BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258A10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 105,284,039 - 105,456,682
singlet/doubletdoublet
Overlap genePax6os1, LOC100043391
Upstream geneHipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1
Downstream genePax6, Elp4, LOC100043394, Immp1l, LOC100043402, Dph4, LOC668765, Dcdc5, 9330126M15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258A10.bB6Ng01-258A10.g
ACCGA063573GA063574
length1,0541,101
definitionB6Ng01-258A10.b B6Ng01-258A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,284,039 - 105,285,086)(105,455,576 - 105,456,682)
sequence
gaattcagaatttctagcccgtgggagaggtcctgactgtgagggagttc
agatgtgatttagctgaaaaatgccaatgattctcagtagattccccagg
gtgacaaaaattagtttcttgcgtaagtaaaaagtgtgtggtgtgtatgt
gtgtgtgcatgtgtgtgcgtgcatgtagacacatgcatgtaatatgtatg
caggtatgtggggttttttttttttttttggctgtgtgcatgtacataag
tgtggaagtctgaggtcaaccttggacgttgttcttcaggaaactgcaca
ctttgttttggaaacagtgtatctcagtgagctctgaaggtgaacaatga
ggccaagagagctgtccagcaaactctagagcgcccccagtggtgggact
acaggtgtgcatcaccatgcctgtctctatgtgaaggcccagaatcaaac
tcaggtgtcacagtggtgtggcaagcactttcctggccaaccttttcccc
tggtccctaaagaacataactcttgatctgctgtcctagatacgcctgct
attgcttgcctgtcctaagacacacccacccagtgatccacaatttgttc
tttctctaaacagagtcagttttagataaccaggttggctcttctaagaa
tgcgaccaagaaacagaagctggtagtgaatggtggaattgagaatccaa
gacagatactgggttgaagcttgaaagagatggtgggagaaatggccaaa
agcttgaaagagatggtgggagaaatggccaaaagcttgaaagagatggt
gggagaaatggccaaagcttgaaagagatggtgggagaaatggctaaaag
ggaacgtaagaagctgtgcggctggtgttatgtcagcttgccaggctaga
ggcttcatcttggaagagggaaccttcaagtgagaaaatgccttccacca
gattggccctgtgggcaagctgaggtgcagtcaatgctgcccctgaggtg
ctggtgccaggatacctgctaagaaagcaaaatgaaaaagaccatggaaa
gcaa
aatcctcttcctggcgtcttccattccaccacgtggcattacctcccgca
cctgcgcagaaacctcgattctccttttgaattccttgtgaatgaggtct
gtgcatctaaagagggacagagccttccagggacaggaaaaaggactgct
tttcagccagtgtctctttggcaccacctcctgggttcctactttcctgc
atgggagcactatccattgtcaggccagaaccaggcagggaggactctag
gtgaaggtagctgtctccgacctttccaaacattcagagacctttcccca
gtgctcgaagggatgctaattgtcactgtgcagtagagacatggatggtc
cgagtgaccagctggtaaatgatacagtaaggcctgtaactgtggcccgc
ctgcttctgtctacacagcttcagatcttccaccacagcgaacattgtca
ccacgattgttctagaaatagggccattgccaaaaccaacctcaaattcc
tggtgtgcggaggattctgtgatgtcctgggtcagcagtctgtggttctc
agtccctggagaaccaggcaggaaacaaagcctctttctcaggcactctc
ctgaaggcggaagtggctctgtgtggtaggcagcaagttagaggccaggg
ccagcatcctgtcagggagtgagcatttccgcattcaaagtggcacaccg
aaaggacactgagagtgaaccactgccactctgtttacctgggagttctc
tgggacctaggagcaatgctaatccttttgttggctttaagaggactcag
cgaaaccagctctgtccgaaaaacagcttggggaaaactaatagactaca
atgtggactgactcagctcagtcatcatcaagccactcgcggagcagcct
tgttgttgatgagttggcatgaggtcaccctacgggcacagaagtcacca
ctcaggctggtgagatggctcagtgggtagagcacccgactgcttcttcg
agtctgaagtcaaatcccagcaccacatggtggctcaaacatctgtaaca
agaatctgacgcccctcttcttggagtgtctgaagacagctacagtgtac
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_105284039_105285086
seq2: B6Ng01-258A10.b_48_1101

seq1  GAATTCAGAATTTCTAGCCCGTGGGAGAGGTCCTGACTGTGAGGGAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATTTCTAGCCCGTGGGAGAGGTCCTGACTGTGAGGGAGTTC  50

seq1  AGATGTGATTTAGCTGAAAAATGCCAATGATTCTCAGTAGATTCCCCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGATTTAGCTGAAAAATGCCAATGATTCTCAGTAGATTCCCCAGG  100

seq1  GTGACAAAAATTAGTTTCTTGCGTAAGTAAAAAGTGTGTGGTGTGTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAAATTAGTTTCTTGCGTAAGTAAAAAGTGTGTGGTGTGTATGT  150

seq1  GTGTGTGCATGTGTGTGCGTGCATGTAGACACATGCATGTAATATGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCATGTGTGTGCGTGCATGTAGACACATGCATGTAATATGTATG  200

seq1  CAGGTATGTGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGTGTGCATGTACATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATGTGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGTGTGCATGTACATAAG  250

seq1  TGTGGAAGTCTGAGGTCAACCTTGGACGTTGTTCTTCAGGAAACTGCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAGTCTGAGGTCAACCTTGGACGTTGTTCTTCAGGAAACTGCACA  300

seq1  CTTTGTTTTGGAAACAGTGTATCTCAGTGAGCTCTGAAGGTGAACAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTTGGAAACAGTGTATCTCAGTGAGCTCTGAAGGTGAACAATGA  350

seq1  GGCCAAGAGAGCTGTCCAGCAAACTCTAGAGCGCCCCCAGTGGTGGGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGAGAGCTGTCCAGCAAACTCTAGAGCGCCCCCAGTGGTGGGACT  400

seq1  ACAGGTGTGCATCACCATGCCTGTCTCTATGTGAAGGCCCAGAATCAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGTGCATCACCATGCCTGTCTCTATGTGAAGGCCCAGAATCAAAC  450

seq1  TCAGGTGTCACAGTGGTGTGGCAAGCACTTTCCTGGCCAACCTTTTCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGTCACAGTGGTGTGGCAAGCACTTTCCTGGCCAACCTTTTCCCC  500

seq1  TGGTCCCTAAAGAACATAACTCTTGATCTGCTGTCCTAGATACGCCTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCCTAAAGAACATAACTCTTGATCTGCTGTCCTAGATACGCCTGCT  550

seq1  ATTGCTTGCCTGTCCTAAGACACACCCACCCAGTGATCCACAATTTGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTGCCTGTCCTAAGACACACCCACCCAGTGATCCACAATTTGTTC  600

seq1  TTTCTCTAAACAGAGTCAGTTTTAGATAACCAGGTTGGCTCTTCTAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAAACAGAGTCAGTTTTAGATAACCAGGTTGGCTCTTCTAAGAA  650

seq1  TGCGACCAAGAAACAGAAGCTGGTAGTGAATGGTGGAATTGAGAATCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGACCAAGAAACAGAAGCTGGTAGTGAATGGTGGAATTGAGAATCCAA  700

seq1  GACAGATACTGGGTTGAAGCTTGAAAGAGATGGTGGGAGAAATGGCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATACTGGGTTGAAGCTTGAAAGAGATGGTGGGAGAAATGGCCAAA  750

seq1  AGCTTGAAAGAGATGGTGGGAGAAATGGCCAAAAGCTTGAAAGAGATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAAAGAGATGGTGGGAGAAATGGCCAAAAGCTTGAAAGAGATGGT  800

seq1  GGGAGAAATGGCCAAAAGCTTGAAAGAGATGGTGGGAGAAATGGCTAAAA  850
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAATGGCC-AAAGCTTGAAAGAGATGGTGGGAGAAATGGCTAAAA  849

seq1  GGGAACGTAAGAAGCTGTGCGGGCTGGTGTTATGTCAGCTTGGCAGGCTA  900
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGGAACGTAAGAAGCTGTGC-GGCTGGTGTTATGTCAGCTTGCCAGGCTA  898

seq1  GAGGC-TCATCTTGGAAGAGGGAACC-TCAAGTGAGAAAATG-CTTCCAC  947
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGGCTTCATCTTGGAAGAGGGAACCTTCAAGTGAGAAAATGCCTTCCAC  948

seq1  CAGATTGG-CCTGTGGGCAAGGCTGGGGTGCA-TCAATGCTGCCCCTGGG  995
      |||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |
seq2  CAGATTGGCCCTGTGGGCAA-GCTGAGGTGCAGTCAATGCTGCCCCTGAG  997

seq1  GTGCTGGTG-CAGGATA-CTG-TAAGAAAGCAGAATG-AAAAGACCATGG  1041
      ||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  GTGCTGGTGCCAGGATACCTGCTAAGAAAGCAAAATGAAAAAGACCATGG  1047

seq1  AGAGCAA  1048
      | |||||
seq2  AAAGCAA  1054

seq1: chr2_105455576_105456682
seq2: B6Ng01-258A10.g_78_1178 (reverse)

seq1  AGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCC-AGAAGA-GGGCGTCAGA-TC  47
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||
seq2  AGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAAGAAGAGGGGCGTCAGATTC  50

seq1  TTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTTC  97
      ||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TTGTTACAGATG--TTTGAGCCACCATGTGG-TGCTGGGATTTG-ACTTC  96

seq1  AGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACC  147
      ||||  ||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAC--TCGAAGAAGCAGTCGGGTGCTC-TACCCACTGAGCCATCTCACC  143

seq1  AGCCCTGAGTGGTGACTTCTGTTGCCCGTAGGGTGACCTCATGCCAACTC  197
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-CCTGAGTGGTGACTTCTG-TGCCCGTAGGGTGACCTCATGCCAACTC  191

seq1  ATCAACAACAAGGCTGCTCCGCGAGTGGCTTGATGATGACTGAGCTGAGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACAACAAGGCTGCTCCGCGAGTGGCTTGATGATGACTGAGCTGAGT  241

seq1  CAGTCCACATTGTAGTCTATTAGTTTTCCCCAAGCTGTTTTTCGGACAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCACATTGTAGTCTATTAGTTTTCCCCAAGCTGTTTTTCGGACAGA  291

seq1  GCTGGTTTCGCTGAGTCCTCTTAAAGCCAACAAAAGGATTAGCATTGCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTCGCTGAGTCCTCTTAAAGCCAACAAAAGGATTAGCATTGCTC  341

seq1  CTAGGTCCCAGAGAACTCCCAGGTAAACAGAGTGGCAGTGGTTCACTCTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCCCAGAGAACTCCCAGGTAAACAGAGTGGCAGTGGTTCACTCTC  391

seq1  AGTGTCCTTTCGGTGTGCCACTTTGAATGCGGAAATGCTCACTCCCTGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCTTTCGGTGTGCCACTTTGAATGCGGAAATGCTCACTCCCTGAC  441

seq1  AGGATGCTGGCCCTGGCCTCTAACTTGCTGCCTACCACACAGAGCCACTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCTGGCCCTGGCCTCTAACTTGCTGCCTACCACACAGAGCCACTT  491

seq1  CCGCCTTCAGGAGAGTGCCTGAGAAAGAGGCTTTGTTTCCTGCCTGGTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTTCAGGAGAGTGCCTGAGAAAGAGGCTTTGTTTCCTGCCTGGTTC  541

seq1  TCCAGGGACTGAGAACCACAGACTGCTGACCCAGGACATCACAGAATCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGACTGAGAACCACAGACTGCTGACCCAGGACATCACAGAATCCT  591

seq1  CCGCACACCAGGAATTTGAGGTTGGTTTTGGCAATGGCCCTATTTCTAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCACACCAGGAATTTGAGGTTGGTTTTGGCAATGGCCCTATTTCTAGA  641

seq1  ACAATCGTGGTGACAATGTTCGCTGTGGTGGAAGATCTGAAGCTGTGTAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCGTGGTGACAATGTTCGCTGTGGTGGAAGATCTGAAGCTGTGTAG  691

seq1  ACAGAAGCAGGCGGGCCACAGTTACAGGCCTTACTGTATCATTTACCAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCAGGCGGGCCACAGTTACAGGCCTTACTGTATCATTTACCAGC  741

seq1  TGGTCACTCGGACCATCCATGTCTCTACTGCACAGTGACAATTAGCATCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACTCGGACCATCCATGTCTCTACTGCACAGTGACAATTAGCATCC  791

seq1  CTTCGAGCACTGGGGAAAGGTCTCTGAATGTTTGGAAAGGTCGGAGACAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGAGCACTGGGGAAAGGTCTCTGAATGTTTGGAAAGGTCGGAGACAG  841

seq1  CTACCTTCACCTAGAGTCCTCCCTGCCTGGTTCTGGCCTGACAATGGATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTCACCTAGAGTCCTCCCTGCCTGGTTCTGGCCTGACAATGGATA  891

seq1  GTGCTCCCATGCAGGAAAGTAGGAACCCAGGAGGTGGTGCCAAAGAGACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCCATGCAGGAAAGTAGGAACCCAGGAGGTGGTGCCAAAGAGACA  941

seq1  CTGGCTGAAAAGCAGTCCTTTTTCCTGTCCCTGGAAGGCTCTGTCCCTCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGAAAAGCAGTCCTTTTTCCTGTCCCTGGAAGGCTCTGTCCCTCT  991

seq1  TTAGATGCACAGACCTCATTCACAAGGAATTCAAAAGGAGAATCGAGGTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGCACAGACCTCATTCACAAGGAATTCAAAAGGAGAATCGAGGTT  1041

seq1  TCTGCGCAGGTGCGGGAGGTAATGCCACGTGGTGGAATGGAAGACGCCAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCGCAGGTGCGGGAGGTAATGCCACGTGGTGGAATGGAAGACGCCAG  1091

seq1  GAAGAGGATT  1107
      ||||||||||
seq2  GAAGAGGATT  1101