BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261E01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 114,609,293 - 114,751,995
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043222
Upstream geneScg5, Arhgap11a, LOC100043526, Gja9, A530058N18Rik, Actc1, Aqr, Zfp770, Atpbd4, LOC100043219
Downstream geneLOC100043232, LOC100043236, BC052040, Mrg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261E01.bB6Ng01-261E01.g
ACCGA065969GA065970
length1,1141,053
definitionB6Ng01-261E01.b B6Ng01-261E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,609,293 - 114,610,419)(114,750,943 - 114,751,995)
sequence
gaattcttcttttaaagataaagtaatgggagcaattaatcttctaagga
acacatcaaagagaactgaattaaatctttaaaggcaataataaaatgac
taaaagaaaacaccacagaatactaaatacgaatagaagatactttctca
aatattcttaggaaaatgcataaaatctctagtagcaccctggggaggag
gggcatagtttatcttgaagtcggaaaatcatttatttattctcttatgc
taatttggaggtatcctttcctcacatagatttatcaagtaaaatattct
tccagggctataagtagttctaataaatttacaaacaagttacatggctg
taaaaaaaattatgccatgaagaacaaatcatgattgtaagtaagttgtt
aaaggtagttaccaaaattctctctccaatgaaaacaatattttgttatt
atacatcactgactaaaaacacatagaatttttataaataaccttagtta
gccataaatgcaaacaataatcaacatataaacttaacaatttataaaat
taatcagttaagtaatcaaatcaaacgtcttggcttacttttagttaagt
gaaaaaaaattgcaaaaagtcaaatgagcatattgttgctcctaagttga
ttgacataaacatggtgcagaggagacttaagatgctatgaggagggctt
ctgttgccctgagtgacactcagtaacaggctccagaagctctttatagc
actttccattcatagttagtgccaccactgcccctcacccccttgcattt
ggcctgattcccaacctcccatgctttctgtacttcaagcattttctaca
ctcctttcaaaattattttgcttccagaaagctctgaccatgccagtgct
acccagggcctccagaggctcccccctcactcttcagctctgttgctgac
tgctgccttcaaactggaacatagttcccttgtgagccctctgcccttcc
tcctccaaagtcacagcagtatgttgtgtgaaagctaaagacagagggaa
aagcgctgctgcatgcttcttgtaccctggagtgttgtcagctgctttct
atccccaggtattt

gaattccaacttagaaaatgtgatgaccgtgggagtcactattgctgggt
tgttgtcattaatgatctgatgatatcattagaaagatccacagacttcc
cagatgtcaagcttttaaatagtatcttataactagctgtggtatgattt
gtgaatattttgtaagtaaaaacttaaaggggttgtggcgatggctaagt
ggttaagagtacttgcttctctttcagaagagctaggtttaattaccaac
atacgcgtgacagcccattatcattggtagccccacttcaaaggaatctg
atgccttcttctaacctgttcaggcacctgccatatggttctcatacatt
tatgtgggcaaaacacatcaatatacaaggtaaaataaaatgagagtgtt
aaaaggactacagaagttgagatagcgcagtaagaacacagtcaggattc
ctcagaaagcacatagaaaaggtatgacagatgtgggcctggacttacat
cttaggactagggagtgtgggggcacagagacaaaaatctatccagggat
gacggttcacctagctcaggttcagtgagaaaccctgtcttaaaggaagt
aagacaaaggatgataaagggataaagggataaaaggataaagggagaga
ctaactagacaactgatatcctcctttggcttcgcaaatgtacatgtcac
agacatacacacacatgcacacgagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagtggctacaaactgatattgagatac
aaaacttaatgtttgaaggtctctagaagttaaaattgcttttcctttta
attgttaattttttttagttatcggctaattttgttctttgataatatca
tacatgtatgtaaatctattcttattacaaattccctatgatcccttatc
aaatgctgtttacattccatgtctctgccattttcttgcccagattgatg
atttaggtgtgagacatgacttttatcagccttattctttgtcacaattg
cat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_114609293_114610419
seq2: B6Ng01-261E01.b_47_1160

seq1  GAATTCTTCTTTTAAAGATAAAGTAATGGGAGCAATTAATCTTCTAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTTTAAAGATAAAGTAATGGGAGCAATTAATCTTCTAAGGA  50

seq1  ACACATCAAAGAGAACTGAATTAAATCTTTAAAGGCAATAATAAAATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCAAAGAGAACTGAATTAAATCTTTAAAGGCAATAATAAAATGAC  100

seq1  TAAAAGAAAACACCACAGAATACTAAATACGAATAGAAGATACTTTCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAAAACACCACAGAATACTAAATACGAATAGAAGATACTTTCTCA  150

seq1  AATATTCTTAGGAAAATGCATAAAATCTCTAGTAGCACCCTGGGGAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTTAGGAAAATGCATAAAATCTCTAGTAGCACCCTGGGGAGGAG  200

seq1  GGGCATAGTTTATCTTGAAGTCGGAAAATCATTTATTTATTCTCTTATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATAGTTTATCTTGAAGTCGGAAAATCATTTATTTATTCTCTTATGC  250

seq1  TAATTTGGAGGTATCCTTTCCTCACATAGATTTATCAAGTAAAATATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGGAGGTATCCTTTCCTCACATAGATTTATCAAGTAAAATATTCT  300

seq1  TCCAGGGCTATAAGTAGTTCTAATAAATTTACAAACAAGTTACATGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCTATAAGTAGTTCTAATAAATTTACAAACAAGTTACATGGCTG  350

seq1  TAAAAAAAATTATGCCATGAAGAACAAATCATGATTGTAAGTAAGTTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAATTATGCCATGAAGAACAAATCATGATTGTAAGTAAGTTGTT  400

seq1  AAAGGTAGTTACCAAAATTCTCTCTCCAATGAAAACAATATTTTGTTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAGTTACCAAAATTCTCTCTCCAATGAAAACAATATTTTGTTATT  450

seq1  ATACATCACTGACTAAAAACACATAGAATTTTTATAAATAACCTTAGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCACTGACTAAAAACACATAGAATTTTTATAAATAACCTTAGTTA  500

seq1  GCCATAAATGCAAACAATAATCAACATATAAACTTAACAATTTATAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAAATGCAAACAATAATCAACATATAAACTTAACAATTTATAAAAT  550

seq1  TAATCAGTTAAGTAATCAAATCAAACGTCTTGGCTTACTTTTAGTTAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGTTAAGTAATCAAATCAAACGTCTTGGCTTACTTTTAGTTAAGT  600

seq1  GAAAAAAAATTGCAAAAAGTCAAATGAGCATATTGTTGCTCCTAAGTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAATTGCAAAAAGTCAAATGAGCATATTGTTGCTCCTAAGTTGA  650

seq1  TTGACATAAACATGGTGCAGAGGAGACTTAAGATGCTATGAGGAGGGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATAAACATGGTGCAGAGGAGACTTAAGATGCTATGAGGAGGGCTT  700

seq1  CTGTTGCCCTGAGTGACACTCAGTAACAGGCTCCAGAAGCTCTTTATAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCCCTGAGTGACACTCAGTAACAGGCTCCAGAAGCTCTTTATAGC  750

seq1  ACTTTCCATTCATAGTTAGTGCCACCACTGCCCCTCACCCCCTTGCATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCATTCATAGTTAGTGCCACCACTGCCCCTCACCCCCTTGCATTT  800

seq1  GGCCTGATTCCCAACCTCCCATGCTTTCTGTACTTCAAGCATTTTCTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGATTCCCAACCTCCCATGCTTTCTGTACTTCAAGCATTTTCTACA  850

seq1  CTCCTTTCAAAATTATTTTGCTTCCAGAAAGCTCTGACCATGCCAGTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCAAAATTATTTTGCTTCCAGAAAGCTCTGACCATGCCAGTGCT  900

seq1  ACCCAGGGCCTCCAGAGGCTCCCCCCTCACTCTTCAGCTCTGTTGCTGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGGCCTCCAGAGGCTCCCCCCTCACTCTTCAGCTCTGTTGCTGAC  950

seq1  TGCTGCCTTCAAAACTGGAACATAGTTCCCTTGTGAGCCCTCTGCCCTTC  1000
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCTTC-AAACTGGAACATAGTTCCCTTGTGAGCCCTCTGCCCTTC  999

seq1  CTCCTCCAAAGTCACAGCAGTATGTTGTGTGAAAGGCTAAAAGGACAGAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||
seq2  CTCCTCCAAAGTCACAGCAGTATGTTGTGTGAAA-GCTAAA--GACAGAG  1046

seq1  GGAAAAGGCGCTTGCTGCATGCTTCTTTGTTAACCTGGAGGTGTTGGTCC  1100
      |||||| |||| |||||||||||||||   || |||||| ||||||   |
seq2  GGAAAA-GCGC-TGCTGCATGCTTCTT--GTACCCTGGA-GTGTTG--TC  1089

seq1  AGCTTGCTTTCTATCCCCCAGGTATTT  1127
      ||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  AGC-TGCTTTCTAT-CCCCAGGTATTT  1114


seq1: chr2_114750943_114751995
seq2: B6Ng01-261E01.g_64_1116 (reverse)

seq1  ATGCAATGGTGACAAAG-ATAAGCCCTGATAAAAGTCAATGTCTCACAAC  49
      ||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||| ||
seq2  ATGCAATTGTGACAAAGAATAAG-GCTGATAAAAGTC-ATGTCTCAC-AC  47

seq1  CTAAATCATCAATCTGGGCAAGAAAATGGCAGAGACATTGAATGTTAAAC  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  CTAAATCATCAATCTGGGCAAGAAAATGGCAGAGACATGGAATG-TAAAC  96

seq1  AGCATTTGATAA-GGATCATAGGGAATTTGTAATAAGAATAGA-TTACAT  147
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCATTTGATAAGGGATCATAGGGAATTTGTAATAAGAATAGATTTACAT  146

seq1  ACATGTATGATATTATCAAAGAACAAAATTAGCCGATAACT-AAAAAAAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACATGTATGATATTATCAAAGAACAAAATTAGCCGATAACTAAAAAAAAT  196

seq1  TAACAATTAAAAGGAAAAGCAATTTTAACTTCTAGAGACCTTCAAACATT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATTAAAAGGAAAAGCAATTTTAACTTCTAGAGACCTTCAAACATT  246

seq1  AAGTTTTGTATCTCAATATCAGTTTGTAGCCACTCTCTCTCTCTCTCTCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGTATCTCAATATCAGTTTGTAGCCACTCTCTCTCTCTCTCTCT  296

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTGTGCATGTGTGTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTGTGCATGTGTGTG  346

seq1  TATGTCTGTGACATGTACATTTGCGAAGCCAAAGGAGGATATCAGTTGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTGTGACATGTACATTTGCGAAGCCAAAGGAGGATATCAGTTGTC  396

seq1  TAGTTAGTCTCTCCCTTTATCCTTTTATCCCTTTATCCCTTTATCATCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGTCTCTCCCTTTATCCTTTTATCCCTTTATCCCTTTATCATCCT  446

seq1  TTGTCTTACTTCCTTTAAGACAGGGTTTCTCACTGAACCTGAGCTAGGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTACTTCCTTTAAGACAGGGTTTCTCACTGAACCTGAGCTAGGTG  496

seq1  AACCGTCATCCCTGGATAGATTTTTGTCTCTGTGCCCCCACACTCCCTAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTCATCCCTGGATAGATTTTTGTCTCTGTGCCCCCACACTCCCTAG  546

seq1  TCCTAAGATGTAAGTCCAGGCCCACATCTGTCATACCTTTTCTATGTGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGATGTAAGTCCAGGCCCACATCTGTCATACCTTTTCTATGTGCT  596

seq1  TTCTGAGGAATCCTGACTGTGTTCTTACTGCGCTATCTCAACTTCTGTAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGAATCCTGACTGTGTTCTTACTGCGCTATCTCAACTTCTGTAG  646

seq1  TCCTTTTAACACTCTCATTTTATTTTACCTTGTATATTGATGTGTTTTGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTAACACTCTCATTTTATTTTACCTTGTATATTGATGTGTTTTGC  696

seq1  CCACATAAATGTATGAGAACCATATGGCAGGTGCCTGAACAGGTTAGAAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAAATGTATGAGAACCATATGGCAGGTGCCTGAACAGGTTAGAAG  746

seq1  AAGGCATCAGATTCCTTTGAAGTGGGGCTACCAATGATAATGGGCTGTCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATCAGATTCCTTTGAAGTGGGGCTACCAATGATAATGGGCTGTCA  796

seq1  CGCGTATGTTGGTAATTAAACCTAGCTCTTCTGAAAGAGAAGCAAGTACT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGTATGTTGGTAATTAAACCTAGCTCTTCTGAAAGAGAAGCAAGTACT  846

seq1  CTTAACCACTTAGCCATCGCCACAACCCCTTTAAGTTTTTACTTACAAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCACTTAGCCATCGCCACAACCCCTTTAAGTTTTTACTTACAAAA  896

seq1  TATTCACAAATCATACCACAGCTAGTTATAAGATACTATTTAAAAGCTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACAAATCATACCACAGCTAGTTATAAGATACTATTTAAAAGCTTG  946

seq1  ACATCTGGGAAGTCTGTGGATCTTTCTAATGATATCATCAGATCATTAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGGGAAGTCTGTGGATCTTTCTAATGATATCATCAGATCATTAAT  996

seq1  GACAACAACCCAGCAATAGTGACTCCCACGGTCATCACATTTTCTAAGTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAACCCAGCAATAGTGACTCCCACGGTCATCACATTTTCTAAGTT  1046

seq1  GGAATTC  1053
      |||||||
seq2  GGAATTC  1053


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |