BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278A15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 153,099,954 - 153,245,065
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik
Upstream geneCsnk2a1, Tbc1d20, Rbck1, Trib3, LOC628060, Nrsn2, Sox12, Zcchc3, 6820408C15Rik, EG629114, LOC668930, 9230107O10Rik, 9230002F21Rik, EG654457, OTTMUSG00000015852, Defb29, 4930525K10Rik, Defb19, OTTMUSG00000015859, Defb36, OTTMUSG00000015862, Rem1, H13, Mcts2, Id1, LOC629170, Cox4i2, Bcl2l1, Tpx2, Mylk2, Fkhl18, Dusp15, Ttll9, Pdrg1, Xkr7, BC020535, Hck, Tm9sf4, Tspyl3, Plagl2, Pofut1
Downstream geneCommd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik, U46068, BC018465, 5430413K10Rik, OTTMUSG00000015915, Cdk5rap1, Snta1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278A15.bB6Ng01-278A15.g
ACCGA078393GA078394
length1,1441,072
definitionB6Ng01-278A15.b B6Ng01-278A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,099,954 - 153,101,088)(153,244,011 - 153,245,065)
sequence
gaattcagagatctgtctgctttcaggatactaggattaaaggtggatgt
cataacattctacaaattgaatttatttttaacaaaaaatgtccatatta
atgctgccctaatctgttaagcctgcatgtgacatcactccgctccaccc
tgccgggacatcaccagaactgaaattgcagttggagccaacacactgaa
gatgtttagtgataacagaacaccaccagtccacgaggccgctcaccctc
tctgaagctccttctccaactgtgagcagtgggcacaggctgccagagaa
ataaaggaccctgtctgaaatgcctggggagacttgcagggcctcagtag
gggttgaagcagtcctaggagtgggtcagccctgctgggcactgccttcc
agaagtttccttgtggtttccccacactgtttgctcagggtgagaccatc
tctcccagctgttgccagagagccaacaggaagctgagagctcagtctag
tggggaggaagcccctcctgcctccagaggattaggcttctgagagtaaa
gctcagaggggagcggggctagtgagagccaaagaacttgttggtgacca
agctctgtcctactctgaaccactgttcctcttcaactgtgaaacagagt
ttgagactggatgatcctttgggaaggacaccaggcttggaatccgaagg
cttgtacccaaggcccagctttgccactaaccaactaaccagtatgtaac
tgattaggactgacgtggtgttctcatctattccatgagaatacaaagta
tgggcccaaggacatggctccgtggtaaatcatccgctgtgtaagcatga
ggacagctgggatccccacccccatatgggaaaggtctgtgtgtggcagt
ggccgcctgtaaccccaaggctggacctatgaagaccgtgtttcccctgc
tgactatccagtctagcaaaccagtgagggaagagcctccgtctcaaaaa
ttacacctcaagtgtctgctgtggtggctggcaacacattttctactcaa
gaacgaagagttgaattctgggcctacacagggtgcccagtggagactct
ggtctccaaaacagcaacaacagaaaaattagtagatagagcaa
gaattctgccccttaagtctttgtgtggtcatggcgggaggggcctgagg
gccagaggcaccaggccacttgtctctcttgagttgctcctcaggaagca
ccaggtccttttaggcaggctgtggccacatcactgtgcctgactgtttt
ctcctgggtccaacatacccactacatgccaatgtccttgagaaaagaga
tgctgaagtcagggcatgccacagactttaaaaagcaaatgacagcagct
cagagtcagggtgctgaggataggaaggtattatggagctgggtcagaag
gggcaacctagtagctgggaagcaggagaaagcagaagccatagtccaag
gaaaaacaggcagtcgttgaaggctgagaaaatccagaagcccaaataga
ttctggcacacagaaggggctggctcatgggaatctttgtgtgtgtgtgt
gtccttcccataatatgatcagccctagaaaggacaccaccaccaaccaa
ggaagtgattgccacctttgcctgtggtgtgacggaggggaggatctgtg
tgggagcagagtgcttaagtccttgcccattcacagttgggctgtagcag
gctggctgtctctgctctcccccttcttgaacacctgtttccccaggctt
cagagcaatctcttgggagataggcagaaacagcctggcctgggagctgg
ggactgcaccctgctttgtggccctactgccttggctggctccctttccc
agcccatctgctcctccccccccatagactgcacatttgctgctctggtg
acagctcacttgtcaactcaaaggctgcagtcccctgggggatcaaggag
gaaaccctggaagcccaaacagaatccctggcaacacagaagaggctggc
gggattgtaattctttttcctggttgtccttctctcagcatggcaggtct
tgatgtgggcacattgcccacccaagaaaagtgcctctacactttacccc
ttggcctctaaaaggcaaggccctcctttgtgtgtgctttagtaggccct
cagaacagtagcccggaggtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_153099954_153101088
seq2: B6Ng01-278A15.b_49_1192

seq1  GAATTCAGAGATCTGTCTGCTTTCAGGATACTAGGATTAAAGGTGGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGATCTGTCTGCTTTCAGGATACTAGGATTAAAGGTGGATGT  50

seq1  CATAACATTCTACAAATTGAATTTATTTTTAACAAAAAATGTCCATATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATTCTACAAATTGAATTTATTTTTAACAAAAAATGTCCATATTA  100

seq1  ATGCTGCCCTAATCTGTTAAGCCTGCATGTGACATCACTCCGCTCCACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCCCTAATCTGTTAAGCCTGCATGTGACATCACTCCGCTCCACCC  150

seq1  TGCCGGGACATCACCAGAACTGAAATTGCAGTTGGAGCCAACACACTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGGGACATCACCAGAACTGAAATTGCAGTTGGAGCCAACACACTGAA  200

seq1  GATGTTTAGTGATAACAGAACACCACCAGTCCACGAGGCCGCTCACCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTAGTGATAACAGAACACCACCAGTCCACGAGGCCGCTCACCCTC  250

seq1  TCTGAAGCTCCTTCTCCAACTGTGAGCAGTGGGCACAGGCTGCCAGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGCTCCTTCTCCAACTGTGAGCAGTGGGCACAGGCTGCCAGAGAA  300

seq1  ATAAAGGACCCTGTCTGAAATGCCTGGGGAGACTTGCAGGGCCTCAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGACCCTGTCTGAAATGCCTGGGGAGACTTGCAGGGCCTCAGTAG  350

seq1  GGGTTGAAGCAGTCCTAGGAGTGGGTCAGCCCTGCTGGGCACTGCCTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGAAGCAGTCCTAGGAGTGGGTCAGCCCTGCTGGGCACTGCCTTCC  400

seq1  AGAAGTTTCCTTGTGGTTTCCCCACACTGTTTGCTCAGGGTGAGACCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTTCCTTGTGGTTTCCCCACACTGTTTGCTCAGGGTGAGACCATC  450

seq1  TCTCCCAGCTGTTGCCAGAGAGCCAACAGGAAGCTGAGAGCTCAGTCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAGCTGTTGCCAGAGAGCCAACAGGAAGCTGAGAGCTCAGTCTAG  500

seq1  TGGGGAGGAAGCCCCTCCTGCCTCCAGAGGATTAGGCTTCTGAGAGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGAAGCCCCTCCTGCCTCCAGAGGATTAGGCTTCTGAGAGTAAA  550

seq1  GCTCAGAGGGGAGCGGGGCTAGTGAGAGCCAAAGAACTTGTTGGTGACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGGGGAGCGGGGCTAGTGAGAGCCAAAGAACTTGTTGGTGACCA  600

seq1  AGCTCTGTCCTACTCTGAACCACTGTTCCTCTTCAACTGTGAAACAGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGTCCTACTCTGAACCACTGTTCCTCTTCAACTGTGAAACAGAGT  650

seq1  TTGAGACTGGATGATCCTTTGGGAAGGACACCAGGCTTGGAATCCGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACTGGATGATCCTTTGGGAAGGACACCAGGCTTGGAATCCGAAGG  700

seq1  CTTGTACCCAAGGCCCAGCTTTGCCACTAACCAACTAACCAGTATGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACCCAAGGCCCAGCTTTGCCACTAACCAACTAACCAGTATGTAAC  750

seq1  TGATTAGGACTGACGTGGTGTTCTCATCTATTCCATGAGAATACAAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAGGACTGACGTGGTGTTCTCATCTATTCCATGAGAATACAAAGTA  800

seq1  TGGGCCCAAGGACATGGCTCCGTGGTAAATCATCCGCTGTGTAAGCATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCAAGGACATGGCTCCGTGGTAAATCATCCGCTGTGTAAGCATGA  850

seq1  GGACAGCTGGGATCCCCACCCCCATATGGG-AAGGTCTGTGTGTGGCAGT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCTGGGATCCCCACCCCCATATGGGAAAGGTCTGTGTGTGGCAGT  900

seq1  GGCCGCCTGTAACCCCAAGGCTGGACCTATGAAGACCGTGTTTCCCCTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGCCTGTAACCCCAAGGCTGGACCTATGAAGACCGTGTTTCCCCTGC  950

seq1  TGACTATCCAGTCTAGCAAACCAGTGA-GGAAGAGCCTCCGTCTCAAAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATCCAGTCTAGCAAACCAGTGAGGGAAGAGCCTCCGTCTCAAAAA  1000

seq1  TTACAACTCAAGTGTCTGCTGTGGTGGCTGGC-ACACA-TCTCTACTCCA  1046
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |
seq2  TTACACCTCAAGTGTCTGCTGTGGTGGCTGGCAACACATTTTCTACTCAA  1050

seq1  G-ACG-AGAGTTGATTTCTGGG-CTACACAGGGTTGCCAAGT-GAGACTC  1092
      | ||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||
seq2  GAACGAAGAGTTGAATTCTGGGCCTACACAGGG-TGCCCAGTGGAGACTC  1099

seq1  T-GTCT-CAAAACAGCAACAACAGAAAATTAGGTAGATAGAGCAA  1135
      | |||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||
seq2  TGGTCTCCAAAACAGCAACAACAGAAAAATTAGTAGATAGAGCAA  1144

seq1: chr2_153244011_153245065
seq2: B6Ng01-278A15.g_68_1139 (reverse)

seq1  TGACC-CCGGGCTACTGTCTGGAGGCCCAACTAAAGCAACACAC-AAGGA  48
      ||||| ||||||||||||   |||| || |||||||| |||||| |||||
seq2  TGACCTCCGGGCTACTGTTCTGAGGGCCTACTAAAGC-ACACACAAAGGA  49

seq1  GGGCCTTGCCTTTTAGAGG-CAAGGGGTAAAGTGTAGGAGCCAC-TTTCT  96
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||
seq2  GGGCCTTGCCTTTTAGAGGCCAAGGGGTAAAGTGTA-GAGGCACTTTTCT  98

seq1  TGG--TGGCA--GTGCCCACATCAAGACCTGCCATGCTGAGAGAAGGAC-  141
      |||   ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGGTGGGCAATGTGCCCACATCAAGACCTGCCATGCTGAGAGAAGGACA  148

seq1  ACCAG--AAAAG-ATTACAAT-CCGCCAGCCTCTCCTGTG-TGCCAGG--  184
      |||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||  
seq2  ACCAGGAAAAAGAATTACAATCCCGCCAGCCTCTTCTGTGTTGCCAGGGA  198

seq1  ATCTGTTTGGGCTTCCAGGG-TTCCTCCTGGAT-CCCCAGGGGACTGCAG  232
       ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTGGGCTTCCAGGGTTTCCTCCTTGATCCCCCAGGGGACTGCAG  248

seq1  CC-TTGAGTTGACAAGTGAGCTGTCACCAGAGCAGCAAATGTGCAGTCTA  281
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAGTTGACAAGTGAGCTGTCACCAGAGCAGCAAATGTGCAGTCTA  298

seq1  TGGGGGGGGAGGAGCAGATGGGCTGGGAAAGGGAGCCAGCCAAGGCAGTA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGGGAGGAGCAGATGGGCTGGGAAAGGGAGCCAGCCAAGGCAGTA  348

seq1  GGGCCACAAAGCAGGGTGCAGTCCCCAGCTCCCAGGCCAGGCTGTTTCTG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACAAAGCAGGGTGCAGTCCCCAGCTCCCAGGCCAGGCTGTTTCTG  398

seq1  CCTATCTCCCAAGAGATTGCTCTGAAGCCTGGGGAAACAGGTGTTCAAGA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTCCCAAGAGATTGCTCTGAAGCCTGGGGAAACAGGTGTTCAAGA  448

seq1  AGGGGGAGAGCAGAGACAGCCAGCCTGCTACAGCCCAACTGTGAATGGGC  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAGAGCAGAGACAGCCAGCCTGCTACAGCCCAACTGTGAATGGGC  498

seq1  AAGGACTTAAGCACTCTGCTCCCACACAGATCCTCCCCTCCGTCACACCA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTTAAGCACTCTGCTCCCACACAGATCCTCCCCTCCGTCACACCA  548

seq1  CAGGCAAAGGTGGCAATCACTTCCTTGGTTGGTGGTGGTGTCCTTTCTAG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAAGGTGGCAATCACTTCCTTGGTTGGTGGTGGTGTCCTTTCTAG  598

seq1  GGCTGATCATATTATGGGAAGGACACACACACACACAAAGATTCCCATGA  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATCATATTATGGGAAGGACACACACACACACAAAGATTCCCATGA  648

seq1  GCCAGCCCCTTCTGTGTGCCAGAATCTATTTGGGCTTCTGGATTTTCTCA  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCCCTTCTGTGTGCCAGAATCTATTTGGGCTTCTGGATTTTCTCA  698

seq1  GCCTTCAACGACTGCCTGTTTTTCCTTGGACTATGGCTTCTGCTTTCTCC  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAACGACTGCCTGTTTTTCCTTGGACTATGGCTTCTGCTTTCTCC  748

seq1  TGCTTCCCAGCTACTAGGTTGCCCCTTCTGACCCAGCTCCATAATACCTT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCAGCTACTAGGTTGCCCCTTCTGACCCAGCTCCATAATACCTT  798

seq1  CCTATCCTCAGCACCCTGACTCTGAGCTGCTGTCATTTGCTTTTTAAAGT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCTCAGCACCCTGACTCTGAGCTGCTGTCATTTGCTTTTTAAAGT  848

seq1  CTGTGGCATGCCCTGACTTCAGCATCTCTTTTCTCAAGGACATTGGCATG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCATGCCCTGACTTCAGCATCTCTTTTCTCAAGGACATTGGCATG  898

seq1  TAGTGGGTATGTTGGACCCAGGAGAAAACAGTCAGGCACAGTGATGTGGC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGTATGTTGGACCCAGGAGAAAACAGTCAGGCACAGTGATGTGGC  948

seq1  CACAGCCTGCCTAAAAGGACCTGGTGCTTCCTGAGGAGCAACTCAAGAGA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCTGCCTAAAAGGACCTGGTGCTTCCTGAGGAGCAACTCAAGAGA  998

seq1  GACAAGTGGCCTGGTGCCTCTGGCCCTCAGGCCCCTCCCGCCATGACCAC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTGGCCTGGTGCCTCTGGCCCTCAGGCCCCTCCCGCCATGACCAC  1048

seq1  ACAAAGACTTAAGGGGCAGAATTC  1055
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGACTTAAGGGGCAGAATTC  1072