BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260L04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 90,813,956 - 90,983,633
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCugbp1, LOC279067, Rapsn, Psmc3, Slc39a13, Sfpi1, Mybpc3, Madd
Upstream geneOlfr1260, Olfr1261, Olfr1262, Olfr1263, Olfr1264, Olfr1265, Olfr140, Olfr1266-ps1, Olfr1267-ps1, Olfr1268-ps1, Olfr1269, Olfr32, LOC100043090, Olfr1270, LOC627525, LOC100043096, Olfr1506, Olfr142, Olfr1271, Olfr1272, Olfr1273, LOC100042690, LOC100043113, LOC668629, GA_x5J8B7W2BV0-3116-4045, Ptprj, 4933423P22Rik, Nup160, Fnbp4, Rpl30-ps3, Agbl2, Mtch2, C1qtnf4, Ndufs3, Kbtbd4, Ptpmt1
Downstream geneNr1h3, Acp2, Ddb2, Pacsin3, Zfp289, 1110051M20Rik, Lrp4, LOC619941, Ckap5, F2, Zfp408, Arhgap1, D2Ertd391e, LOC100043179, D230010M03Rik, D030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260L04.bB6Ng01-260L04.g
ACCGA065556GA065557
length1,1011,157
definitionB6Ng01-260L04.b B6Ng01-260L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,982,545 - 90,983,633)(90,813,956 - 90,815,133)
sequence
gaattcctcactggggggctggtgagatggctcagcggtttggagtgccg
actgctcttccaaagttcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggc
tcacaaccatctgtaatgagatctgacgccctcttctggtgcatctgaag
acagctacagtgtacttatatataataaataaatctttaaaaaaaaaaaa
aaaaaaagaattcctcactgggaagttacaattccaaaatccacagctag
agccagagctggcctctagctctcatgtggaatgctcaccctggctctga
gacagtagtagcctttggaagctctagaacaggggaaatggcagcttggc
agggctcctgtcacaagtccacccctccctgtgctacagtgtcgagagct
gtactactgtgtgaaggacagcatggaacgtgctgctgcccgacagcaaa
gcatcaaacctggtgaggaacagacccttcacgcacccctcacacacccc
tacccccacccccacccccacgccgtagccccctcctcaccacagacctg
ctcagaaagttgggctgtgggatttgcacctcacaggtcagctgacgcct
tcctttcaccacagggcctgagctaggcggtgagttccctgtgcaggaca
tgaagactggagagggtggcttgcttcaagtcaccctggaagggatcaat
ctcaagttcatgcacaaccaggtatgcacaagcggcagcaggcggcctcc
ggccctagtgttttgctacataagatcagtttcccaggctctccgcgctc
tcccagtgagtaagagggagagccttaggccagagagaggtgaatggcta
gacagagagacatcaaaggggagggcacagttgactggcgagaccaccca
ggctctgagcagatgcagcagggaagcctgtgttgggaactggaaagaaa
aagaggcctggttggctgtgctgcccaccccattagactcacaacagtgt
gagtggggagcgtctcacatggccccctctggcgtgtctctgccctttct
gtaattcccagggtgtgcttcctcttgatgattttgcctttgagagtaga
t
gaattcaggaccttaggaagagcagtcagtgctcttaaccgctgagccat
ctctccagcccccaaggtgccctactcttaaacttctgagtttatgatgt
ttcctgggcttataaatcctctcttttaatttcacccatttatgctcctt
agcaatttgaaaaatgcttagtgtctgtcctgttcagagcttttctctta
agctgttcacatgtgtatgagctcagttgatcatcaaaattacctgtaaa
ttccaggtaatagttgtatctaatgtttgtttactaatgactttaaggaa
atcagatgttgtgatgcatgcctttaaatcctagcactgggaagcagagg
caggctgatctctgagtttgaggccagcctgatctacagagcaaattaca
ggatagccatggctacacagggaaaccatctcaaaaaaacaaaccaagca
aacaaaaccttcaccaaaacaaaagtaaaagcagagacatacacaatggt
tcacacatggaatcccagcatgtggtgggcagaagtaggaggattgaccc
aaattcaaggccagccaagattacatagcaaatcccatttcctctctatt
ctcctcactctcaaagctaacctgatgtggtggtacatacctgtaattcc
agttcttgagttaggtgaattgctataaattcaaaaaaagaaagtaagag
tgaaggtttttgttttttaaaagatttatttacttattatatgtgactac
actgtgagctgtcttcagacacaccagaagagggaatcagatctccttat
ggatggttgtgagccgccatgtggttgctgggaattgaactccaggcctc
tgggaagaacagccagtgctcttacctgctaagccatctctctagcccat
gatttgagttatcaacaaatctttatatactttatagccataacacagtg
actcaagaaagcccagctcactgtctagtgtgggagttagaatcactgga
tcatctctggtttgcttatctggaaatgggtagatgctgagatgcattgg
agccagcagctaatcaccatgccatggtggcctcttggaagactggagct
ggagcatctcactttcagtctagcttagctgcatgcattatcctgttcca
gtaaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_90982545_90983633
seq2: B6Ng01-260L04.b_44_1144 (reverse)

seq1  ATCTACTCTCAAA-GCAAAACCACCAAGA-GAAGCACACCCTGGGAA-TA  47
      ||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  ATCTACTCTCAAAGGCAAAATCATCAAGAGGAAGCACACCCTGGGAATTA  50

seq1  CAGAAA-GGCAGAGACACGCAAGA-GGGGCCAAGTGAGACGCT-CCCACT  94
      |||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||
seq2  CAGAAAGGGCAGAGACACGCCAGAGGGGGCCATGTGAGACGCTCCCCACT  100

seq1  CACACTG-TGTGAGTCTAAT-GGGTGGGCAGCACAGCC-ACCAAGCCTCT  141
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  CACACTGTTGTGAGTCTAATGGGGTGGGCAGCACAGCCAACCAGGCCTCT  150

seq1  TTCTCTTTCCCAGTTCCCAACACAGGC-TCCCTGCTGCATCTGCTCAGAG  190
      || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTT-CCAGTTCCCAACACAGGCTTCCCTGCTGCATCTGCTCAGAG  199

seq1  CCT-GGTGGTCTCGCCAGTC-ACTGTGCCCTCCCCTTTGATGTCTCTCTG  238
      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGGTCTCGCCAGTCAACTGTGCCCTCCCCTTTGATGTCTCTCTG  249

seq1  TCTAGCCATTCACCTCTCTCTGGCCTAAGGCTCTCCCTCTTACTCACTGG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCATTCACCTCTCTCTGGCCTAAGGCTCTCCCTCTTACTCACTGG  299

seq1  GAGAGCGCGGAGAGCCT-GGAAACTGATCTTATGTAGCAAAACACTAGGG  337
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCGCGGAGAGCCTGGGAAACTGATCTTATGTAGCAAAACACTAGGG  349

seq1  CCGGAGGCCGCCTGCTGCCGCTTGTGCATACCTGGTTGTGCATGAACTTG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGGCCGCCTGCTGCCGCTTGTGCATACCTGGTTGTGCATGAACTTG  399

seq1  AGATTGATCCCTTCCAGGGTGACTTGAAGCAAGCCACCCTCTCCAGTCTT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGATCCCTTCCAGGGTGACTTGAAGCAAGCCACCCTCTCCAGTCTT  449

seq1  CATGTCCTGCACAGGGAACTCACCGCCTAGCTCAGGCCCTGTGGTGAAAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTGCACAGGGAACTCACCGCCTAGCTCAGGCCCTGTGGTGAAAG  499

seq1  GAAGGCGTCAGCTGACCTGTGAGGTGCAAATCCCACAGCCCAACTTTCTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCGTCAGCTGACCTGTGAGGTGCAAATCCCACAGCCCAACTTTCTG  549

seq1  AGCAGGTCTGTGGTGAGGAGGGGGCTACGGCGTGGGGGTGGGGGTGGGGG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTCTGTGGTGAGGAGGGGGCTACGGCGTGGGGGTGGGGGTGGGGG  599

seq1  TAGGGGTGTGTGAGGGGTGCGTGAAGGGTCTGTTCCTCACCAGGTTTGAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGTGTGTGAGGGGTGCGTGAAGGGTCTGTTCCTCACCAGGTTTGAT  649

seq1  GCTTTGCTGTCGGGCAGCAGCACGTTCCATGCTGTCCTTCACACAGTAGT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCTGTCGGGCAGCAGCACGTTCCATGCTGTCCTTCACACAGTAGT  699

seq1  ACAGCTCTCGACACTGTAGCACAGGGAGGGGTGGACTTGTGACAGGAGCC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCTCGACACTGTAGCACAGGGAGGGGTGGACTTGTGACAGGAGCC  749

seq1  CTGCCAAGCTGCCATTTCCCCTGTTCTAGAGCTTCCAAAGGCTACTACTG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAAGCTGCCATTTCCCCTGTTCTAGAGCTTCCAAAGGCTACTACTG  799

seq1  TCTCAGAGCCAGGGTGAGCATTCCACATGAGAGCTAGAGGCCAGCTCTGG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGCCAGGGTGAGCATTCCACATGAGAGCTAGAGGCCAGCTCTGG  849

seq1  CTCTAGCTGTGGATTTTGGAATTGTAACTTCCCAGTGAGGAATTCTTTTT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCTGTGGATTTTGGAATTGTAACTTCCCAGTGAGGAATTCTTTTT  899

seq1  TTTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTATATATAAGTACACTGTAGCT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTATATATAAGTACACTGTAGCT  949

seq1  GTCTTCAGATGCACCAGAAGAGGGCGTCAGATCTCATTACAGATGGTTGT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGATGCACCAGAAGAGGGCGTCAGATCTCATTACAGATGGTTGT  999

seq1  GAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGAACTTTGGAAGAGCA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGAACTTTGGAAGAGCA  1049

seq1  GTCGGCACTCCAAACCGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCCCAGTGAGGAAT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGCACTCCAAACCGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCCCAGTGAGGAAT  1099

seq1  TC  1089
      ||
seq2  TC  1101

seq1: chr2_90813956_90815133
seq2: B6Ng01-260L04.g_67_1223

seq1  GAATTCAGGACCTTAGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCTTAGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCAT  50

seq1  CTCTCCAGCCCCCAAGGTGCCCTACTCTTAAACTTCTGAGTTTATGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAGCCCCCAAGGTGCCCTACTCTTAAACTTCTGAGTTTATGATGT  100

seq1  TTCCTGGGCTTATAAATCCTCTCTTTTAATTTCACCCATTTATGCTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGGCTTATAAATCCTCTCTTTTAATTTCACCCATTTATGCTCCTT  150

seq1  AGCAATTTGAAAAATGCTTAGTGTCTGTCCTGTTCAGAGCTTTTCTCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTTGAAAAATGCTTAGTGTCTGTCCTGTTCAGAGCTTTTCTCTTA  200

seq1  AGCTGTTCACATGTGTATGAGCTCAGTTGATCATCAAAATTACCTGTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTCACATGTGTATGAGCTCAGTTGATCATCAAAATTACCTGTAAA  250

seq1  TTCCAGGTAATAGTTGTATCTAATGTTTGTTTACTAATGACTTTAAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGTAATAGTTGTATCTAATGTTTGTTTACTAATGACTTTAAGGAA  300

seq1  ATCAGATGTTGTGATGCATGCCTTTAAATCCTAGCACTGGGAAGCAGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGTTGTGATGCATGCCTTTAAATCCTAGCACTGGGAAGCAGAGG  350

seq1  CAGGCTGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGATCTACAGAGCAAATTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGATCTACAGAGCAAATTACA  400

seq1  GGATAGCCATGGCTACACAGGGAAACCATCTCAAAAAAACAAACCAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCCATGGCTACACAGGGAAACCATCTCAAAAAAACAAACCAAGCA  450

seq1  AACAAAACCTTCACCAAAACAAAAGTAAAAGCAGAGACATACACAATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACCTTCACCAAAACAAAAGTAAAAGCAGAGACATACACAATGGT  500

seq1  TCACACATGGAATCCCAGCATGTGGTGGGCAGAAGTAGGAGGATTGACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATGGAATCCCAGCATGTGGTGGGCAGAAGTAGGAGGATTGACCC  550

seq1  AAATTCAAGGCCAGCCAAGATTACATAGCAAATCCCATTTCCTCTCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGGCCAGCCAAGATTACATAGCAAATCCCATTTCCTCTCTATT  600

seq1  CTCCTCACTCTCAAAGCTAACCTGATGTGGTGGTACATACCTGTAATTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACTCTCAAAGCTAACCTGATGTGGTGGTACATACCTGTAATTCC  650

seq1  AGTTCTTGAGTTAGGTGAATTGCTATAAATTCAAAAAAAGAAAGTAAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTGAGTTAGGTGAATTGCTATAAATTCAAAAAAAGAAAGTAAGAG  700

seq1  TGAAGGTTTTTGTTTTTTAAAAGATTTATTTACTTATTATATGTGACTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTTTTTGTTTTTTAAAAGATTTATTTACTTATTATATGTGACTAC  750

seq1  ACTGTGAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGAATCAGATCTCCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGAATCAGATCTCCTTAT  800

seq1  GGATGGTTGTGAGCCGCCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCCAGGCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTTGTGAGCCGCCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCCAGGCCTC  850

seq1  T-GGAAGAACAGCCAGTGCTCTTACCTGCTAAGCCATCTCTCTAGCCCAT  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGAACAGCCAGTGCTCTTACCTGCTAAGCCATCTCTCTAGCCCAT  900

seq1  GATTTGAGTTTATCAACAAAAATCTTTATATACTTTATAGCCATAACACA  949
      |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGAG-TTATCAAC--AAATCTTTATATACTTTATAGCCATAACACA  947

seq1  GTGACTCAAGAAAGCCCAGCTCCACTGTCTAGTTGTGGAGTTAGAATCAC  999
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||
seq2  GTGACTCAAGAAAGCCCAGCT-CACTGTCTAGTGTGGGAGTTAGAATCAC  996

seq1  TGGATCCATCCTCTGGTTTGCTTAATCTGGAAAATGGGGGTAAAGATGCT  1049
      ||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||     |||||||
seq2  TGGAT-CAT-CTCTGGTTTGCTT-ATCTGG-AAATGGG----TAGATGCT  1038

seq1  GAAGAATTGCATTTGAAGCCAGCAGTTTATCA-CATGCAAT-GTG--CTC  1095
      | |||  |||| ||| ||||||||| | |||| ||||| || |||  |||
seq2  G-AGA--TGCA-TTGGAGCCAGCAGCTAATCACCATGCCATGGTGGCCTC  1084

seq1  TTGGAAGACTGAGCCTGGAGCATCTCAACTTCAAGTCTAGCCTTAGCTGC  1145
      |||||||||||   |||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||
seq2  TTGGAAGACTGGAGCTGGAGCATCTC-ACTTTCAGTCTAG-CTTAGCTGC  1132

seq1  ATAGCAATATCCTG-TCAAATAAATAAGTAAATA  1178
      || ||| ||||||| || | ||||||        
seq2  AT-GCATTATCCTGTTCCAGTAAATA--------  1157