BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299F01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 3,896,033 - 4,026,277
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040163, LOC666944
Upstream gene9630050M13Rik, Nmt2, Rpp38, Acbd7, Olah, Meig1, Dclre1c, Suv39h2, Hspa14, Armetl1, LOC100040219, LOC666495, 3110001A13Rik, LOC100040257
Downstream gene1700080N15Rik, Frmd4a, EG634452, Prpf18, LOC623483, E130319B15Rik, LOC666973, Sephs1, Phyh, LOC381346, LOC100040250, LOC100040426, 1110017I16Rik, Mcm10, Optn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299F01.bB6Ng01-299F01.g
ACCGA094187GA094188
length7811,102
definitionB6Ng01-299F01.b B6Ng01-299F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,025,497 - 4,026,277)(3,896,033 - 3,897,140)
sequence
gaattcagaggtccatgccttggcagactatcttctgtccttgggaatat
gtactcattttgccatatggcaggcaaaggaagtcattagaattgagctg
ccatgagtttcaaatacatgaaataaatacacaccataatccctattcca
aatgtttgccacgagttttctaagattccagtctttgaggggactagaga
gatagcccagtgggaaaagtgtttttcatgcaatcatgagaatctgagtt
caattccaaaaatccacaggcacatacaggtaatcccagaacgtgggagg
cagacaggtgactctcagggttgctgaccaacaagcctagcctagctgac
aaactccaggtcagtgtgggactatgtctcaaaaaatccaaggtgaatgg
cattccaggaacaatgtccaaagtgcatggcctccacatgcacacacata
catgtgcactcgcacatgtgcacttacataaatgtgcacatacatacaca
taaaaatccaacctttgatatttaatgatacaagaacattagggacatgg
atgagtggtagagcatttgcctagcatgcacaaacccttgggttgaattt
ccatcacgttacaaacaaacaaacgaacaaaaagcctccttaagggctag
caatgtagtacattagaagaatatatgttcactatgcataagacattagt
ctccctcttaccattgaaataaactgatatataaacaaaataaataaata
aatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagaga
gaattcaccatttgtgattgcatagctcagccataatcccaaggcccttt
gcctctggcttatttctacctttctgtcttgaaactaacacagggtgatg
agctaatgctggccttgcctttggagtcctgtgtgtacagcccgttgttc
taacgaagtccagtcccatcagctcctgtggaaggtgatagaactctcca
cagtagtcaattcaggaagtcttccttctggtcaacgtttatgtcctcat
tgtggatccagagctatggtgataagacctgcctggagcttttgttcttt
gttttgttttgtttttgtttttgttttttggccagggtgtcttttgtttg
acatctacagatacactgcatactctccttttttttttaatagccatatt
ccttgctttaagtaaacaaagtacattaaagtcaagatttataaagagga
aacactcagccaagtgctttatgaatgtcaattatcaacagtattcatcc
tttctcttattgtgaggaggacccatgctgtgctccatgtcagataaggt
caatgtttgtctcttatctctttgaatttgttgcctcctttgcttagact
tttatatagcaggattactctcttataagagtgaaagacccacagcatga
ggactcccccatgtgctgactcaggagagatgacacccccaaatcactca
cgagaaatggtcttgatgcaaactgcaagaggtttattcagaaaagacca
gtgcactggtgatgactcatatcccatgcaggggtgacaacgagctcaag
gggtaaggggtttataaagacacaaaaaccgcaaacacctggcattgggc
tatagaaagggaaaacggcaaacacctgacatcctggaacatggggctat
ttggacacaggtctaggggctttaaataattttttatgctctgtcagaat
cttttattcacacttcttctagttactagttcttatattagactacattt
caatctcttcttcaggttctgcagagactgtcacttgttgtctcagcacc
accagctgactgcactaatcttttctctttacaagtccattatctattaa
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_4025497_4026277
seq2: B6Ng01-299F01.b_45_825 (reverse)

seq1  TCTCTCTCACACACACACACACACACATATTTATTTATTTATTTTGTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCACACACACACACACACACATATTTATTTATTTATTTTGTTTA  50

seq1  TATATCAGTTTATTTCAATGGTAAGAGGGAGACTAATGTCTTATGCATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAGTTTATTTCAATGGTAAGAGGGAGACTAATGTCTTATGCATAG  100

seq1  TGAACATATATTCTTCTAATGTACTACATTGCTAGCCCTTAAGGAGGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATATATTCTTCTAATGTACTACATTGCTAGCCCTTAAGGAGGCTT  150

seq1  TTTGTTCGTTTGTTTGTTTGTAACGTGATGGAAATTCAACCCAAGGGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCGTTTGTTTGTTTGTAACGTGATGGAAATTCAACCCAAGGGTTT  200

seq1  GTGCATGCTAGGCAAATGCTCTACCACTCATCCATGTCCCTAATGTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCTAGGCAAATGCTCTACCACTCATCCATGTCCCTAATGTTCTT  250

seq1  GTATCATTAAATATCAAAGGTTGGATTTTTATGTGTATGTATGTGCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATTAAATATCAAAGGTTGGATTTTTATGTGTATGTATGTGCACAT  300

seq1  TTATGTAAGTGCACATGTGCGAGTGCACATGTATGTGTGTGCATGTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAGTGCACATGTGCGAGTGCACATGTATGTGTGTGCATGTGGAG  350

seq1  GCCATGCACTTTGGACATTGTTCCTGGAATGCCATTCACCTTGGATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGCACTTTGGACATTGTTCCTGGAATGCCATTCACCTTGGATTTTT  400

seq1  TGAGACATAGTCCCACACTGACCTGGAGTTTGTCAGCTAGGCTAGGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACATAGTCCCACACTGACCTGGAGTTTGTCAGCTAGGCTAGGCTTG  450

seq1  TTGGTCAGCAACCCTGAGAGTCACCTGTCTGCCTCCCACGTTCTGGGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCAGCAACCCTGAGAGTCACCTGTCTGCCTCCCACGTTCTGGGATT  500

seq1  ACCTGTATGTGCCTGTGGATTTTTGGAATTGAACTCAGATTCTCATGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTATGTGCCTGTGGATTTTTGGAATTGAACTCAGATTCTCATGATT  550

seq1  GCATGAAAAACACTTTTCCCACTGGGCTATCTCTCTAGTCCCCTCAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAAAACACTTTTCCCACTGGGCTATCTCTCTAGTCCCCTCAAAGA  600

seq1  CTGGAATCTTAGAAAACTCGTGGCAAACATTTGGAATAGGGATTATGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATCTTAGAAAACTCGTGGCAAACATTTGGAATAGGGATTATGGTG  650

seq1  TGTATTTATTTCATGTATTTGAAACTCATGGCAGCTCAATTCTAATGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTATTTCATGTATTTGAAACTCATGGCAGCTCAATTCTAATGACT  700

seq1  TCCTTTGCCTGCCATATGGCAAAATGAGTACATATTCCCAAGGACAGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGCCTGCCATATGGCAAAATGAGTACATATTCCCAAGGACAGAAG  750

seq1  ATAGTCTGCCAAGGCATGGACCTCTGAATTC  781
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTGCCAAGGCATGGACCTCTGAATTC  781

seq1: chr2_3896033_3897140
seq2: B6Ng01-299F01.g_68_1169

seq1  GAATTCACCATTTGTGATTGCATAGCTCAGCCATAATCCCAAGGCCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATTTGTGATTGCATAGCTCAGCCATAATCCCAAGGCCCTTT  50

seq1  GCCTCTGGCTTATTTCTACCTTTCTGTCTTGAAACTAACACAGGGTGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGGCTTATTTCTACCTTTCTGTCTTGAAACTAACACAGGGTGATG  100

seq1  AGCTAATGCTGGCCTTGCCTTTGGAGTCCTGTGTGTACAGCCCGTTGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATGCTGGCCTTGCCTTTGGAGTCCTGTGTGTACAGCCCGTTGTTC  150

seq1  TAACGAAGTCCAGTCCCATCAGCTCCTGTGGAAGGTGATAGAACTCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGAAGTCCAGTCCCATCAGCTCCTGTGGAAGGTGATAGAACTCTCCA  200

seq1  CAGTAGTCAATTCAGGAAGTCTTCCTTCTGGTCAACGTTTATGTCCTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTCAATTCAGGAAGTCTTCCTTCTGGTCAACGTTTATGTCCTCAT  250

seq1  TGTGGATCCAGAGCTATGGTGATAAGACCTGCCTGGAGCTTTTGTTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATCCAGAGCTATGGTGATAAGACCTGCCTGGAGCTTTTGTTCTTT  300

seq1  GTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGGCCAGGGTGTCTTTTGTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGGCCAGGGTGTCTTTTGTTTG  350

seq1  ACATCTACAGATACACTGCATACTCTCCTTTTTTTTTTAATAGCCATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTACAGATACACTGCATACTCTCCTTTTTTTTTTAATAGCCATATT  400

seq1  CCTTGCTTTAAGTAAACAAAGTACATTAAAGTCAAGATTTATAAAGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTTTAAGTAAACAAAGTACATTAAAGTCAAGATTTATAAAGAGGA  450

seq1  AACACTCAGCCAAGTGCTTTATGAATGTCAATTATCAACAGTATTCATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCAGCCAAGTGCTTTATGAATGTCAATTATCAACAGTATTCATCC  500

seq1  TTTCTCTTATTGTGAGGAGGACCCATGCTGTGCTCCATGTCAGATAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTATTGTGAGGAGGACCCATGCTGTGCTCCATGTCAGATAAGGT  550

seq1  CAATGTTTGTCTCTTATCTCTTTGAATTTGTTGCCTCCTTTGCTTAGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTTGTCTCTTATCTCTTTGAATTTGTTGCCTCCTTTGCTTAGACT  600

seq1  TTTATATAGCAGGATTACTCTCTTATAAGAGTGAAAGACCCACAGCATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATAGCAGGATTACTCTCTTATAAGAGTGAAAGACCCACAGCATGA  650

seq1  GGACTCCCCCATGTGCTGACTCAGGAGAGATGACACCCCCAAATCACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCCCCATGTGCTGACTCAGGAGAGATGACACCCCCAAATCACTCA  700

seq1  CGAGAAATGGTCTTGATGCAAACTGCAAGAGGTTTATTCAGAAAAGACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAAATGGTCTTGATGCAAACTGCAAGAGGTTTATTCAGAAAAGACCA  750

seq1  GTGCACTGGTGATGACTCATATCCCATGCAGGGGTGACAACGAGCTCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTGGTGATGACTCATATCCCATGCAGGGGTGACAACGAGCTCAAG  800

seq1  GGGTAAGGGGTTTATAAAGACACAAAAACCGCAAACACCTGGCATTGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGGGGTTTATAAAGACACAAAAACCGCAAACACCTGGCATTGGGC  850

seq1  TATAGAAAGGGAAAAACGGCAAACACCTGACATCCTGGAACAATGGGGCT  900
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATAGAAAGGG-AAAACGGCAAACACCTGACATCCTGGAAC-ATGGGGCT  898

seq1  ATTTTGGACACAGGTCTAGGGGC-TTAAATAATTTTTTATGCTCTGTCAG  949
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTGGACACAGGTCTAGGGGCTTTAAATAATTTTTTATGCTCTGTCAG  947

seq1  AATCTTTTATTCACCACTTCTTCTAGTTACTAGTTCTAATATTAGAACTA  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AATCTTTTATTCA-CACTTCTTCTAGTTACTAGTTCTTATATTAG-ACTA  995

seq1  CATTTCAATCTCTTCTTCAAGGTTCTGCAGAGACTGGCAC-TGTTGTCTC  1048
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  CATTTCAATCTCTTCTTC-AGGTTCTGCAGAGACTGTCACTTGTTGTCTC  1044

seq1  AGCACCAACAGCTGGACTGCACTAATCCTTTCTC-TTACAAAGGTCACTA  1097
      ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||  |||  | 
seq2  AGCACCACCAGCT-GACTGCACTAATCTTTTCTCTTTACAA--GTCCATT  1091

seq1  ACCTATTAAGA  1108
      | |||||||||
seq2  ATCTATTAAGA  1102