BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245L01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 94,006,794 - 94,145,503
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE530001K10Rik, Ttc17
Upstream geneTrp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335, LOC620695, Alkbh3, Hsd17b12
Downstream geneItpa-ps1, Api5, LOC100043259
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245L01.bB6Ng01-245L01.g
ACCGA054511GA054512
length1,1271,130
definitionB6Ng01-245L01.b B6Ng01-245L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,006,794 - 94,007,941)(94,144,385 - 94,145,503)
sequence
gaattctgggattaaagacatgtcaccagttaaaagttttatatacatta
gagtggttaatttttttaatttttaaaaaatacaccatttattatgctct
tatattagtgtagaccctgaatttagtgctatggaagatacaaaaaccca
gaatcaccattctttttggttttatttatttttatttcatatgcactaga
gttttacctgagtgtaagtctgtgtgagcatgtcggatcctctggatctg
gagttacagacagctgtgagctgctatatgggtcctggaaattgaacctg
gatcctctggaagagcagccagtgctcttaactgctaagccatctctcca
gcccctagagtgggttttataataaaggaaatcaatgatcttgttgctaa
agaatttgtgtctaaaattttaatctcatccatttcccatgggaagaaaa
ttatatattgatgtactgtacctttaaatatttacatattatcacaaaat
cccacttaatccttatttattaatgagagaataaattgtttattagtctc
tgccagtttgaaaataaatagaaaagcaaaaactaggtctggggagaagg
cttagtgatgtgtccatttgacaggcgtgagagcctaaattcagatcccc
agaacacagagaaaaggcccctcggcagtgcacatctgtaatctgtaaac
tggggccactgtagaggcaatcaagtccctgaagcttgctgaccaccagc
ctatttcaaagagtgaacaaaactttcaattccttggggtaagaaatgca
gaagagcaggaaacaatgggaggaattccattcctcagacacgcatctca
gtgctgttagtcttgttagctagttgctgtgtagcagtattacaacatgc
tgggcaggcagagctctgtgagtttgaggatagcctggtctataaagcaa
gttccaggacagcctgagtgtaaattttaattttccaaatatattttatt
gatggctagtaaacagtttatctcccttctagcagcaccatcagagtagt
gaagaaagatactggggaagtgaactttccaatggttcttcaagcatcca
tctgtgttgtctgaatcaaagttcagt
gaattcttagtgctactgatagtcagaatcacagactaagatcccagtta
agtaccattccacccatgatacactcagatatatgcttcttggctcaaag
atgttaaatagagcagggacacaagagccactctactgtgcactttggtg
gccttgcacaggcacacagcctctctgaaccaaggcagtctctaaaaagt
cacatgacagtagaacccagctcatggttagtgattgggcgtgtggttga
gaagacaaactgtagcctgtcgttgctttgcagaatcagacatcctgggt
cctctccagcatggcagccctctactggagagtgaaaggtcaggggaaaa
aagccattgactgcctgcgccaggccctccactacgctccccaccagatg
aaggtgagtgaggggtgagggagcttcctcgtgctcagccagtgtgacat
tggcatacttaggtgagggccagaaaaatggtggcccgttactatcccca
cctcacacctgtacaaggaagtcctctggttgagcaggccgcctgcttgg
gagtcattctggtgttagctcatcccctgtgggtttggccagcccccaaa
gtgcttcctttcctatccctttgtatatattcctcctacacacacaaccc
gccaaccttggatctttccatagcacccgttgttaatggtggctgagagc
atgcagtttattatcagattcatactgagttctgcattaatatagatgcc
ctactttgtacagacccagtcttatctgcttgtcagacagtgcacaggat
gtcagaagagagccgcttcgctgagggcagctctgggttctaagctcaac
tctgctctgcactagtgttctgacctaggcccagacatgaccactgctct
cagctaaaggacatgcactcttgcgtttacccagtgaggacagaaaatga
aacctctttttgtccatgtcttcccataagacccaagcacagggcgtgac
tgccatgctcagatacatgttttaaagggggagccttctggtgggaacga
gtgttgccagttgtttcagttctgttgctccaacacggagggagcgatca
agcgtcagaaggcatttttggctgtgcggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_94006794_94007941
seq2: B6Ng01-245L01.b_45_1171

seq1  GAATTCTGGGATTAAAGACATGTCACCAGTTAAAAGTTTTATATACATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGATTAAAGACATGTCACCAGTTAAAAGTTTTATATACATTA  50

seq1  GAGTGGTTAATTTTTTTAATTTTTAAAAAATACACCATTTATTATGCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGTTAATTTTTTTAATTTTTAAAAAATACACCATTTATTATGCTCT  100

seq1  TATATTAGTGTAGACCCTGAATTTAGTGCTATGGAAGATACAAAAACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAGTGTAGACCCTGAATTTAGTGCTATGGAAGATACAAAAACCCA  150

seq1  GAATCACCATTCTTTTTGGTTTTATTTATTTTTATTTCATATGCACTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACCATTCTTTTTGGTTTTATTTATTTTTATTTCATATGCACTAGA  200

seq1  GTTTTACCTGAGTGTAAGTCTGTGTGAGCATGTCGGATCCTCTGGATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACCTGAGTGTAAGTCTGTGTGAGCATGTCGGATCCTCTGGATCTG  250

seq1  GAGTTACAGACAGCTGTGAGCTGCTATATGGGTCCTGGAAATTGAACCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACAGACAGCTGTGAGCTGCTATATGGGTCCTGGAAATTGAACCTG  300

seq1  GATCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACTGCTAAGCCATCTCTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACTGCTAAGCCATCTCTCCA  350

seq1  GCCCCTAGAGTGGGTTTTATAATAAAGGAAATCAATGATCTTGTTGCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTAGAGTGGGTTTTATAATAAAGGAAATCAATGATCTTGTTGCTAA  400

seq1  AGAATTTGTGTCTAAAATTTTAATCTCATCCATTTCCCATGGGAAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTGTGTCTAAAATTTTAATCTCATCCATTTCCCATGGGAAGAAAA  450

seq1  TTATATATTGATGTACTGTACCTTTAAATATTTACATATTATCACAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATTGATGTACTGTACCTTTAAATATTTACATATTATCACAAAAT  500

seq1  CCCACTTAATCCTTATTTATTAATGAGAGAATAAATTGTTTATTAGTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTAATCCTTATTTATTAATGAGAGAATAAATTGTTTATTAGTCTC  550

seq1  TGCCAGTTTGAAAATAAATAGAAAAGCAAAAACTAGGTCTGGGGAGAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTTTGAAAATAAATAGAAAAGCAAAAACTAGGTCTGGGGAGAAGG  600

seq1  CTTAGTGATGTGTCCATTTGACAGGCGTGAGAGCCTAAATTCAGATCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGATGTGTCCATTTGACAGGCGTGAGAGCCTAAATTCAGATCCCC  650

seq1  AGAACACAGAGAAAAGGCCCCTCGGCAGTGCACATCTGTAATCTGTAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACAGAGAAAAGGCCCCTCGGCAGTGCACATCTGTAATCTGTAAAC  700

seq1  TGGGGCCACTGTAGAGGCAATCAAGTCCCTGAAGCTTGCTGACCACCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCACTGTAGAGGCAATCAAGTCCCTGAAGCTTGCTGACCACCAGC  750

seq1  CTATTTCAAAGAGTGAACAAAACTTTCAATTCCTTGGGGTAAGAAATGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCAAAGAGTGAACAAAACTTTCAATTCCTTGGGGTAAGAAATGCA  800

seq1  GAAGAGCAGGAAACAATGGGAGGAATTCCATTCCTCAGACACGCATCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAGGAAACAATGGGAGGAATTCCATTCCTCAGACACGCATCTCA  850

seq1  GTGCTGTTAGTCTTGTTAGCTAGTTGCTGTGTAGCAGTATTACAACATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTTAGTCTTGTTAGCTAGTTGCTGTGTAGCAGTATTACAACATGC  900

seq1  TGGGCAGGCAGAGCTCTGTGAGTTTGAGGATAGCCTGGTCTATAAAGCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGGCAGAGCTCTGTGAGTTTGAGGATAGCCTGGTCTATAAAGCAA  950

seq1  GTTCCAGGACAGCCTGAGTGTAAATTTAATTTTTCCAAATATATTTTTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| 
seq2  GTTCCAGGACAGCCTGAGTGTAAATTTTAATTTTCCAAATATA-TTTTAT  999

seq1  TGATGGCTAGTAAACAGTTTAATCTCCCTTCTAGCCAACCACCCATCAGA  1050
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||
seq2  TGATGGCTAGTAAACAGTTT-ATCTCCCTTCTAGC--AGCA-CCATCAGA  1045

seq1  GGTAGTGGAAAAGAAAGGATACTGGGGAAGTGGACCTTTTCAAAATGGGT  1100
       ||||||   |||||| ||||||||||||||| ||  |||| ||   |||
seq2  -GTAGTG---AAGAAA-GATACTGGGGAAGTGAAC--TTTCCAA--TGGT  1086

seq1  TCTTTAGAGCAAATCCCATCTGTGTTGTCTGGAAATCAAAAGTTCAGT  1148
      |||| | ||||    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||
seq2  TCTTCA-AGCA---TCCATCTGTGTTGTCTG--AATC-AAAGTTCAGT  1127

seq1: chr2_94144385_94145503
seq2: B6Ng01-245L01.g_68_1197 (reverse)

seq1  CCCGCACAGCC-AAAATGCCTTCCTGACCGCCTTGACTGCTCCCTCGGTG  49
      ||||||||||| |||||||||| |||||   |||||  |||||||| |||
seq2  CCCGCACAGCCAAAAATGCCTT-CTGAC--GCTTGATCGCTCCCTCCGTG  47

seq1  -TGAAGC-ACAG-ACTG-AACAACTGGCAACACTCGTTCCCA-CAGA--G  92
       || ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |
seq2  TTGGAGCAACAGAACTGAAACAACTGGCAACACTCGTTCCCACCAGAAGG  97

seq1  CTTCCCCCTTTAAACATGTTATCTGAGCATGGCAGTCACGCCCTGTGC-T  141
      || |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCCCCCTTTAAAACATG-TATCTGAGCATGGCAGTCACGCCCTGTGCTT  146

seq1  GGGTTCTATGGG-AGACATGGACAAAA--GGGGTTCA-TTTCTGTCCTCA  187
      ||||  |||||| ||||||||||||||   || |||| ||||||||||||
seq2  GGGTCTTATGGGAAGACATGGACAAAAAGAGGTTTCATTTTCTGTCCTCA  196

seq1  CTGGGTAACCGC-AGAGTGCATGTCC-TTAGCTGAGAGCAGTGGTCATGT  235
      |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTAAACGCAAGAGTGCATGTCCTTTAGCTGAGAGCAGTGGTCATGT  246

seq1  CTGGGCCTAGGTCAGAACACTAGTGCAGAGCAGAGTTGAGCTTAGAACCC  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCTAGGTCAGAACACTAGTGCAGAGCAGAGTTGAGCTTAGAACCC  296

seq1  AGAGCTGCCCTCAGCGAAGCGGCTCTCTTCTGACATCCTGTGCACTGTCT  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCCCTCAGCGAAGCGGCTCTCTTCTGACATCCTGTGCACTGTCT  346

seq1  GACAAGCAGATAAGACTGGGTCTGTACAAAGTAGGGCATCTATATTAATG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCAGATAAGACTGGGTCTGTACAAAGTAGGGCATCTATATTAATG  396

seq1  CAGAACTCAGTATGAATCTGATAATAAACTGCATGCTCTCAGCCACCATT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTCAGTATGAATCTGATAATAAACTGCATGCTCTCAGCCACCATT  446

seq1  AACAACGGGTGCTATGGAAAGATCCAAGGTTGGCGGGTTGTGTGTGTAGG  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACGGGTGCTATGGAAAGATCCAAGGTTGGCGGGTTGTGTGTGTAGG  496

seq1  AGGAATATATACAAAGGGATAGGAAAGGAAGCACTTTGGGGGCTGGCCAA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATATACAAAGGGATAGGAAAGGAAGCACTTTGGGGGCTGGCCAA  546

seq1  ACCCACAGGGGATGAGCTAACACCAGAATGACTCCCAAGCAGGCGGCCTG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGGGGATGAGCTAACACCAGAATGACTCCCAAGCAGGCGGCCTG  596

seq1  CTCAACCAGAGGACTTCCTTGTACAGGTGTGAGGTGGGGATAGTAACGGG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCAGAGGACTTCCTTGTACAGGTGTGAGGTGGGGATAGTAACGGG  646

seq1  CCACCATTTTTCTGGCCCTCACCTAAGTATGCCAATGTCACACTGGCTGA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATTTTTCTGGCCCTCACCTAAGTATGCCAATGTCACACTGGCTGA  696

seq1  GCACGAGGAAGCTCCCTCACCCCTCACTCACCTTCATCTGGTGGGGAGCG  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGAGGAAGCTCCCTCACCCCTCACTCACCTTCATCTGGTGGGGAGCG  746

seq1  TAGTGGAGGGCCTGGCGCAGGCAGTCAATGGCTTTTTTCCCCTGACCTTT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGAGGGCCTGGCGCAGGCAGTCAATGGCTTTTTTCCCCTGACCTTT  796

seq1  CACTCTCCAGTAGAGGGCTGCCATGCTGGAGAGGACCCAGGATGTCTGAT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCAGTAGAGGGCTGCCATGCTGGAGAGGACCCAGGATGTCTGAT  846

seq1  TCTGCAAAGCAACGACAGGCTACAGTTTGTCTTCTCAACCACACGCCCAA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAAGCAACGACAGGCTACAGTTTGTCTTCTCAACCACACGCCCAA  896

seq1  TCACTAACCATGAGCTGGGTTCTACTGTCATGTGACTTTTTAGAGACTGC  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAACCATGAGCTGGGTTCTACTGTCATGTGACTTTTTAGAGACTGC  946

seq1  CTTGGTTCAGAGAGGCTGTGTGCCTGTGCAAGGCCACCAAAGTGCACAGT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCAGAGAGGCTGTGTGCCTGTGCAAGGCCACCAAAGTGCACAGT  996

seq1  AGAGTGGCTCTTGTGTCCCTGCTCTATTTAACATCTTTGAGCCAAGAAGC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGCTCTTGTGTCCCTGCTCTATTTAACATCTTTGAGCCAAGAAGC  1046

seq1  ATATATCTGAGTGTATCATGGGTGGAATGGTACTTAACTGGGATCTTAGT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCTGAGTGTATCATGGGTGGAATGGTACTTAACTGGGATCTTAGT  1096

seq1  CTGTGATTCTGACTATCAGTAGCACTAAGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATTCTGACTATCAGTAGCACTAAGAATTC  1130