BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276A14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 100,273,257 - 100,416,343
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC241572
Upstream geneLOC621386, LOC668702, LOC100042907
Downstream geneLOC668705, B230118H07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276A14.bB6Ng01-276A14.g
ACCGA076915GA076916
length1,1741,117
definitionB6Ng01-276A14.b B6Ng01-276A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,415,168 - 100,416,343)(100,273,257 - 100,274,368)
sequence
gaattcctttggattaattagaggataagtgttgatttgagagttgccgt
aaaatattgtactttgaaaatacttttctcatttgagattttggagttgg
gaaagcagttaatgaaacaactcagaaagtaaagccatattcatgtacag
tctacaagatgtagatgacatgttaattttttttgtcaaaaatgccattg
ttatttattgtgtgcctgttatatctttgaacttatcatacattacaatt
atggcagttgtttttcttaatgagtttccagggtttcttcaatggttatt
ctcaaaatatatttagtacattggctttatgattgttttagtatcactct
atggcctggtgtctcaaaatgtaagtcttcatatctgaggaaaattttta
gaggaaaacagttactaatgatcatgactttatacataacaagggattgg
attttctggtgaattctatggatctctacccctgactcacttacatactt
tatgatttttctttaaaactgagtgatatagcatactattcttgggtcaa
attattcagtttacagctttaaacttcaaattgctggatttgtgtgtaat
ctttatgctaatagacaaaaaatgtaaacactatattcaaacttgtaata
atgacacttttttctcacttttttctctttggctaaagaaaactacatca
ctaactaaaatgttagctaagattttattacagaacgtatggctaaacaa
cattgagactgatcactgatagcatgtgatggtattgtatctgaataaat
aaaggaaacaaaccagtaaagaatgcatacttgatgttcttcatctctga
gatattaatactgtatttttattgaagggatgagaatataataaagaagt
tgaaaaaattgatcaatgtattatatttaaattttgaaagaggtctaaag
catcatgtggcagtttagaagtacctgaaagtcagaacccctattgcttc
attcagatcattgtatcattcagtcattgtgtctgatgataatccgtcca
tctatctatctatctatctatctatctatctatctatcatctatctatcg
atcatctatctattcatctatctatctacatctatcttattcatcgatcc
ggtactgaatgaaggagagaaaaa

gaattcttcagtgacaaagtcctttcatataatagtgacttcctgtgctt
tcttctgagctggtgagttgtagctactttggcagcctctgaaagaccaa
tgttatatgtgacagtctctgcccacagcagaaccagcagaacaatcatt
cctgtgatggaagacagaagtttggttcaccatgactcagaagctgactt
tacttccaactttcagactttgacaccgggatgtttgttttacacatatc
tgagtacagtgaaactaggaaaagaagttttctggtgtaaaacaattcca
tgagaaaaataaaccttaaggcataattacataggaactatttttaaagg
acatatcaccactttcaagaatattgtgttctatagattgactgcatgtg
ttatcttaagggccttttggagggtttagtgttctcagtacacatagtgc
acaggtcactaggttattaatcacatccattcccaatgatctgggctgaa
aatatgttatagagctcttacttcatacagacattcctggtttccctaga
acccatctctgagaacaagaactttgtgccttctacaagaacattttcag
gagtattataagaaggatattatattcatttaaaatttacaattcacaaa
ttttattggaaacaatatcaatagatgccaaaagtacattgtgtactaat
tattcaactacttgaaaatagcttaatttttgtacttagtgtttttggtt
attcctaccaaatgtagagtgttgtatttgatttgcttggtcttatgatg
ataatctaaaggtaattattaaaataattattattagcaaaacaatctct
gattgtgagtcatcaaaaatctatgtgatagttttatccaagttcaaata
ttggtgttcagggttttggctcattatgtaagttatttactatgcaaatg
ggaatcagtgttgagattccaaaaaattcatgtaaaatgactaatggata
tgacatttccaccttaaatttctgcatagaatgcagagaagaggggagac
taccattatatgctactctgacttggatagaagagacataggttcagtgg
agtagatgaggaataat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_100415168_100416343
seq2: B6Ng01-276A14.b_45_1218 (reverse)

seq1  TTTTTCTCTCCTCCCTCCAGGTACACGATAGATGAAT-AGATAGATGGTA  49
      |||||||||||| | | || ||||  ||| ||||||| |||||||| |||
seq2  TTTTTCTCTCCTTCATTCA-GTACCGGATCGATGAATAAGATAGAT-GTA  48

seq1  GATAGATAGATTGATAGATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  99
      |||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  GATAGATAGATGAATAGATAGAT-GATCGATAGATAGAT-GATAGATAGA  96

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGACGGA-TATCATCAGACAC  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGACGGATTATCATCAGACAC  146

seq1  AATGACCTGAATGATACAATGATCTGAATGAAGCAATA-GGGTTCTGACT  197
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATGA-CTGAATGATACAATGATCTGAATGAAGCAATAGGGGTTCTGACT  195

seq1  TTCAGGTACTTCTAAACTGCCACATGATGCTTTAGACCTCTTTCAAAATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTACTTCTAAACTGCCACATGATGCTTTAGACCTCTTTCAAAATT  245

seq1  TAAATATAATACATTGATCAATTTTTTCAACTTCTTTATTATATTCTCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAATACATTGATCAATTTTTTCAACTTCTTTATTATATTCTCAT  295

seq1  CCCTTCAATAAAAATACAGTATTAATATCTCAGAGATGAAGAACATCAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAATAAAAATACAGTATTAATATCTCAGAGATGAAGAACATCAAG  345

seq1  TATGCATTCTTTACTGGTTTGTTTCCTTTATTTATTCAGATACAATACCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATTCTTTACTGGTTTGTTTCCTTTATTTATTCAGATACAATACCA  395

seq1  TCACATGCTATCAGTGATCAGTCTCAATGTTGTTTAGCCATACGTTCTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCTATCAGTGATCAGTCTCAATGTTGTTTAGCCATACGTTCTGT  445

seq1  AATAAAATCTTAGCTAACATTTTAGTTAGTGATGTAGTTTTCTTTAGCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATCTTAGCTAACATTTTAGTTAGTGATGTAGTTTTCTTTAGCCA  495

seq1  AAGAGAAAAAAGTGAGAAAAAAGTGTCATTATTACAAGTTTGAATATAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAAAAAGTGAGAAAAAAGTGTCATTATTACAAGTTTGAATATAGT  545

seq1  GTTTACATTTTTTGTCTATTAGCATAAAGATTACACACAAATCCAGCAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATTTTTTGTCTATTAGCATAAAGATTACACACAAATCCAGCAAT  595

seq1  TTGAAGTTTAAAGCTGTAAACTGAATAATTTGACCCAAGAATAGTATGCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTTTAAAGCTGTAAACTGAATAATTTGACCCAAGAATAGTATGCT  645

seq1  ATATCACTCAGTTTTAAAGAAAAATCATAAAGTATGTAAGTGAGTCAGGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACTCAGTTTTAAAGAAAAATCATAAAGTATGTAAGTGAGTCAGGG  695

seq1  GTAGAGATCCATAGAATTCACCAGAAAATCCAATCCCTTGTTATGTATAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATCCATAGAATTCACCAGAAAATCCAATCCCTTGTTATGTATAA  745

seq1  AGTCATGATCATTAGTAACTGTTTTCCTCTAAAAATTTTCCTCAGATATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGATCATTAGTAACTGTTTTCCTCTAAAAATTTTCCTCAGATATG  795

seq1  AAGACTTACATTTTGAGACACCAGGCCATAGAGTGATACTAAAACAATCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTACATTTTGAGACACCAGGCCATAGAGTGATACTAAAACAATCA  845

seq1  TAAAGCCAATGTACTAAATATATTTTGAGAATAACCATTGAAGAAACCCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCAATGTACTAAATATATTTTGAGAATAACCATTGAAGAAACCCT  895

seq1  GGAAACTCATTAAGAAAAACAACTGCCATAATTGTAATGTATGATAAGTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTCATTAAGAAAAACAACTGCCATAATTGTAATGTATGATAAGTT  945

seq1  CAAAGATATAACAGGCACACAATAAATAACAATGGCATTTTTGACAAAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATATAACAGGCACACAATAAATAACAATGGCATTTTTGACAAAAA  995

seq1  AAATTAACATGTCATCTACATCTTGTAGACTGTACATGAATATGGCTTTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAACATGTCATCTACATCTTGTAGACTGTACATGAATATGGCTTTA  1045

seq1  CTTTCTGAGTTGTTTCATTAACTGCTTTCCCAACTCCAAAATCTCAAATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAGTTGTTTCATTAACTGCTTTCCCAACTCCAAAATCTCAAATG  1095

seq1  AGAAAAGTATTTTCAAAGTACAATATTTTACGGCAACTCTCAAATCAACA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTATTTTCAAAGTACAATATTTTACGGCAACTCTCAAATCAACA  1145

seq1  CTTATCCTCTAATTAATCCAAAGGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCTCTAATTAATCCAAAGGAATTC  1174


seq1: chr2_100273257_100274368
seq2: B6Ng01-276A14.g_67_1183

seq1  GAATTCTTCAGTGACAAAGTCCTTTCATATAATAGTGACTTCCTGTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGTGACAAAGTCCTTTCATATAATAGTGACTTCCTGTGCTT  50

seq1  TCTTCTGAGCTGGTGAGTTGTAGCTACTTTGGCAGCCTCTGAAAGACCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGAGCTGGTGAGTTGTAGCTACTTTGGCAGCCTCTGAAAGACCAA  100

seq1  TGTTATATGTGACAGTCTCTGCCCACAGCAGAACCAGCAGAACAATCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATATGTGACAGTCTCTGCCCACAGCAGAACCAGCAGAACAATCATT  150

seq1  CCTGTGATGGAAGACAGAAGTTTGGTTCACCATGACTCAGAAGCTGACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATGGAAGACAGAAGTTTGGTTCACCATGACTCAGAAGCTGACTT  200

seq1  TACTTCCAACTTTCAGACTTTGACACCGGGATGTTTGTTTTACACATATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCAACTTTCAGACTTTGACACCGGGATGTTTGTTTTACACATATC  250

seq1  TGAGTACAGTGAAACTAGGAAAAGAAGTTTTCTGGTGTAAAACAATTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACAGTGAAACTAGGAAAAGAAGTTTTCTGGTGTAAAACAATTCCA  300

seq1  TGAGAAAAATAAACCTTAAGGCATAATTACATAGGAACTATTTTTAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAAATAAACCTTAAGGCATAATTACATAGGAACTATTTTTAAAGG  350

seq1  ACATATCACCACTTTCAAGAATATTGTGTTCTATAGATTGACTGCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCACCACTTTCAAGAATATTGTGTTCTATAGATTGACTGCATGTG  400

seq1  TTATCTTAAGGGCCTTTTGGAGGGTTTAGTGTTCTCAGTACACATAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTAAGGGCCTTTTGGAGGGTTTAGTGTTCTCAGTACACATAGTGC  450

seq1  ACAGGTCACTAGGTTATTAATCACATCCATTCCCAATGATCTGGGCTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCACTAGGTTATTAATCACATCCATTCCCAATGATCTGGGCTGAA  500

seq1  AATATGTTATAGAGCTCTTACTTCATACAGACATTCCTGGTTTCCCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTTATAGAGCTCTTACTTCATACAGACATTCCTGGTTTCCCTAGA  550

seq1  ACCCATCTCTGAGAACAAGAACTTTGTGCCTTCTACAAGAACATTTTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCTCTGAGAACAAGAACTTTGTGCCTTCTACAAGAACATTTTCAG  600

seq1  GAGTATTATAAGAAGGATATTATATTCATTTAAAATTTACAATTCACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTATAAGAAGGATATTATATTCATTTAAAATTTACAATTCACAAA  650

seq1  TTTTATTGGAAACAATATCAATAGATGCCAAAAGTACATTGTGTACTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGGAAACAATATCAATAGATGCCAAAAGTACATTGTGTACTAAT  700

seq1  TATTCAACTACTTGAAAATAGCTTAATTTTTGTACTTAGTGTTTTTGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAACTACTTGAAAATAGCTTAATTTTTGTACTTAGTGTTTTTGGTT  750

seq1  ATTCCTACCAAATGTAGAGTGTTGTATTTGATTTGCTTGGTCTTATGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTACCAAATGTAGAGTGTTGTATTTGATTTGCTTGGTCTTATGATG  800

seq1  ATAATCT-AAGGTAATTATTAAAATAATTATTATTAGCAAAACAATCTCT  849
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTAAAGGTAATTATTAAAATAATTATTATTAGCAAAACAATCTCT  850

seq1  GATTGTGAGTCATCAAAAATCTATGTGATAGTTTTATCCAAGTTCAAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGAGTCATCAAAAATCTATGTGATAGTTTTATCCAAGTTCAAATA  900

seq1  TTGGTGTTCAGGGTTTTGGCTCATTATGTAAGTTATTTACTATGCAAAT-  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGGTGTTCAGGGTTTTGGCTCATTATGTAAGTTATTTACTATGCAAATG  950

seq1  GGAATCAGTGTTGAGATTCC-AAAAATTCATGTAAAATGACTAATGGATA  997
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCAGTGTTGAGATTCCAAAAAATTCATGTAAAATGACTAATGGATA  1000

seq1  TGACA-TTCCACCTT-AATTTCTGCATAGGAATGCAGAG-AGA-GGGAGA  1043
      ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||
seq2  TGACATTTCCACCTTAAATTTCTGCATA-GAATGCAGAGAAGAGGGGAGA  1049

seq1  CTAACCATATATGCCAACTCCTGGTTTGATAG-AGAGACATAGTTTCAGT  1092
      ||| |  |||||| | ||||    || ||||| |||||||||| ||||||
seq2  CTACCATTATATG-CTACTCTGACTTGGATAGAAGAGACATAGGTTCAGT  1098

seq1  -GAGTAAGATGGAAGAATAAT  1112
       |||| |||| || |||||||
seq2  GGAGT-AGAT-GAGGAATAAT  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |