BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270G01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 90,984,264 - 91,143,592
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMadd, Nr1h3, Acp2, Ddb2, Pacsin3, Zfp289, 1110051M20Rik
Upstream geneLOC100043090, Olfr1270, LOC627525, LOC100043096, Olfr1506, Olfr142, Olfr1271, Olfr1272, Olfr1273, LOC100042690, LOC100043113, LOC668629, GA_x5J8B7W2BV0-3116-4045, Ptprj, 4933423P22Rik, Nup160, Fnbp4, Rpl30-ps3, Agbl2, Mtch2, C1qtnf4, Ndufs3, Kbtbd4, Ptpmt1, Cugbp1, LOC279067, Rapsn, Psmc3, Slc39a13, Sfpi1, Mybpc3
Downstream geneLrp4, LOC619941, Ckap5, F2, Zfp408, Arhgap1, D2Ertd391e, LOC100043179, D230010M03Rik, D030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1, Phf21a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270G01.bB6Ng01-270G01.g
ACCGA072734GA072735
length1,043431
definitionB6Ng01-270G01.b B6Ng01-270G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,984,264 - 90,985,301)(91,143,156 - 91,143,592)
sequence
gaattcactaaactactttatttggaatttacttctaaattctactataa
aatactttgatgattatgtaagtaacacacgaacgacggttactgcataa
aaattactcagcacaggatggtaagcgagcattaagaagcaaggccccct
tcatctgcttttcttgctcaacagctccctccagatggactcacccattc
tcatagcttcagtggagtgacactgcggcatgctggttagaacatgggtc
tcaggccaggctgtgtggcttgaggtcctagctctaccatacttagctat
gtcatgttgaacaagctcttttgttcatgcctcctcctggctaaggaggg
gctcactgacagtaagaactattaaatgtattaatatgcacacttttttg
tgttgttatgtttgtttgtttgcttgcttgcttaaatatagtgttcctct
ctatgtactcctggctgtcctggaccttgttatgtagatgaggctagcct
cgaactcacagagatcattctgcctctgccttccaaatgcagggaaaaag
gagtgcaccactgtacctggcacaacatccataaaattcttaaggtgcat
caaaagccaggtacaggtctgggtatatagcttaacagtagggtgtttgc
acataggaagtacccaggtagctgcgttgacaatctagttactacacaaa
accataataatagctgggcgtggtggtgcacatctttaatcccagcactc
gggaggcagaggcaggcggatttctgagtttgaggccagcctggtctaca
aagtgagtttccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcaaa
aaacaaacaaacaaacaaacacaaaacaaacaaaaaaccccataataatt
agggccagtgagatggctcggcaagaacagtgcttgctaaacaagtgagg
aaacttgatttttgatccctcatgccgtcataaacattgggagcgagata
tgaaccagcctctacaagttatcttcttgatctccacacacat
cgtgctcgtttccctttggggtcggctcattttaagagagattcagtcca
agagattgggattcatcctttgaagtcaggacttaagaatagaaatatga
cttttggggaattctgataagaagaaggatctgggcctggtgacctaacc
tgtagtcctagcactccagtggagactaaattaggaagatcaaggctaac
cttgttaacataatgaggccatgtctcaaaaagagttggagggggatgga
gagaagagagaaaaggaaagaagccatccatctaaatgtgtgtgctccag
gacagcaggcaggcacaacagcctccgttgctgctgagtcattgtcagtg
agcatcattctgctcagcatcctgcttgacactctgagtgactgctgggc
agatggatgtgtgggtaaagggaggaggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_90984264_90985301
seq2: B6Ng01-270G01.b_43_1085

seq1  GAATTCACTAAACTACTTTATTTGGAATTTACTTCTAAATTCTACTATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAACTACTTTATTTGGAATTTACTTCTAAATTCTACTATAA  50

seq1  AATACTTTGATGATTATGTAAGTAACACACGAACGACGGTTACTGCATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTTGATGATTATGTAAGTAACACACGAACGACGGTTACTGCATAA  100

seq1  AAATTACTCAGCACAGGATGGTAAGCGAGCATTAAGAAGCAAGGCCCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTCAGCACAGGATGGTAAGCGAGCATTAAGAAGCAAGGCCCCCT  150

seq1  TCATCTGCTTTTCTTGCTCAACAGCTCCCTCCAGATGGACTCACCCATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGCTTTTCTTGCTCAACAGCTCCCTCCAGATGGACTCACCCATTC  200

seq1  TCATAGCTTCAGTGGAGTGACACTGCGGCATGCTGGTTAGAACATGGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCTTCAGTGGAGTGACACTGCGGCATGCTGGTTAGAACATGGGTC  250

seq1  TCAGGCCAGGCTGTGTGGCTTGAGGTCCTAGCTCTACCATACTTAGCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCAGGCTGTGTGGCTTGAGGTCCTAGCTCTACCATACTTAGCTAT  300

seq1  GTCATGTTGAACAAGCTCTTTTGTTCATGCCTCCTCCTGGCTAAGGAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTGAACAAGCTCTTTTGTTCATGCCTCCTCCTGGCTAAGGAGGG  350

seq1  GCTCACTGACAGTAAGAACTATTAAATGTATTAATATGCACACTTTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTGACAGTAAGAACTATTAAATGTATTAATATGCACACTTTTTTG  400

seq1  TGTTGTTATGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGCTTAAATATAGTGTTCCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTATGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGCTTAAATATAGTGTTCCTCT  450

seq1  CTATGTACTCCTGGCTGTCCTGGACCTTGTTATGTAGATGAGGCTAGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTACTCCTGGCTGTCCTGGACCTTGTTATGTAGATGAGGCTAGCCT  500

seq1  CGAACTCACAGAGATCATTCTGCCTCTGCCTTCCAAATGCAGGGAAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACTCACAGAGATCATTCTGCCTCTGCCTTCCAAATGCAGGGAAAAAG  550

seq1  GAGTGCACCACTGTACCTGGCACAACATCCATAAAATTCTTAAGGTGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCACCACTGTACCTGGCACAACATCCATAAAATTCTTAAGGTGCAT  600

seq1  CAAAAGCCAGGTACAGGTCTGGGTATATAGCTTAACAGTAGGGTGTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCCAGGTACAGGTCTGGGTATATAGCTTAACAGTAGGGTGTTTGC  650

seq1  ACATAGGAAGTACCCAGGTAGCTGCGTTGACAATCTAGTTACTACACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGAAGTACCCAGGTAGCTGCGTTGACAATCTAGTTACTACACAAA  700

seq1  ACCATAATAATAGCTGGGCGTGGTGGTGCACATCTTTAATCCCAGCACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATAATAGCTGGGCGTGGTGGTGCACATCTTTAATCCCAGCACTC  750

seq1  GGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACA  800

seq1  AAGTGAG-TTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAA  849
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGTTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAA  850

seq1  AAACAAACAAACAAACAAACACAAAACAAAACAAAAAACCCCATAATAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAACAAACACAAAAC-AAACAAAAAACCCCATAATAAT  899

seq1  TAGGGCCAGTGAGATGGCTCGGCAAGAACAGTGCTTGCTAAACAAGTGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCCAGTGAGATGGCTCGGCAAGAACAGTGCTTGCTAAACAAGTGAG  949

seq1  GAAACTTGA-TTTTGATCCCCCAAGCCCTCATAAACAT--GGAGCGAGAT  996
      ||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  GAAACTTGATTTTTGATCCCTCATGCCGTCATAAACATTGGGAGCGAGAT  999

seq1  A-GAACCAG-CTCTACAAGGTTATCTTC-TGATCTCCACACACAT  1038
      | ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGAACCAGCCTCTACAA-GTTATCTTCTTGATCTCCACACACAT  1043

seq1: chr2_91143156_91143592
seq2: B6Ng01-270G01.g_63_499 (reverse)

seq1  ACCCCTCCTCCCTTTACCCACACATCCATCTGCCCAGCAGTCACTCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCCTCCCTTTACCCACACATCCATCTGCCCAGCAGTCACTCAGAG  50

seq1  TGTCAAGCAGGATGCTGAGCAGAATGATGCTCACTGACAATGACTCAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGCAGGATGCTGAGCAGAATGATGCTCACTGACAATGACTCAGCA  100

seq1  GCAACGGAGGCTGTTGTGCCTGCCTGCTGTCCTGGAGCACACACATTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACGGAGGCTGTTGTGCCTGCCTGCTGTCCTGGAGCACACACATTTAG  150

seq1  ATGGATGGCTTCTTTCCTTTTCTCTCTTCTCTCCATCCCCCTCCAACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGCTTCTTTCCTTTTCTCTCTTCTCTCCATCCCCCTCCAACTCT  200

seq1  TTTTGAGACATGGCCTCATTATGTTAACAAGGTTAGCCTTGATCTTCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGACATGGCCTCATTATGTTAACAAGGTTAGCCTTGATCTTCCTA  250

seq1  ATTTAGTCTCCACTGGAGTGCTAGGACTACAGGTTAGGTCACCAGGCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTCTCCACTGGAGTGCTAGGACTACAGGTTAGGTCACCAGGCCCA  300

seq1  GATCCTTCTTCTTATCAGAATTCCCCAAAAGTCATATTTCTATTCTTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTCTTCTTATCAGAATTCCCCAAAAGTCATATTTCTATTCTTAAG  350

seq1  TCCTGACTTCAAAGGATGAATCCCAATCTCTTGGACTGAATCTCTCTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTTCAAAGGATGAATCCCAATCTCTTGGACTGAATCTCTCTTAA  400

seq1  AATGAGCCGACCCCAAAGGGAAACGAGCACGGAATTC  437
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCCGACCCCAAAGGGAAACGAGCACGGAATTC  437