BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308O06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 84,431,156 - 84,605,985
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnnd1, 2700094K13Rik, Txndc14, Med19, Zdhhc5, Clp1, Ypel4, Serping1
Upstream geneZc3h15, Itgav, Dnmt3l-ps1, D430039N05Rik, Zswim2, LOC668096, LOC668100, LOC545432, LOC668107, LOC668113, LOC668115, LOC668119, LOC383725, Calcrl, Tfpi, LOC672763
Downstream geneUbe2l6, Smtnl1, Timm10, Slc43a1, Rtn4rl2, Slc43a3, Prg2, Prg3, P2rx3, Ssrp1, Tnks1bp1, Agtrl1, LOC625033, Lrrc55, Olfr987, GA_x5J8B7W531T-1241080-1240524, Olfr988, GA_x5J8B7W531T-1286425-1285652, Olfr990-ps1, Olfr991-ps1, Olfr992, Olfr993, Olfr994, Olfr995, 4833423E24Rik, Olfr996, Olfr997-ps1, Olfr998, Olfr999-ps1, Olfr1000, Olfr1001-ps1, Olfr1002, GA_x5J8B7W531T-1558688-1559570, Olfr1004-ps1, Olfr154, GA_x5J8B7W531T-1577060-1577325, Olfr1006, GA_x5J8B7W531T-1588603-1588734, Olfr1008, Olfr1009, Olfr1010, Olfr1012
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308O06.bB6Ng01-308O06.g
ACCGA101271GA101272
length1,1211,147
definitionB6Ng01-308O06.b B6Ng01-308O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,604,862 - 84,605,985)(84,431,156 - 84,432,312)
sequence
gaattctttgacttcacttacgatctcaacctgtgcgggctgaccgagga
cccagatcttcaggtgtctgccatgaaacacgagacagtgctggaactga
cagagtcaggggtggaagcagctgcagcctctgccatctcctttggccga
agcttacccatctttgaggtgcagcgacctttcctcttcctgctctggga
ccagcaacacaggttcccagtcttcatgggtcgtgtatatgaccccaggg
gttgagacaggcttgggtaaacattgtcacccaagcttcagctcctccgg
ttatttccttgccactgcctgcccgagccacttcaagccttaggaactgg
cagacggaactgtttccatccaccaacccccagggtatcaaccacttttt
tgcagcttttacggttcaaacctatcaaactctacaaataaaacttgcag
acattttcttctctcactagcctctgtgtactagttccctcagtatcaga
aaaaaaggaattaccatgcttcctgcatcagctacgagtagtaagctgct
ctgtacatagtggcttaaagcccctgatgtttattatttcatccatgtct
tgggtttggccagtggtcttgctgatctgactagctgagtttccctgggc
atataaatgcatctgccatcgtgagtgggttggttggggtatgaccggta
tttgaaggttgtcttagttcgggttttattgctgtgaagagacaccgtga
ccacagaaactcttataaaggaaaacatttaatttgggctggcttacagt
ccagaggtacagtccattatcatcaccacaggaaacatggcagcatgcag
cagacatggtgctggaagagatgagagttctccatcttcatctgcaggta
gcagctaaaaactgtgtgccactgagcctggacttaagcatccgagacct
caaaacccacccccaaagtggtacacttccccaacaaggcacacctactt
caacagatttacctctataataccacttatgggacaagcattcaaacaca
tgaccaataccttattcaaacaaccacaatggttcttaaggtgaacactt
tttgatgttcgtcctacatgt
gaattcctcttgcagattaggtgtctactttttgcatttctatagttttg
cagtgttccatctgacttaaatgacttcaaatcttcaaggagcagaatcc
tagctatcctttaatgagcccagtacacctcaaagatgccgtgctgccct
tctggcagtcggcctctctagtacatgtttaacagtcactattctaacag
tgcttaccttactgactcatttatctatggcctccatcaccagaaatgga
acgcttaggaacaggaggagccttaagcccaagcatctgaatcaaatggt
tgttggacaaatattttcaggatgcatgaagtatgaaagaaattggggtt
ttatttaagagatcattttccttaaatggatccattataatgcagtttac
aaagcaactgggaatgaagaaatcattactggaatgtgttaccagaacta
aagggttctatgggaagtaaaagttgaaccagaagtgtgttacaaatgta
tccagttaagtactaactgtgttcagcaagaagagcttggggtctcaaaa
ctagacagaagacatgatgagaatttggaggagctagggtccttcctaaa
gattgcatcagaccctgcttagatgtagatagtagctttctagcaattgg
gtaggattcaattgtaaatcctcttgtctctgtactcacacagtgccagg
ggtattaagcccgaagatgcccgacagaagaacttattttcaatgaaata
agggtttaaaacaagtcaaatctcctttgagagctggaaagatggctcaa
cagttaaaggtccttgctgttcttgcagagaaccgagctcgaatcccagc
acccacacagtaacttaaaacagtctaattagttatagggatccaaggcc
ctcttatggcctctgtggggcacagatacacatgtaaacaaaacacccat
atacataaatatttagagaaaaaaaattccctttggtattgttcttgaag
gaaacaggagggaaggagcttagcattcttctggctagggcacagcttca
attcaattcttctggaaagagcaaggtctgacaaggagcctagacatagg
atggttgagcagaagtccaaccagtcatcttaaggagggcttgtccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_84604862_84605985
seq2: B6Ng01-308O06.b_47_1167 (reverse)

seq1  ACATGTA-GAAGAACACCAAAAAAGTG-TCACC-TAAG-ACCATTGTGGT  46
      ||||||| || ||||| | |||||||| ||||| |||| |||||||||||
seq2  ACATGTAGGACGAACATC-AAAAAGTGTTCACCTTAAGAACCATTGTGGT  49

seq1  GGTTTGAAT-AGGTA-TGGTCATGTGTTTGAATGCTTGGTCCATAAGTGG  94
       |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TGTTTGAATAAGGTATTGGTCATGTGTTTGAATGCTTGTCCCATAAGTGG  99

seq1  TATTATTAGGAGGTAAAATCTTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGTTGGGGG  144
      ||||||   ||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||
seq2  TATTAT--AGAGGT-AAATC-TGTTGAAGTAGGTGT-GCCTTGTT-GGGG  143

seq1  AAGTGTACCACTTTTGGGGGTGGGTTTTGAGGTCTCGGATGCTTAAGTCC  194
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTACCAC-TTTGGGGGTGGGTTTTGAGGTCTCGGATGCTTAAGTCC  192

seq1  AGGCTCAGTGGCACACAGTTTTTAGCTGCTACCTGCAGATGAAGATGGAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGTGGCACACAGTTTTTAGCTGCTACCTGCAGATGAAGATGGAG  242

seq1  AACTCTCATCTCTTCCAGCACCATGTCTGCCTGCATGCTGCCATGTTTCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCATCTCTTCCAGCACCATGTCTG-CTGCATGCTGCCATGTTTCC  291

seq1  TGTGGTGATGATAATGGACTGTACCTCTGGACTGTAAGCCAGCCCAAATT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGATGATAATGGACTGTACCTCTGGACTGTAAGCCAGCCCAAATT  341

seq1  AAATGTTTTCCTTTATAAGAGTTTCTGTGGTCACGGTGTCTCTTCACAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTTCCTTTATAAGAGTTTCTGTGGTCACGGTGTCTCTTCACAGC  391

seq1  AATAAAACCCGAACTAAGACAACCTTCAAATACCGGTCATACCCCAACCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACCCGAACTAAGACAACCTTCAAATACCGGTCATACCCCAACCA  441

seq1  ACCCACTCACGATGGCAGATGCATTTATATGCCCAGGGAAACTCAGCTAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTCACGATGGCAGATGCATTTATATGCCCAGGGAAACTCAGCTAG  491

seq1  TCAGATCAGCAAGACCACTGGCCAAACCCAAGACATGGATGAAATAATAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCAGCAAGACCACTGGCCAAACCCAAGACATGGATGAAATAATAA  541

seq1  ACATCAGGGGCTTTAAGCCACTATGTACAGAGCAGCTTACTACTCGTAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGGGGCTTTAAGCCACTATGTACAGAGCAGCTTACTACTCGTAGC  591

seq1  TGATGCAGGAAGCATGGTAATTCCTTTTTTTCTGATACTGAGGGAACTAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAGGAAGCATGGTAATTCCTTTTTTTCTGATACTGAGGGAACTAG  641

seq1  TACACAGAGGCTAGTGAGAGAAGAAAATGTCTGCAAGTTTTATTTGTAGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGGCTAGTGAGAGAAGAAAATGTCTGCAAGTTTTATTTGTAGA  691

seq1  GTTTGATAGGTTTGAACCGTAAAAGCTGCAAAAAAGTGGTTGATACCCTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATAGGTTTGAACCGTAAAAGCTGCAAAAAAGTGGTTGATACCCTG  741

seq1  GGGGTTGGTGGATGGAAACAGTTCCGTCTGCCAGTTCCTAAGGCTTGAAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTGGTGGATGGAAACAGTTCCGTCTGCCAGTTCCTAAGGCTTGAAG  791

seq1  TGGCTCGGGCAGGCAGTGGCAAGGAAATAACCGGAGGAGCTGAAGCTTGG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCGGGCAGGCAGTGGCAAGGAAATAACCGGAGGAGCTGAAGCTTGG  841

seq1  GTGACAATGTTTACCCAAGCCTGTCTCAACCCCTGGGGTCATATACACGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAATGTTTACCCAAGCCTGTCTCAACCCCTGGGGTCATATACACGA  891

seq1  CCCATGAAGACTGGGAACCTGTGTTGCTGGTCCCAGAGCAGGAAGAGGAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAAGACTGGGAACCTGTGTTGCTGGTCCCAGAGCAGGAAGAGGAA  941

seq1  AGGTCGCTGCACCTCAAAGATGGGTAAGCTTCGGCCAAAGGAGATGGCAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCGCTGCACCTCAAAGATGGGTAAGCTTCGGCCAAAGGAGATGGCAG  991

seq1  AGGCTGCAGCTGCTTCCACCCCTGACTCTGTCAGTTCCAGCACTGTCTCG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCAGCTGCTTCCACCCCTGACTCTGTCAGTTCCAGCACTGTCTCG  1041

seq1  TGTTTCATGGCAGACACCTGAAGATCTGGGTCCTCGGTCAGCCCGCACAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCATGGCAGACACCTGAAGATCTGGGTCCTCGGTCAGCCCGCACAG  1091

seq1  GTTGAGATCGTAAGTGAAGTCAAAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGATCGTAAGTGAAGTCAAAGAATTC  1121

seq1: chr2_84431156_84432312
seq2: B6Ng01-308O06.g_67_1213

seq1  GAATTCCTCTTGCAGATTAGGTGTCTACTTTTTGCATTTCTATAGTTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTGCAGATTAGGTGTCTACTTTTTGCATTTCTATAGTTTTG  50

seq1  CAGTGTTCCATCTGACTTAAATGACTTCAAATCTTCAAGGAGCAGAATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCCATCTGACTTAAATGACTTCAAATCTTCAAGGAGCAGAATCC  100

seq1  TAGCTATCCTTTAATGAGCCCAGTACACCTCAAAGATGCCGTGCTGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATCCTTTAATGAGCCCAGTACACCTCAAAGATGCCGTGCTGCCCT  150

seq1  TCTGGCAGTCGGCCTCTCTAGTACATGTTTAACAGTCACTATTCTAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGTCGGCCTCTCTAGTACATGTTTAACAGTCACTATTCTAACAG  200

seq1  TGCTTACCTTACTGACTCATTTATCTATGGCCTCCATCACCAGAAATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACCTTACTGACTCATTTATCTATGGCCTCCATCACCAGAAATGGA  250

seq1  ACGCTTAGGAACAGGAGGAGCCTTAAGCCCAAGCATCTGAATCAAATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTTAGGAACAGGAGGAGCCTTAAGCCCAAGCATCTGAATCAAATGGT  300

seq1  TGTTGGACAAATATTTTCAGGATGCATGAAGTATGAAAGAAATTGGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGACAAATATTTTCAGGATGCATGAAGTATGAAAGAAATTGGGGTT  350

seq1  TTATTTAAGAGATCATTTTCCTTAAATGGATCCATTATAATGCAGTTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAAGAGATCATTTTCCTTAAATGGATCCATTATAATGCAGTTTAC  400

seq1  AAAGCAACTGGGAATGAAGAAATCATTACTGGAATGTGTTACCAGAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACTGGGAATGAAGAAATCATTACTGGAATGTGTTACCAGAACTA  450

seq1  AAGGGTTCTATGGGAAGTAAAAGTTGAACCAGAAGTGTGTTACAAATGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTCTATGGGAAGTAAAAGTTGAACCAGAAGTGTGTTACAAATGTA  500

seq1  TCCAGTTAAGTACTAACTGTGTTCAGCAAGAAGAGCTTGGGGTCTCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTAAGTACTAACTGTGTTCAGCAAGAAGAGCTTGGGGTCTCAAAA  550

seq1  CTAGACAGAAGACATGATGAGAATTTGGAGGAGCTAGGGTCCTTCCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACAGAAGACATGATGAGAATTTGGAGGAGCTAGGGTCCTTCCTAAA  600

seq1  GATTGCATCAGACCCTGCTTAGATGTAGATAGTAGCTTTCTAGCAATTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCATCAGACCCTGCTTAGATGTAGATAGTAGCTTTCTAGCAATTGG  650

seq1  GTAGGATTCAATTGTAAATCCTCTTGTCTCTGTACTCACACAGTGCCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATTCAATTGTAAATCCTCTTGTCTCTGTACTCACACAGTGCCAGG  700

seq1  GGTATTAAGCCCGAAGATGCCCGACAGAAGAACTTATTTTCAATGAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTAAGCCCGAAGATGCCCGACAGAAGAACTTATTTTCAATGAAATA  750

seq1  AGGGTTTAAAACAAGTCAAATCTCCTTTGAGAGCTGGAAAGATGGCTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTAAAACAAGTCAAATCTCCTTTGAGAGCTGGAAAGATGGCTCAA  800

seq1  CAGTTAAAGGTCCTTGCTGTTCTTGCAGAGAACCGAGCTCGAATCCCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAAGGTCCTTGCTGTTCTTGCAGAGAACCGAGCTCGAATCCCAGC  850

seq1  ACCCACACAGTAACTTAAAACAGTCTAATTAGTTATAGGGATCCAAGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACACAGTAACTTAAAACAGTCTAATTAGTTATAGGGATCCAAGGCC  900

seq1  CTCTTATGGCCTCTGTGGGGCACAGATACACATGTAAACAAAACACCCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATGGCCTCTGTGGGGCACAGATACACATGTAAACAAAACACCCAT  950

seq1  ATACATAAAATATTTAGAAGAAAAAAAATTCCCTTTGGTA-TGTTC-TGA  998
      |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  ATACAT-AAATATTTAG-AGAAAAAAAATTCCCTTTGGTATTGTTCTTGA  998

seq1  AGGAAACAGGAGGGAAGGAGGCTTAGCAT--CTCTGGCTAGGGGCACAGC  1046
      ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| |||||||||
seq2  AGGAAACAGGAGGGAAGGA-GCTTAGCATTCTTCTGGCTA-GGGCACAGC  1046

seq1  TTCCATTCAAATCTTCTGGAAAAGGAAGCAAAGGGTCTGACAA-GAG-CT  1094
      ||| |||||| |||||||||||    |||||  |||||||||| ||| ||
seq2  TTCAATTCAATTCTTCTGGAAA---GAGCAA--GGTCTGACAAGGAGCCT  1091

seq1  AGACCATAGGGAAGGGTGAGCAAGAAGGGTCACAACCAGCTCATCTTAAG  1144
      ||| |||| ||| || ||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||
seq2  AGA-CATA-GGATGGTTGAGC-AGAA--GTC-CAACCAG-TCATCTTAAG  1134

seq1  GAGGGCTTGTCCC  1157
      |||||||||||||
seq2  GAGGGCTTGTCCC  1147