BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243N01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 30,979,572 - 31,152,825
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFnbp1, Gpr107, Freq
Upstream geneZer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l, Cstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2, Ptges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624, Usp20
Downstream geneLOC622345, LOC670182, LOC665700, BC034076, Ass1, Fubp3, LOC100041465, Prdm12, Exosc2, Abl1, BC094274, Fibcd1, Lamc3, 2810003C17Rik, Nup214, A130092J06Rik, LOC100040058, Ppapdc3, 5830434P21Rik, Pomt1, Uck1, LOC622534, 2900010J23Rik, Golga2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243N01.bB6Ng01-243N01.g
ACCGA053101GA053102
length1,091927
definitionB6Ng01-243N01.b B6Ng01-243N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,979,572 - 30,980,638)(31,151,906 - 31,152,825)
sequence
gaattccacagcctcaatctcctgacccctcctgctccgctgagtctcct
tccttctcctaaggcagtcatacttctgtttctggggcaggtttcatatg
tccacgtaaaatctaggagccacgaataaaggaaaacgtgtgtgtttgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgcctgagtatgcacccctgtacacttggttata
cgttattgttttaaaagaaaatttctttttgagacagattgttgctgtgt
agctctagctgggctgtggctggctatgcagaccaggctgaccttaaatg
ctggaactgcaggcatgtgccagcacaagtagcacttaagggacactttc
tcagaagaagtccagttgaaagtctgcttgggtctgatctccacccgcta
cccacatatctcagcatcatggccgctaggtgacaggcagagcccatttt
attcatttccctgtctgctgagcatgttctacacccccttcaatctcttt
cttccttttgcctcacatgatatcaggccctagaatgagcctcccgatcc
agagtgctaagcagcagcctctactcttaggctaccctggttgctgccac
accaaaggataaagacatgtacagctcttcccctgggccttgcaaagttg
ttcagactgactctgaacccctgggctcaagtgataggcctgcttcagcc
tccccagtagctgggtctgcaggcatgcctcacttcctgggcctgaaata
ggtattattagcctggctcccatctgcagtcacttaccaggcagccccaa
gcatgtgagcagggtttggatccagaccacaaacattgtttatttttaat
aagcaaattctttttaatagcctgccacacaagggtgagacccactgagt
tactaaccaaggacgctattctctgtccctccaattgcaataaaacttga
aaggaaagaatcgaaccttgagaaaccaggcagttgggccccttttaaga
attgtttctccctttgtccctggccctcccttcagattgatgaattctgc
ctgaaagtttcaaagttgctttttaacccaactttctttca
gaattcctaggtgaaaccagcacagtaagtcacccactaaggtcaaggcc
tgcctgtccagggcgatgtgaggcaggatggatgtgccagccagtgctct
cagccctcagagcccctaagctgtccctccagatctgccagcaggcagcc
tccacagcaagcatacccatgtgcctgcccggcttcccttgcaccctgca
cagctatgcctgttacatggggctggggatttgaactcaggtcctcatgc
gttcagaggaggcatcccactactgatgcatctctcagccccatcgattt
tcgacgcttccatggatgcaatatggttgggctctgtaagtggcctccag
cttccacctagggacagttcctgaggactgagaccctcctcggtaacagg
ctctcttgaacagagaccatcagtcacaagctcttactaaatcctgctcc
acagcttgctcatcagcacaagacaggggagatatgattggagacagccc
accacaacccctgccgccgccaccaagggtctctgagaaacgcaggtctc
agccaaatcccaagaaaactgcattcccagtaagatgccaggttacgctg
acacggctgggggaccacactttgagaagctttgaccaggtgacatccca
tagggtgtcttgttgggctgtcaggaggagtgcagcttcctctggcccat
ccccagctgctgagaacctaactggtttgagactatggggagaaggtaca
gctggaggggaggtgggtggagactagccctgttgggaggaggagataca
aggttctgacctctgactttcagaccaacaggcctcatgcgaatgtatgt
atgttatccaccccatatacagcattgtgggccccttaggtgaccccagc
taatgggggcatgcatgtagggggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_30979572_30980638
seq2: B6Ng01-243N01.b_46_1136

seq1  GAATTCCACAGCCTCAATCTCCTGACCCCTCCTGCTCCGCTGAGTCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGCCTCAATCTCCTGACCCCTCCTGCTCCGCTGAGTCTCCT  50

seq1  TCCTTCTCCTAAGGCAGTCATACTTCTGTTTCTGGGGCAGGTTTCATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTCCTAAGGCAGTCATACTTCTGTTTCTGGGGCAGGTTTCATATG  100

seq1  TCCACGTAAAATCTAGGAGCCACGAATAAAGGAAAACGTGTGTGTTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGTAAAATCTAGGAGCCACGAATAAAGGAAAACGTGTGTGTTTGTG  150

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCCTGAGTATGCACCCCTGTACACTTGGTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCCTGAGTATGCACCCCTGTACACTTGGTTATA  200

seq1  CGTTATTGTTTTAAAAGAAAATTTCTTTTTGAGACAGATTGTTGCTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTATTGTTTTAAAAGAAAATTTCTTTTTGAGACAGATTGTTGCTGTGT  250

seq1  AGCTCTAGCTGGGCTGTGGCTGGCTATGCAGACCAGGCTGACCTTAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGCTGGGCTGTGGCTGGCTATGCAGACCAGGCTGACCTTAAATG  300

seq1  CTGGAACTGCAGGCATGTGCCAGCACAAGTAGCACTTAAGGGACACTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACTGCAGGCATGTGCCAGCACAAGTAGCACTTAAGGGACACTTTC  350

seq1  TCAGAAGAAGTCCAGTTGAAAGTCTGCTTGGGTCTGATCTCCACCCGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGAAGTCCAGTTGAAAGTCTGCTTGGGTCTGATCTCCACCCGCTA  400

seq1  CCCACATATCTCAGCATCATGGCCGCTAGGTGACAGGCAGAGCCCATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATATCTCAGCATCATGGCCGCTAGGTGACAGGCAGAGCCCATTTT  450

seq1  ATTCATTTCCCTGTCTGCTGAGCATGTTCTACACCCCCTTCAATCTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTCCCTGTCTGCTGAGCATGTTCTACACCCCCTTCAATCTCTTT  500

seq1  CTTCCTTTTGCCTCACATGATATCAGGCCCTAGAATGAGCCTCCCGATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTGCCTCACATGATATCAGGCCCTAGAATGAGCCTCCCGATCC  550

seq1  AGAGTGCTAAGCAGCAGCCTCTACTCTTAGGCTACCCTGGTTGCTGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCTAAGCAGCAGCCTCTACTCTTAGGCTACCCTGGTTGCTGCCAC  600

seq1  ACCAAAGGATAAAGACATGTACAGCTCTTCCCCTGGGCCTTGCAAAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGGATAAAGACATGTACAGCTCTTCCCCTGGGCCTTGCAAAGTTG  650

seq1  TTCAGACTGACTCTGAACCCCTGGGCTCAAGTGATAGGCCTGCTTCAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACTGACTCTGAACCCCTGGGCTCAAGTGATAGGCCTGCTTCAGCC  700

seq1  TCCCCAGTAGCTGGGTCTGCAGGCATGCCTCACTTCCTGGGCCTGAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGTAGCTGGGTCTGCAGGCATGCCTCACTTCCTGGGCCTGAAATA  750

seq1  GGTATTATTAGCCTGGCTCCCATCTGCAGTCACTTACCAGGCAGCCCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTATTAGCCTGGCTCCCATCTGCAGTCACTTACCAGGCAGCCCCAA  800

seq1  GCATGTGAGCAGGG-TTGGATCCAGACCACAAACATTGTTTATTTTTAAA  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCATGTGAGCAGGGTTTGGATCCAGACCACAAACATTGTTTATTTTT-AA  849

seq1  TAAGCAAA-TCTTTTT-ATAGCCTGCCACACAAGGGTGAGACCCACTGAG  897
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAATTCTTTTTAATAGCCTGCCACACAAGGGTGAGACCCACTGAG  899

seq1  -TACT-ACCAAGGACGCTATTCTCTGT-CCTCC-AGTGCAAT-AAACT--  940
       |||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||  
seq2  TTACTAACCAAGGACGCTATTCTCTGTCCCTCCAATTGCAATAAAACTTG  949

seq1  GAAGGAA--GATCGA--CCTGAGAAA-CAGGCAGT--GGCCCC-TTTAAG  982
       ||||||   |||||  | ||||||| ||||||||  |||||| ||||||
seq2  AAAGGAAAGAATCGAACCTTGAGAAACCAGGCAGTTGGGCCCCTTTTAAG  999

seq1  AAATG-TTCTCC--TTGTCCCTGGCCCT-CCTTCAAGTTGATGAA-TCTG  1027
      || || ||||||  |||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||
seq2  AATTGTTTCTCCCTTTGTCCCTGGCCCTCCCTTCAGATTGATGAATTCTG  1049

seq1  -CTGAAAGTTTTCCAAAGTGG--TTTTTACCCAAC-TTCTTTCA  1067
       ||||||||||  |||||| |  |||| ||||||| ||||||||
seq2  CCTGAAAGTTT--CAAAGTTGCTTTTTAACCCAACTTTCTTTCA  1091

seq1: chr2_31151906_31152825
seq2: B6Ng01-243N01.g_68_993 (reverse)

seq1  CACCCCCT-CCTGCAT-ACCCCATCTGCTGGGGTCACCTA--GGGGCCAC  46
      |||||||| | |||||  ||||||  ||||||||||||||  ||| ||||
seq2  CACCCCCTACATGCATGCCCCCATTAGCTGGGGTCACCTAAGGGGCCCAC  50

seq1  ACTGCTGTATAT-GGGTGGAT-ACATACATACATTCGCCTGAGGCCTGTT  94
      | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATGCTGTATATGGGGTGGATAACATACATACATTCGCATGAGGCCTGTT  100

seq1  GGTCTGAAAGTCAGAGGTCAGAACCTTGTATCTCCTCCTCCCAACAGGGC  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGAAAGTCAGAGGTCAGAACCTTGTATCTCCTCCTCCCAACAGGGC  150

seq1  TAGTCTCCACCCACCTCCCCTCCAGCTGTACCTTCTCCCCATAGTCTCAA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCCACCCACCTCCCCTCCAGCTGTACCTTCTCCCCATAGTCTCAA  200

seq1  ACCAGTTAGGTTCTCAGCAGCTGGGGATGGGCCAGAGGAAGCTGCACTCC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTAGGTTCTCAGCAGCTGGGGATGGGCCAGAGGAAGCTGCACTCC  250

seq1  TCCTGACAGCCCAACAAGACACCCTATGGGATGTCACCTGGTCAAAGCTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACAGCCCAACAAGACACCCTATGGGATGTCACCTGGTCAAAGCTT  300

seq1  CTCAAAGTGTGGTCCCCCAGCCGTGTCAGCGTAACCTGGCATCTTACTGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGTGTGGTCCCCCAGCCGTGTCAGCGTAACCTGGCATCTTACTGG  350

seq1  GAATGCAGTTTTCTTGGGATTTGGCTGAGACCTGCGTTTCTCAGAGACCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCAGTTTTCTTGGGATTTGGCTGAGACCTGCGTTTCTCAGAGACCC  400

seq1  TTGGTGGCGGCGGCAGGGGTTGTGGTGGGCTGTCTCCAATCATATCTCCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGCGGCGGCAGGGGTTGTGGTGGGCTGTCTCCAATCATATCTCCC  450

seq1  CTGTCTTGTGCTGATGAGCAAGCTGTGGAGCAGGATTTAGTAAGAGCTTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGTGCTGATGAGCAAGCTGTGGAGCAGGATTTAGTAAGAGCTTG  500

seq1  TGACTGATGGTCTCTGTTCAAGAGAGCCTGTTACCGAGGAGGGTCTCAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGATGGTCTCTGTTCAAGAGAGCCTGTTACCGAGGAGGGTCTCAGT  550

seq1  CCTCAGGAACTGTCCCTAGGTGGAAGCTGGAGGCCACTTACAGAGCCCAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGAACTGTCCCTAGGTGGAAGCTGGAGGCCACTTACAGAGCCCAA  600

seq1  CCATATTGCATCCATGGAAGCGTCGAAAATCGATGGGGCTGAGAGATGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTGCATCCATGGAAGCGTCGAAAATCGATGGGGCTGAGAGATGCA  650

seq1  TCAGTAGTGGGATGCCTCCTCTGAACGCATGAGGACCTGAGTTCAAATCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGTGGGATGCCTCCTCTGAACGCATGAGGACCTGAGTTCAAATCC  700

seq1  CCAGCCCCATGTAACAGGCATAGCTGTGCAGGGTGCAAGGGAAGCCGGGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCATGTAACAGGCATAGCTGTGCAGGGTGCAAGGGAAGCCGGGC  750

seq1  AGGCACATGGGTATGCTTGCTGTGGAGGCTGCCTGCTGGCAGATCTGGAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACATGGGTATGCTTGCTGTGGAGGCTGCCTGCTGGCAGATCTGGAG  800

seq1  GGACAGCTTAGGGGCTCTGAGGGCTGAGAGCACTGGCTGGCACATCCATC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCTTAGGGGCTCTGAGGGCTGAGAGCACTGGCTGGCACATCCATC  850

seq1  CTGCCTCACATCGCCCTGGACAGGCAGGCCTTGACCTTAGTGGGTGACTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCACATCGCCCTGGACAGGCAGGCCTTGACCTTAGTGGGTGACTT  900

seq1  ACTGTGCTGGTTTCACCTAGGAATTC  920
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCTGGTTTCACCTAGGAATTC  926