BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252M06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 3,830,787 - 3,984,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040163
Upstream gene9630050M13Rik, Nmt2, Rpp38, Acbd7, Olah, Meig1, Dclre1c, Suv39h2, Hspa14, Armetl1, LOC100040219, LOC666495, 3110001A13Rik, LOC100040257
Downstream geneLOC666944, 1700080N15Rik, Frmd4a, EG634452, Prpf18, LOC623483, E130319B15Rik, LOC666973, Sephs1, Phyh, LOC381346, LOC100040250, LOC100040426, 1110017I16Rik, Mcm10, Optn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252M06.bB6Ng01-252M06.g
ACCGA059675GA059676
length4021,154
definitionB6Ng01-252M06.b B6Ng01-252M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,830,787 - 3,831,194)(3,983,478 - 3,984,634)
sequence
atcaaaaaggagtttgattaaaatttattgcatttaaaaacgggactgga
gagatggttcaatgggccagagcacttgctgggcaaacatgaagaggatc
tgagttacagttcccagcaccagtgtaaaaggtttgaggattgctgagct
gttctggcttctaacctagctcaggaacactctggctgctagcctagctc
caggtccagagggacactcaggttcatggtcaaggcggtgggactggata
gagcagccaatgtcctcctatggcctctatatgcaggcatgggtgtgcat
gcctgcatatgcatgtataccacatataccacacgcagagtgagagacag
tcagacagacatagagaaggggtagggaagaatggtggagagagggagag
gg
gaattcaataaataccttgggttgggcatagtggcacatgcctttaatgc
cagcactcgggcagcaagggggttggggggagttagatactgttgagttc
aggccggcctggtcttcacagtgagttccaggacagccagagctacatag
taagaccgtctcaaaaaacaaacaaaccccaaacaaacaaacaaacaaac
aaaacccctttgagctcttactagctttgaaagtcataagaaacatgcag
gtttcaggaggagaatttagaggtctgtcctctgtctctctgctggttat
gactgacaacatttcataaagatagactgtcagggtgatatgcaggaatc
agttttacagatcaaaactgtaagcactctgaggtacagacaaacaggtc
acacagtagcgtttacacttcatatatggcttggaattccatggctcact
ctcccttccactccattattttgccttaaattccatggttcactctgagg
agcagagaggctgtggaagactcaaaagcttggaaaagggagaaggaaag
gcatggtcagtactttgaaaggctgctgcattgccagcatggtgtgattt
cagtgaaccaggccagggaactggaaactggaaactgggatccctaacgt
ctttttctatggttggaaagacaggttttaaacctcaaccaaggaggact
tggagacaggaagggccaaagagtctcacactttataaacataagaatta
atacatttgtgtcaacgggatactgtccagctcaactctatgctaagtag
cacctacagcctctacagatcagccaggcaggcaggtcaaggcacaccag
tgctgttcttaggggctactggatacttcctctcccaggcccctcttggg
agaactattttgggtttccatgtgaatcccgaatcaggtcttatcttctg
ctcctggacttagaagtggaattttaatttttcagattacattgcttctt
ttcagtgtctcagaacattctagaaagtctgcctctaggagtctttggtt
aagtttcctcctgtcatagtcaaccttcaaacctcgggtactaactctaa
ctcctgcctcattgcagatctcttccatctgttttcaaggtcatctagtt
cctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_3830787_3831194
seq2: B6Ng01-252M06.b_47_454

seq1  GAATTCATCAAAAAGGAGTTTGATTAAAATTTATTGCATTTAAAAACGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAAAAAGGAGTTTGATTAAAATTTATTGCATTTAAAAACGGG  50

seq1  ACTGGAGAGATGGTTCAATGGGCCAGAGCACTTGCTGGGCAAACATGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGAGATGGTTCAATGGGCCAGAGCACTTGCTGGGCAAACATGAAG  100

seq1  AGGATCTGAGTTACAGTTCCCAGCACCAGTGTAAAAGGTTTGAGGATTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTGAGTTACAGTTCCCAGCACCAGTGTAAAAGGTTTGAGGATTGC  150

seq1  TGAGCTGTTCTGGCTTCTAACCTAGCTCAGGAACACTCTGGCTGCTAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTTCTGGCTTCTAACCTAGCTCAGGAACACTCTGGCTGCTAGCC  200

seq1  TAGCTCCAGGTCCAGAGGGACACTCAGGTTCATGGTCAAGGCGGTGGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCAGGTCCAGAGGGACACTCAGGTTCATGGTCAAGGCGGTGGGAC  250

seq1  TGGATAGAGCAGCCAATGTCCTCCTATGGCCTCTATATGCAGGCATGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGAGCAGCCAATGTCCTCCTATGGCCTCTATATGCAGGCATGGGT  300

seq1  GTGCATGCCTGCATATGCATGTATACCACATATACCACACGCAGAGTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCCTGCATATGCATGTATACCACATATACCACACGCAGAGTGAG  350

seq1  AGACAGTCAGACAGACATAGAGAAGGGGTAGGGAAGAATGGTGGAGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTCAGACAGACATAGAGAAGGGGTAGGGAAGAATGGTGGAGAGAG  400

seq1  GGAGAGGG  408
      ||||||||
seq2  GGAGAGGG  408

seq1: chr2_3983478_3984634
seq2: B6Ng01-252M06.g_66_1219 (reverse)

seq1  GAGGAACTAGATGACCTTGTGGAGACAGGATGGAAGAGA-CTGGCATGAG  49
      |||||||||||||||||  || | ||| ||||||||||| |||  |||||
seq2  GAGGAACTAGATGACCT--TGAAAACA-GATGGAAGAGATCTGCAATGAG  47

seq1  CCAGGAGTTAGAGTTAGTACCCGAGTTTTGAAGGTTTGACTAGGACAGGA  99
       |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
seq2  GCAGGAGTTAGAGTTAGTACCCGAGGTTTGAAGG-TTGACTATGACAGGA  96

seq1  GGAAACTTAACCAAAGACCTCCTAGA-GCAGACCTTCTAGAATGTTCTGA  148
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAAACTTAACCAAAGA-CTCCTAGAGGCAGACTTTCTAGAATGTTCTGA  145

seq1  GACACTGAAAAAGAAGCAATGTTAATCTG-AAAATTAAAATTCCACTTCT  197
      ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GACACTG-AAAAGAAGCAATG-TAATCTGAAAAATTAAAATTCCACTTCT  193

seq1  AAGTCCAGGAGCAG-AGATAAGACCTGATTCGGGATTCACATGGAAACCC  246
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAGGAGCAGAAGATAAGACCTGATTCGGGATTCACATGGAAACCC  243

seq1  AAAATAGTTCTCCCAAGAGGGGCCTGGGAGAGGAAGTATCCAGTAGCCCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGTTCTCCCAAGAGGGGCCTGGGAGAGGAAGTATCCAGTAGCCCC  293

seq1  TAAGAACAGCACTGGTGTGCCTTGACCTGCCTGCCTGGCTGATCTGTAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACAGCACTGGTGTGCCTTGACCTGCCTGCCTGGCTGATCTGTAGA  343

seq1  GGCTGTAGGTGCTACTTAGCATAGAGTTGAGCTGGACAGTATCCCGTTGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGGTGCTACTTAGCATAGAGTTGAGCTGGACAGTATCCCGTTGA  393

seq1  CACAAATGTATTAATTCTTATGTTTATAAAGTGTGAGACTCTTTGGCCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATGTATTAATTCTTATGTTTATAAAGTGTGAGACTCTTTGGCCCT  443

seq1  TCCTGTCTCCAAGTCCTCCTTGGTTGAGGTTTAAAACCTGTCTTTCCAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTCCAAGTCCTCCTTGGTTGAGGTTTAAAACCTGTCTTTCCAAC  493

seq1  CATAGAAAAAGACGTTAGGGATCCCAGTTTCCAGTTTCCAGTTCCCTGGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAAAGACGTTAGGGATCCCAGTTTCCAGTTTCCAGTTCCCTGGC  543

seq1  CTGGTTCACTGAAATCACACCATGCTGGCAATGCAGCAGCCTTTCAAAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCACTGAAATCACACCATGCTGGCAATGCAGCAGCCTTTCAAAGT  593

seq1  ACTGACCATGCCTTTCCTTCTCCCTTTTCCAAGCTTTTGAGTCTTCCACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCATGCCTTTCCTTCTCCCTTTTCCAAGCTTTTGAGTCTTCCACA  643

seq1  GCCTCTCTGCTCCTCAGAGTGAACCATGGAATTTAAGGCAAAATAATGGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCTGCTCCTCAGAGTGAACCATGGAATTTAAGGCAAAATAATGGA  693

seq1  GTGGAAGGGAGAGTGAGCCATGGAATTCCAAGCCATATATGAAGTGTAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGGGAGAGTGAGCCATGGAATTCCAAGCCATATATGAAGTGTAAA  743

seq1  CGCTACTGTGTGACCTGTTTGTCTGTACCTCAGAGTGCTTACAGTTTTGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTACTGTGTGACCTGTTTGTCTGTACCTCAGAGTGCTTACAGTTTTGA  793

seq1  TCTGTAAAACTGATTCCTGCATATCACCCTGACAGTCTATCTTTATGAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAAACTGATTCCTGCATATCACCCTGACAGTCTATCTTTATGAAA  843

seq1  TGTTGTCAGTCATAACCAGCAGAGAGACAGAGGACAGACCTCTAAATTCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCAGTCATAACCAGCAGAGAGACAGAGGACAGACCTCTAAATTCT  893

seq1  CCTCCTGAAACCTGCATGTTTCTTATGACTTTCAAAGCTAGTAAGAGCTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGAAACCTGCATGTTTCTTATGACTTTCAAAGCTAGTAAGAGCTC  943

seq1  AAAGGGGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGGGGTTTGTTTGTTTTTTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGGGGTTTGTTTGTTTTTTG  993

seq1  AGACGGTCTTACTATGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTGTGAAGAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGGTCTTACTATGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTGTGAAGAC  1043

seq1  CAGGCCGGCCTGAACTCAACAGTATCTAACTCCCCCCAACCCCCTTGCTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCGGCCTGAACTCAACAGTATCTAACTCCCCCCAACCCCCTTGCTG  1093

seq1  CCCGAGTGCTGGCATTAAAGGCATGTGCCACTATGCCCAACCCAAGGTAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGTGCTGGCATTAAAGGCATGTGCCACTATGCCCAACCCAAGGTAT  1143

seq1  TTATTGAATTC  1157
      |||||||||||
seq2  TTATTGAATTC  1154