BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231I17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 32,294,950 - 32,504,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc25a25, 4933440H19Rik, C230093N12Rik, Dpm2, Pip5kl1, St6galnac4, St6galnac6, Ak1, Eng
Upstream geneBC034076, Ass1, Fubp3, LOC100041465, Prdm12, Exosc2, Abl1, BC094274, Fibcd1, Lamc3, 2810003C17Rik, Nup214, A130092J06Rik, LOC100040058, Ppapdc3, 5830434P21Rik, Pomt1, Uck1, LOC622534, 2900010J23Rik, Golga2, Dnm1, Ciz1, 1110008P14Rik, Lcn2, Ptges2, LOC100041671
Downstream geneFpgs, Cdk9, Sh2d3c, Tor2a, Ttc16, Ptrh1, 1700019L03Rik, Stxbp1, 9130404D14Rik, Lrsam1, Snora65, Slc2a8, Garnl3, Ralgps1, Angptl2, Zbtb34, Zbtb43, LOC676764, Lmx1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231I17.bB6Ng01-231I17.g
ACCGA044116GA044117
length1,174908
definitionB6Ng01-231I17.b B6Ng01-231I17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,294,950 - 32,296,116)(32,504,042 - 32,504,948)
sequence
gaattccaggatgtaaggcagagtgaacagactggaccctcctgcccgtg
actcagccttcaaattggagactgaggagccagtacttgtccccctaata
gtggcagtggtgaaaagactggactcccctaacctgcatctgaggacgaa
accctggaaactcctgattgtggcagagaacaagaagtctacacagcagt
ctctttgaatggttggctcctgctggggaaaagccagtccccatcaaggg
ccctcgttcaaggtgaatgccttttaacaaagatgtctttttctcttctc
taagagaaaaaaaaaagttttcttataattataattcttaaaatcacaaa
agcaattttaagcacaggactcttgagccctaactaggacaagaatgaag
ccagtctgcactggaacacatcataatctgtgttttcccaagaccatggc
tctcattcagatctgtcctgtggattatatttctgaagagaatgcagata
taaacagagaccagcatgtaaaaacccacttgcctaaaatgatcaaaatc
ttctcatctacacctctctgacatgccaagtgtccttgaggactctaacc
ttcccctctcctttctcttatgtcaagaggcaaacctgcagactcactgg
tacagtatttgccgctttacacaaggctctgtgacttgatccctagagct
gccaaaaacaatgtttttggtttctcaaaaactgacttgggatcaagcta
aatcaggttgtgccacctgcagccccagcacatgggagacagaggcagga
ggattatttgagcccagatattctcagccaacaggaataacacagcagag
tcaaacaaaaccatctcaactttccaagacagcctgtggggcactgtcca
agactgtagctcaagagcaagatagccctgccacgttggcacagtgctga
gaagacaaaggcaggccgatcctctgtgtatccaaggccaagcacaataa
atgctgagattctgtcttcaaaagtaaacaaatagcaggaaaggaacaat
tcactcagagaacagcttttacagacagccagacttgttaaggctagttg
gggaagattctaaagaatggctgggttggaactagatcagctttctgtta
acaatttagcatgacttacttatg
gaattccagggccagagagttgactcagtggttaagagcacttgctcttc
cagaggaccagggttcgattcctggcaccaacctggaggctcacaactgt
ctgtacctccctggacacacagacatgcatacaggcaaaacaaacataca
gataaactaataaaacaaatccacgtcttcgatttctccagagtctagag
aaaatcgcacactggaaaacagccacaccgaatgcgcggccacactgagt
gcacaaccttccagaagtttctctgtgcaaatggcatcagtgctgtttta
tcagtagaaacggatgtctgtgtaaggtttttacggtgtgatgtgtccca
tacacatgtgtcatggtgattggatccattgtggtagctgctggatgaca
ttctgtgacaagacttcttcaatgatacccctgctgacagacatttgggt
agaatctggtacctgtgggccacatatccttacagtggagtagacaggta
actctcaaggactgactttgctttcttttcttttctagatagagtcttac
tatgtagcccaggctggcctcgaactcaccacataatctaagctggccca
ggacttgagtggacagtatggcctcaaacctccaagtgctgagattacag
ctgtgtaccaccacacccagcttagggctggctttgagttgtgagggtaa
ggcgctacacacaagttacagatttagaaaattctgctgtgttgtgttct
gggagactgggcctgttttttgtgcccagtccctcaccctatgcactgaa
aagctaaattctgtgccctggccagtcagggctacatagtgaaacctggt
ttcaagaaagaaaataagttatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtat
gtatataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_32294950_32296116
seq2: B6Ng01-231I17.b_41_1214

seq1  GAATTCCAGGATGTAAGGCAGAGTGAACAGACTGGACCCTCCTGCCCGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATGTAAGGCAGAGTGAACAGACTGGACCCTCCTGCCCGTG  50

seq1  ACTCAGCCTTCAAATTGGAGACTGAGGAGCCAGTACTTGTCCCCCTAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCCTTCAAATTGGAGACTGAGGAGCCAGTACTTGTCCCCCTAATA  100

seq1  GTGGCAGTGGTGAAAAGACTGGACTCCCCTAACCTGCATCTGAGGACGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGTGGTGAAAAGACTGGACTCCCCTAACCTGCATCTGAGGACGAA  150

seq1  ACCCTGGAAACTCCTGATTGTGGCAGAGAACAAGAAGTCTACACAGCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGAAACTCCTGATTGTGGCAGAGAACAAGAAGTCTACACAGCAGT  200

seq1  CTCTTTGAATGGTTGGCTCCTGCTGGGGAAAAGCCAGTCCCCATCAAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGAATGGTTGGCTCCTGCTGGGGAAAAGCCAGTCCCCATCAAGGG  250

seq1  CCCTCGTTCAAGGTGAATGCCTTTTAACAAAGATGTCTTTTTCTCTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGTTCAAGGTGAATGCCTTTTAACAAAGATGTCTTTTTCTCTTCTC  300

seq1  TAAGAGAAAAAAAAAAGTTTTCTTATAATTATAATTCTTAAAATCACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAAAAAAAAAAGTTTTCTTATAATTATAATTCTTAAAATCACAAA  350

seq1  AGCAATTTTAAGCACAGGACTCTTGAGCCCTAACTAGGACAAGAATGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTTTAAGCACAGGACTCTTGAGCCCTAACTAGGACAAGAATGAAG  400

seq1  CCAGTCTGCACTGGAACACATCATAATCTGTGTTTTCCCAAGACCATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTGCACTGGAACACATCATAATCTGTGTTTTCCCAAGACCATGGC  450

seq1  TCTCATTCAGATCTGTCCTGTGGATTATATTTCTGAAGAGAATGCAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCAGATCTGTCCTGTGGATTATATTTCTGAAGAGAATGCAGATA  500

seq1  TAAACAGAGACCAGCATGTAAAAACCCACTTGCCTAAAATGATCAAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGAGACCAGCATGTAAAAACCCACTTGCCTAAAATGATCAAAATC  550

seq1  TTCTCATCTACACCTCTCTGACATGCCAAGTGTCCTTGAGGACTCTAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCTACACCTCTCTGACATGCCAAGTGTCCTTGAGGACTCTAACC  600

seq1  TTCCCCTCTCCTTTCTCTTATGTCAAGAGGCAAACCTGCAGACTCACTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTCTCCTTTCTCTTATGTCAAGAGGCAAACCTGCAGACTCACTGG  650

seq1  TACAGTATTTGCCGCTTTACACAAGGCTCTGTGACTTGATCCCTAGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTATTTGCCGCTTTACACAAGGCTCTGTGACTTGATCCCTAGAGCT  700

seq1  GCCAAAAACAATGTTTTTGGTTTCTCAAAAACTGACTTGGGATCAAGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAACAATGTTTTTGGTTTCTCAAAAACTGACTTGGGATCAAGCTA  750

seq1  AATCAGGTTGTGCCACCTGCAGCCCCAGCACATGGGAGACAGAGGCAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGTTGTGCCACCTGCAGCCCCAGCACATGGGAGACAGAGGCAGGA  800

seq1  GGATTATTTGAGCCCAGATATTCTCAGCCAACAGGAATAACACAGCAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATTTGAGCCCAGATATTCTCAGCCAACAGGAATAACACAGCAGAG  850

seq1  TCAAACAAAACCATCTCAACTTTCCAAGACAGCCTGTGGGGCACTGTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAAACCATCTCAACTTTCCAAGACAGCCTGTGGGGCACTGTCCA  900

seq1  AGACTGTAGCTCAAGAGCAAGAATAGCCCTGCCACGTTGGCACAGTGCTG  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTAGCTCAAGAGCAAG-ATAGCCCTGCCACGTTGGCACAGTGCTG  949

seq1  AGAAGACAAAGGCAGGCCGAT-CTCTGTGTATCCAAGGCCAAGCACAATA  999
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAAAGGCAGGCCGATCCTCTGTGTATCCAAGGCCAAGCACAATA  999

seq1  AATGCTGAGATTCTGTC-TCAAAAGTAAACAAATAGCAGGAA--GGACAA  1046
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||
seq2  AATGCTGAGATTCTGTCTTCAAAAGTAAACAAATAGCAGGAAAGGAACAA  1049

seq1  TCCACTCAGAG-ACAGCCTTTTACAGACAG-CAGAACTGTTAAGGGTAGT  1094
      | ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||
seq2  TTCACTCAGAGAACAG-CTTTTACAGACAGCCAGACTTGTTAAGGCTAGT  1098

seq1  T-GGGAGAATTCT-AAGAATGGCT-GGTTTGAACTAGACCAGC-TTCTGT  1140
      | ||||  ||||| |||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||
seq2  TGGGGAAGATTCTAAAGAATGGCTGGGTTGGAACTAGATCAGCTTTCTGT  1148

seq1  AAACAATTAGAAATAGACTTACTTATG  1167
       |||||||    || ||||||||||||
seq2  TAACAATTTAGCAT-GACTTACTTATG  1174

seq1: chr2_32504042_32504948
seq2: B6Ng01-231I17.g_67_973 (reverse)

seq1  TATATACATACATACATACATACATACATACATACATAACTTATTTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACATACATACATACATACATACATACATACATAACTTATTTTCTT  50

seq1  TCTTGAAACCAGGTTTCACTATGTAGCCCTGACTGGCCAGGGCACAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAACCAGGTTTCACTATGTAGCCCTGACTGGCCAGGGCACAGAAT  100

seq1  TTAGCTTTTCAGTGCATAGGGTGAGGGACTGGGCACAAAAAACAGGCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTTTCAGTGCATAGGGTGAGGGACTGGGCACAAAAAACAGGCCCA  150

seq1  GTCTCCCAGAACACAACACAGCAGAATTTTCTAAATCTGTAACTTGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCAGAACACAACACAGCAGAATTTTCTAAATCTGTAACTTGTGTG  200

seq1  TAGCGCCTTACCCTCACAACTCAAAGCCAGCCCTAAGCTGGGTGTGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGCCTTACCCTCACAACTCAAAGCCAGCCCTAAGCTGGGTGTGGTGG  250

seq1  TACACAGCTGTAATCTCAGCACTTGGAGGTTTGAGGCCATACTGTCCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGCTGTAATCTCAGCACTTGGAGGTTTGAGGCCATACTGTCCACT  300

seq1  CAAGTCCTGGGCCAGCTTAGATTATGTGGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCTGGGCCAGCTTAGATTATGTGGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGG  350

seq1  CTACATAGTAAGACTCTATCTAGAAAAGAAAAGAAAGCAAAGTCAGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGTAAGACTCTATCTAGAAAAGAAAAGAAAGCAAAGTCAGTCCT  400

seq1  TGAGAGTTACCTGTCTACTCCACTGTAAGGATATGTGGCCCACAGGTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTTACCTGTCTACTCCACTGTAAGGATATGTGGCCCACAGGTACC  450

seq1  AGATTCTACCCAAATGTCTGTCAGCAGGGGTATCATTGAAGAAGTCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTACCCAAATGTCTGTCAGCAGGGGTATCATTGAAGAAGTCTTGT  500

seq1  CACAGAATGTCATCCAGCAGCTACCACAATGGATCCAATCACCATGACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATGTCATCCAGCAGCTACCACAATGGATCCAATCACCATGACAC  550

seq1  ATGTGTATGGGACACATCACACCGTAAAAACCTTACACAGACATCCGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATGGGACACATCACACCGTAAAAACCTTACACAGACATCCGTTT  600

seq1  CTACTGATAAAACAGCACTGATGCCATTTGCACAGAGAAACTTCTGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGATAAAACAGCACTGATGCCATTTGCACAGAGAAACTTCTGGAAG  650

seq1  GTTGTGCACTCAGTGTGGCCGCGCATTCGGTGTGGCTGTTTTCCAGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCACTCAGTGTGGCCGCGCATTCGGTGTGGCTGTTTTCCAGTGTG  700

seq1  CGATTTTCTCTAGACTCTGGAGAAATCGAAGACGTGGATTTGTTTTATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTTTCTCTAGACTCTGGAGAAATCGAAGACGTGGATTTGTTTTATTA  750

seq1  GTTTATCTGTATGTTTGTTTTGCCTGTATGCATGTCTGTGTGTCCAGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCTGTATGTTTGTTTTGCCTGTATGCATGTCTGTGTGTCCAGGGA  800

seq1  GGTACAGACAGTTGTGAGCCTCCAGGTTGGTGCCAGGAATCGAACCCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGACAGTTGTGAGCCTCCAGGTTGGTGCCAGGAATCGAACCCTGG  850

seq1  TCCTCTGGAAGAGCAAGTGCTCTTAACCACTGAGTCAACTCTCTGGCCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGGAAGAGCAAGTGCTCTTAACCACTGAGTCAACTCTCTGGCCCT  900

seq1  GGAATTC  907
      |||||||
seq2  GGAATTC  907