BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233E18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 142,102,640 - 142,230,610
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b, Snrpb2, Otor, LOC668915
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233E18.bB6Ng01-233E18.g
ACCGA045400GA045401
length1,196902
definitionB6Ng01-233E18.b B6Ng01-233E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,229,424 - 142,230,610)(142,102,640 - 142,103,538)
sequence
gaattctatacagcaagaaaacatgggtggatcctttggaatagatcgaa
ataaataaatcaaaacccacagcccttctgcatgctaatgaggaaggtca
ccagtcgattgtggacactcataacctaaaggctgatgtcgcctcaaatt
ggcatcacatgttccctgtttacccattgataattttgaacacggacgga
tgctgtgtcaggcactgcagatgcaacaccgaagaggctccaccctgcat
ggggtaggaattagatgtaaaagtggaaagccacgcgtcagggtcaggaa
agcagatgtcagggtcaggaaaccagatccaagcccagtttctttagact
cagagtaattgcccctggcctctgacgttgtgcagctgtgattggcaggc
ctgaacagagataggttcacatatgccttggcctctaaaatgagagcctg
tgccagccagcctttgccagcctcatgctgagtgactatatcacagtcct
tgcttaggggtcagctccctcttgatgcaaggccatgggccatgggtgtc
cccagcgacaactggcacttctgcattacctcttaaattctcagtataga
caaaaggcccttaaaatagctggatatctctgaatgccgagagttttaag
aactggagttggtcctctgcatctcagcatgcactctctgactctctagg
atcctaggccagggtctctgcctgtgtcactgccttaggtgtccttctgc
cacatcagcttgctacagtcatcttgcaaccttgctgagagaaatcaaga
caagatagattgtaattctttcgagggttgtgtgctatagttgaagagtg
gttgtgtctgttaagcatcctgatactgtgcaactgggccaaaagaataa
tgttgaatggcagattgggtctccagcagagtctaccagcttgtcttaat
agtaagtttgccacaccctacccacccccacctagccactggtctaagtt
tgcttaatgggcatgtgctgagtagttgccactgagactagtccctcaac
ctgctgacctaatctgccatttgcaagaacaaatgccaacctcacccttg
aatcaaactatggaattctaatagacctggaattcatagaacaagggaat
actatcacccaagtcctgtagcctaacagcaattctgacctattgt

gaattcctttaaaatctttattcttcccttgaagaaaatgtgagcaccaa
ctgtgaatggtggcccagtgtctaggccaggtttttccagctgtggaagc
atattatccaaagaactgaaaataaggacttacacagatttgaaaatgta
acaaggagattttattttaaagtaaacaaaactgggtggttttaatccct
acacttgggagatagaggggggtggatctctgtgacttctaggccaacct
ggtctacagacaggacagtctgttgttccaggacagtcaggactacacag
aaaaagcctgcctcaaaacaacaacaacaacaacaacaacaaacaaacaa
aaacagcaaatcaaatagttcagctcagaaagagatgcattgcagggaaa
cagctggccatgtgaataaggaagaagtcagaagccctggttaccgtttt
ctttatggagtctagcagaaggagggggctgggttctaaaaaggcatgga
ttatttgatgggtttctattttggttgatagatcacatcatattttttat
ttcagctatatgcatccctacacctgatttttaatcatatgtatgccatt
atgtgcaggtataagatagtgaatatgggagtctccctagaagttcaaat
gacacagtttgccttattgtgtatgcctgccgccaaaccacttacttcac
cccaaaccagactggcccttctgtttttcatatctgaatacatttggagt
atatttgaatagtaactgtctaaattttgattgttgctaagggcaatgaa
acttatgctgttgttttaaacagcagtatattcatagaaaggtggaaggg
ccctgtggatgctggatacattgttcagaatggtgtgtgtgtgtgtgtgt
gt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_142229424_142230610
seq2: B6Ng01-233E18.b_48_1243 (reverse)

seq1  ACAATTAGGTCAGAATTGCTG-TAGGCTACAAGACTGGGGGTTGATAGGT  49
      |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||||||  
seq2  ACAA-TAGGTCAGAATTGCTGTTAGGCTACAGGACTTGGG--TGATAGTA  47

seq1  ATCCC-TGGTCTATGAATTTCCCAGTCTATTAGAA-TCCATAGTTTTGAT  97
       |||| || |||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||   |
seq2  TTCCCTTGTTCTATGAA-TTCCAGGTCTATTAGAATTCCATAGTTTGATT  96

seq1  CAGGGGTGA-GTTTGCAATTG-TCTTGCAAATGGCAAGATAGGTCAGCAG  145
      || |||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||   |||||||||||
seq2  CAAGGGTGAGGTTGGCATTTGTTCTTGCAAATGGCAGATTAGGTCAGCAG  146

seq1  GTTTGAGGGACTAGTCTCAGTGGCAACTACTCAGC-CATG-CCATTAAGC  193
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  G-TTGAGGGACTAGTCTCAGTGGCAACTACTCAGCACATGCCCATTAAGC  195

seq1  AACCTTAGA-CAGT-GCTA-GTGGGG--TGGTAGGGTGTGGCAAACTTAC  238
      || |||||| |||| |||| ||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAGACCAGTGGCTAGGTGGGGGTGGGTAGGGTGTGGCAAACTTAC  245

seq1  TTATAAGACAAGCTGGTAGACTCTGCTGGAGACCCAATCTGCCATTCAAC  288
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGACAAGCTGGTAGACTCTGCTGGAGACCCAATCTGCCATTCAAC  295

seq1  ATTAT--CTTTGGCCCAGTTGCACAGTATCAGGATGCTTAACAGACACAA  336
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCTTTTGGCCCAGTTGCACAGTATCAGGATGCTTAACAGACACAA  345

seq1  CCACTCTTCAACTATAGCACACAACCCTCGAAAGAATTACAATCTATCTT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTTCAACTATAGCACACAACCCTCGAAAGAATTACAATCTATCTT  395

seq1  GTCTTGATTTCTCTCAGCAAGGTTGCAAGATGACTGTAGCAAGCTGATGT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGATTTCTCTCAGCAAGGTTGCAAGATGACTGTAGCAAGCTGATGT  445

seq1  GGCAGAAGGACACCTAAGGCAGTGACACAGGCAGAGACCCTGGCCTAGGA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAGGACACCTAAGGCAGTGACACAGGCAGAGACCCTGGCCTAGGA  495

seq1  TCCTAGAGAGTCAGAGAGTGCATGCTGAGATGCAGAGGACCAACTCCAGT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAGAGTCAGAGAGTGCATGCTGAGATGCAGAGGACCAACTCCAGT  545

seq1  TCTTAAAACTCTCGGCATTCAGAGATATCCAGCTATTTTAAGGGCCTTTT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAACTCTCGGCATTCAGAGATATCCAGCTATTTTAAGGGCCTTTT  595

seq1  GTCTATACTGAGAATTTAAGAGGTAATGCAGAAGTGCCAGTTGTCGCTGG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATACTGAGAATTTAAGAGGTAATGCAGAAGTGCCAGTTGTCGCTGG  645

seq1  GGACACCCATGGCCCATGGCCTTGCATCAAGAGGGAGCTGACCCCTAAGC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCCATGGCCCATGGCCTTGCATCAAGAGGGAGCTGACCCCTAAGC  695

seq1  AAGGACTGTGATATAGTCACTCAGCATGAGGCTGGCAAAGGCTGGCTGGC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTGTGATATAGTCACTCAGCATGAGGCTGGCAAAGGCTGGCTGGC  745

seq1  ACAGGCTCTCATTTTAGAGGCCAAGGCATATGTGAACCTATCTCTGTTCA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCTCATTTTAGAGGCCAAGGCATATGTGAACCTATCTCTGTTCA  795

seq1  GGCCTGCCAATCACAGCTGCACAACGTCAGAGGCCAGGGGCAATTACTCT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCCAATCACAGCTGCACAACGTCAGAGGCCAGGGGCAATTACTCT  845

seq1  GAGTCTAAAGAAACTGGGCTTGGATCTGGTTTCCTGACCCTGACATCTGC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTAAAGAAACTGGGCTTGGATCTGGTTTCCTGACCCTGACATCTGC  895

seq1  TTTCCTGACCCTGACGCGTGGCTTTCCACTTTTACATCTAATTCCTACCC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGACCCTGACGCGTGGCTTTCCACTTTTACATCTAATTCCTACCC  945

seq1  CATGCAGGGTGGAGCCTCTTCGGTGTTGCATCTGCAGTGCCTGACACAGC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGGTGGAGCCTCTTCGGTGTTGCATCTGCAGTGCCTGACACAGC  995

seq1  ATCCGTCCGTGTTCAAAATTATCAATGGGTAAACAGGGAACATGTGATGC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTCCGTGTTCAAAATTATCAATGGGTAAACAGGGAACATGTGATGC  1045

seq1  CAATTTGAGGCGACATCAGCCTTTAGGTTATGAGTGTCCACAATCGACTG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGAGGCGACATCAGCCTTTAGGTTATGAGTGTCCACAATCGACTG  1095

seq1  GTGACCTTCCTCATTAGCATGCAGAAGGGCTGTGGGTTTTGATTTATTTA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTTCCTCATTAGCATGCAGAAGGGCTGTGGGTTTTGATTTATTTA  1145

seq1  TTTCGATCTATTCCAAAGGATCCACCCATGTTTTCTTGCTGTATAGAATT  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGATCTATTCCAAAGGATCCACCCATGTTTTCTTGCTGTATAGAATT  1195

seq1  C  1187
      |
seq2  C  1196


seq1: chr2_142102640_142103538
seq2: B6Ng01-233E18.g_66_967

seq1  GAATTCCTTTAAAATCTTTATTCTTCCCTTGAAGAAAATGTGAGCACCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTAAAATCTTTATTCTTCCCTTGAAGAAAATGTGAGCACCAA  50

seq1  CTGTGAATGGTGGCCCAGTGTCTAGGCCAGGTTTTTCCAGCTGTGGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAATGGTGGCCCAGTGTCTAGGCCAGGTTTTTCCAGCTGTGGAAGC  100

seq1  ATATTATCCAAAGAACTGAAAATAAGGACTTACACAGATTTGAAAATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATCCAAAGAACTGAAAATAAGGACTTACACAGATTTGAAAATGTA  150

seq1  ACAAGGAGATTTTATTTTAAAGTAAACAAAACTGGGTGGTTTTAATCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAGATTTTATTTTAAAGTAAACAAAACTGGGTGGTTTTAATCCCT  200

seq1  ACACTTGGGAGATAGAGGGGGGTGGATCTCTGTGACTTCTAGGCCAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGGGAGATAGAGGGGGGTGGATCTCTGTGACTTCTAGGCCAACCT  250

seq1  GGTCTACAGACAGGACAGTCTGTTGTTCCAGGACAGTCAGGACTACACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTACAGACAGGACAGTCTGTTGTTCCAGGACAGTCAGGACTACACAG  300

seq1  AAAAAGCCTGCCTCAAAACAACAACAACAACAACAACAACAAACAAACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCCTGCCTCAAAACAACAACAACAACAACAACAACAAACAAACAA  350

seq1  AAACAGCAAATCAAATAGTTCAGCTCAGAAAGAGATGCATTGCAGGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAAATCAAATAGTTCAGCTCAGAAAGAGATGCATTGCAGGGAAA  400

seq1  CAGCTGGCCATGTGAATAAGGAAGAAGTCAGAAGCCCTGGTTACCGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCCATGTGAATAAGGAAGAAGTCAGAAGCCCTGGTTACCGTTTT  450

seq1  CTTTATGGAGTCTAGCAGAAGGAGGGGGCTGGGTTCTAAAAAGGCATGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGAGTCTAGCAGAAGGAGGGGGCTGGGTTCTAAAAAGGCATGGA  500

seq1  TTATTTGATGGGTTTCTATTTTGGTTGATAGATCACATCATATTTTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGATGGGTTTCTATTTTGGTTGATAGATCACATCATATTTTTTAT  550

seq1  TTCAGCTATATGCATCCCTACACCTGATTTTTAATCATATGTATGCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTATATGCATCCCTACACCTGATTTTTAATCATATGTATGCCATT  600

seq1  ATGTGCAGGTATAAGATAGTGAATATGGGAGTCTCCCTAGAAGTTCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAGGTATAAGATAGTGAATATGGGAGTCTCCCTAGAAGTTCAAAT  650

seq1  GACACAGTTTGCCTTATTGTGTATGCCTGCCGCCAAACCACTTACTTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTTTGCCTTATTGTGTATGCCTGCCGCCAAACCACTTACTTCAC  700

seq1  CCCAAACCAGACTGGCCCTTCTGTTTTTCATATCTGAATACATTTGGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACCAGACTGGCCCTTCTGTTTTTCATATCTGAATACATTTGGAGT  750

seq1  ATATTTGAATAGTAACTGTCTAAA-TTTGATTGTTGCTAAGGGCAATGAA  799
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGAATAGTAACTGTCTAAATTTTGATTGTTGCTAAGGGCAATGAA  800

seq1  ACTTATGCTGTTG-TTTAAACAGCAGTATATTCATAG-AAGGTGGAAGGG  847
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTTATGCTGTTGTTTTAAACAGCAGTATATTCATAGAAAGGTGGAAGGG  850

seq1  -CCTGTGGATGCTGGATACATTGTTCAAGAATGGTGTGTGTGTGTGTGTG  896
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGGATGCTGGATACATTGTTC-AGAATGGTGTGTGTGTGTGTGTG  899

seq1  TGT  899
      |||
seq2  TGT  902


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |