BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271O02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 158,018,779 - 158,166,265
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD630003M21Rik, Bpi, Lbp
Upstream geneRbl1, 4922505G16Rik, Rpn2, Ghrh, LOC100043678, Manbal, Src, Blcap, Nnat, Ctnnbl1, LOC100043681, Gm691, 2610036D13Rik, 2610304G08Rik, Tgm2
Downstream gene9430008C03Rik, A930034L06Rik, B230339M05Rik, LOC628935, BC054059, LOC545481, Slc32a1, Actr5, Ppp1r16b, 2310007D09Rik, Dhx35, LOC100043891
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271O02.bB6Ng01-271O02.g
ACCGA073846GA073847
length1,143858
definitionB6Ng01-271O02.b B6Ng01-271O02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,018,779 - 158,019,933)(158,165,417 - 158,166,265)
sequence
gaattcccacaagccaactcccagcaagcctctgaggccctgcaattttc
aatctacaagtaaggaaaccaagaaacagagaggtacttcatttagctaa
ggacacacagcctgtgactgatgcagcctgggcagtcaactcaactcagg
tcctcatggttaaccattctctaggtctgctcctgttccaccagaggtcc
tggtgtaagtacagcccagagaaccaggactcccagcacatgcttatggc
caaggacaacaggaacacaaaagagacaaacccacagccaccggcaccca
gcaatcagatcagtgtcacatgtaaggtccacatcagtcacttgctgtca
catcagagaagacatccctatgcccctaagaagtcttggcttcctcctct
ggaaaatgataggaaattgatgccgactccacagggctgtggggatgcag
tcggtcagctgagcagacttgcagagtttttaaggatctcagcacaaagc
tggatgcaaccgagacaccagctgattcctcgttttttttattgttaaat
tcttgcgggtatacgcacgtgcacttgagagctattgcctgtacacatgg
aggccatacgtggacgtccccaccttgctctgtctctcacggaacctgga
gctcactgattcagctaggctggcaggccagtgagcctggggccctgcct
gtctcctccatcccactgctcaggctgataggcatgtactgccacgccac
actggcgacctgatgcttgcacagtaagaacttcacaagcacttcaccca
ctgagccatctacccagcccctcctttgtttttgaatatcattcccccat
attctatgtctatgccccttctcccgaggagccgctgtgagcaggtcagt
aatttgaggttcaacccttttttggaaacaggagaatgtgcaagactttg
ggggcccctcctacctaacgatcctagctcacccatcttcccccctccct
catctgtctcattccagcagttgttgtgggtctagctaaaggcagtttgc
attctttctcccagtttcttgcacaagctgtgtcttcactggcttgatgc
tgtttgctaagtacacgctttagagcctttaggcccctctggg
gaattcaactcataaagacataaagagagcagcaaaatagatgtgagaaa
agacggattgaaaacaggaagaaacgaatgaatcccggtccttcactaaa
ataaataagattaactgaagagctgcgttctgggccacagcctctagagg
gcgccacgaggcagcctaaggagggccaaaacaatatactcagaggaagt
ccaattagcatggaggacagaagaataagcacaagacagttaatatgcat
tttaattgcataaataatgcatgggtgcatatttactggagatagaagtc
aaataaaaagaataggcagagcaaaatgcagaggccctctttacagggtc
tccagggccgccatggcagattgccccagcctgggtgattggtgactaga
agcagagatggaggccttggaagggacccattcttcagaggccgctctcc
ttggcctcatgctgttgtctccctgggcgtaagcacccgggtgtctctgc
tcacctgtatttcctctactcctgcttggtgagattggaccaggtgcccc
gattgctggattttaattcagtcaaattcccaaaggctatatgtctccaa
tcacagtcccattctgaggtgcagggtggaggtgggcagaggggtgaggc
cagagcttccacttggaaagatcacagatcagctagtgacactgtcttcc
acgggggatcgcttcaacttctagaattctttccagggattcacgtgatt
tgtccacgttccgtggggccagcacagtcaaaccaaggcttagatgggtt
cagcatcacccccttcctatgtctaagttactatggtcatatcctactag
ggcaacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_158018779_158019933
seq2: B6Ng01-271O02.b_46_1188

seq1  GAATTCCCACAAGCCAACTCCCAGCAAGCCTCTGAGGCCCTGCAATTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACAAGCCAACTCCCAGCAAGCCTCTGAGGCCCTGCAATTTTC  50

seq1  AATCTACAAGTAAGGAAACCAAGAAACAGAGAGGTACTTCATTTAGCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTACAAGTAAGGAAACCAAGAAACAGAGAGGTACTTCATTTAGCTAA  100

seq1  GGACACACAGCCTGTGACTGATGCAGCCTGGGCAGTCAACTCAACTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACACAGCCTGTGACTGATGCAGCCTGGGCAGTCAACTCAACTCAGG  150

seq1  TCCTCATGGTTAACCATTCTCTAGGTCTGCTCCTGTTCCACCAGAGGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATGGTTAACCATTCTCTAGGTCTGCTCCTGTTCCACCAGAGGTCC  200

seq1  TGGTGTAAGTACAGCCCAGAGAACCAGGACTCCCAGCACATGCTTATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTAAGTACAGCCCAGAGAACCAGGACTCCCAGCACATGCTTATGGC  250

seq1  CAAGGACAACAGGAACACAAAAGAGACAAACCCACAGCCACCGGCACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACAACAGGAACACAAAAGAGACAAACCCACAGCCACCGGCACCCA  300

seq1  GCAATCAGATCAGTGTCACATGTAAGGTCCACATCAGTCACTTGCTGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCAGATCAGTGTCACATGTAAGGTCCACATCAGTCACTTGCTGTCA  350

seq1  CATCAGAGAAGACATCCCTATGCCCCTAAGAAGTCTTGGCTTCCTCCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAGAAGACATCCCTATGCCCCTAAGAAGTCTTGGCTTCCTCCTCT  400

seq1  GGAAAATGATAGGAAATTGATGCCGACTCCACAGGGCTGTGGGGATGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGATAGGAAATTGATGCCGACTCCACAGGGCTGTGGGGATGCAG  450

seq1  TCGGTCAGCTGAGCAGACTTGCAGAGTTTTTAAGGATCTCAGCACAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCAGCTGAGCAGACTTGCAGAGTTTTTAAGGATCTCAGCACAAAGC  500

seq1  TGGATGCAACCGAGACACCAGCTGATTCCTCGTTTTTTTTATTGTTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCAACCGAGACACCAGCTGATTCCTCGTTTTTTTTATTGTTAAAT  550

seq1  TCTTGCGGGTATACGCACGTGCACTTGAGAGCTATTGCCTGTACACATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCGGGTATACGCACGTGCACTTGAGAGCTATTGCCTGTACACATGG  600

seq1  AGGCCATACGTGGACGTCCCCACCTTGCTCTGTCTCTCACGGAACCTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATACGTGGACGTCCCCACCTTGCTCTGTCTCTCACGGAACCTGGA  650

seq1  GCTCACTGATTCAGCTAGGCTGGCAGGCCAGTGAGCCTGGGGCCCTGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTGATTCAGCTAGGCTGGCAGGCCAGTGAGCCTGGGGCCCTGCCT  700

seq1  GTCTCCTCCATCCCACTGCTCAGGCTGATAGGCATGTACTGCCACGCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTCCATCCCACTGCTCAGGCTGATAGGCATGTACTGCCACGCCAC  750

seq1  ACTGGCGACCTGATGCTTGCACAGTAAGAACTTCACAAGCACTTCACCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCGACCTGATGCTTGCACAGTAAGAACTTCACAAGCACTTCACCCA  800

seq1  CTGAGCCATCTACCCAGCCCCTCCTTTGTTTTTGAATATCATTCCCCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCATCTACCCAGCCCCTCCTTTGTTTTTGAATATCATTCCCCCAT  850

seq1  ATTCTATGTCTATGCCCCTTCTCCCGAGGAGCCGCTGTGAGCAGGTCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATGTCTATGCCCCTTCTCCCGAGGAGCCGCTGTGAGCAGGTCAGT  900

seq1  AA-TTGAGGTTCAACCC-TTTTTGGAAACAGGAGAATGTGCAAGACCTTG  948
      || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTTGAGGTTCAACCCTTTTTTGGAAACAGGAGAATGTGCAAGACTTTG  950

seq1  GGGGCCCCTCCTACCTAACGATCCTAGGCTCACCCATCCTTCCCCCCTCC  998
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  GGGGCCCCTCCTACCTAACGATCCTA-GCTCACCCAT-CTTCCCCCCTCC  998

seq1  CTCATCCTGTCCTCATTCCCAGCAGTGGTTGTGGGTCTAGCTAAAGGCAG  1048
      ||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAT-CTGT-CTCATT-CCAGCAGTTGTTGTGGGTCTAGCTAAAGGCAG  1045

seq1  TTTGCATTCTTTCTCCCCAGGTTTCCTGCACCAAGCCTGTGGTCTCCACT  1098
      |||||||||||||||||   ||||| |||| |||| |||| |||| ||||
seq2  TTTGCATTCTTTCTCCC--AGTTTCTTGCA-CAAG-CTGT-GTCTTCACT  1090

seq1  GGCTGGATGCTGTTGCTATGGTAACAAC-GGCTTAAGAGCC-TTAGGCCC  1146
      |||| |||||||||    || |||  ||  |||| |||||| |||||  |
seq2  GGCTTGATGCTGTT----TGCTAAGTACACGCTTTAGAGCCTTTAGG--C  1134

seq1  CCCTCTGGG  1155
      |||||||||
seq2  CCCTCTGGG  1143

seq1: chr2_158165417_158166265
seq2: B6Ng01-271O02.g_74_931 (reverse)

seq1  GTGTTG-CCTAGTAGGATTTGACCATAGT-ACTTAGACATAGGAA-GGGG  47
      |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GTGTTGCCCTAGTAGGATATGACCATAGTAACTTAGACATAGGAAGGGGG  50

seq1  TGATGCTGAACCCACCT-AGCCTTGGTTTGACTGTGCTGGCCCCACGG-A  95
      |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGATGCTGAACCCATCTAAGCCTTGGTTTGACTGTGCTGGCCCCACGGAA  100

seq1  CGTGGAC-AATCACGTGACT-CCTGGAAAGAATTCTAGAAGTTGAAGCGA  143
      ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGACAAATCACGTGAATCCCTGGAAAGAATTCTAGAAGTTGAAGCGA  150

seq1  T-CCCCGTGGAAGACAGTGTCACTAGCTGATCTGTGATC-TTCCAAGTGG  191
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCCCCGTGGAAGACAGTGTCACTAGCTGATCTGTGATCTTTCCAAGTGG  200

seq1  AAGCTCTGGCCTCACCCCTCTGCCCACCTCCACCCTGCACCTCAGAATGG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTGGCCTCACCCCTCTGCCCACCTCCACCCTGCACCTCAGAATGG  250

seq1  GACTGTGATTGGAGACATATAGCCTTTGGGAATTTGACTGAATTAAAATC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGATTGGAGACATATAGCCTTTGGGAATTTGACTGAATTAAAATC  300

seq1  CAGCAATCGGGGCACCTGGTCCAATCTCACCAAGCAGGAGTAGAGGAAAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATCGGGGCACCTGGTCCAATCTCACCAAGCAGGAGTAGAGGAAAT  350

seq1  ACAGGTGAGCAGAGACACCCGGGTGCTTACGCCCAGGGAGACAACAGCAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGAGCAGAGACACCCGGGTGCTTACGCCCAGGGAGACAACAGCAT  400

seq1  GAGGCCAAGGAGAGCGGCCTCTGAAGAATGGGTCCCTTCCAAGGCCTCCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAAGGAGAGCGGCCTCTGAAGAATGGGTCCCTTCCAAGGCCTCCA  450

seq1  TCTCTGCTTCTAGTCACCAATCACCCAGGCTGGGGCAATCTGCCATGGCG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTCTAGTCACCAATCACCCAGGCTGGGGCAATCTGCCATGGCG  500

seq1  GCCCTGGAGACCCTGTAAAGAGGGCCTCTGCATTTTGCTCTGCCTATTCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGAGACCCTGTAAAGAGGGCCTCTGCATTTTGCTCTGCCTATTCT  550

seq1  TTTTATTTGACTTCTATCTCCAGTAAATATGCACCCATGCATTATTTATG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTGACTTCTATCTCCAGTAAATATGCACCCATGCATTATTTATG  600

seq1  CAATTAAAATGCATATTAACTGTCTTGTGCTTATTCTTCTGTCCTCCATG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAAATGCATATTAACTGTCTTGTGCTTATTCTTCTGTCCTCCATG  650

seq1  CTAATTGGACTTCCTCTGAGTATATTGTTTTGGCCCTCCTTAGGCTGCCT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTGGACTTCCTCTGAGTATATTGTTTTGGCCCTCCTTAGGCTGCCT  700

seq1  CGTGGCGCCCTCTAGAGGCTGTGGCCCAGAACGCAGCTCTTCAGTTAATC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCGCCCTCTAGAGGCTGTGGCCCAGAACGCAGCTCTTCAGTTAATC  750

seq1  TTATTTATTTTAGTGAAGGACCGGGATTCATTCGTTTCTTCCTGTTTTCA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTTAGTGAAGGACCGGGATTCATTCGTTTCTTCCTGTTTTCA  800

seq1  ATCCGTCTTTTCTCACATCTATTTTGCTGCTCTCTTTATGTCTTTATGAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTCTTTTCTCACATCTATTTTGCTGCTCTCTTTATGTCTTTATGAG  850

seq1  TTGAATTC  849
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  858