCTCAGATAAAGACCCTGTTCTAAGCAGTAGATCGCGGCGTCAA  348

seq1  ATATGACTAAGGAAATCTTGGGTCTGCCTGGTTTTGAGTTCTGTCCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACTAAGGAAATCTTGGGTCTGCCTGGTTTTGAGTTCTGTCCCTAA  398

seq1  GGCTTGGTGGTAACAAATTCTGTAGACTCTCCATGCTAAAACATCCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGTGGTAACAAATTCTGTAGACTCTCCATGCTAAAACATCCAGAT  448

seq1  GTTTATCTTTGTAAAACCACCTTCAGTCACAGGGTTTGGTTTGGTTTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCTTTGTAAAACCACCTTCAGTCACAGGGTTTGGTTTGGTTTGGT  498

seq1  TTGGTTTGATTTGTGATGGGTCTCACCAAGCTTCCCAGACCAGTCTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTGATTTGTGATGGGTCTCACCAAGCTTCCCAGACCAGTCTTAAA  548

seq1  AATTACAATTCTCATTTTCTATATCCATTCCTCTGTTGAGGGGCATCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAATTCTCATTTTCTATATCCATTCCTCTGTTGAGGGGCATCTGG  598

seq1  GTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTTTAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTTTAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTG  648

seq1  GAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTAGAACATCTTCTGGATATATGCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTAGAACATCTTCTGGATATATGCCCAG  698

seq1  GAGAGGTATTGCGGGATCCTCTGGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTATTGCGGGATCCTCTGGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGAGGA  748

seq1  ACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAA  798

seq1  CAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGCATCTGCTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGCATCTGCTGTC  848

seq1  ACCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCA  898

seq1  GGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGATGAACATTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGATGAACATTTT  948

seq1  TTCAGGTGCTTCTCAGCCATTCGGTATTCCTCAGCTGAGAATTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTGCTTCTCAGCCATTCGGTATTCCTCAGCTGAGAATTC  992


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |