BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231H15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 179,242,617 - 179,363,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh4
Upstream geneLOC100039368, LOC665264, LOC100043168, LOC100039413
Downstream geneTaf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283, Slco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr, Col9a3, Tcfl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231H15.bB6Ng01-231H15.g
ACCGA044069GA044070
length1,1691,132
definitionB6Ng01-231H15.b B6Ng01-231H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(179,362,428 - 179,363,578)(179,242,617 - 179,243,738)
sequence
gaattctgtcaggaacaaggacaacaacaacaacaacaccaccctcaaaa
cagggacggaaagtaatggtgttttattttgagacatctgcagcgaattt
aattgtgcctatttctctctacctgtaaccactagtaggaagcttgcacc
atgtggtggtcacctgcagtgcttggaggaccatcctgtcactcagattg
tgagacacacatctctagagcatgcctctctttaacccttctagctgtac
ctgtctttcacagcactaggtgggtacaaccacgactaatggggccccag
aaggctgggtcttctttctttcagataatatcatgatcttatccctaagc
catgtgacacaaggtggggatacttctcacccacacaagtaacatcgcac
actcttctttccagtagacaatgagaatcctcaactatttgcaactgtcc
ctttaatggggaacaccaccgaagccattgtgaccaataggaagagccct
ggcagtctgagcagactgcccggtcaccagcttgtggaattagaaacaga
cactagagattgtgagaaagacaacgtagaggtgtccatgtcattctcaa
ggacagacctcagctcaatccctggggctgctgagagattagaatgttcc
tcacagggagagcaggtcctgaagctcacactgacatccggtgttctgcc
tcatttgggtcaaccattctgacttcaggttggagtctccaatcatttgg
tctgtgaacttcccaagtcagaaagtccacagcaaccacactgctttgta
gcttgctgcttaactattgcatctttacccttgcattcatttgtacatgc
tgaaccaagatataccaagacgtgccatcatagacttggaaaacatggcc
agcatccctcgcgcacagaccaaaggatcatcagcctgtgggtgcatggg
ccagggggggtggtttactgtacaatggggtcttccactcacattcttct
ggagccaggaagtggaggggaacatttctttgctggtgtgacagctagta
taagaccacacgtatgcccagcttagcagtgggagtcacttaccctagaa
taagcaggaaagttggtggagttgaagtagaatctccctcctactgaatc
cctaggttcttgtgagcaa
gaattctggagaaaacctcaccgggcactttgcatgcccacaggccccgc
agaggacggctgttcctgaagctaacgcccagtgatgctcatggaggctg
cacaggaaagttacatgcatccatgacatccaggacacgcagccaagcca
gggcaaaccaaaatttccccaatgagatgggcacaaccatcatgctgtga
ccctgtggtgacactctgtgagagaccttatacacaaatctctccttgag
agctccagcagagacacatgaaaatgttgccaattcatatcaacaagact
atttctgataccatttatatgatgctttaaaaaaaaatccccaaatactt
attttgtttatggtcgggaatagaattgggagtatgaacagacatgcaga
ctgactttcaagtggaagtttccaccatggatggagggaccagcttaagg
acggtgtgaaaacagtcattcttccctaaggcatatggtttctgaaagtc
tgggcagagatgggaagtgttctttcttactttctgatttaggggtatgt
acatggaagtgtgtgtgtgtgtatatgtatgtgctcttgcatgcatgtgt
gtgtgtttgtgtgtgtgtgcatgtatgtgtgtgtactcttgcatgcacat
gcatgtgcgtgtgtttgcatgcccatgctcttgcatgcacatgtgtgctc
ttgtatgtttctatggacctaaacatttcattgagctggtccagtcatgg
gcttgataaagagatggccacaatgattttcacctaacccaaatatccaa
aaagtatatacaactctttggatccagataaaaaccagtgccagatactg
aggtgtgaggaggttataggggccatggaaactgacaagccccaagaaat
gcaagcattctgccatcttcttgcttttgtgttgttctgtgatgggaggc
ttaacggtgttttcccaaagctgggatcccctacaggccacagtccgaca
gcccatgttctttagtaaggtgcgtaattctgctgaaattgagaagccaa
tctccccactacctggctagtccaatgcctgcctgctttggcatcccagt
tgaaatagcccaattgccgtgagggagaggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_179362428_179363578
seq2: B6Ng01-231H15.b_43_1211 (reverse)

seq1  TTGCT-ACAAGAA-CTAGGAATCCAGTAGG-GGGAGACTCTAC-TCAACT  46
      ||||| ||||||| ||||| || ||||||| |||||| ||||| ||||||
seq2  TTGCTCACAAGAACCTAGGGATTCAGTAGGAGGGAGATTCTACTTCAACT  50

seq1  -CACAAACCTTTCCT-CTTATTCCTAGGTAAGTGACT--CACTGCTAAAG  92
       ||| || ||||||| |||||||   |||||||||||  ||||||| |||
seq2  CCACCAA-CTTTCCTGCTTATTCTAGGGTAAGTGACTCCCACTGCT-AAG  98

seq1  CTGGGCATACGTGT-GTC-TATACTGGCTGTCACACCAGCAA--GAATGT  138
      |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||   |||||
seq2  CTGGGCATACGTGTGGTCTTATACTAGCTGTCACACCAGCAAAGAAATGT  148

seq1  T-CCCTCCACTTCCTGGCTCCAGA--GATGTGAGT-GAAGACCCCA-TGT  183
      | ||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||| |||
seq2  TCCCCTCCACTTCCTGGCTCCAGAAGAATGTGAGTGGAAGACCCCATTGT  198

seq1  ACAGTAAACCA-CCCCCCTGG-CCATGCACCCACAGGCTGATGATCC-TT  230
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGTAAACCACCCCCCCTGGCCCATGCACCCACAGGCTGATGATCCTTT  248

seq1  GGTCTGTGCGCGAGGGATGCTGGCCATGTTTTCCAAGTCTATGATGGCAC  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTGCGCGAGGGATGCTGGCCATGTTTTCCAAGTCTATGATGGCAC  298

seq1  GTCTTGGTATATCTTGGTTCAGCATGTACAAATGAATGCAAGGGTAAAGA  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGTATATCTTGGTTCAGCATGTACAAATGAATGCAAGGGTAAAGA  348

seq1  TGCAATAGTTAAGCAGCAAGCTACAAAGCAGTGTGGTTGCTGTGGACTTT  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATAGTTAAGCAGCAAGCTACAAAGCAGTGTGGTTGCTGTGGACTTT  398

seq1  CTGACTTGGGAAGTTCACAGACCAAATGATTGGAGACTCCAACCTGAAGT  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTGGGAAGTTCACAGACCAAATGATTGGAGACTCCAACCTGAAGT  448

seq1  CAGAATGGTTGACCCAAATGAGGCAGAACACCGGATGTCAGTGTGAGCTT  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGGTTGACCCAAATGAGGCAGAACACCGGATGTCAGTGTGAGCTT  498

seq1  CAGGACCTGCTCTCCCTGTGAGGAACATTCTAATCTCTCAGCAGCCCCAG  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCTGCTCTCCCTGTGAGGAACATTCTAATCTCTCAGCAGCCCCAG  548

seq1  GGATTGAGCTGAGGTCTGTCCTTGAGAATGACATGGACACCTCTACGTTG  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAGCTGAGGTCTGTCCTTGAGAATGACATGGACACCTCTACGTTG  598

seq1  TCTTTCTCACAATCTCTAGTGTCTGTTTCTAATTCCACAAGCTGGTGACC  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCACAATCTCTAGTGTCTGTTTCTAATTCCACAAGCTGGTGACC  648

seq1  GGGCAGTCTGCTCAGACTGCCAGGGCTCTTCCTATTGGTCACAATGGCTT  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTCTGCTCAGACTGCCAGGGCTCTTCCTATTGGTCACAATGGCTT  698

seq1  CGGTGGTGTTCCCCATTAAAGGGACAGTTGCAAATAGTTGAGGATTCTCA  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGTGTTCCCCATTAAAGGGACAGTTGCAAATAGTTGAGGATTCTCA  748

seq1  TTGTCTACTGGAAAGAAGAGTGTGCGATGTTACTTGTGTGGGTGAGAAGT  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACTGGAAAGAAGAGTGTGCGATGTTACTTGTGTGGGTGAGAAGT  798

seq1  ATCCCCACCTTGTGTCACATGGCTTAGGGATAAGATCATGATATTATCTG  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCACCTTGTGTCACATGGCTTAGGGATAAGATCATGATATTATCTG  848

seq1  AAAGAAAGAAGACCCAGCCTTCTGGGGCCCCATTAGTCGTGGTTGTACCC  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGAAGACCCAGCCTTCTGGGGCCCCATTAGTCGTGGTTGTACCC  898

seq1  ACCTAGTGCTGTGAAAGACAGGTACAGCTAGAAGGGTTAAAGAGAGGCAT  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGTGCTGTGAAAGACAGGTACAGCTAGAAGGGTTAAAGAGAGGCAT  948

seq1  GCTCTAGAGATGTGTGTCTCACAATCTGAGTGACAGGATGGTCCTCCAAG  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGAGATGTGTGTCTCACAATCTGAGTGACAGGATGGTCCTCCAAG  998

seq1  CACTGCAGGTGACCACCACATGGTGCAAGCTTCCTACTAGTGGTTACAGG  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAGGTGACCACCACATGGTGCAAGCTTCCTACTAGTGGTTACAGG  1048

seq1  TAGAGAGAAATAGGCACAATTAAATTCGCTGCAGATGTCTCAAAATAAAA  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGAAATAGGCACAATTAAATTCGCTGCAGATGTCTCAAAATAAAA  1098

seq1  CACCATTACTTTCCGTCCCTGTTTTGAGGGTGGTGTTGTTGTTGTTGTTG  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTACTTTCCGTCCCTGTTTTGAGGGTGGTGTTGTTGTTGTTGTTG  1148

seq1  TCCTTGTTCCTGACAGAATTC  1151
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTCCTGACAGAATTC  1169

seq1: chr2_179242617_179243738
seq2: B6Ng01-231H15.g_67_1198

seq1  GAATTCTGGAGAAAACCTCACCGGGCACTTTGCATGCCCACAGGCCCCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAGAAAACCTCACCGGGCACTTTGCATGCCCACAGGCCCCGC  50

seq1  AGAGGACGGCTGTTCCTGAAGCTAACGCCCAGTGATGCTCATGGAGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACGGCTGTTCCTGAAGCTAACGCCCAGTGATGCTCATGGAGGCTG  100

seq1  CACAGGAAAGTTACATGCATCCATGACATCCAGGACACGCAGCCAAGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAAAGTTACATGCATCCATGACATCCAGGACACGCAGCCAAGCCA  150

seq1  GGGCAAACCAAAATTTCCCCAATGAGATGGGCACAACCATCATGCTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAACCAAAATTTCCCCAATGAGATGGGCACAACCATCATGCTGTGA  200

seq1  CCCTGTGGTGACACTCTGTGAGAGACCTTATACACAAATCTCTCCTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGGTGACACTCTGTGAGAGACCTTATACACAAATCTCTCCTTGAG  250

seq1  AGCTCCAGCAGAGACACATGAAAATGTTGCCAATTCATATCAACAAGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGCAGAGACACATGAAAATGTTGCCAATTCATATCAACAAGACT  300

seq1  ATTTCTGATACCATTTATATGATGCTTTAAAAAAAAATCCCCAAATACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGATACCATTTATATGATGCTTTAAAAAAAAATCCCCAAATACTT  350

seq1  ATTTTGTTTATGGTCGGGAATAGAATTGGGAGTATGAACAGACATGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTTTATGGTCGGGAATAGAATTGGGAGTATGAACAGACATGCAGA  400

seq1  CTGACTTTCAAGTGGAAGTTTCCACCATGGATGGAGGGACCAGCTTAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTCAAGTGGAAGTTTCCACCATGGATGGAGGGACCAGCTTAAGG  450

seq1  ACGGTGTGAAAACAGTCATTCTTCCCTAAGGCATATGGTTTCTGAAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGTGAAAACAGTCATTCTTCCCTAAGGCATATGGTTTCTGAAAGTC  500

seq1  TGGGCAGAGATGGGAAGTGTTCTTTCTTACTTTCTGATTTAGGGGTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGAGATGGGAAGTGTTCTTTCTTACTTTCTGATTTAGGGGTATGT  550

seq1  ACATGGAAGTGTGTGTGTGTGTATATGTATGTGCTCTTGCATGCATGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAGTGTGTGTGTGTGTATATGTATGTGCTCTTGCATGCATGTGT  600

seq1  GTGTGTTTGTGTGTGTGTGCATGTATGTGTGTGTACTCTTGCATGCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTGTGTGTGTGTGCATGTATGTGTGTGTACTCTTGCATGCACAT  650

seq1  GCATGTGCGTGTGTTTGCATGCCCATGCTCTTGCATGCACATGTGTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGCGTGTGTTTGCATGCCCATGCTCTTGCATGCACATGTGTGCTC  700

seq1  TTGTATGTTTCTATGGACCTAAACATTTCATTGAGCTGGTCCAGTCATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTTTCTATGGACCTAAACATTTCATTGAGCTGGTCCAGTCATGG  750

seq1  GCTTGATAAAGAGATGGCCACAATGATTTTCACCTAACCC-AATATCCAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTTGATAAAGAGATGGCCACAATGATTTTCACCTAACCCAAATATCCAA  800

seq1  AAAGTATATACAACTC-TTGGATCCAGAT-AAAACCAGTGCCAGATACTG  847
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATATACAACTCTTTGGATCCAGATAAAAACCAGTGCCAGATACTG  850

seq1  AGGTGTGAGGAGGTTATA-GGGCCATGGAAACTGACAAGCCCC-AGGAAT  895
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||
seq2  AGGTGTGAGGAGGTTATAGGGGCCATGGAAACTGACAAGCCCCAAGAAAT  900

seq1  GCAAGCATTCTGCCATCTTCTTGCCTTTGTGTTGTTCTGTGAT-GGAGGC  944
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCAAGCATTCTGCCATCTTCTTGCTTTTGTGTTGTTCTGTGATGGGAGGC  950

seq1  -TAACGGGTGTTTCCCCAAGCTGGGAT-CCCTACAGGGCACAG-CCGACA  991
       ||||||   |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||
seq2  TTAACGGTGTTTTCCCAAAGCTGGGATCCCCTACAGGCCACAGTCCGACA  1000

seq1  GCCCATGT--CTTAGTAAGGTGCGT-ATTCTGCTGAAATTGAGAAG-CAT  1037
      ||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || 
seq2  GCCCATGTTCTTTAGTAAGGTGCGTAATTCTGCTGAAATTGAGAAGCCAA  1050

seq1  TCT-CCCACTACCT-GCTAGTCCAATG-CTG-CTGCTTT-GCATCCCACG  1082
      ||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||  
seq2  TCTCCCCACTACCTGGCTAGTCCAATGCCTGCCTGCTTTGGCATCCCAGT  1100

seq1  TGCAGTAGCC--AATGCGGAGGGAGGGCAGAAGGGAGAGGCC  1122
      || | |||||  | ||| | |          |||||||||||
seq2  TGAAATAGCCCAATTGCCGTG----------AGGGAGAGGCC  1132