BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256J11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 122,094,438 - 122,095,500
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneTrp53bp1, Mtap1a, Hisppd2a, Ckmt1, Strc, Catsper2, Pdia3, Ell3, Serf2, LOC574418, 2310003F16Rik, Mfap1b, Wdr76p, Mfap1a, Wdr76, Frmd5, Casc4, Mageb3, Ctdspl2, Eif3s1, 4930424G05Rik, B2m, Trim69, 4933406J08Rik, LOC433468, LOC670832, Sord
Downstream geneDuox2, Duoxa2, Duoxa1, Duox1, Shf, Slc28a2, Bambi-ps1, Rp23-357i14.1, Gatm, Spata5l1, AA467197, Slc30a4, Pldn, Sqrdl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256J11.bB6Ng01-256J11.g
ACCGA062511GA062512
length4991,088
definitionB6Ng01-256J11.b B6Ng01-256J11.g
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattcatgaaattcttaggcaaatggatgcatctaggggatatcatcct
gagtgaggtaacccaatcacaaaagaacacacatgatatgcgctcactga
taagcggatattagtccagaaacttagaatatccaagatacaatttgcaa
aacatgaaactcaagaaggaagaccaaagtgtggatacttcactccttct
tcgaatggggaacaaaatacccatggaaggcgttacagagacaaagtgcg
gagctgagatggaaggaagaaccatctagaggctgccccacctggggatc
cacccatatacaaccaccaaacccagacactattgcatatgccagaaaga
ttttgctgatagtaccctgatatagctctctcttgtgaggctatgccaat
gcctgggaaatacagaagtggatgctcacagtcatctattggatggaaca
cagggcccctaatgaaggagctagagaaagtacccaaggagctaaaggg
gaattcacatccttatgtttatgtgacaaggattttatcagttgagcaat
ctccacagcctggggaaacgaagaaaatctttggggctccaggttatgaa
caatgtgagaggtcttgtgccttaggaaacctttggggattgctgagggt
agggtcatggggtcactgctgaggatggagtcactgttgagggtaagggt
caatgggggtcactgctgagggtggggtcatcagaccactgactaactcg
cttcagatcatctttgggaaaatggaggcttgactctccaccattcaaaa
cttgaacatgtcaccatgtctccaggcctaagtttccacattgttagtag
cagtcatctctcccagctctgctagagatatgacaatagcccctgaaggg
acctgtgtgggattatagggacagtacctcagtcaccgtggggccgtgga
ctaccatcagtgacactgtaccagaagcttccccacgccccgtgtcctca
atgacaagacagagtactttaccaaaccttactaagtcactgggaagaag
ggtcatacacgtaaaatgtcccttcgctgtgttggcctatctttagtcgg
cataactctgtgctgtggacttaactggattgggtgttaagatgctgacc
ttggattattggaatccccaaacacttgacaacctaagacttttaaggaa
atttctgagtaattcaaatagaatagcatgctgtactgtattctcctgct
ttgtcagtgtactgagtgctgtgcttgtctggctcgacagtatacacttt
caggtgctattttctatgaacaccaaagagaaacatgtttccttgtcata
taccatgtgcttttggggacagggctactgggccctcaaagtcaatcaag
agttattgatcctttctaggatctggaaaaacaagctcagtgggtagaag
atgccctgccaccagccttaatgaacctgagctcaatcccttaaggaacc
acttggtggagaaaagaagaacataacctccttttgggttgcttctctgc
tctcatgtattgggacaacggacacccggacacacgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_122094438_122095500
seq2: B6Ng01-256J11.g_67_1153

seq1  GAATTCACATCCTTATGTTTATGTGACAAGGATTTTATCAGTTGAGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCCTTATGTTTATGTGACAAGGATTTTATCAGTTGAGCAAT  50

seq1  CTCCACAGCCTGGGGAAACGAAGAAAATCTTTGGGGCTCCAGGTTATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACAGCCTGGGGAAACGAAGAAAATCTTTGGGGCTCCAGGTTATGAA  100

seq1  CAATGTGAGAGGTCTTGTGCCTTAGGAAACCTTTGGGGATTGCTGAGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGAGAGGTCTTGTGCCTTAGGAAACCTTTGGGGATTGCTGAGGGT  150

seq1  AGGGTCATGGGGTCACTGCTGAGGATGGAGTCACTGTTGAGGGTAAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCATGGGGTCACTGCTGAGGATGGAGTCACTGTTGAGGGTAAGGGT  200

seq1  CAATGGGGGTCACTGCTGAGGGTGGGGTCATCAGACCACTGACTAACTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGGGGTCACTGCTGAGGGTGGGGTCATCAGACCACTGACTAACTCG  250

seq1  CTTCAGATCATCTTTGGGAAAATGGAGGCTTGACTCTCCACCATTCAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGATCATCTTTGGGAAAATGGAGGCTTGACTCTCCACCATTCAAAA  300

seq1  CTTGAACATGTCACCATGTCTCCAGGCCTAAGTTTCCACATTGTTAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACATGTCACCATGTCTCCAGGCCTAAGTTTCCACATTGTTAGTAG  350

seq1  CAGTCATCTCTCCCAGCTCTGCTAGAGATATGACAATAGCCCCTGAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATCTCTCCCAGCTCTGCTAGAGATATGACAATAGCCCCTGAAGGG  400

seq1  ACCTGTGTGGGATTATAGGGACAGTACCTCAGTCACCGTGGGGCCGTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGTGGGATTATAGGGACAGTACCTCAGTCACCGTGGGGCCGTGGA  450

seq1  CTACCATCAGTGACACTGTACCAGAAGCTTCCCCACGCCCCGTGTCCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCATCAGTGACACTGTACCAGAAGCTTCCCCACGCCCCGTGTCCTCA  500

seq1  ATGACAAGACAGAGTACTTTACCAAACCTTACTAAGTCACTGGGAAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAGACAGAGTACTTTACCAAACCTTACTAAGTCACTGGGAAGAAG  550

seq1  GGTCATACACGTAAAATGTCCCTTCGCTGTGTTGGCCTATCTTTAGTCGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATACACGTAAAATGTCCCTTCGCTGTGTTGGCCTATCTTTAGTCGG  600

seq1  CATAACTCTGTGCTGTGGACTTAACTGGATTGGGTGTTAAGATGCTGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTCTGTGCTGTGGACTTAACTGGATTGGGTGTTAAGATGCTGACC  650

seq1  TTGGATTATTGGAATCCCCAAACACTTGACAACCTAAGACTTTTAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTATTGGAATCCCCAAACACTTGACAACCTAAGACTTTTAAGGAA  700

seq1  ATTTCTGAGTAATTCAAATAGAATAGCATGCTGTACTGTATTCTCCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGAGTAATTCAAATAGAATAGCATGCTGTACTGTATTCTCCTGCT  750

seq1  TTGTCAGTGTACTGAGTGCTGTGCTTGTCTGGCTCGACAGTATACAC-TT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGTCAGTGTACTGAGTGCTGTGCTTGTCTGGCTCGACAGTATACACTTT  800

seq1  CAGGTGCTA-TTTCTATGAACACCAAAGAGAAACATG-TTCCTTGTCATA  847
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGGTGCTATTTTCTATGAACACCAAAGAGAAACATGTTTCCTTGTCATA  850

seq1  TACCATGTGCTTT--GGGACAGGGCTACTGG--CCTCAAAGTC-ATCAAG  892
      |||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||
seq2  TACCATGTGCTTTTGGGGACAGGGCTACTGGGCCCTCAAAGTCAATCAAG  900

seq1  AGTTATTGATCC-TTCTA-GATCTGGAAAAAC-AGCTCAGTGGGTAG-AG  938
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  AGTTATTGATCCTTTCTAGGATCTGGAAAAACAAGCTCAGTGGGTAGAAG  950

seq1  ATG-CCTGCCACCAAGCCTT-ATG-ACCTGAGCTCAATCC--TTAGGAAC  983
      ||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||  | ||||||
seq2  ATGCCCTGCCACC-AGCCTTAATGAACCTGAGCTCAATCCCTTAAGGAAC  999

seq1  CACTTGGTGGAGAAA--GAGAACATA--CTCC-TTTGGGTTGC-TCTCTG  1027
      |||||||||||||||   ||||||||  |||| |||||||||| ||||||
seq2  CACTTGGTGGAGAAAAGAAGAACATAACCTCCTTTTGGGTTGCTTCTCTG  1049

seq1  CTCTCCATGTATTGGGAC-ACGGACA--CGGACACACGT  1063
      |||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||
seq2  CTCT-CATGTATTGGGACAACGGACACCCGGACACACGT  1087