BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287E23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,996,025 - 45,122,194
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneArhgap15, Gtdc1, Zeb2
Downstream geneLOC100042661, LOC100041337, LOC666604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287E23.bB6Ng01-287E23.g
ACCGA085271GA085272
length1,1251,114
definitionB6Ng01-287E23.b B6Ng01-287E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,996,025 - 44,997,146)(45,121,076 - 45,122,194)
sequence
gaattcttttgtgattgtgttactacctgctcttcttacagcaagatttc
ctatgcttgctgtctttacagatgtgatgcttaggtagctgagattttgc
agggtgaccttaggttgtaaagagtctgtgctgacatcctcataagaaca
gtcatacttgtcaagctatgtgccatgaacatgaattttggtttggagaa
tgccaatgccatttgtacatcagaacctgttttgtttgtttgtctgtttg
tttgttttttcccttagcccaacgccctgttttgtttgtacctctaccgc
tttggtcctagcctacttcccattgctatccaggtttgtttctgtcacag
tccactggctcatgctgtttaggcctagtgtctaggggacaatgagagca
gtaaactaatctgtgctaatgggcaagcatgagaaaatcagggtcaaggg
aagctgcacagcacatcctgtgctcggatcctcctaggtagcgtaagtgg
cactttggaactattgtattgacttcatttttctctaagataccgagtcc
tcctgtggttggttgtgtgaagtggttttctcaaaggcatccaggactca
gcggattaccacaaaggtagattccgatgctgtcttgaaccagctttgca
ctgatattacaaatacacttagatgcctctaacagtggaatggaggaatg
gaggtcagggtgtcttccttcctctctgccttcgaggttctctctgggtg
tgcatatacaactcaagtgctctctctacaagttagcaaagcacaatggt
tgtgtcaaggttgtgacttcactaggacaagccagtgtctcttcactgtc
aattcccagagcaccacctgacttttcaaaactttgttctagccgaagag
accaagtttaacgttttatagaagagctgtggcattgtttgaattatttt
gcggatttcagttcacagtagatcctttttcttttagcctaatcttgtta
ttcctattttatttttatttgattctttatacataaaccatgaagatttc
ctttgactgttcaagcagcagcttgcctttaaaggctctctgcatactgc
ctatttatttgattggcaatttgtt

gaattctgcttcacacagggtggtagcgatctgaacacagatcctctggt
ttgtggagcaagcattttactaactaatccttctctccagcccctcagct
tacctgtcaatctctttacaaaattataaaaataattgataacatttatt
aagccctatatacagaccaatcttcgtgtgatggatttcaaatctgtagt
tttgtgtggtgctcacaaaagccatctacgtacactgatttattcaaaga
tctaatagtttccgtactaaggatgttctgagaccttagaagttaacaga
caaaaagctctgtccccatagacctcacattgttctcagagtggagaagg
gagacaacaataaaaaatgactgtatgtagtattggtgatatcctcactg
taagaataagaacttgtttaaataacaaaacaatttcccaaggaatatat
tggccacaagcagcatatgggaggaggatttaaaaaccaggattttaacc
ttcaaagcctggtttatttttgacaatgattccgtgattgaaaggaggaa
ttagactggcataggtgactgatcagaactagttacatggtgactgtgtc
agtctccagacctctgtaccactgccaaacaacgtgtggtttcccactgc
ccctcctcctgtgattataacctttgcctagcagcaagaaatcatggctg
agctcatttctaccattccaggccacacaggctagggaagattgcaagct
tgtttctgcatttaggaggacatgcacctacttctgcccaaggtgctgca
accatgagtgagcatgtcctttgtggaagcaaatgcattctcccttttat
gtgaagcctggacacagttaggaggcgaggtgttcttcagtatgatgggc
cgaatgctgacaagggccacccccctgctgagctggacagacaggagaca
cagggaaacaaaccttgttctttgccagaagacacaatagaaagctttcc
cttcaaaatgactttttcttgttgttaggtcttagattttctatctttct
gactgcatcaatgtggtggtaagataattaaatacaatatggaaggcaac
cttaggaggtaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44996025_44997146
seq2: B6Ng01-287E23.b_48_1172

seq1  GAATTCTTTTGTGATTGTGTTACTACCTGCTCTTCTTACAGCAAGATTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTGATTGTGTTACTACCTGCTCTTCTTACAGCAAGATTTC  50

seq1  CTATGCTTGCTGTCTTTACAGATGTGATGCTTAGGTAGCTGAGATTTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTGCTGTCTTTACAGATGTGATGCTTAGGTAGCTGAGATTTTGC  100

seq1  AGGGTGACCTTAGGTTGTAAAGAGTCTGTGCTGACATCCTCATAAGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGACCTTAGGTTGTAAAGAGTCTGTGCTGACATCCTCATAAGAACA  150

seq1  GTCATACTTGTCAAGCTATGTGCCATGAACATGAATTTTGGTTTGGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATACTTGTCAAGCTATGTGCCATGAACATGAATTTTGGTTTGGAGAA  200

seq1  TGCCAATGCCATTTGTACATCAGAACCTGTTTTGTTTGTTTGTCTGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATGCCATTTGTACATCAGAACCTGTTTTGTTTGTTTGTCTGTTTG  250

seq1  TTTGTTTTTTCCCTTAGCCCAACGCCCTGTTTTGTTTGTACCTCTACCGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTCCCTTAGCCCAACGCCCTGTTTTGTTTGTACCTCTACCGC  300

seq1  TTTGGTCCTAGCCTACTTCCCATTGCTATCCAGGTTTGTTTCTGTCACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCCTAGCCTACTTCCCATTGCTATCCAGGTTTGTTTCTGTCACAG  350

seq1  TCCACTGGCTCATGCTGTTTAGGCCTAGTGTCTAGGGGACAATGAGAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGGCTCATGCTGTTTAGGCCTAGTGTCTAGGGGACAATGAGAGCA  400

seq1  GTAAACTAATCTGTGCTAATGGGCAAGCATGAGAAAATCAGGGTCAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACTAATCTGTGCTAATGGGCAAGCATGAGAAAATCAGGGTCAAGGG  450

seq1  AAGCTGCACAGCACATCCTGTGCTCGGATCCTCCTAGGTAGCGTAAGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCACAGCACATCCTGTGCTCGGATCCTCCTAGGTAGCGTAAGTGG  500

seq1  CACTTTGGAACTATTGTATTGACTTCATTTTTCTCTAAGATACCGAGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGGAACTATTGTATTGACTTCATTTTTCTCTAAGATACCGAGTCC  550

seq1  TCCTGTGGTTGGTTGTGTGAAGTGGTTTTCTCAAAGGCATCCAGGACTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGGTTGGTTGTGTGAAGTGGTTTTCTCAAAGGCATCCAGGACTCA  600

seq1  GCGGATTACCACAAAGGTAGATTCCGATGCTGTCTTGAACCAGCTTTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATTACCACAAAGGTAGATTCCGATGCTGTCTTGAACCAGCTTTGCA  650

seq1  CTGATATTACAAATACACTTAGATGCCTCTAACAGTGGAATGGAGGAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATTACAAATACACTTAGATGCCTCTAACAGTGGAATGGAGGAATG  700

seq1  GAGGTCAGGGTGTCTTCCTTCCTCTCTGCCTTCGAGGTTCTCTCTGGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGGGTGTCTTCCTTCCTCTCTGCCTTCGAGGTTCTCTCTGGGTG  750

seq1  TGCATATACAACTCAAGTGCTCTCTCTACAAGTTAGCAAAGCACAATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATACAACTCAAGTGCTCTCTCTACAAGTTAGCAAAGCACAATGGT  800

seq1  TGTGTCAAGGTTGTGACTTCACTAGGACAAGCCAGTGTCTCTTCACTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCAAGGTTGTGACTTCACTAGGACAAGCCAGTGTCTCTTCACTGTC  850

seq1  AATTCCCAGAGCACCACCTGACTTTTCAAAACTTTGTTCTAGCCGAAGAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATTCCCAGAGCACCACCTGACTTTTCAAAACTTTGTTCTAGCCGAAG-A  899

seq1  GACCAAGTTTAACG-TTTATAGAAAGAGCTGTGGCATTGTTTGAAATATT  949
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GACCAAGTTTAACGTTTTATAG-AAGAGCTGTGGCATTGTTTGAATTATT  948

seq1  TTGCGGATTTCAAGTTCACAGTAGATCATTTTTCTTTTAGCCTAATCTTG  999
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGGATTTC-AGTTCACAGTAGATCCTTTTTCTTTTAGCCTAATCTTG  997

seq1  TTATTCCTATTT--ATTTTATATGA-TCTTATTACATAAA-CATGAAGAT  1045
      ||||||||||||   |||||| ||| ||||  |||||||| |||||||||
seq2  TTATTCCTATTTTATTTTTATTTGATTCTTTATACATAAACCATGAAGAT  1047

seq1  TTCCTTTGACTGTCCAAGCAAGCAGCTTGCTTTAAAAG--TCTCTGCATA  1093
      ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||  ||||||||| 
seq2  TTCCTTTGACTGTTCAAGC-AGCAGCTTGCCTTTAAAGGCTCTCTGCAT-  1095

seq1  ACTG-CTATTTATTTGTATTGCATTTTGTT  1122
      |||| |||||||||||  | ||| ||||||
seq2  ACTGCCTATTTATTTGATTGGCAATTTGTT  1125


seq1: chr2_45121076_45122194
seq2: B6Ng01-287E23.g_67_1180 (reverse)

seq1  TGTTACCTCCTAAGTTTTGCTTTTCATATTTGTATTTAATTTATCTTTAC  50
      ||||||||||||||  |||| || |||| |||||||||| ||||| ||||
seq2  TGTTACCTCCTAAG-GTTGCCTTCCATA-TTGTATTTAA-TTATC-TTAC  46

seq1  CACCCCATGATTGCAATTCAGGAAAGAATAGAAAAATTCTAAGACCTAAC  100
      |||| |||   ||| | ||| ||||| ||||||||  |||||||||||||
seq2  CACCACATTGATGC-AGTCA-GAAAG-ATAGAAAA--TCTAAGACCTAAC  91

seq1  -ACA--GAAAAGTCATTTTTGAAGGGAAAGCTTTCTA-TGTGTC-TCTGG  145
       |||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  AACAAGAAAAAGTCA-TTTTGAAGGGAAAGCTTTCTATTGTGTCTTCTGG  140

seq1  CAAAGAACAAGGTTTGTTTCCCTGTGTCTCCTGTCTGTCCAGCTCAGCAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACAAGGTTTGTTTCCCTGTGTCTCCTGTCTGTCCAGCTCAGCAG  190

seq1  GGGGTGGCCCCTTGTCAGCATTCGGCCCATCATACTGAAGAACACCTCGC  245
      ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGCCCTTGTCAGCATTCGGCCCATCATACTGAAGAACACCTCGC  240

seq1  CTCCTAACTGTGTCCAGGCTTCACATAAAAGGGAGAATGCATTTGCTTCC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAACTGTGTCCAGGCTTCACATAAAAGGGAGAATGCATTTGCTTCC  290

seq1  ACAAAGGACATGCTCACTCATGGTTGCAGCACCTTGGGCAGAAGTAGGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGACATGCTCACTCATGGTTGCAGCACCTTGGGCAGAAGTAGGTG  340

seq1  CATGTCCTCCTAAATGCAGAAACAAGCTTGCAATCTTCCCTAGCCTGTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTCCTAAATGCAGAAACAAGCTTGCAATCTTCCCTAGCCTGTGT  390

seq1  GGCCTGGAATGGTAGAAATGAGCTCAGCCATGATTTCTTGCTGCTAGGCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGAATGGTAGAAATGAGCTCAGCCATGATTTCTTGCTGCTAGGCA  440

seq1  AAGGTTATAATCACAGGAGGAGGGGCAGTGGGAAACCACACGTTGTTTGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTATAATCACAGGAGGAGGGGCAGTGGGAAACCACACGTTGTTTGG  490

seq1  CAGTGGTACAGAGGTCTGGAGACTGACACAGTCACCATGTAACTAGTTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTACAGAGGTCTGGAGACTGACACAGTCACCATGTAACTAGTTCT  540

seq1  GATCAGTCACCTATGCCAGTCTAATTCCTCCTTTCAATCACGGAATCATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTCACCTATGCCAGTCTAATTCCTCCTTTCAATCACGGAATCATT  590

seq1  GTCAAAAATAAACCAGGCTTTGAAGGTTAAAATCCTGGTTTTTAAATCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAATAAACCAGGCTTTGAAGGTTAAAATCCTGGTTTTTAAATCCT  640

seq1  CCTCCCATATGCTGCTTGTGGCCAATATATTCCTTGGGAAATTGTTTTGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCATATGCTGCTTGTGGCCAATATATTCCTTGGGAAATTGTTTTGT  690

seq1  TATTTAAACAAGTTCTTATTCTTACAGTGAGGATATCACCAATACTACAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAACAAGTTCTTATTCTTACAGTGAGGATATCACCAATACTACAT  740

seq1  ACAGTCATTTTTTATTGTTGTCTCCCTTCTCCACTCTGAGAACAATGTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCATTTTTTATTGTTGTCTCCCTTCTCCACTCTGAGAACAATGTGA  790

seq1  GGTCTATGGGGACAGAGCTTTTTGTCTGTTAACTTCTAAGGTCTCAGAAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTATGGGGACAGAGCTTTTTGTCTGTTAACTTCTAAGGTCTCAGAAC  840

seq1  ATCCTTAGTACGGAAACTATTAGATCTTTGAATAAATCAGTGTACGTAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTAGTACGGAAACTATTAGATCTTTGAATAAATCAGTGTACGTAGA  890

seq1  TGGCTTTTGTGAGCACCACACAAAACTACAGATTTGAAATCCATCACACG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTTGTGAGCACCACACAAAACTACAGATTTGAAATCCATCACACG  940

seq1  AAGATTGGTCTGTATATAGGGCTTAATAAATGTTATCAATTATTTTTATA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGTCTGTATATAGGGCTTAATAAATGTTATCAATTATTTTTATA  990

seq1  ATTTTGTAAAGAGATTGACAGGTAAGCTGAGGGGCTGGAGAGAAGGATTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTAAAGAGATTGACAGGTAAGCTGAGGGGCTGGAGAGAAGGATTA  1040

seq1  GTTAGTAAAATGCTTGCTCCACAAACCAGAGGATCTGTGTTCAGATCGCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTAAAATGCTTGCTCCACAAACCAGAGGATCTGTGTTCAGATCGCT  1090

seq1  ACCACCCTGTGTGAAGCAGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCTGTGTGAAGCAGAATTC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |