BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296B20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 19,901,478 - 20,012,805
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433406, LOC654360
Upstream genePip5k2a, 4930426L09Rik, LOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564, LOC100041302
Downstream geneLOC667609, Etl4, Arhgap21, LOC433408, LOC675912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296B20.bB6Ng01-296B20.g
ACCGA091806GA091807
length1,203978
definitionB6Ng01-296B20.b B6Ng01-296B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,011,607 - 20,012,805)(19,901,478 - 19,902,456)
sequence
gaattcctgtaagtgcccaaaagcttttttatatacacccacagacaagg
tacttaaatgttccctgcagcctggtttcagagcaattgtctaaacccac
tccccatttctctctatccctggcagttcttttggaaatccatactcact
tttcatcatgactactaatagtaattaggaatacacttcaatttgggaca
atattgtgtctacctaatacagccttagtagtttttctagccccagagta
cgtttgtagtgctattacaaaaaatacaatggaatgcagagcttataaat
aacagaaacttggcagctagggagttggctcagcatttaggagcaatggc
tgctcttctgaaggacccaggttcagttccctcactcacatgacagttag
taatcatgggtaactctagttctaaggaaatcatcaccttcttctgacct
ctgtgcgcaccaggcacaaatgtggtacacatacacacaatcagataaac
actcgtatataaaattaaaataaatacatctttaaaacaaaacagaaacg
aattcttacagctctgggtggtggggatgtctaagattaagttggtcagc
agatattcttgttgcatggacagtacattgttgctctgccctttcatagt
gaatgggataatgtgcttcttcagtgccctcacctttatttttggcagat
ccaagcctttgctcaatttaggaaagccttctgccattggtctgcatccc
aaggccctcagattttctagagtcagtaatttcattcatgagcagtccat
tctcatgaactcatcccctaaggccccatcttctgattctaacatttgaa
tgttaggattttagcacagtcatgacgagacacagacacaaagaccataa
tattcagaatttgcaaggtgcaaatgtaagcttataattgtttgagtcct
taaatattattttaaaaattaaacttttatactccaagaatgtttttcag
aatgattgttttttgttttaaatttgtggctgtaaatattttttcatctt
tggtgtaatattttctaaagctgctagctgcaatgagcatttgtttatgt
tgtctttaatgaacatgtaaagagaaagcagttgtattgctggaattcag
agccatggaattaacgcaataatgttgctctaatcaatctaacactatgt
gtg
gaattctttgacacttatctcaacctttacctcctctgctcaacaatagc
ttgcagactgtacctggcttgaaatacactcattgaatcagtgaatacat
aaatcagggcttgacagagggtgtgactgattaactcagttacaaatata
ggcatgtttctttagctgcatcttatcggaatgtggctgcttattttatt
ttgtgttatcattgatgaggtcaaatgctttcttagcctgaagaaatgca
aagttcatcagcagatatgtgcctggccctttctcctcaagctatgctgg
ccatgcactgttctccacaatactgggcatgtgatcctatgcactagaac
atatgtatggtttgggaagtttattcagtcacacaaaatgataatgcaga
acaatgtgaattatacatgctgaagaatttggaaatgtatgctgaaaact
catcctctaaggtttgaattccccaatcatgaggcatgaaaccaatacag
tagctcttgtgcatttaacttgaaagaagtgattacatccatggccccat
gagcttccacttggaatggaaaatacttgaattttatcctgttttattat
gagtgaagggcttaaattgtgatggcagcaagtgattttgaaagtcaaaa
aaatgtcttcgggttcagcagatcttattacagaaacctgtgaagatata
aatttatcctgctggtgtttataactatattgagtcatccccagaggttt
cttgttaggttgcttgacttaaagatatctctgactaattatgagtaatg
gaacctcgaaaagagaatgttcaggattgaattttcagaatactgagatg
gggagacacaatcagacatttttttttttaccatctgttggtttaaatat
tttggagaaagttattcttatagtccttgtatcttacagtttattttgtt
ttgcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20011607_20012805
seq2: B6Ng01-296B20.b_46_1248 (reverse)

seq1  CACACATAGT-TTAGA-TGA-TAGAGC-ACATTATTGCGTTAATTTCATT  46
      |||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| 
seq2  CACACATAGTGTTAGATTGATTAGAGCAACATTATTGCGTTAATTCCATG  50

seq1  GCTCTGAATT-CAGC-ATACACACTGC--TCTCTTTACATTGTCATTAAA  92
      |||||||||| |||| ||||| |||||  |||||||||||  ||||||||
seq2  GCTCTGAATTCCAGCAATACA-ACTGCTTTCTCTTTACATGTTCATTAAA  99

seq1  GACAACATAAACAAATGCTTCAATGCAGCTAGCAGCTTTAG-AAATATTA  141
      |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GACAACATAAACAAATGC-TCATTGCAGCTAGCAGCTTTAGAAAATATTA  148

seq1  CACCAAAGATGAAAAATAATTTACAGCCACAAATTTAAAAACAAAAAACA  191
      ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACCAAAGATGAAAAAATATTTACAGCCACAAATTT-AAAACAAAAAACA  197

seq1  ATCATTCTGAAAAACATTTCTTGGAGTATAAAAGTTTAATTTTTAAAATA  241
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCTGAAAAACA-TTCTTGGAGTATAAAAGTTTAATTTTTAAAATA  246

seq1  ATATTTTAAGGACTCAAACAATTATAAGCTTACATTTGCACCTTGCAAAT  291
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATA-TTTAAGGACTCAAACAATTATAAGCTTACATTTGCACCTTGCAAAT  295

seq1  TCTGAATATTATGGTCTTTGTGTCTGTGTCTCGTCATGACTGTGCTAAAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATATTATGGTCTTTGTGTCTGTGTCTCGTCATGACTGTGCTAAAA  345

seq1  TCCTAACATTCAAATGTTAGAATCAGAAGATGGGGCCTTAGGGGATGAGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACATTCAAATGTTAGAATCAGAAGATGGGGCCTTAGGGGATGAGT  395

seq1  TCATGAGAATGGACTGCTCATGAATGAAATTACTGACTCTAGAAAATCTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGAATGGACTGCTCATGAATGAAATTACTGACTCTAGAAAATCTG  445

seq1  AGGGCCTTGGGATGCAGACCAATGGCAGAAGGCTTTCCTAAATTGAGCAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTTGGGATGCAGACCAATGGCAGAAGGCTTTCCTAAATTGAGCAA  495

seq1  AGGCTTGGATCTGCCAAAAATAAAGGTGAGGGCACTGAAGAAGCACATTA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGGATCTGCCAAAAATAAAGGTGAGGGCACTGAAGAAGCACATTA  545

seq1  TCCCATTCACTATGAAAGGGCAGAGCAACAATGTACTGTCCATGCAACAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTCACTATGAAAGGGCAGAGCAACAATGTACTGTCCATGCAACAA  595

seq1  GAATATCTGCTGACCAACTTAATCTTAGACATCCCCACCACCCAGAGCTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCTGCTGACCAACTTAATCTTAGACATCCCCACCACCCAGAGCTG  645

seq1  TAAGAATTCGTTTCTGTTTTGTTTTAAAGATGTATTTATTTTAATTTTAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATTCGTTTCTGTTTTGTTTTAAAGATGTATTTATTTTAATTTTAT  695

seq1  ATACGAGTGTTTATCTGATTGTGTGTATGTGTACCACATTTGTGCCTGGT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGAGTGTTTATCTGATTGTGTGTATGTGTACCACATTTGTGCCTGGT  745

seq1  GCGCACAGAGGTCAGAAGAAGGTGATGATTTCCTTAGAACTAGAGTTACC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCACAGAGGTCAGAAGAAGGTGATGATTTCCTTAGAACTAGAGTTACC  795

seq1  CATGATTACTAACTGTCATGTGAGTGAGGGAACTGAACCTGGGTCCTTCA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTACTAACTGTCATGTGAGTGAGGGAACTGAACCTGGGTCCTTCA  845

seq1  GAAGAGCAGCCATTGCTCCTAAATGCTGAGCCAACTCCCTAGCTGCCAAG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAGCCATTGCTCCTAAATGCTGAGCCAACTCCCTAGCTGCCAAG  895

seq1  TTTCTGTTATTTATAAGCTCTGCATTCCATTGTATTTTTTGTAATAGCAC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTATTTATAAGCTCTGCATTCCATTGTATTTTTTGTAATAGCAC  945

seq1  TACAAACGTACTCTGGGGCTAGAAAAACTACTAAGGCTGTATTAGGTAGA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACGTACTCTGGGGCTAGAAAAACTACTAAGGCTGTATTAGGTAGA  995

seq1  CACAATATTGTCCCAAATTGAAGTGTATTCCTAATTACTATTAGTAGTCA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATATTGTCCCAAATTGAAGTGTATTCCTAATTACTATTAGTAGTCA  1045

seq1  TGATGAAAAGTGAGTATGGATTTCCAAAAGAACTGCCAGGGATAGAGAGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAAAGTGAGTATGGATTTCCAAAAGAACTGCCAGGGATAGAGAGA  1095

seq1  AATGGGGAGTGGGTTTAGACAATTGCTCTGAAACCAGGCTGCAGGGAACA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGGAGTGGGTTTAGACAATTGCTCTGAAACCAGGCTGCAGGGAACA  1145

seq1  TTTAAGTACCTTGTCTGTGGGTGTATATAAAAAAGCTTTTGGGCACTTAC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTACCTTGTCTGTGGGTGTATATAAAAAAGCTTTTGGGCACTTAC  1195

seq1  AGGAATTC  1199
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  1203

seq1: chr2_19901478_19902456
seq2: B6Ng01-296B20.g_65_1042

seq1  GAATTCTTTGACACTTATCTCAACCTTTACCTCCTCTGCTCAACAATAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGACACTTATCTCAACCTTTACCTCCTCTGCTCAACAATAGC  50

seq1  TTGCAGACTGTACCTGGCTTGAAATACACTCATTGAATCAGTGAATACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGACTGTACCTGGCTTGAAATACACTCATTGAATCAGTGAATACAT  100

seq1  AAATCAGGGCTTGACAGAGGGTGTGACTGATTAACTCAGTTACAAATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGGGCTTGACAGAGGGTGTGACTGATTAACTCAGTTACAAATATA  150

seq1  GGCATGTTTCTTTAGCTGCATCTTATCGGAATGTGGCTGCTTATTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTTCTTTAGCTGCATCTTATCGGAATGTGGCTGCTTATTTTATT  200

seq1  TTGTGTTATCATTGATGAGGTCAAATGCTTTCTTAGCCTGAAGAAATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTATCATTGATGAGGTCAAATGCTTTCTTAGCCTGAAGAAATGCA  250

seq1  AAGTTCATCAGCAGATATGTGCCTGGCCCTTTCTCCTCAAGCTATGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCATCAGCAGATATGTGCCTGGCCCTTTCTCCTCAAGCTATGCTGG  300

seq1  CCATGCACTGTTCTCCACAATACTGGGCATGTGATCCTATGCACTAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCACTGTTCTCCACAATACTGGGCATGTGATCCTATGCACTAGAAC  350

seq1  ATATGTATGGTTTGGGAAGTTTATTCAGTCACACAAAATGATAATGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGGTTTGGGAAGTTTATTCAGTCACACAAAATGATAATGCAGA  400

seq1  ACAATGTGAATTATACATGCTGAAGAATTTGGAAATGTATGCTGAAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTGAATTATACATGCTGAAGAATTTGGAAATGTATGCTGAAAACT  450

seq1  CATCCTCTAAGGTTTGAATTCCCCAATCATGAGGCATGAAACCAATACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTAAGGTTTGAATTCCCCAATCATGAGGCATGAAACCAATACAG  500

seq1  TAGCTCTTGTGCATTTAACTTGAAAGAAGTGATTACATCCATGGCCCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTTGTGCATTTAACTTGAAAGAAGTGATTACATCCATGGCCCCAT  550

seq1  GAGCTTCCACTTGGAATGGAAAATACTTGAATTTTATCCTGTTTTATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCCACTTGGAATGGAAAATACTTGAATTTTATCCTGTTTTATTAT  600

seq1  GAGTGAAGGGCTTAAATTGTGATGGCAGCAAGTGATTTTGAAAGTCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAGGGCTTAAATTGTGATGGCAGCAAGTGATTTTGAAAGTCAAAA  650

seq1  AAATGTCTTCGGGTTCAGCAGATCTTATTACAGAAACCTGTGAAGATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTTCGGGTTCAGCAGATCTTATTACAGAAACCTGTGAAGATATA  700

seq1  AATTTATCCTGCTGGTGTTTATAACTATATTGAGTCATCCCCAGAGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATCCTGCTGGTGTTTATAACTATATTGAGTCATCCCCAGAGGTTT  750

seq1  CTTGTTAGGTTGCTTGACTTAAAGATATCTCTGACTAATTATGAGTAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAGGTTGCTTGACTTAAAGATATCTCTGACTAATTATGAGTAATG  800

seq1  GAACCTCGAAAAGAGAATGTTCAGGATTGAATTTTCAGAATACTGAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTCGAAAAGAGAATGTTCAGGATTGAATTTTCAGAATACTGAGATG  850

seq1  GGGAGACACAATCAGACATTTTTTTTTTTACCATCTGTTGGTTTAAAATA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGAGACACAATCAGACATTTTTTTTTTTACCATCTGTTGGTTT-AAATA  899

seq1  TTTTGGAGAAAGTTATTCTTATAGTCCTTGTATCTTACAGTTTATTTTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGAAAGTTATTCTTATAGTCCTTGTATCTTACAGTTTATTTTGT  949

seq1  TTTGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  979
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  978