BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260E22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 133,254,277 - 133,375,989
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA430048G15Rik
Upstream gene1700026D11Rik, Prei4, LOC100043781, LOC383801, LOC668906, Chgb, 3300001M20Rik, Mcm8, Crls1, B430119L13Rik, 5830467P10Rik, LOC668908, LOC100043785
Downstream geneBmp2, Hao1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260E22.bB6Ng01-260E22.g
ACCGA065262GA065263
length1,1941,162
definitionB6Ng01-260E22.b B6Ng01-260E22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,254,277 - 133,255,472)(133,374,829 - 133,375,989)
sequence
gaattcattgtgtattgttagtacataatgaaatgcattcttttgtacaa
cttacacatgtaagtaaaaaggactactattaataaaaaatgttacatcc
actagacacataggcatattcaattgtccttggttcagggactgtcccag
ctctagacagaaacctagaaaggatgctacacctggaaacaacagtcaca
gtttcatgatccaaaataataaataattattgtatttagaatatattcca
gctgtgctgctggccctattttcattagtttaaagatagtggccggctgg
actcccagaacagtagtcaatcaactctcaagtcatctctttaagaaaat
gagaacaaaatagagttttgcagagagcaatggcaaggaccatttaaccc
actgaccctgctgaagccaggccttgtgtttgcagagccacttttgtttc
ctttctacttttgcatttttaggtctcctcttgctgttgtctgcatgccc
atgttcagatggatgcagaggttctataacgctgaagtttatgtgcagta
ttcccttatggtgctgaagaagagggagagatagaaatagctctgaacat
ggacttcttcatgggcaaaactaaatcaccagaagttgtacattttaaga
aatcaagactgcagcatttatatatcaccctgcaccagtaaggtctcctg
gtaaatttttgttttgtttttaaacaaatgctttgcttgccccctccctt
ctgttgcatttgctctggttaccttgtcatttggtaaatggtgatagtat
gatcaatcaaaatctccttttattattcttgaaatacataaaacatcccc
cctccccatacaggtctacatatagtctttgaattacacaaatatgtgcc
ctataaacatggcatttctacacatcctgctttaacttacttcccataaa
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagcaaa
cctcatgtggagccttcttaactttacagctgaagaaggaatgtcttctt
gattatgcctgtgctttgatagcttatctccaccccacaactttcccaac
tctacagaccagcttctagaatcctctgcatccaactcttgcctctctac
tactcatgagctcatgttcaggaacatggactctatttacacgc
gaattctctgttctttggaatacagtgtagatggtcatgttcagtccatt
tttcatgcaattgaaattgtagagaagaaacaaatacagagacttattgc
tttttacactctatgctggtggcctcctcccacccacaacaaataatgtg
tggttacttaatactttgagggggtactatctgtcttctctgaaaatgta
cagtgcttgcggacttgctcgatcttaccattaacaaagtttttctcagt
atctgccagttcagaaggcgagagtagctctggagtagctctgaatttat
cctatttagcgtctctgttaacaaatatgtaaggggtttccagtggccag
gcagtcctggggcaagctaaggtgagaattacaagtctgatctttgtaag
aaggtccagacacaatgtatcagaacacagtctactggttaggactctac
ataaaggaggctgctgctattctattctagtccgttttttgccaggtttt
caggagatatcggaaatcctcatttgtgtgtggacatgacctgggatgaa
attaagtacttaaagagtcatactttggcaacttttccttgagcagttca
gcccagataatgtttaattttattgcatcctgcagctattagcattcagc
attgttcctactaggtggaccattatgcaaattcacatgaaaataatgat
ccccatgtattgtaaaggtcacagcaggcgtgacatgatccatctacctt
gtaattgtcattccattgtaacctgtggcaactcccctgagaaacctctt
agcctgtgcatcatttgctgctgatgcgacacccaaccctggctctcctc
actcctgattctttcctagggaccagaagctacagccgagagtagcattt
gctctacctagggctcacctagtcagtgttggattagccacagtaagaat
gatgggtggagtgatttgtaggccaaactaggccaggttgggccaagtcc
acattgttttagacagccatcaaatcttgtttaattaccataatagcaat
atacttgcatatgtgaccaatgatattaaaatgttttgctatgtaattag
gtgcagagaggaaagggggggtagctcaatctcttagatataaagaagta
tggctttaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_133254277_133255472
seq2: B6Ng01-260E22.b_45_1238

seq1  GAATTCATTGTGTATTGTTAGTACATAATGAAATGCATTCTTTTGTACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTGTATTGTTAGTACATAATGAAATGCATTCTTTTGTACAA  50

seq1  CTTACACATGTAAGTAAAAAGGACTACTATTAATAAAAAATGTTACATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACATGTAAGTAAAAAGGACTACTATTAATAAAAAATGTTACATCC  100

seq1  ACTAGACACATAGGCATATTCAATTGTCCTTGGTTCAGGGACTGTCCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACACATAGGCATATTCAATTGTCCTTGGTTCAGGGACTGTCCCAG  150

seq1  CTCTAGACAGAAACCTAGAAAGGATGCTACACCTGGAAACAACAGTCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGACAGAAACCTAGAAAGGATGCTACACCTGGAAACAACAGTCACA  200

seq1  GTTTCATGATCCAAAATAATAAATAATTATTGTATTTAGAATATATTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATGATCCAAAATAATAAATAATTATTGTATTTAGAATATATTCCA  250

seq1  GCTGTGCTGCTGGCCCTATTTTCATTAGTTTAAAGATAGTGGCCGGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCTGCTGGCCCTATTTTCATTAGTTTAAAGATAGTGGCCGGCTGG  300

seq1  ACTCCCAGAACAGTAGTCAATCAACTCTCAAGTCATCTCTTTAAGAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGAACAGTAGTCAATCAACTCTCAAGTCATCTCTTTAAGAAAAT  350

seq1  GAGAACAAAATAGAGTTTTGCAGAGAGCAATGGCAAGGACCATTTAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAAAATAGAGTTTTGCAGAGAGCAATGGCAAGGACCATTTAACCC  400

seq1  ACTGACCCTGCTGAAGCCAGGCCTTGTGTTTGCAGAGCCACTTTTGTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCCTGCTGAAGCCAGGCCTTGTGTTTGCAGAGCCACTTTTGTTTC  450

seq1  CTTTCTACTTTTGCATTTTTAGGTCTCCTCTTGCTGTTGTCTGCATGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTACTTTTGCATTTTTAGGTCTCCTCTTGCTGTTGTCTGCATGCCC  500

seq1  ATGTTCAGATGGATGCAGAGGTTCTATAACGCTGAAGTTTATGTGCAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGATGGATGCAGAGGTTCTATAACGCTGAAGTTTATGTGCAGTA  550

seq1  TTCCCTTATGGTGCTGAAGAAGAGGGAGAGATAGAAATAGCTCTGAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTATGGTGCTGAAGAAGAGGGAGAGATAGAAATAGCTCTGAACAT  600

seq1  GGACTTCTTCATGGGCAAAACTAAATCACCAGAAGTTGTACATTTTAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCTTCATGGGCAAAACTAAATCACCAGAAGTTGTACATTTTAAGA  650

seq1  AATCAAGACTGCAGCATTTATATATCACCCTGCACCAGTAAGGTCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGACTGCAGCATTTATATATCACCCTGCACCAGTAAGGTCTCCTG  700

seq1  GTAAATTTTTGTTTTGTTTTTAAACAAATGCTTTGCTTGCCCCCTCCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTTTTGTTTTGTTTTTAAACAAATGCTTTGCTTGCCCCCTCCCTT  750

seq1  CTGTTGCATTTGCTCTGGTTACCTTGTCATTTGGTAAATGGTGATAGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCATTTGCTCTGGTTACCTTGTCATTTGGTAAATGGTGATAGTAT  800

seq1  GATCAATCAAAATCTCCTTTTATTATTCTTGAAATACATAAAACATCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAATCAAAATCTCCTTTTATTATTCTTGAAATACATAAAACATCCCC  850

seq1  CCTCCCCATACAGGTCTACATATAGTCTTTGAATTACACAAATATGTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCATACAGGTCTACATATAGTCTTTGAATTACACAAATATGTGCC  900

seq1  CTATAAACATGGCATTTCTACACATCCTGCTTTAACTTACTTCCCATAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAACATGGCATTTCTACACATCCTGCTTTAACTTACTTCCCATAAA  950

seq1  AGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAA  1000
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AG-AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGC-A  998

seq1  AACCTCATGTGGAGCCTTCTTAACTTTACAGCTG-AGAAGGAATGTCTTC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AACCTCATGTGGAGCCTTCTTAACTTTACAGCTGAAGAAGGAATGTCTTC  1048

seq1  -TGA-TATGCCTGTGCTTTGATTAGCTTATCTCCA-CCCACAAC-TTCCC  1095
       ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TTGATTATGCCTGTGCTTTGA-TAGCTTATCTCCACCCCACAACTTTCCC  1097

seq1  AACTCTACAGACCAGCTTCTAG-ATCC-CTGCATCCAAACCTTCTGCCTC  1143
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||  ||||||
seq2  AACTCTACAGACCAGCTTCTAGAATCCTCTGCATCCAA--CTCTTGCCTC  1145

seq1  TCTACTAACTCATGAAGCCTTCATG-TCAGGAACCATGGGACTC-ATTTA  1191
      |||||| ||||||| |||  ||||| ||||||| ||| |||||| |||||
seq2  TCTACT-ACTCATG-AGC--TCATGTTCAGGAA-CAT-GGACTCTATTTA  1189

seq1  CACGC  1196
      |||||
seq2  CACGC  1194

seq1: chr2_133374829_133375989
seq2: B6Ng01-260E22.g_63_1224 (reverse)

seq1  TTTTTAAAAAACATTACTTCTTT-TATCTTAAGAGATTGTAACTA--CCC  47
       |||| |||  || ||||||||| |||| |||||||||| | |||  |||
seq2  -TTTTTAAAGCCA-TACTTCTTTATATC-TAAGAGATTG-AGCTACCCCC  46

seq1  CCTTTCC-CTCTTCCAACCTAATACAATAGCAAAACATTTTAATATCATT  96
      ||||||| |||| |  |||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCTCTGC--ACCTAATTACATAGCAAAACATTTTAATATCATT  94

seq1  GGTCACATATGCAAGTATATTGCTA-TATGGTAATTAAACAAGATTTGAT  145
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACATATGCAAGTATATTGCTATTATGGTAATTAAACAAGATTTGAT  144

seq1  GGCTGTCTAAAACAATGT-GACTTGG-CCAACCTGGCCTAGTTTGGCCTA  193
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCTAAAACAATGTGGACTTGGCCCAACCTGGCCTAGTTTGGCCTA  194

seq1  CAAATCACTCCACCCATCATTCTTACTGTGGCTAATCCAACACTGACTAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCACTCCACCCATCATTCTTACTGTGGCTAATCCAACACTGACTAG  244

seq1  GTGAGCCCTAGGTAGAGCAAATGCTACTCTCGGCTGTAGCTTCTGGTCCC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCTAGGTAGAGCAAATGCTACTCTCGGCTGTAGCTTCTGGTCCC  294

seq1  TAGGAAAGAATCAGGAGTGAGGAGAGCCAGGGTTGGGTGTCGCATCAGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGAATCAGGAGTGAGGAGAGCCAGGGTTGGGTGTCGCATCAGCA  344

seq1  GCAAATGATGCACAGGCTAAGAGGTTTCTCAGGGGAGTTGCCACAGGTTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGATGCACAGGCTAAGAGGTTTCTCAGGGGAGTTGCCACAGGTTA  394

seq1  CAATGGAATGACAATTACAAGGTAGATGGATCATGTCACGCCTGCTGTGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAATGACAATTACAAGGTAGATGGATCATGTCACGCCTGCTGTGA  444

seq1  CCTTTACAATACATGGGGATCATTATTTTCATGTGAATTTGCATAATGGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACAATACATGGGGATCATTATTTTCATGTGAATTTGCATAATGGT  494

seq1  CCACCTAGTAGGAACAATGCTGAATGCTAATAGCTGCAGGATGCAATAAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAGTAGGAACAATGCTGAATGCTAATAGCTGCAGGATGCAATAAA  544

seq1  ATTAAACATTATCTGGGCTGAACTGCTCAAGGAAAAGTTGCCAAAGTATG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACATTATCTGGGCTGAACTGCTCAAGGAAAAGTTGCCAAAGTATG  594

seq1  ACTCTTTAAGTACTTAATTTCATCCCAGGTCATGTCCACACACAAATGAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTAAGTACTTAATTTCATCCCAGGTCATGTCCACACACAAATGAG  644

seq1  GATTTCCGATATCTCCTGAAAACCTGGCAAAAAACGGACTAGAATAGAAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCGATATCTCCTGAAAACCTGGCAAAAAACGGACTAGAATAGAAT  694

seq1  AGCAGCAGCCTCCTTTATGTAGAGTCCTAACCAGTAGACTGTGTTCTGAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGCCTCCTTTATGTAGAGTCCTAACCAGTAGACTGTGTTCTGAT  744

seq1  ACATTGTGTCTGGACCTTCTTACAAAGATCAGACTTGTAATTCTCACCTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGTCTGGACCTTCTTACAAAGATCAGACTTGTAATTCTCACCTT  794

seq1  AGCTTGCCCCAGGACTGCCTGGCCACTGGAAACCCCTTACATATTTGTTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCCCCAGGACTGCCTGGCCACTGGAAACCCCTTACATATTTGTTA  844

seq1  ACAGAGACGCTAAATAGGATAAATTCAGAGCTACTCCAGAGCTACTCTCG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACGCTAAATAGGATAAATTCAGAGCTACTCCAGAGCTACTCTCG  894

seq1  CCTTCTGAACTGGCAGATACTGAGAAAAACTTTGTTAATGGTAAGATCGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGAACTGGCAGATACTGAGAAAAACTTTGTTAATGGTAAGATCGA  944

seq1  GCAAGTCCGCAAGCACTGTACATTTTCAGAGAAGACAGATAGTACCCCCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCCGCAAGCACTGTACATTTTCAGAGAAGACAGATAGTACCCCCT  994

seq1  CAAAGTATTAAGTAACCACACATTATTTGTTGTGGGTGGGAGGAGGCCAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATTAAGTAACCACACATTATTTGTTGTGGGTGGGAGGAGGCCAC  1044

seq1  CAGCATAGAGTGTAAAAAGCAATAAGTCTCTGTATTTGTTTCTTCTCTAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATAGAGTGTAAAAAGCAATAAGTCTCTGTATTTGTTTCTTCTCTAC  1094

seq1  AATTTCAATTGCATGAAAAATGGACTGAACATGACCATCTACACTGTATT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAATTGCATGAAAAATGGACTGAACATGACCATCTACACTGTATT  1144

seq1  CCAAAGAACAGAGAATTC  1161
      ||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAACAGAGAATTC  1162