BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285M09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 20,574,953 - 20,709,359
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEtl4
Upstream geneLOC100041244, Otud1, LOC667564, LOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609
Downstream geneArhgap21, LOC433408, LOC675912, C130046B21Rik, 4933434I06Rik, Thnsl1, Gpr158
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285M09.bB6Ng01-285M09.g
ACCGA084137GA084138
length1,0961,125
definitionB6Ng01-285M09.b B6Ng01-285M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,708,261 - 20,709,359)(20,574,953 - 20,576,081)
sequence
gaattccactccatgagtagtgtttactcatgatataagaaaataagact
gctggaaacattgtgtcctagtagatcttgtgggccagtgagatggggca
tttgctcagggcttacagtatacagacagacacttcccctcctccactgc
cagactcctgtgttttcctccctagcactgaccacctggcatgtacttgg
tgagccataaacaggttagcctggctcactggcgacccagaacctatgat
ggatagtagggatcagtgaatgaataaaacatacccgatttggcagtggc
ccagggataaggagggccctaggcatcttcagagagaattcctacgtatc
ctttcacaacttgaaatatgtacatcttattgataattatgcccatcagg
ctcattagtagatgtttatgaaacaaaaatgtcacattgacatcctttaa
gtaagagaatgcaaccttcctacacctcaccccggtccagtgctggggac
agagtcatggtccaccaactgccttccattccttcctcaataagcaatgt
tgaaacaggtgacatctatcagtatgcagatactacatgtggattgaaga
ctactccacgtctagaggctacatgagtgtggccatggcagttttaatat
ggcatccatacacaccccatgttatcctggtgatgtgtgagacagggaag
cacgtataagacagggaaagtcaggtatgaccaggttgttggtgacagag
tggaggaaaggctctgaaattaggggaacgagagagctagggagggaaac
aaaatatatttaaaagagtatgattttttaaaatgtcatgtgatttgttt
tttttcagtgatggggaacccagaaaccagcatatgctgggcaaaggctt
tgttgtccaactcgcacctcagcatctgactgtgtaaaccaggctggctc
cactcctaagtcctgcttaagcctttctactgctgcaattcattacgatg
ccactgctccagtttcattcttagactgctaacaataacttccagtcagc
tcccttcattccagacccaccatccttatggacctctatgtaacat
gaattccaggagcaactgaagctgagaattccaacagaggccagtgagga
ctatggagccacagggcttgttcaagcccttgcatgtttgttatgcatac
actgcttgtttcagatccagaatgagggatgcagcaattgactacaggca
gaagctagtaaagggagctctcaccaaaagagaaagcacattcacaaaca
tcagtcctgtgactggctggaaatctccagtagctcccttcctaacatgc
tgtgttttagaaaattcttcttatatgataaggaaatacctactcatact
tcatgaggcaaaaatggtttttctttctttcttttattaaatctaaaaga
aacattgttgtttcccattttcctgtaactgagagggttggacatcaaaa
gacgaaaccaatacaaaatacgctctgtggagttcatgtttatagcctgg
tattcttcacaggcatatgtacctgctgcagcatgcaggtaatgcaacag
catgcaggtaaggcaacacatttgaagatgacagtgccatgttatatatg
tcaaaacattgcgcacctctgtttcaaggacaaggatatacctctttgta
ccagagctgaccttgtcatctgtctgctgcatctgtagaaaggacttgca
tggcaggggcagaaggccccacccttgctcatgaccatagtcgggttgtt
gcacagatgactgtgatggctctggacaggctgtctatgggcatcgagca
gttggcacgtcggtcccctcatccttctgatccgacaatgaaatagtgca
catggggaggggagactgaaagagaagatgcagttgtacttcgtttcact
gctgaatcatcgagtttcactccagaccaaacatggatgttttcacaggt
gaaaaatgtgaataatgtctgggcactcccagcagaagaagggaggaaag
cattgatatacgagccttgaagaaacagggtatgggcacagtttatcagg
gaaaagtcatcaaaaataaatcctagagaaaaactagtacttgctccgaa
acaatgagcggaaatactgaccttcagagcctcaagagagtacctgagag
ttggcttaaactcaattttcatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20708261_20709359
seq2: B6Ng01-285M09.b_51_1146 (reverse)

seq1  ATGTTACATAGA-GTCAATTAGGATGGTGTGTCTGGAATGGAGGGAGCTG  49
      |||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  ATGTTACATAGAGGTCCATAAGGATGGTGGGTCTGGAATGAAGGGAGCTG  50

seq1  ACTGGGAAGTTATTG-TAGCAGTCTAAGAATGAAACTGGAGCAGTGGGCA  98
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACT-GGAAGTTATTGTTAGCAGTCTAAGAATGAAACTGGAGCAGT-GGCA  98

seq1  TCGTATGGAATTGCAGCAGTAGGAAGGCTTAAGCAGGAACTTTAGGAGTT  148
      |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||| |
seq2  TCGTAATGAATTGCAGCAGTAGAAAGGCTTAAGCAGGA--CTTAGGAG-T  145

seq1  GGAGGCCAGCCTGGTTTACACAGTCAGATGCTGAGGTGCGAGTTGGACAA  198
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGA-GCCAGCCTGGTTTACACAGTCAGATGCTGAGGTGCGAGTTGGACAA  194

seq1  CAAAGCCTTTGCCCAGCATATGCTGGTTTCTGGGTTCCCCATCACTG-AA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAAGCCTTTGCCCAGCATATGCTGGTTTCTGGGTTCCCCATCACTGAAA  244

seq1  AAAAACAAATCACATGACATTTTAAAAAATCATACTCTTTTAAATATATT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAATCACATGACATTTTAAAAAATCATACTCTTTTAAATATATT  294

seq1  TTGTTTCCCTCCCTAGCTCTCTCGTTCCCCTAATTTCAGAGCCTTTCCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCCCTCCCTAGCTCTCTCGTTCCCCTAATTTCAGAGCCTTTCCTC  344

seq1  CACTCTGTCACCAACAACCTGGTCATACCTGACTTTCCCTGTCTTATACG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTCACCAACAACCTGGTCATACCTGACTTTCCCTGTCTTATACG  394

seq1  TGCTTCCCTGTCTCACACATCACCAGGATAACATGGGGTGTGTATGGATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCTGTCTCACACATCACCAGGATAACATGGGGTGTGTATGGATG  444

seq1  CCATATTAAAACTGCCATGGCCACACTCATGTAGCCTCTAGACGTGGAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTAAAACTGCCATGGCCACACTCATGTAGCCTCTAGACGTGGAGT  494

seq1  AGTCTTCAATCCACATGTAGTATCTGCATACTGATAGATGTCACCTGTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCAATCCACATGTAGTATCTGCATACTGATAGATGTCACCTGTTT  544

seq1  CAACATTGCTTATTGAGGAAGGAATGGAAGGCAGTTGGTGGACCATGACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTGCTTATTGAGGAAGGAATGGAAGGCAGTTGGTGGACCATGACT  594

seq1  CTGTCCCCAGCACTGGACCGGGGTGAGGTGTAGGAAGGTTGCATTCTCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCCAGCACTGGACCGGGGTGAGGTGTAGGAAGGTTGCATTCTCTT  644

seq1  ACTTAAAGGATGTCAATGTGACATTTTTGTTTCATAAACATCTACTAATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGGATGTCAATGTGACATTTTTGTTTCATAAACATCTACTAATG  694

seq1  AGCCTGATGGGCATAATTATCAATAAGATGTACATATTTCAAGTTGTGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGATGGGCATAATTATCAATAAGATGTACATATTTCAAGTTGTGAA  744

seq1  AGGATACGTAGGAATTCTCTCTGAAGATGCCTAGGGCCCTCCTTATCCCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACGTAGGAATTCTCTCTGAAGATGCCTAGGGCCCTCCTTATCCCT  794

seq1  GGGCCACTGCCAAATCGGGTATGTTTTATTCATTCACTGATCCCTACTAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACTGCCAAATCGGGTATGTTTTATTCATTCACTGATCCCTACTAT  844

seq1  CCATCATAGGTTCTGGGTCGCCAGTGAGCCAGGCTAACCTGTTTATGGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATAGGTTCTGGGTCGCCAGTGAGCCAGGCTAACCTGTTTATGGCT  894

seq1  CACCAAGTACATGCCAGGTGGTCAGTGCTAGGGAGGAAAACACAGGAGTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGTACATGCCAGGTGGTCAGTGCTAGGGAGGAAAACACAGGAGTC  944

seq1  TGGCAGTGGAGGAGGGGAAGTGTCTGTCTGTATACTGTAAGCCCTGAGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTGGAGGAGGGGAAGTGTCTGTCTGTATACTGTAAGCCCTGAGCA  994

seq1  AATGCCCCATCTCACTGGCCCACAAGATCTACTAGGACACAATGTTTCCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCCATCTCACTGGCCCACAAGATCTACTAGGACACAATGTTTCCA  1044

seq1  GCAGTCTTATTTTCTTATATCATGAGTAAACACTACTCATGGAGTGGAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTTATTTTCTTATATCATGAGTAAACACTACTCATGGAGTGGAAT  1094

seq1  TC  1099
      ||
seq2  TC  1096

seq1: chr2_20574953_20576081
seq2: B6Ng01-285M09.g_65_1189

seq1  GAATTCCAGGAGCAACTGAAGCTGAGAATTCCAACAGAGGCCAGTGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGCAACTGAAGCTGAGAATTCCAACAGAGGCCAGTGAGGA  50

seq1  CTATGGAGCCACAGGGCTTGTTCAAGCCCTTGCATGTTTGTTATGCATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAGCCACAGGGCTTGTTCAAGCCCTTGCATGTTTGTTATGCATAC  100

seq1  ACTGCTTGTTTCAGATCCAGAATGAGGGATGCAGCAATTGACTACAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTGTTTCAGATCCAGAATGAGGGATGCAGCAATTGACTACAGGCA  150

seq1  GAAGCTAGTAAAGGGAGCTCTCACCAAAAGAGAAAGCACATTCACAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTAGTAAAGGGAGCTCTCACCAAAAGAGAAAGCACATTCACAAACA  200

seq1  TCAGTCCTGTGACTGGCTGGAAATCTCCAGTAGCTCCCTTCCTAACATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTGTGACTGGCTGGAAATCTCCAGTAGCTCCCTTCCTAACATGC  250

seq1  TGTGTTTTAGAAAATTCTTCTTATATGATAAGGAAATACCTACTCATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTAGAAAATTCTTCTTATATGATAAGGAAATACCTACTCATACT  300

seq1  TCATGAGGCAAAAATGGTTTTTCTTTCTTTCTTTTATTAAATCTAAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGGCAAAAATGGTTTTTCTTTCTTTCTTTTATTAAATCTAAAAGA  350

seq1  AACATTGTTGTTTCCCATTTTCCTGTAACTGAGAGGGTTGGACATCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGTTGTTTCCCATTTTCCTGTAACTGAGAGGGTTGGACATCAAAA  400

seq1  GACGAAACCAATACAAAATACGCTCTGTGGAGTTCATGTTTATAGCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAAACCAATACAAAATACGCTCTGTGGAGTTCATGTTTATAGCCTGG  450

seq1  TATTCTTCACAGGCATATGTACCTGCTGCAGCATGCAGGTAATGCAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTCACAGGCATATGTACCTGCTGCAGCATGCAGGTAATGCAACAG  500

seq1  CATGCAGGTAAGGCAACACATTTGAAGATGACAGTGCCATGTTATATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGTAAGGCAACACATTTGAAGATGACAGTGCCATGTTATATATG  550

seq1  TCAAAACATTGCGCACCTCTGTTTCAAGGACAAGGATATACCTCTTTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACATTGCGCACCTCTGTTTCAAGGACAAGGATATACCTCTTTGTA  600

seq1  CCAGAGCTGACCTTGTCATCTGTCTGCTGCATCTGTAGAAAGGACTTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCTGACCTTGTCATCTGTCTGCTGCATCTGTAGAAAGGACTTGCA  650

seq1  TGGCAGGGGCAGAAGGCCCCACCCTTGCTCATGACCATAGTCGGGTTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGGGCAGAAGGCCCCACCCTTGCTCATGACCATAGTCGGGTTGTT  700

seq1  GCACAGATGACTGTGATGGCTCTGGACAGGCTGTCTATGGGCATCGAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGATGACTGTGATGGCTCTGGACAGGCTGTCTATGGGCATCGAGCA  750

seq1  GTTGGCACGTCGGTCCCCTCATCCTTCTGATCCGACAATGAAATAGTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCACGTCGGTCCCCTCATCCTTCTGATCCGACAATGAAATAGTGCA  800

seq1  CATGGGGAGGGGAGACTGAAAGAGAAGATGCAGTTGTACTTCGTTCCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATGGGGAGGGGAGACTGAAAGAGAAGATGCAGTTGTACTTCGTTTCACT  850

seq1  GCTGAATCATCGAGTTTCACTCCAGACCAAACATGGATGTTTTCACAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATCATCGAGTTTCACTCCAGACCAAACATGGATGTTTTCACAGGT  900

seq1  GAAAAATGTGAATAATGTCTGGGCACTCCCAGCAGAAG-AGGGAGGAAAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAAAATGTGAATAATGTCTGGGCACTCCCAGCAGAAGAAGGGAGGAAAG  950

seq1  CATTGATATACGAGCCTTGAAGAAACAGGGTATGGGCACAGTTTATCAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATATACGAGCCTTGAAGAAACAGGGTATGGGCACAGTTTATCAGG  1000

seq1  GAAAAGTCATC-AAAATAAATCCTAGAGAAAAACTAGTAACCTTGCTCC-  1047
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| 
seq2  GAAAAGTCATCAAAAATAAATCCTAGAGAAAAACTAGTA--CTTGCTCCG  1048

seq1  AAACAAGGGAGCGGAAATACTGACCTTTCAGAG-CTCAAGGAGAGGTACT  1096
      ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||| 
seq2  AAACAA-TGAGCGGAAATACTGACC-TTCAGAGCCTCAA-GAGA-GTACC  1094

seq1  TGAAGAGTT-GCTTAAACTCCCATTTTCTATATA  1129
      || |||||| ||||||||| | |||||| |||||
seq2  TG-AGAGTTGGCTTAAACT-CAATTTTC-ATATA  1125