BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230L01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 151,016,262 - 151,136,856
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930442J19Rik
Upstream geneEG245174, 3300002I08Rik, LOC100043832, OTTMUSG00000015730, LOC668924, OTTMUSG00000015743, LOC545472, Cst7, 2310001A20Rik, Acss1, Vsx1, Entpd6, LOC100043605, Pygb, Abhd12, Gins1, LOC668925, 4930519N13Rik, LOC668926, Nanp, LOC433486, LOC381390
Downstream geneLOC100043839, LOC100043840, 4921509C19Rik, Nsfl1c, Fkbp1a, Sdcbp2, Snph, LOC668929, BC052486, 5430405G05Rik, Psmf1, Rspo4, Angpt4, 5430432M24Rik, 2310046K01Rik, Scrt2, Srxn1, Tcf15, LOC100043843, Csnk2a1, Tbc1d20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230L01.bB6Ng01-230L01.g
ACCGA043489GA043490
length1,202921
definitionB6Ng01-230L01.b B6Ng01-230L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,135,666 - 151,136,856)(151,016,262 - 151,017,180)
sequence
gaattctgccccctgttgtgattattctacaggtttatcactataaaagg
aggaaatagagtgctgcttccacaagccagagagagaagcaccctccatc
tccctggaccagcctagggcagtaaagcttcctttgtccagacacatctt
ctgactgaaggcttctaggacaccaagccccacagatgacggctgagacc
cactgatgacagacttgagaccttccagaaagtaatgaactctctgccag
agactaatgcatattggaagttagggacatgtatatgatagtaaggaaaa
tgttatgtctatatcaataaatcaaatgttgtttaaaactgatgttaata
ccctcacaaaccctatgcaaatccactcggtgaccacctgctgaacaatt
attcgttcaacaaacccttttcatctcagcctcacaaccatggccgctgg
acagctaatcatattaaagtccatggatgccccccccaacacacacacac
acacacacaattccctggatacgtcaagaggggataacagattcctcaat
ctctgaatccctgacaggactataattaactatggataccatttttttcc
ctcattacctgaccaccttttccaatctgctgacattgtgctgggacatc
acatcaacactaaccgctgctgatacatcacttcaaaactaacttccatt
agtgcacgaaggatgcccaacactattgatattgctggtattccttcctg
gattcatcactctcatctcaagaaagcacctgaggatttcatagaaagaa
aaacttgccaacagaggtgaaatctgacttaatggagatccttcaagatt
aaaattttcaagggtttaatattttatcgctaatcttttcttactcacat
tttatactatgatagtcataatgttagcatattagattattattcacgcc
cttaaagtttagctgttctagcccacatagaacatgcaacttgaaaactg
aagcttgtgcttctcatgtataagaacatttacacatgtaattggattct
aagttgaagcagattactgtaagctctttcacttgccatcctgggaatga
agtgtgggcatttaacagttaaaaagaaacctacaagtcattctaactat
ggcatgtcagccaactaggcaagctgctaggtactgggtggctccatatc
at
gaattccaggtgactttgccattgggaggctctgtttaaatcacaggttg
aaagtagaggaaaagttgctgatgctttattctgcccctagaatataaaa
attcactagatgggcactggaggtcggcacctctcctttgggtccgggat
gaccctggtgaactggaacaataaattcctcttgctttttgcattgatcc
aggctccacgtggttcactcaggggtccctggtaagctaaggctccccgg
agtcttacagcaggagctgaacaaaggtgagacccttggtctagatgagg
cgtgaatgctcaagtgtgcacactgctgactgacacaggaggctcgctca
gatcccaggaagcatggtggtttcagtagagtggcagagctgtgactcca
ctgggatagctagagaaagttgcaagaataatgaaggacaatagaaggca
tgcttgcaaaagaatttggtagaaaaattatttttagtctgtggccatta
gaatgtagatttcaaaagagttctgcccatgccttgtgtgtcgatgtcca
tgggtagaggtggctttctttcttcaccagctgtcagtcattgagactcc
acaggtcttaaccacctcaggacgcaccagaggaacccacctatcccaac
tccccttgagatttttttaacctcttttgtctacgtataatttgctgtct
cagaagctcagggtgctttcctgctgtcttgttatttttagacaaaattt
atgttcttggttgcaatgttaaataagagcaaattctaacctccccttca
ggttactccctcaagctctcatatgtatgtgctgtgtatccattaatgaa
ctagttaaagaaaaaactagttaaagagagagagagagagagagagagag
agagagagaagagtagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_151135666_151136856
seq2: B6Ng01-230L01.b_46_1247 (reverse)

seq1  ATGATATGCA-----CCAGTACCCTAGCAAGTTTGCCTAGTTGTGCTGGA  45
      |||||||| |     |||||| |||||| || ||||||||||| ||| ||
seq2  ATGATATGGAGCCACCCAGTA-CCTAGC-AGCTTGCCTAGTTG-GCT-GA  46

seq1  CATG-CATAGATTAGGATGACTTGTAGG-TTCTTTTTAAATTGTAAATGC  93
      |||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |  |||||||
seq2  CATGCCATAG-TTAGAATGACTTGTAGGTTTCTTTTTAACTGTTAAATGC  95

seq1  CCACACTTCA-TCCCAGAATGGC-AGTGAAAGAGCTTACAGTAATCTGCT  141
      |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTTCATTCCCAGGATGGCAAGTGAAAGAGCTTACAGTAATCTGCT  145

seq1  TCAACTTAGA--TCAATTACATGTTGTAAAAATGTCTTATACATGAG-AG  188
      ||||||||||   |||||||||| ||||||  | ||||||||||||| ||
seq2  TCAACTTAGAATCCAATTACATG-TGTAAATGT-TCTTATACATGAGAAG  193

seq1  CACAAGCTTCAGTTTTCAAG-TGCATGTTCTATGTGGGCTAGAACAGCTA  237
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCTTCAGTTTTCAAGTTGCATGTTCTATGTGGGCTAGAACAGCTA  243

seq1  AACTTTAAGGGCGTGAAT-ATAATCTAATATGCTAACATTATGACTATCA  286
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAGGGCGTGAATAATAATCTAATATGCTAACATTATGACTATCA  293

seq1  TAGTATAAAATGTGAGTAAGAAAAGATTAGCGATAAAATATTAAA-CCTT  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGTATAAAATGTGAGTAAGAAAAGATTAGCGATAAAATATTAAACCCTT  343

seq1  GAAAATTTTAATCTTGAAGGATCTCCATTAAGTCAGATTTCACCTCTGTT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTTAATCTTGAAGGATCTCCATTAAGTCAGATTTCACCTCTGTT  393

seq1  GGCAAGTTTTTCTTTCTATGAAATCCTCAGGTGCTTTCTTGAGATGAGAG  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTTTTTCTTTCTATGAAATCCTCAGGTGCTTTCTTGAGATGAGAG  443

seq1  TGATGAATCCAGGAAGGAATACCAGCAATATCAATAGTGTTGGGCATCCT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAATCCAGGAAGGAATACCAGCAATATCAATAGTGTTGGGCATCCT  493

seq1  TCGTGCACTAATGGAAGTTAGTTTTGAAGTGATGTATCAGCAGCGGTTAG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCACTAATGGAAGTTAGTTTTGAAGTGATGTATCAGCAGCGGTTAG  543

seq1  TGTTGATGTGATGTACCAGCACAATGTCAGCAGATTGGAAAAGGTGGTCA  585
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATGTGATGTCCCAGCACAATGTCAGCAGATTGGAAAAGGTGGTCA  593

seq1  GGTAATGAGGGAAAAAAATGGTATCCATAGTTAATTATAGTCCTGTCAGG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGAGGGAAAAAAATGGTATCCATAGTTAATTATAGTCCTGTCAGG  643

seq1  GATTCAGAGATTGAGGAATCTGTTATCCCCTCTTGACGTATCCAGGGAAT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGAGATTGAGGAATCTGTTATCCCCTCTTGACGTATCCAGGGAAT  693

seq1  --TGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGGGGGGCATCCATGGACTTTAATATG  733
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGGGGGGCATCCATGGACTTTAATATG  743

seq1  ATTAGCTGTCCAGCGGCCATGGTTGTGAGGCTGAGATGAAAAGGGTTTGT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTGTCCAGCGGCCATGGTTGTGAGGCTGAGATGAAAAGGGTTTGT  793

seq1  TGAACGAATAATTGTTCAGCAGGTGGTCACCGAGTGGATTTGCATAGGGT  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGAATAATTGTTCAGCAGGTGGTCACCGAGTGGATTTGCATAGGGT  843

seq1  TTGTGAGGGTATTAACATCAGTTTTAAACAACATTTGATTTATTGATATA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGGGTATTAACATCAGTTTTAAACAACATTTGATTTATTGATATA  893

seq1  GACATAACATTTTCCTTACTATCATATACATGTCCCTAACTTCC-ATATG  932
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GACATAACATTTTCCTTACTATCATATACATGTCCCTAACTTCCAATATG  943

seq1  CATTAGTCTCTGGCAGAGAGTTCATTACTTTCTGGAAGGTCTCAAGTCTG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTCTCTGGCAGAGAGTTCATTACTTTCTGGAAGGTCTCAAGTCTG  993

seq1  TCATCAGTGGGTCTCAGCCGTCATCTGTGGGGCTTGGTGTCCTAGAAGCC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGTGGGTCTCAGCCGTCATCTGTGGGGCTTGGTGTCCTAGAAGCC  1043

seq1  TTCAGTCAGAAGATGTGTCTGGACAAAGGAAGCTTTACTGCCCTAGGCTG  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCAGAAGATGTGTCTGGACAAAGGAAGCTTTACTGCCCTAGGCTG  1093

seq1  GTCCAGGGAGATGGAGGGTGCTTCTCTCTCTGGCTTGTGGAAGCAGCACT  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGGAGATGGAGGGTGCTTCTCTCTCTGGCTTGTGGAAGCAGCACT  1143

seq1  CTATTTCCTCCTTTTATAGTGATAAACCTGTAGAATAATCACAACAGGGG  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCCTCCTTTTATAGTGATAAACCTGTAGAATAATCACAACAGGGG  1193

seq1  GCAGAATTC  1191
      |||||||||
seq2  GCAGAATTC  1202

seq1: chr2_151016262_151017180
seq2: B6Ng01-230L01.g_67_987

seq1  GAATTCCAGGTGACTTTGCCATTGGGAGGCTCTGTTTAAATCACAGGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTGACTTTGCCATTGGGAGGCTCTGTTTAAATCACAGGTTG  50

seq1  AAAGTAGAGGAAAAGTTGCTGATGCTTTATTCTGCCCCTAGAATATAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGAGGAAAAGTTGCTGATGCTTTATTCTGCCCCTAGAATATAAAA  100

seq1  ATTCACTAGATGGGCACTGGAGGTCGGCACCTCTCCTTTGGGTCCGGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTAGATGGGCACTGGAGGTCGGCACCTCTCCTTTGGGTCCGGGAT  150

seq1  GACCCTGGTGAACTGGAACAATAAATTCCTCTTGCTTTTTGCATTGATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGGTGAACTGGAACAATAAATTCCTCTTGCTTTTTGCATTGATCC  200

seq1  AGGCTCCACGTGGTTCACTCAGGGGTCCCTGGTAAGCTAAGGCTCCCCGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCACGTGGTTCACTCAGGGGTCCCTGGTAAGCTAAGGCTCCCCGG  250

seq1  AGTCTTACAGCAGGAGCTGAACAAAGGTGAGACCCTTGGTCTAGATGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTACAGCAGGAGCTGAACAAAGGTGAGACCCTTGGTCTAGATGAGG  300

seq1  CGTGAATGCTCAAGTGTGCACACTGCTGACTGACACAGGAGGCTCGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAATGCTCAAGTGTGCACACTGCTGACTGACACAGGAGGCTCGCTCA  350

seq1  GATCCCAGGAAGCATGGTGGTTTCAGTAGAGTGGCAGAGCTGTGACTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAGGAAGCATGGTGGTTTCAGTAGAGTGGCAGAGCTGTGACTCCA  400

seq1  CTGGGATAGCTAGAGAAAGTTGCAAGAATAATGAAGGACAATAGAAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATAGCTAGAGAAAGTTGCAAGAATAATGAAGGACAATAGAAGGCA  450

seq1  TGCTTGCAAAAGAATTTGGTAGAAAAATTATTTTTAGTCTGTGGCCATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCAAAAGAATTTGGTAGAAAAATTATTTTTAGTCTGTGGCCATTA  500

seq1  GAATGTAGATTTCAAAAGAGTTCTGCCCATGCCTTGTGTGTCGATGTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGATTTCAAAAGAGTTCTGCCCATGCCTTGTGTGTCGATGTCCA  550

seq1  TGGGTAGAGGTGGCTTTCTTTCTTCACCAGCTGTCAGTCATTGAGACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGAGGTGGCTTTCTTTCTTCACCAGCTGTCAGTCATTGAGACTCC  600

seq1  ACAGGTCTTAACCACCTCAGGACGCACCAGAGGAACCCACCTATCCCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCTTAACCACCTCAGGACGCACCAGAGGAACCCACCTATCCCAAC  650

seq1  TCCCCTTGAGATTTTTTTAACCTCTTTTGTCTACGTATAATTTGCTGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTGAGATTTTTTTAACCTCTTTTGTCTACGTATAATTTGCTGTCT  700

seq1  CAGAAGCTCAGGGTGCTTTCCTGCTGTCTTGTTATTTTTAGAC-AAATTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGAAGCTCAGGGTGCTTTCCTGCTGTCTTGTTATTTTTAGACAAAATTT  750

seq1  ATGTTCTTGGTTGCAATGTTAAATAAGAGCAAATTCTAACCTCCCCTTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTGGTTGCAATGTTAAATAAGAGCAAATTCTAACCTCCCCTTCA  800

seq1  GGTTACTCCCTCAAGCTCTCATATGTATGTGCTGTGTATCCATTAATGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACTCCCTCAAGCTCTCATATGTATGTGCTGTGTATCCATTAATGAA  850

seq1  CTAGTT-AAGAAAAAACTAGTTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  898
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTAAAGAAAAAACTAGTTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  900

seq1  AGAGAGAGAGAGAG-AGAGAGA  919
      ||||||||| |||| |||||||
seq2  AGAGAGAGA-AGAGTAGAGAGA  921