BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305H03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 47,209,502 - 47,337,365
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383690
Downstream geneLOC383691, LOC100041457
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305H03.bB6Ng01-305H03.g
ACCGA098733GA098734
length1,1441,144
definitionB6Ng01-305H03.b B6Ng01-305H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,209,502 - 47,210,652)(47,336,196 - 47,337,365)
sequence
gaattcagtctccttaccctccattattagtagtcctcactggggtcatc
ctcatagatccccaagaagtttccactgcactaagttccatacaaactca
cgaacaccatccaattcctgctgtctttcccagcactttctctctctcaa
ttctgcctccttaactttatccctcttgctcctttcactactagctccca
gtctagttgcaaaatcttttatttggagagtggatctgaaagagagggaa
gattggtgggtgtcattgagaggaagagtagagatagagaaaactgtgct
tgggacatattgtataagagaaaaattcaatgagtgaaaaacaataatac
ctttaaaatagtccaatttaaaagctacaagaaacagaaatatgtatagt
ctgtcaaaggaagaacaatatctgcactaaattaaggggccatcactatg
tattaaacagacatggtctgtaaaattctgctatgtcttcaagaggagaa
tctgatgtagataatactccataaagacgctcatctcaggagatactagg
ttctgtccagttgacagagctgaccatggggctaaagcagtgcctcagag
gttaagaacacttgctcctccggcagaggacttggattctgttcctagcc
cttacatggtatctcacaaccatacaaaacttcacttctcttctgacatc
catggaaaacaggtacccacatggtatggatatgagcatttaaaaatact
catattaatatccataaaaataaataaatgctaagctaaatgtcacaatt
cctcaaattgtgaattgatattcttaaataatgcaagcaataacatattt
gagaatttatgagtcaagtgcttatcatagtttcagtacaaaattctcag
ttattcctgttcagactataaagacaattatttttcactatgtgtatatg
tgtacacgtgaggacaaagacatccatggagattcccaaagaggtcttca
gagtgcgagagctggatcataagcagtgaactgacatggatgctgggaac
caaacctgagtatctacaaaatccaatgtgttctaactcctaagcacttc
tatctcaagatacaatacatttctatacaactactcactgtgcc
gaattccaaatgctgggaagaaaaggagtgtgccacaactacctggctat
taaatattttaattaaaatattacattgatttttatcattatcttttgaa
acattaaaatactttatgtctactttacaaagacaatatgtgggttctat
ttgtgagtaactctgtaagtatttaaaaatattatgcattttttgtatct
taacaaaacttcatacatcaattgtaggtaacatatggctaccattgctt
gaattttattggtctggaaatatttaagatatggttgagaattgttctat
gatataataaaatcattcaagtccacataatttattaagttaatagacat
attttttaaaaaatatcattagattagactgatttcacatactcacaaac
ctgcagtgacatttttctagatctcgtgttactgacatctttagtcactt
tgacatgtcatcacttttgactaaccgatgctaattaattactgtgaacg
aaaacacatactgaattttacttttggttgtactgtttgtgattttagga
aatgcataatatttacacgcaacaatacagcacacacacagtaatactcc
actcctatttatcctttgcactacatccaattagttctttgatcccctga
ttattttattgtcttcataggtttgacttttcagaatgtcacacaggcag
ttgcatagtaaattatctacaactggattgtttatttagaaaggtggata
atttctccccataaagtttgtttattaaaacatactgtacatccacagct
tatgcatgcccctccttcatgtggttgatgtatggggccacccacgcatc
tccaaaattttaaaccagaattgttcctgtctaaagggaacacagggacg
aaaagtggaacagagattgaaggaaaggccatccagagactgccccacct
ggggatccatcccacatgcagaccccaacccagatactattgtggatgcc
agagtgcttgctgacagagcccatacagctgtctcagaaagactttgcag
atctgacagtatagatgtggatactcgcagccacattgactgacacagac
ccagtggagagtagagactgaaggactgagactatctggcatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_47209502_47210652
seq2: B6Ng01-305H03.b_46_1189

seq1  GAATTCAGTCTCCTTACCCTCCATTATTAGTAGTCCTCACTGGGGTCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTCCTTACCCTCCATTATTAGTAGTCCTCACTGGGGTCATC  50

seq1  CTCATAGATCCCCAAGAAGTTTCCACTGCACTAAGTTCCATACAAACTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGATCCCCAAGAAGTTTCCACTGCACTAAGTTCCATACAAACTCA  100

seq1  CGAACACCATCCAATTCCTGCTGTCTTTCCCAGCACTTTCTCTCTCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACACCATCCAATTCCTGCTGTCTTTCCCAGCACTTTCTCTCTCTCAA  150

seq1  TTCTGCCTCCTTAACTTTATCCCTCTTGCTCCTTTCACTACTAGCTCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTCCTTAACTTTATCCCTCTTGCTCCTTTCACTACTAGCTCCCA  200

seq1  GTCTAGTTGCAAAATCTTTTATTTGGAGAGTGGATCTGAAAGAGAGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGTTGCAAAATCTTTTATTTGGAGAGTGGATCTGAAAGAGAGGGAA  250

seq1  GATTGGTGGGTGTCATTGAGAGGAAGAGTAGAGATAGAGAAAACTGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGTGGGTGTCATTGAGAGGAAGAGTAGAGATAGAGAAAACTGTGCT  300

seq1  TGGGACATATTGTATAAGAGAAAAATTCAATGAGTGAAAAACAATAATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACATATTGTATAAGAGAAAAATTCAATGAGTGAAAAACAATAATAC  350

seq1  CTTTAAAATAGTCCAATTTAAAAGCTACAAGAAACAGAAATATGTATAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAATAGTCCAATTTAAAAGCTACAAGAAACAGAAATATGTATAGT  400

seq1  CTGTCAAAGGAAGAACAATATCTGCACTAAATTAAGGGGCCATCACTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAAGGAAGAACAATATCTGCACTAAATTAAGGGGCCATCACTATG  450

seq1  TATTAAACAGACATGGTCTGTAAAATTCTGCTATGTCTTCAAGAGGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAACAGACATGGTCTGTAAAATTCTGCTATGTCTTCAAGAGGAGAA  500

seq1  TCTGATGTAGATAATACTCCATAAAGACGCTCATCTCAGGAGATACTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGTAGATAATACTCCATAAAGACGCTCATCTCAGGAGATACTAGG  550

seq1  TTCTGTCCAGTTGACAGAGCTGACCATGGGGCTAAAGCAGTGCCTCAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCCAGTTGACAGAGCTGACCATGGGGCTAAAGCAGTGCCTCAGAG  600

seq1  GTTAAGAACACTTGCTCCTCCGGCAGAGGACTTGGATTCTGTTCCTAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAACACTTGCTCCTCCGGCAGAGGACTTGGATTCTGTTCCTAGCC  650

seq1  CTTACATGGTATCTCACAACCATACAAAACTTCACTTCTCTTCTGACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATGGTATCTCACAACCATACAAAACTTCACTTCTCTTCTGACATC  700

seq1  CATGGAAAACAGGTACCCACATGGTATGGATATGAGCATTTAAAAATACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAAACAGGTACCCACATGGTATGGATATGAGCATTTAAAAATACT  750

seq1  CATATTAATATCCATAAAAATAAATAAATGCTAAGCTAAATGTCACAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTAATATCCATAAAAATAAATAAATGCTAAGCTAAATGTCACAATT  800

seq1  CCTCAAATTGTGAATTGATATTCTTAAATAATGCAAGCAATAACATATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAATTGTGAATTGATATTCTTAAATAATGCAAGCAATAACATATTT  850

seq1  GAGAATTTATGAGTCAAGTGCTTATCATAGTTTCAGTACAAAATTCTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTATGAGTCAAGTGCTTATCATAGTTTCAGTACAAAATTCTCAG  900

seq1  TTATTCCTGTTCAGACTATAAAGACAATTATTTTTCACTATGTGTATATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCTGTTCAGACTATAAAGACAATTATTTTTCACTATGTGTATATG  950

seq1  TGTACACGTGAGGACAAAGACATCCATGGAGATTCCAAAAGAGGTCTTCA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGTACACGTGAGGACAAAGACATCCATGGAGATTCCCAAAGAGGTCTTCA  1000

seq1  GAGTGCGAGGAGCTGGATCATAAGCAGTGAACTGACATGGATGCTGGAAA  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGTGCGA-GAGCTGGATCATAAGCAGTGAACTGACATGGATGCTGGGAA  1049

seq1  CCAAACTGAAGTTATCTACAAAATCCAAATGTGTTCTTAACTCCTAAGCC  1100
      ||||||   || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| 
seq2  CCAAACCTGAG-TATCTACAAAATCC-AATGTGTTC-TAACTCCTAAGC-  1095

seq1  ACCTTCTATCTCAAGACA-AATACATTTTCTATACAACCTACTCACTGTG  1149
        |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  -ACTTCTATCTCAAGATACAATACA-TTTCTATACAA-CTACTCACTGTG  1142

seq1  CC  1151
      ||
seq2  CC  1144

seq1: chr2_47336196_47337365
seq2: B6Ng01-305H03.g_67_1210 (reverse)

seq1  TGATGCCAGATAAGGCCCCTTCAGCTCCTTCAGTC-CTCCTAACTCCTCC  49
      ||||||||||||  | |   |||| |||||||||| || ||     ||||
seq2  TGATGCCAGATA--GTC---TCAG-TCCTTCAGTCTCTACT-----CTCC  39

seq1  ACTGGGGTCCCTGTGTTCAGTCCAATGTTTGGCTGCGAGTATCCACATCT  99
      ||||||    ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGG---TCTGTG-TCAGT-CAATG--TGGCTGCGAGTATCCACATCT  82

seq1  ATACTGGTCAGGATCTGGCAAAGTCTTTCTGGAGACAGCTGTATTGGGCT  149
      ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  ATACT-GTCA-GATCT-GCAAAGTCTTTCT-GAGACAGCTGTA-TGGGCT  127

seq1  CCTGTCAGCAAGCACTTCTTGGCATCCACAATAGTATCTGGGTTTGGGGT  199
       |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -CTGTCAGCAAGCACT--CTGGCATCCACAATAGTATCTGGG-TTGGGGT  173

seq1  CTGCATGTGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGCCTTTCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGTGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGCCTTTCC  223

seq1  TTCAATCTCTGTTCCACTTTTCGTCCCTGTGTTTCCTTTAGACAGGAACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCAATCTCTGTTCCACTTTTCGTCCCTGTGTTCCCTTTAGACAGGAACA  273

seq1  ATTCTGGTTTAAAATTTTGGAGATGCGTGGGTGGCCCCATACATCAACCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGTTTAAAATTTTGGAGATGCGTGGGTGGCCCCATACATCAACCA  323

seq1  CATGAAGGAGGGGCATGCCTAAGCTGTGGATGTACAGTATGTTTTAATAA  399
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGGAGGGGCATGCATAAGCTGTGGATGTACAGTATGTTTTAATAA  373

seq1  ACAAACTTTATGGGGAGAAATTATCCACCTTTCTAAATAAACAATCCAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTTTATGGGGAGAAATTATCCACCTTTCTAAATAAACAATCCAGT  423

seq1  TGTAGATAATTTACTATGCAACTGCCTGTGTGACATTCTGAAAAGTCAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATAATTTACTATGCAACTGCCTGTGTGACATTCTGAAAAGTCAAA  473

seq1  CCTATGAAGACAATAAAATAATCAGGGGATCAAAGAACTAATTGGATGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAAGACAATAAAATAATCAGGGGATCAAAGAACTAATTGGATGTA  523

seq1  GTGCAAAGGATAAATAGGAGTGGAGTATTACTGTGTGTGTGCTGTATTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAAGGATAAATAGGAGTGGAGTATTACTGTGTGTGTGCTGTATTGT  573

seq1  TGCGTGTAAATATTATGCATTTCCTAAAATCACAAACAGTACAACCAAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGTAAATATTATGCATTTCCTAAAATCACAAACAGTACAACCAAAA  623

seq1  GTAAAATTCAGTATGTGTTTTCGTTCACAGTAATTAATTAGCATCGGTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTCAGTATGTGTTTTCGTTCACAGTAATTAATTAGCATCGGTTA  673

seq1  GTCAAAAGTGATGACATGTCAAAGTGACTAAAGATGTCAGTAACACGAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAGTGATGACATGTCAAAGTGACTAAAGATGTCAGTAACACGAGA  723

seq1  TCTAGAAAAATGTCACTGCAGGTTTGTGAGTATGTGAAATCAGTCTAATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAAAATGTCACTGCAGGTTTGTGAGTATGTGAAATCAGTCTAATC  773

seq1  TAATGATATTTTTTAAAAAATATGTCTATTAACTTAATAAATTATGTGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATATTTTTTAAAAAATATGTCTATTAACTTAATAAATTATGTGGA  823

seq1  CTTGAATGATTTTATTATATCATAGAACAATTCTCAACCATATCTTAAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATGATTTTATTATATCATAGAACAATTCTCAACCATATCTTAAAT  873

seq1  ATTTCCAGACCAATAAAATTCAAGCAATGGTAGCCATATGTTACCTACAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGACCAATAAAATTCAAGCAATGGTAGCCATATGTTACCTACAA  923

seq1  TTGATGTATGAAGTTTTGTTAAGATACAAAAAATGCATAATATTTTTAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTATGAAGTTTTGTTAAGATACAAAAAATGCATAATATTTTTAAA  973

seq1  TACTTACAGAGTTACTCACAAATAGAACCCACATATTGTCTTTGTAAAGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACAGAGTTACTCACAAATAGAACCCACATATTGTCTTTGTAAAGT  1023

seq1  AGACATAAAGTATTTTAATGTTTCAAAAGATAATGATAAAAATCAATGTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAAAGTATTTTAATGTTTCAAAAGATAATGATAAAAATCAATGTA  1073

seq1  ATATTTTAATTAAAATATTTAATAGCCAGGTAGTTGTGGCACACTCCTTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTAATTAAAATATTTAATAGCCAGGTAGTTGTGGCACACTCCTTT  1123

seq1  TCTTCCCAGCATTTGGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCAGCATTTGGAATTC  1144