BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244D16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 180,144,027 - 180,413,271
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr, Col9a3, Tcfl5, Dido1
Upstream geneCdh4, Taf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283
Downstream gene2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4, OTTMUSG00000016394, Ythdf1, Birc7, C030019F02Rik, LOC100039607, Arfgap1, Col20a1, Chrna4, Kcnq2, Eef1a2, 2700038C09Rik, Ptk6, Srms, LOC622592, BC051628, BC006779, Gmeb2, EG665467, Stmn3, Rtel1, Arfrp1, Zgpat, Lime1, Btbd4, BC050777, Tpd52l2, Dnajc5, Uckl1, Znf512b, Samd10, Prpf6, LOC100039697, Sox18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244D16.bB6Ng01-244D16.g
ACCGA053416GA053417
length1,1271,124
definitionB6Ng01-244D16.b B6Ng01-244D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(180,412,166 - 180,413,271)(180,144,027 - 180,145,138)
sequence
ggaattcttcaattggaacagtagctcaataggacgtttgtccagtatgc
ccaagccacaggtttttgaaaacccagtattggggtagggaatggaataa
ggatttgcaaattcattcattgttctattcaatcatgaaggtcaatccct
gttgctggcattgctgccctaagccaacaccactattattcctacctgta
ggggctagagaaacatgccagtcccttgagcagttgcaatgggtaactgt
tgccctgtttaacaccacccaaaatagaagggggcttggtgtttcaagat
gctagtaggcaaatggttagggaaagccatcatttatgggacatatcagt
ttaattacataacatgacttttatgcactgttgggagtgtgcctaatgtg
tcctaacgtccttaagaggaaagaagccaccagagctgtcaggctgcaga
gtgatggttagggagttacgttaataggtggtcttcaggtatagctgctc
tcaaaccatcaagtgtgtatacttggagtgtcaggaataactgaaatgta
gtccggccaagagagattgggtcttttggtggaacctctggttttgaatt
ccctgtttgtgaccagaaaaaaaacaacacagatgtttcaggccatacta
ctatatggaggggctttgtcgagggctgggtgatgctttgttttgtagag
tggaagtcagctggcaatctagtacacatttattatacccctgttcaatg
tcacactcgtatagcacttgggtccataccattatctgagtgttcattcc
tttctctgtacctttcctcagaggactcttctaatttttaacccaccaca
caacccagcagttcagatatggagggtaaattgctaaatataactggagc
ccaggagtagtagacatcactgcagagtccttggacattgtccttgatct
attgggaaaccttggctcagaatgtgttttcctccaataatatttgtcat
gtatactgtattgtaaaaaaatatttctaattttgccacagatcttgcct
ttgggtattttcttgtcctcatcctaagaaaaacatcagagtttaaggta
gatgtccattgccacctgccaaacccc
gaattcaaatgagtgaagccagagcaaggctggcactactctgtcagtgg
agtgtgtaaatctgctaatcctttctttttgctgagtgcctgtcacacac
aagctgcatctccacaggtggcctgtggcagcatagacccactccttcag
cactgtgtcctgatggtggtatctgagacagcctgggcagtctgggggac
ccaaacatctctgagcatcacccccaacacacagtgaactccaggaaagc
agctggatatgtgtgagaaatgaatgttaccgtgtttgagcagttgctga
ggatgtctgggtgtgtccagtctgggatgggacaataacaggcagcaagg
tgaagatgagcaagatgctgaagaccggtgactgtagtgaggctaggagt
cctctcttggaaagaacgggctctggttagcagaggggcaggagcagagc
catgctgtcttcagactgaaccactcacccgacctctctcacctttctcc
caccccagaagaaagtgtttctcatgtatcctgccttagtgaggctctcg
gaccagtacaggtccttatcattcaggaaacacgccagagacacacgtgt
gttatgtcagcactggaagcatgggtgggggcatgtgtgattggttccag
cacagtgggaacaaggtcgtggttctgtgggctaggttggttgttctgag
gctgccacaggtattattcatgcaggtggatcttttcatgactacccaac
cagtgagcgaggatgcttcatcccctcaggcacactttcttcatctgctc
attcacactttctatacacacagagacatacaaaacgccacacagatgca
cattcctcctagcaatgtaccttctacatacactcacacaggcacacaat
taatacataggttgcatacctgcatagacgcataacacccaagtgcaccc
ttcaacaagtgcccttgctcacactcatgcacacttaacatgttgttaaa
cccgaacacaccctgcaaacctggacctccgagcttgtgttctgaccact
ggatccttgtgtagagaatactgacatgaacatgggaaaatttgtgagat
tacaaacaaaattcacagcccctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_180412166_180413271
seq2: B6Ng01-244D16.b_47_1172 (reverse)

seq1  GGGGTTT-GCAGAGTGACAAT-GACATCTACCTAAAACTCTGATGTTTTT  48
      ||||||| |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTGGCAG-GTGGCAATGGACATCTACCTTAAACTCTGATGTTTTT  49

seq1  CT--AGATGAGGAC-AGAAAATACCAAAAGGC-AGATCTGT-GCAAAA-T  92
      ||   ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||| |
seq2  CTTAGGATGAGGACAAGAAAATACCCAAAGGCAAGATCTGTGGCAAAATT  99

seq1  AGAAAT-TATTTTTACAATACAGTATACATGACAAATAT--ATGGA-GAA  138
      |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||
seq2  AGAAATATTTTTTTACAATACAGTATACATGACAAATATTATTGGAGGAA  149

seq1  AACACATTCTGAGCCAAGGTT--CCCATAGATCAAGGACAATGTCCAAGG  186
      |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATTCTGAGCCAAGGTTTCCCAATAGATCAAGGACAATGTCCAAGG  199

seq1  ACTCTGCAGTGGATGTCTACTACT-CTTGGCTCCAGTTATATTTAGCAAT  235
      |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCAGT-GATGTCTACTACTCCTGGGCTCCAGTTATATTTAGCAAT  248

seq1  TTA-CCTTCATATCTG-ACTGCTGGGTTGTGTGGT-GGTTAAAAATTAGA  282
      ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTACCCTCCATATCTGAACTGCTGGGTTGTGTGGTGGGTTAAAAATTAGA  298

seq1  AGAGTCCTCTGAGG-AAGGTACAGAG-AAGGAATGAACACTCAGATAATG  330
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCTCTGAGGAAAGGTACAGAGAAAGGAATGAACACTCAGATAATG  348

seq1  GTATGGA-CCAAGTGCTATACGAGTGTGACATTGAACAGGGGTATAATAA  379
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGACCCAAGTGCTATACGAGTGTGACATTGAACAGGGGTATAATAA  398

seq1  ATGTGTACTAGATTGCCAGCTGACTTCCACTCTACAAAACAAAGCATCAC  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACTAGATTGCCAGCTGACTTCCACTCTACAAAACAAAGCATCAC  448

seq1  CCAGCCCTCGACAAAGCCCCTCCATATAGTAGTATGGCCTGAAACATCTG  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTCGACAAAGCCCCTCCATATAGTAGTATGGCCTGAAACATCTG  498

seq1  TGTTGTTTTTTTTCTGGTCACAAACAGGGAATTCAAAACCAGAGGTTCCA  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTTTTTTCTGGTCACAAACAGGGAATTCAAAACCAGAGGTTCCA  548

seq1  CC-AAAGACCCAATCTCTCTTGGCCGGACTACATTTCAGTTATTCCTGAC  578
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGACCCAATCTCTCTTGGCCGGACTACATTTCAGTTATTCCTGAC  598

seq1  ACTCCAAGTATACACACTTGATGGTTTGAGAGCAGCTATACCTGAAGACC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAGTATACACACTTGATGGTTTGAGAGCAGCTATACCTGAAGACC  648

seq1  ACCTATTAACGTAACTCCCTAACCATCACTCTGCAGCCTGACAGCTCTGG  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTAACGTAACTCCCTAACCATCACTCTGCAGCCTGACAGCTCTGG  698

seq1  TGGCTTCTTTCCTCTTAAGGACGTTAGGACACATTAGGCACACTCCCAAC  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTTTCCTCTTAAGGACGTTAGGACACATTAGGCACACTCCCAAC  748

seq1  AGTGCATAAAAGTCATGTTATGTAATTAAACTGATATGTCCCATAAATGA  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATAAAAGTCATGTTATGTAATTAAACTGATATGTCCCATAAATGA  798

seq1  TGGCTTTCCCTAACCATTTGCCTACTAGCATCTTGAAACACCAAGCCCCC  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCCCTAACCATTTGCCTACTAGCATCTTGAAACACCAAGCCCCC  848

seq1  TTCTATTTTGGGTGGTGTTAAACAGGGCAACAGTTACCCATTGCAACTGC  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTTGGGTGGTGTTAAACAGGGCAACAGTTACCCATTGCAACTGC  898

seq1  TCAAGGGACTGGCATGTTTCTCTAGCCCCTACAGGTAGGAATAATAGTGG  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGACTGGCATGTTTCTCTAGCCCCTACAGGTAGGAATAATAGTGG  948

seq1  TGTTGGCTTAGGGCAGCAATGCCAGCAACAGGGATTGACCTTCATGATTG  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCTTAGGGCAGCAATGCCAGCAACAGGGATTGACCTTCATGATTG  998

seq1  AATAGAACAATGAATGAATTTGCAAATCCTTATTCCATTCCCTACCCCAA  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAACAATGAATGAATTTGCAAATCCTTATTCCATTCCCTACCCCAA  1048

seq1  TACTGGGTTTTCAAAAACCTGTGGCTTGGGCATACTGGACAAACGTCCTA  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGTTTTCAAAAACCTGTGGCTTGGGCATACTGGACAAACGTCCTA  1098

seq1  TTGAGCTACTGTTCCAATTGAAGAATTC  1106
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTACTGTTCCAATTGAAGAATTC  1126

seq1: chr2_180144027_180145138
seq2: B6Ng01-244D16.g_66_1189

seq1  GAATTCAAATGAGTGAAGCCAGAGCAAGGCTGGCACTACTCTGTCAGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGAGTGAAGCCAGAGCAAGGCTGGCACTACTCTGTCAGTGG  50

seq1  AGTGTGTAAATCTGCTAATCCTTTCTTTTTGCTGAGTGCCTGTCACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTAAATCTGCTAATCCTTTCTTTTTGCTGAGTGCCTGTCACACAC  100

seq1  AAGCTGCATCTCCACAGGTGGCCTGTGGCAGCATAGACCCACTCCTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCATCTCCACAGGTGGCCTGTGGCAGCATAGACCCACTCCTTCAG  150

seq1  CACTGTGTCCTGATGGTGGTATCTGAGACAGCCTGGGCAGTCTGGGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGTCCTGATGGTGGTATCTGAGACAGCCTGGGCAGTCTGGGGGAC  200

seq1  CCAAACATCTCTGAGCATCACCCCCAACACACAGTGAACTCCAGGAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATCTCTGAGCATCACCCCCAACACACAGTGAACTCCAGGAAAGC  250

seq1  AGCTGGATATGTGTGAGAAATGAATGTTACCGTGTTTGAGCAGTTGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGATATGTGTGAGAAATGAATGTTACCGTGTTTGAGCAGTTGCTGA  300

seq1  GGATGTCTGGGTGTGTCCAGTCTGGGATGGGACAATAACAGGCAGCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTCTGGGTGTGTCCAGTCTGGGATGGGACAATAACAGGCAGCAAGG  350

seq1  TGAAGATGAGCAAGATGCTGAAGACCGGTGACTGTAGTGAGGCTAGGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGAGCAAGATGCTGAAGACCGGTGACTGTAGTGAGGCTAGGAGT  400

seq1  CCTCTCTTGGAAAGAACGGGCTCTGGTTAGCAGAGGGGCAGGAGCAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTGGAAAGAACGGGCTCTGGTTAGCAGAGGGGCAGGAGCAGAGC  450

seq1  CATGCTGTCTTCAGACTGAACCACTCACCCGACCTCTCTCACCTTTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGTCTTCAGACTGAACCACTCACCCGACCTCTCTCACCTTTCTCC  500

seq1  CACCCCAGAAGAAAGTGTTTCTCATGTATCCTGCCTTAGTGAGGCTCTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCAGAAGAAAGTGTTTCTCATGTATCCTGCCTTAGTGAGGCTCTCG  550

seq1  GACCAGTACAGGTCCTTATCATTCAGGAAACACGCCAGAGACACACGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTACAGGTCCTTATCATTCAGGAAACACGCCAGAGACACACGTGT  600

seq1  GTTATGTCAGCACTGGAAGCATGGGTGGGGGCATGTGTGATTGGTTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTCAGCACTGGAAGCATGGGTGGGGGCATGTGTGATTGGTTCCAG  650

seq1  CACAGTGGGAACAAGGTCGTGGTTCTGTGGGCTAGGTTGGTTGTTCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGGGAACAAGGTCGTGGTTCTGTGGGCTAGGTTGGTTGTTCTGAG  700

seq1  GCTGCCACAGGTATTATTCATGCAGGTGGATCTTTTCATGACTACCCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCACAGGTATTATTCATGCAGGTGGATCTTTTCATGACTACCCAAC  750

seq1  CAGTGAGCGAGGATGCTTCATCCCCTCAGGCACAC-TTCTTCATCTGCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCGAGGATGCTTCATCCCCTCAGGCACACTTTCTTCATCTGCTC  800

seq1  ATTCACAC-TTCTATACACACAGAGACATAC-AAACGCCACACAGATGCA  847
      |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTCACACTTTCTATACACACAGAGACATACAAAACGCCACACAGATGCA  850

seq1  CA-TCCTCCTAGCAATGTACC-TCTACATACACTCACACAGGCACACAAT  895
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTCCTAGCAATGTACCTTCTACATACACTCACACAGGCACACAAT  900

seq1  T-ATACATAGG-TGCATACCTGCATAGACGCAT-ACACCCAAGTGCACCC  942
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAATACATAGGTTGCATACCTGCATAGACGCATAACACCCAAGTGCACCC  950

seq1  T--CACAAGTGCCCTTGCTCACACTCATGCACACTT-ACATGTTTGTAAA  989
      |   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||
seq2  TTCAACAAGTGCCCTTGCTCACACTCATGCACACTTAACATGTTGTTAAA  1000

seq1  CCCG-ACACACCCTGGCAACCTGGA-CTCCGAGC-TGTGTTCTGGACCAC  1036
      |||| ||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||| ||||||
seq2  CCCGAACACACCCTGCAAACCTGGACCTCCGAGCTTGTGTTCT-GACCAC  1049

seq1  TGGGTCCTTTGGTGTAGAG-ATACTGACATG-ACATGGGGAAAATTTGTG  1084
      ||| |||||  |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  TGGATCCTT--GTGTAGAGAATACTGACATGAACAT-GGGAAAATTTGTG  1096

seq1  AGGGATAAC-AACAAAA-TCACAGCCCCTC  1112
      |  ||| || ||||||| ||||||||||||
seq2  A--GATTACAAACAAAATTCACAGCCCCTC  1124