BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237G03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,601,623 - 104,713,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneQser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4
Upstream geneCaprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik, D430041D05Rik, LOC100043349, Hipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7
Downstream geneCcdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1, Pax6os1, LOC100043391, Pax6, Elp4, LOC100043394
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237G03.bB6Ng01-237G03.g
ACCGA048357GA048358
length7201,064
definitionB6Ng01-237G03.b B6Ng01-237G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,601,623 - 104,602,343)(104,712,067 - 104,713,128)
sequence
gaattcaccctgtagaccaggctggcctcaaatgcagaggtctacccgtc
tctgcttcctgagtactgggattaaaagtgtgtgccgccaccacccagtt
tacatagattttaatcttggttctccagaagcagatgagtctttgagttt
aaagtcaacctggtttatacagcaaagtatagtgagaccttgactcaaag
ggggattgggggggaccaccatgtctcgcttacaaaataagttgtttttc
cagacatggtttctctgtgtagccttggctgtcctgaaatctgtagacca
cgttggcctcaaactcaagagacccacctgcttctgcctcctgagttctg
ggattaaaggcatgtgctatccccactgagcttagaatacaatttttatg
tgaaattgttatactgaaaagactgcaataatgtatactatggagatgaa
cacctgtcattttttaaataaagatttatttattttatgtatataagtat
atcattgctctcttcagacacaccagaagagggcatcagatcccattaca
gttggttgtgagccaccatgtggttgctcgactcaaactcaggacctctg
gaagagcagtcagtgctcttaaccactgagccatctctttagcccttaaa
tgtcatttaatgactgtagaggtatattaatattcaattttatattgcat
acacacactaatatatgtgc
gaattcagtacttcttaatcaagttatagtgactgattttaaccaggagc
tttgaattcaattatctgtgggcttggtatatgtagaactgacaagaagg
tgcagcaagtggagatgtcgtccgcagccaaacctgacaaacagagttca
atccctgccacccatggagctacacagtggaggagaaaaccgacccgacg
agggtttctctaatctccacataaacgctgcggcacacattgacaacgga
acataaaatgctggtaagtttttttggtcaggttgacagaagccagagtc
acctggtaaccacctctatcagggtgaactttaggcatgtctgtgggcac
tttcttggtaaatgctgatgtgagaacacacaacccactgttggcaatgg
gcaggaagtctgggttgtgtgaaaaagcaagctgagagagccgtagggaa
caagccagtaaacaacgttccttcatggcctctgcttctgttcctgtctc
caggttcctgccttgcttgagtttctgccctgaattcccatcatgatgga
gtgtacactatacaaacccttcccctcccaagctgctttgggtcgtggtg
tttatcacagcaacagacgccaagttaacacagcagggcagggtaagaca
gaaagaaagaaaggtgtgctgggggcttctgcttatcattagataactgc
tattgttttgagcacctccgatatctcaggctagttataaatgtcctgct
tgttaaaacactgcgtaggctgctagtttcagtcacccacagatgatttg
aaatacacaatggaaagtgaagtgtcgcttgccaagtgtgacagcctgta
atgccagtgactcattgcctgagacactgaggctagaagacgtgttcaag
gcctgcttcagctgcacagtgatttcaaggctagcctgggtcacttccag
actgtattctcaaatgaggaaattaaaacagggctggggataagactcag
tgagagaatttgcctagcaggtgggactccctagttcagctgggggaggg
ggggtgggccgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104601623_104602343
seq2: B6Ng01-237G03.b_44_763

seq1  GAATTCACCCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAATGCAGAGGTCTACCCGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAATGCAGAGGTCTACCCGTC  50

seq1  TCTGCTTCCTGAGTACTGGGATTAAAAGTGTGTGCCGCCACCACCCAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCCTGAGTACTGGGATTAAAAGTGTGTGCCGCCACCACCCAGTT  100

seq1  TACATAGATTTTAATCTTGGTTCTCCAGAAGCAGATGAGTCTTTGAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGATTTTAATCTTGGTTCTCCAGAAGCAGATGAGTCTTTGAGTTT  150

seq1  AAAGTCAACCTGGTTTATACAGCAAAGTATAGTGAGACCTTGACTCAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAACCTGGTTTATACAGCAAAGTATAGTGAGACCTTGACTCAAAG  200

seq1  GGGGATTGGGGGGGACCACCATGTCTCGCTTACAAAATAAGTTGTTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTGGGGGGGACCACCATGTCTCGCTTACAAAATAAGTTGTTTTTC  250

seq1  CAGACATGGTTTCTCTGTGTAGCCTTGGCTGTCCTGAAATCTGTAGACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATGGTTTCTCTGTGTAGCCTTGGCTGTCCTGAAATCTGTAGACCA  300

seq1  CGTTGGCCTCAAACTCAAGAGACCCACCTGCTTCTGCCTCCTGAGTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGCCTCAAACTCAAGAGACCCACCTGCTTCTGCCTCCTGAGTTCTG  350

seq1  GGATTAAAGGCATGTGCTATCCCCACTGAGCTTAGAATACAATTTTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAAGGCATGTGCTATCCCCACTGAGCTTAGAATACAATTTTTATG  400

seq1  TGAAATTGTTATACTGAAAAGACTGCAATAATGTATACTATGGAGATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTGTTATACTGAAAAGACTGCAATAATGTATACTATGGAGATGAA  450

seq1  CACCTGTCATTTTTTAAATAAAGATTTATTTATTTTATGTATATAAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTCATTTTTTAAATAAAGATTTATTTATTTTATGTATATAAGTAT  500

seq1  ATCATTGCTCTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGCTCTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACA  550

seq1  GTTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTCGACTCAAACTCAGGACCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTCGACTCAAACTCAGGACCTCTG  600

seq1  GAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTTTAGCCCTTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTTTAGCCCTTAAA  650

seq1  TGTCATTTTAATGACTGTAGAGGTATATTAATATTCAATTTTATATTGCA  700
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCA-TTTAATGACTGTAGAGGTATATTAATATTCAATTTTATATTGCA  699

seq1  TACACACACTAATATATGTGC  721
      |||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACTAATATATGTGC  720

seq1: chr2_104712067_104713128
seq2: B6Ng01-237G03.g_63_1126 (reverse)

seq1  CCCCGGCCCACCCCC---TCCCCAGCTGAACCTAGGGAGTCCCACCTGCT  47
      |||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGCCCACCCCCCCTCCCCCAGCTGAA-CTAGGGAGTCCCACCTGCT  49

seq1  AGGCAAATTCTCTCACTGAGTC-TATCCCCAGCCCTGTTTTAATTTCCTC  96
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAATTCTCTCACTGAGTCTTATCCCCAGCCCTGTTTTAATTTCCTC  99

seq1  ATTTTGAG-ATACAGTCTTGGAAGTGACCCAGGCTAGCCTTGAAATCACT  145
      | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTGAGAATACAGTC-TGGAAGTGACCCAGGCTAGCCTTGAAATCACT  147

seq1  GTGCAGCTGAAGCAGGCCTTGAACACGTCTTCTAGCCTCAGTGTCTCAGG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCTGAAGCAGGCCTTGAACACGTCTTCTAGCCTCAGTGTCTCAGG  197

seq1  CAATGAGTCACTGGCATTACAGGCTGTCACACTTGGCAAGCGACACTTCA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGTCACTGGCATTACAGGCTGTCACACTTGGCAAGCGACACTTCA  247

seq1  CTTTCCATTGTGTATTTCAAATCATCTGTGGGTGACTGAAACTAGCAGCC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATTGTGTATTTCAAATCATCTGTGGGTGACTGAAACTAGCAGCC  297

seq1  TACGCAGTGTTTTAACAAGCAGGACATTTATAACTAGCCTGAGATATCGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCAGTGTTTTAACAAGCAGGACATTTATAACTAGCCTGAGATATCGG  347

seq1  AGGTGCTCAAAACAATAGCAGTTATCTAATGATAAGCAGAAGCCCCCAGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTCAAAACAATAGCAGTTATCTAATGATAAGCAGAAGCCCCCAGC  397

seq1  ACACCTTTCTTTCTTTCTGTCTTACCCTGCCCTGCTGTGTTAACTTGGCG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTTCTTTCTTTCTGTCTTACCCTGCCCTGCTGTGTTAACTTGGCG  447

seq1  TCTGTTGCTGTGATAAACACCACGACCCAAAGCAGCTTGGGAGGGGAAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCTGTGATAAACACCACGACCCAAAGCAGCTTGGGAGGGGAAGG  497

seq1  GTTTGTATAGTGTACACTCCATCATGATGGGAATTCAGGGCAGAAACTCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTATAGTGTACACTCCATCATGATGGGAATTCAGGGCAGAAACTCA  547

seq1  AGCAAGGCAGGAACCTGGAGACAGGAACAGAAGCAGAGGCCATGAAGGAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGCAGGAACCTGGAGACAGGAACAGAAGCAGAGGCCATGAAGGAA  597

seq1  CGTTGTTTACTGGCTTGTTCCCTACGGCTCTCTCAGCTTGCTTTTTCACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTTTACTGGCTTGTTCCCTACGGCTCTCTCAGCTTGCTTTTTCACA  647

seq1  CAACCCAGACTTCCTGCCCATTGCCAACAGTGGGTTGTGTGTTCTCACAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCAGACTTCCTGCCCATTGCCAACAGTGGGTTGTGTGTTCTCACAT  697

seq1  CAGCATTTACCAAGAAAGTGCCCACAGACATGCCTAAAGTTCACCCTGAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTTACCAAGAAAGTGCCCACAGACATGCCTAAAGTTCACCCTGAT  747

seq1  AGAGGTGGTTACCAGGTGACTCTGGCTTCTGTCAACCTGACCAAAAAAAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGTTACCAGGTGACTCTGGCTTCTGTCAACCTGACCAAAAAAAC  797

seq1  TTACCAGCATTTTATGTTCCGTTGTCAATGTGTGCCGCAGCGTTTATGTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGCATTTTATGTTCCGTTGTCAATGTGTGCCGCAGCGTTTATGTG  847

seq1  GAGATTAGAGAAACCCTCGTCGGGTCGGTTTTCTCCTCCACTGTGTAGCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTAGAGAAACCCTCGTCGGGTCGGTTTTCTCCTCCACTGTGTAGCT  897

seq1  CCATGGGTGGCAGGGATTGAACTCTGTTTGTCAGGTTTGGCTGCGGACGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGTGGCAGGGATTGAACTCTGTTTGTCAGGTTTGGCTGCGGACGA  947

seq1  CATCTCCACTTGCTGCACCTTCTTGTCAGTTCTACATATACCAAGCCCAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCACTTGCTGCACCTTCTTGTCAGTTCTACATATACCAAGCCCAC  997

seq1  AGATAATTGAATTCAAAGCTCCTGGTTAAAATCAGTCACTATAACTTGAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATTGAATTCAAAGCTCCTGGTTAAAATCAGTCACTATAACTTGAT  1047

seq1  TAAGAAGTACTGAATTC  1062
      |||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTACTGAATTC  1064