BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245O03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 38,371,266 - 38,487,376
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNek6, Psmb7
Upstream geneRabgap1, Gpr21, 6430510M02Rik, Strbp, LOC639491, Dennd1a, LOC100040947, Lhx2
Downstream geneLOC674251, Nr5a1, Nr6a1, Olfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l, Golga1, A930041I02Rik, LOC100042584, Ppp6c, Vmn2r-ps2, Ppia-ps2_560.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245O03.bB6Ng01-245O03.g
ACCGA054649GA054650
length1,1761,095
definitionB6Ng01-245O03.b B6Ng01-245O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,371,266 - 38,372,448)(38,486,280 - 38,487,376)
sequence
gaattccagcgagtgtgaaggaatgccgacagggaaggggcgggtagttg
ctgtgggaagccttaggcgcctgccttttccccaaattgtttaaccctca
cacttcaaaatcagtgtggctcttttaaggggaatcctcctttgtctccc
tgacatccgagaggctcctgggttgtgccttacactctgacttctctctc
attctttcatgacccatttactaacacctatccttcggccctttaagctg
gggatttctgggaaggactctatctgcaaaggggcatccttactttccaa
tgacctgctctgatgatgttcagggtctcgcagtgccaagaagagcaaat
caccagagcatggggtggagatgagcacaggaggctacctaggctgaact
tctgggattggaaacggcccagttatccattttacagaatggaaactgag
gccctgaaagggcgagatactcatagtcaaaataagaatatgtgccttgt
gggcgtgtgagtggtcagtgggtcacagcattccaaaggtcttgggttcc
gttcccagcaccactactccagtttccaggcatctgatgctgccctcttc
tggcctcaaaaggccccaggtacggatgtggtgcacagacatacatgcag
acaaaatatccagacagataaaatttaaaacaaagaatttgtcagataca
gtagacagcagtagtttggaaagaggctggatttcaatgctggagtggcc
ctgtggcatctcaagacaaggtttggagatctgtgtttgttttcttccta
ctcactcaccacagggcaagacagtgggccctctcagtttgggcatgaag
ctggaaagtctctgaaggcctttgagctgtgtcagctgtggttgttagga
agtgaggcagatgttttgttaattatctacatagcgtgccccagcagaga
tctgtgttgataggagtggtcatcacagaacccgagtgggaccagagtcc
tcactgagactctcagtctccactgaagtccactggctgaggaggccaca
tgtactgttgggagtctcctggtcattgaggtgtagaattgtctctctct
ctaaggtactgaacctttgaaattccaagatagctgtcatctgagagcct
ttgagaaatctgtttccagttcctca
gaattcaccaggttcaggacatttcacttgtttttgtttttgctgttttg
agacatcattttgttctagccctggctgtcctggaactcaatctgtagat
caggtggccacggactcaagagatcatctgcctctgcttccttgctgctg
ggattaaaggtgagtgctctccctgcttggcaggacatataacattgata
ccaagcatttttaaaatggaaaatagagcacccttctcttgcatttggac
tgtagtggtttgccacatgctgactttaggaaaagttgtttgaagtaagc
agtcaagtgcctattttgcttgtgcttgccgtggtcttaggctgttagga
acttaattgagctcaggtccacaactgaatttgtagaatatttcttcttt
ctcactcactcatgtacacacacacactcacactcacactcacaagcttt
gtgacaagtccttgttcactctgtaaccctggctgatctggaacttgctt
tagaccacattggccttgacctcacagaaatccacctgcctctgctgtct
gagtgctgagattaaaggtgcttaccacctgcccagcttgtaagatattt
cttctttagctcatttactctacactgtctgcttttgctgtgcagtaaga
ctaatgcacgtaggttgttaactttgagagttgtttactcatctgcacat
ttgttcctcaactatttgttttgatttttatcttattgttttaggcaggg
tctttatgtagctctagctatcctatagcttgctatgtagaccaggatgg
ctcatatttacagcgctgggattaaaggtgtatgcccattcctgccagtt
cctcaactattgtattgagagagatttataagaggatctttaccttcaag
acaggcatagtctttgcagagaggcagatgtctgcaaaggctggttacat
aggccagtgggatccatgggagaaagggtcacttgttcaactgtcgtgag
caggaagtttcgcctgagtcttaaggagtctgtatttcattgccagatac
ttcaccttggcagcaactgtgtttagccactggtttggtgctgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_38371266_38372448
seq2: B6Ng01-245O03.b_44_1219

seq1  GAATTCCAGCGAGTGTGAAGGAATGCCGACAGGGAAGGGGCGGGTAGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCGAGTGTGAAGGAATGCCGACAGGGAAGGGGCGGGTAGTTG  50

seq1  CTGTGGGAAGCCTTAGGCGCCTGCCTTTTCCCCAAATTGTTTAACCCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGAAGCCTTAGGCGCCTGCCTTTTCCCCAAATTGTTTAACCCTCA  100

seq1  CACTTCAAAATCAGTGTGGCTCTTTTAAGGGGAATCCTCCTTTGTCTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAAAATCAGTGTGGCTCTTTTAAGGGGAATCCTCCTTTGTCTCCC  150

seq1  TGACATCCGAGAGGCTCCTGGGTTGTGCCTTACACTCTGACTTCTCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCCGAGAGGCTCCTGGGTTGTGCCTTACACTCTGACTTCTCTCTC  200

seq1  ATTCTTTCATGACCCATTTACTAACACCTATCCTTCGGCCCTTTAAGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTCATGACCCATTTACTAACACCTATCCTTCGGCCCTTTAAGCTG  250

seq1  GGGATTTCTGGGAAGGACTCTATCTGCAAAGGGGCATCCTTACTTTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTCTGGGAAGGACTCTATCTGCAAAGGGGCATCCTTACTTTCCAA  300

seq1  TGACCTGCTCTGATGATGTTCAGGGTCTCGCAGTGCCAAGAAGAGCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGCTCTGATGATGTTCAGGGTCTCGCAGTGCCAAGAAGAGCAAAT  350

seq1  CACCAGAGCATGGGGTGGAGATGAGCACAGGAGGCTACCTAGGCTGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAGCATGGGGTGGAGATGAGCACAGGAGGCTACCTAGGCTGAACT  400

seq1  TCTGGGATTGGAAACGGCCCAGTTATCCATTTTACAGAATGGAAACTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGATTGGAAACGGCCCAGTTATCCATTTTACAGAATGGAAACTGAG  450

seq1  GCCCTGAAAGGGCGAGATACTCATAGTCAAAATAAGAATATGTGCCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGAAAGGGCGAGATACTCATAGTCAAAATAAGAATATGTGCCTTGT  500

seq1  GGGCGTGTGAGTGGTCAGTGGGTCACAGCATTCCAAAGGTCTTGGGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTGTGAGTGGTCAGTGGGTCACAGCATTCCAAAGGTCTTGGGTTCC  550

seq1  GTTCCCAGCACCACTACTCCAGTTTCCAGGCATCTGATGCTGCCCTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCAGCACCACTACTCCAGTTTCCAGGCATCTGATGCTGCCCTCTTC  600

seq1  TGGCCTCAAAAGGCCCCAGGTACGGATGTGGTGCACAGACATACATGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCAAAAGGCCCCAGGTACGGATGTGGTGCACAGACATACATGCAG  650

seq1  ACAAAATATCCAGACAGATAAAATTTAAAACAAAGAATTTGTCAGATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATATCCAGACAGATAAAATTTAAAACAAAGAATTTGTCAGATACA  700

seq1  GTAGACAGCAGTAGTTTGGAAAGAGGCTGGATTTCAATGCTGGAGTGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAGCAGTAGTTTGGAAAGAGGCTGGATTTCAATGCTGGAGTGGCC  750

seq1  CTGTGGCATCTCAAGACAAGGTTTGGAGATCTGTGTTTGTTTTCTTCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCATCTCAAGACAAGGTTTGGAGATCTGTGTTTGTTTTCTTCCTA  800

seq1  CTCACTCACCACAGGGCAAGACAGTGGGCCCTCTCAGTTTGGGCATGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCACCACAGGGCAAGACAGTGGGCCCTCTCAGTTTGGGCATGAAG  850

seq1  CTGGAAAGTCTCTGAAGGCCTTTGAGCTGTGTCAGCTGTGGTTGTTAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAGTCTCTGAAGGCCTTTGAGCTGTGTCAGCTGTGGTTGTTAGGA  900

seq1  AGTGAGGCAGATGTTTTGTTAATTATCTACATAGCGTGGCCCAGCAGAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTGAGGCAGATGTTTTGTTAATTATCTACATAGCGTGCCCCAGCAGAGA  950

seq1  TCTGTGTTGATAGGAGTGGTCATCACAG-ACCCGAGTGGGACCAGAGTCC  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTGATAGGAGTGGTCATCACAGAACCCGAGTGGGACCAGAGTCC  1000

seq1  TCACTGAGGACTCTCAGTCCTCACTGAAGTCCACTGGGCCTGAGGGAGGC  1049
      ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||  |||| ||||||
seq2  TCACTGA-GACTCTCAGTCTCCACTGAAGTCCACTGG--CTGA-GGAGGC  1046

seq1  CACATGTACTG-TGGGAGTCTTCCTGGGCCATTTGAGGGTGTTAGATTG-  1097
      ||||||||||| |||||||| |||||| |   |||| |||||   |||| 
seq2  CACATGTACTGTTGGGAGTC-TCCTGGTC--ATTGA-GGTGTAGAATTGT  1092

seq1  -TCTCTCTCTAAGGGACCGGAAACCCT--GATTTCCAGAATAGCTGTCCC  1144
       ||||||||||||| || |  |||| |   | |||||  ||||||||  |
seq2  CTCTCTCTCTAAGGTACTG--AACCTTTGAAATTCCAAGATAGCTGT--C  1138

seq1  TCCTGAGGAAGCTTTTGAGGAAATCTG--TCCAGTTCCTCA  1183
        |||||  ||| ||||| ||||||||  ||||||||||||
seq2  ATCTGAG--AGCCTTTGA-GAAATCTGTTTCCAGTTCCTCA  1176

seq1: chr2_38486280_38487376
seq2: B6Ng01-245O03.g_64_1158 (reverse)

seq1  ATCAGCACCAAACACAGTGCCT-AACACAG-TGCTGCCAA-GTG-AGTAT  46
      ||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||| |||||
seq2  ATCAGCACCAAAC-CAGTGGCTAAACACAGTTGCTGCCAAGGTGAAGTAT  49

seq1  CTGGCAAATGAATTACAAGACTCCTTTAAAGACTCA-GCGAAACTTTCCC  95
      ||||| |||||| ||| |||||||||  |||||||| |||||||||  ||
seq2  CTGGC-AATGAAATAC-AGACTCCTT--AAGACTCAGGCGAAACTT--CC  93

seq1  TGCTCCACGACAGTTG-ACAAGTGACCCTTTCTCCCATGGATCCCACTGG  144
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCT-CACGACAGTTGAACAAGTGACCCTTTCTCCCATGGATCCCACTGG  142

seq1  CCTTTGTAACCAGCCTTTGCAGACATCTGCCTCTCTGCAAAGACTATGCC  194
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTAACCAGCCTTTGCAGACATCTGCCTCTCTGCAAAGACTATGCC  192

seq1  TGTCTTGAAGGTAAAGATCCTCTTATAAATCTCTCTCAATACAATAGTTG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGAAGGTAAAGATCCTCTTATAAATCTCTCTCAATACAATAGTTG  242

seq1  AGGAACTGGCAGGAATGGGCATACACCTTTAATCCCAGCGCTGTAAATAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTGGCAGGAATGGGCATACACCTTTAATCCCAGCGCTGTAAATAT  292

seq1  GAGCCATCCTGGTCTACATAGCAAGCTATAGGATAGCTAGAGCTACATAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCCTGGTCTACATAGCAAGCTATAGGATAGCTAGAGCTACATAA  342

seq1  AGACCCTGCCTAAAACAATAAGATAAAAATCAAAACAAATAGTTGAGGAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGCCTAAAACAATAAGATAAAAATCAAAACAAATAGTTGAGGAA  392

seq1  CAAATGTGCAGATGAGTAAACAACTCTCAAAGTTAACAACCTACGTGCAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTGCAGATGAGTAAACAACTCTCAAAGTTAACAACCTACGTGCAT  442

seq1  TAGTCTTACTGCACAGCAAAAGCAGACAGTGTAGAGTAAATGAGCTAAAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTACTGCACAGCAAAAGCAGACAGTGTAGAGTAAATGAGCTAAAG  492

seq1  AAGAAATATCTTACAAGCTGGGCAGGTGGTAAGCACCTTTAATCTCAGCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATATCTTACAAGCTGGGCAGGTGGTAAGCACCTTTAATCTCAGCA  542

seq1  CTCAGACAGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGTGAGGTCAAGGCCAATGTGGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACAGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGTGAGGTCAAGGCCAATGTGGT  592

seq1  CTAAAGCAAGTTCCAGATCAGCCAGGGTTACAGAGTGAACAAGGACTTGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCAAGTTCCAGATCAGCCAGGGTTACAGAGTGAACAAGGACTTGT  642

seq1  CACAAAGCTTGTGAGTGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTACATGAGTGAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGCTTGTGAGTGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTACATGAGTGAGT  692

seq1  GAGAAAGAAGAAATATTCTACAAATTCAGTTGTGGACCTGAGCTCAATTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAAGAAATATTCTACAAATTCAGTTGTGGACCTGAGCTCAATTA  742

seq1  AGTTCCTAACAGCCTAAGACCACGGCAAGCACAAGCAAAATAGGCACTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTAACAGCCTAAGACCACGGCAAGCACAAGCAAAATAGGCACTTG  792

seq1  ACTGCTTACTTCAAACAACTTTTCCTAAAGTCAGCATGTGGCAAACCACT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTACTTCAAACAACTTTTCCTAAAGTCAGCATGTGGCAAACCACT  842

seq1  ACAGTCCAAATGCAAGAGAAGGGTGCTCTATTTTCCATTTTAAAAATGCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCAAATGCAAGAGAAGGGTGCTCTATTTTCCATTTTAAAAATGCT  892

seq1  TGGTATCAATGTTATATGTCCTGCCAAGCAGGGAGAGCACTCACCTTTAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCAATGTTATATGTCCTGCCAAGCAGGGAGAGCACTCACCTTTAA  942

seq1  TCCCAGCAGCAAGGAAGCAGAGGCAGATGATCTCTTGAGTCCGTGGCCAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCAGCAAGGAAGCAGAGGCAGATGATCTCTTGAGTCCGTGGCCAC  992

seq1  CTGATCTACAGATTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTAGAACAAAATGATG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTACAGATTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTAGAACAAAATGATG  1042

seq1  TCTCAAAACAGCAAAAACAAAAACAAGTGAAATGTCCTGAACCTGGTGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAACAGCAAAAACAAAAACAAGTGAAATGTCCTGAACCTGGTGAA  1092

seq1  TTC  1097
      |||
seq2  TTC  1095