BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316K18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 138,554,773 - 138,725,212
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBtbd3
Downstream geneLOC628103, C130053K05Rik, LOC100043792, 5430433G21Rik, Tasp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316K18.bB6Ng01-316K18.g
ACCGA107010GA107011
length1,0491,149
definitionB6Ng01-316K18.b B6Ng01-316K18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,724,164 - 138,725,212)(138,554,773 - 138,555,939)
sequence
gaattcccattcacagctgactacaatgcatgagttggactacagactgt
aagtcatcacaatacatttcctcaatagagagaaatattccctaagttct
gtgactctagagaaccctgactaagacaatattgatgccctcatttagtc
agagatgaaagagaagcagtatattaagtcaagttgcctagaaatgggct
ctgacatggagtccatgttggagggatgtatagaagtgtactcaggaaaa
taatgaaggaggttctggctacagagatggttggtctctgttgtggctgt
aagtgaggcctctgctggccatgtggccactacaaagctagaaagggccc
tttggaatgatctgaatttgagacaaagatatagaaactctacatcccct
cattagtctgtaccatggtgttaagggtgctgtctggagaatgtgcaagc
ctctgaataaactagttctttgtagtctggagctattcccagtatattac
acctctgcagtatgagatctgacttggccatgagagtgaagttgaaagga
tactaaagcatctactacaaagttattttggggtgacactcagatttaca
agattcattcatttttgtcagtaggaaagattcttaactcaagaatattg
caaacatgaaatgacctgtgccagttctaaacccactccagttagtagag
atgtctaactcctcttagtagtggttgtcctcttgagagtatgaacacaa
ctaacacaagtctcaataacatcaaagcatagataagagtgagtaactaa
tctttcccgcaagtactgctggtgcttggaggagagattttagtagaaaa
ccaaagttgttgatgtggtcaacattcataaacctcagctggggcaatgg
gaacagacattttctggtagactttagaaagtaagaatgagaaacaggtc
tagggatcaagcaaaccaccattagtcacactgacttcttggtcctctga
agctaatgctccagcatagggggctagggtggtaagggtggggagtggg

gaattctttaaaagacatcaaatttgaaagactattagtattattatcac
ttatggatgatgagcatttgataaacttcctctgtttcaataatcagagt
atacagagtgtagcaaattggaacatcattgatctttcatttctctcttg
gaaatatactcagaaatgattaaatcaagactttacctatactgcaaaca
taaagatttaaaagattatgactgacagcagctccaaaatggaatcagag
atattatttcttgggaaattataaaactgtaatttatttatacataaaca
tagagtcaataataaaagtgacttactgatagtagtttatataaatcata
atacatcatgtacaataaaagaatccaggcatagaaaaacacatactata
ggatttcttttatacaaaactcaagaccagttagaatgatggttatagtc
aagtttaggaatatatacaaagaaagcacctggtggcttccttgaggtca
caaggaaatgtttctttctttctggatgcagttgccaggttgtacataca
ggtaaatgttacatgttagtgtacaatgaatcaatgtcactacactattc
ctcactggacacattagagaaaacatataaacctctcctgtatttgagtg
caggaagaccatttaaaagggaaaggaaggtgaaatctactttcttataa
tacgaacacgtatgttcaataatgattgcttgtatttcaaaagtaatctc
tattacacatagaaaatggactcttaccatccaaaggaacaaaaatgagg
cattgagaaaagcaatggaaaatataaaggagcagtgagcaggataaaat
caatactttgttgttttccttcactgagggcaagctaaattgtcctaaga
aaagtacagatgatggaattcacttacaaaatgcagtctttttgtttata
acatataaaagaaccgggcagaagtgctgctagcaaccatgggcaaaaaa
catatcagagcaaagaagcacacagactacgtgtaagtgcagaggaatat
ttagagacaatcaccccacaccttatgttaactgcaaaaaagaattggat
aacatgtacagatctagaggtctagatactcagtgcagaatatgttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_138724164_138725212
seq2: B6Ng01-316K18.b_44_1092 (reverse)

seq1  CCCACTCCC--ACCTTACCACCCTAGCCCCCTATGCTGGAGCATTTAGCC  48
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  CCCACTCCCCACCCTTACCACCCTAGCCCCCTATGCTGGAGCA-TTAG-C  48

seq1  TTCAGAGGACCAAG-AGTCAGTTGTGACTAATGGTGGTTTGCTTGATCCC  97
      |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGGACCAAGAAGTCAG-TGTGACTAATGGTGGTTTGCTTGATCCC  97

seq1  TAGACCTGTTTCTCATTCTTACTTTCTAAAGTCTACCAGAAAATGTCTGT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTGTTTCTCATTCTTACTTTCTAAAGTCTACCAGAAAATGTCTGT  147

seq1  TCCCATTGCCCCAGCTGAGGTTTATGAATGTTGACCACATCAACAACTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTGCCCCAGCTGAGGTTTATGAATGTTGACCACATCAACAACTTT  197

seq1  GGTTTTCTACTAAAATCTCTCCTCCAAGCACCAGCAGTACTTGCGGGAAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCTACTAAAATCTCTCCTCCAAGCACCAGCAGTACTTGCGGGAAA  247

seq1  GATTAGTTACTCACTCTTATCTATGCTTTGATGTTATTGAGACTTGTGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGTTACTCACTCTTATCTATGCTTTGATGTTATTGAGACTTGTGTT  297

seq1  AGTTGTGTTCATACTCTCAAGAGGACAACCACTACTAAGAGGAGTTAGAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGTTCATACTCTCAAGAGGACAACCACTACTAAGAGGAGTTAGAC  347

seq1  ATCTCTACTAACTGGAGTGGGTTTAGAACTGGCACAGGTCATTTCATGTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTACTAACTGGAGTGGGTTTAGAACTGGCACAGGTCATTTCATGTT  397

seq1  TGCAATATTCTTGAGTTAAGAATCTTTCCTACTGACAAAAATGAATGAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATATTCTTGAGTTAAGAATCTTTCCTACTGACAAAAATGAATGAAT  447

seq1  CTTGTAAATCTGAGTGTCACCCCAAAATAACTTTGTAGTAGATGCTTTAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAATCTGAGTGTCACCCCAAAATAACTTTGTAGTAGATGCTTTAG  497

seq1  TATCCTTTCAACTTCACTCTCATGGCCAAGTCAGATCTCATACTGCAGAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTTCAACTTCACTCTCATGGCCAAGTCAGATCTCATACTGCAGAG  547

seq1  GTGTAATATACTGGGAATAGCTCCAGACTACAAAGAACTAGTTTATTCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATATACTGGGAATAGCTCCAGACTACAAAGAACTAGTTTATTCAG  597

seq1  AGGCTTGCACATTCTCCAGACAGCACCCTTAACACCATGGTACAGACTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGCACATTCTCCAGACAGCACCCTTAACACCATGGTACAGACTAA  647

seq1  TGAGGGGATGTAGAGTTTCTATATCTTTGTCTCAAATTCAGATCATTCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGATGTAGAGTTTCTATATCTTTGTCTCAAATTCAGATCATTCCA  697

seq1  AAGGGCCCTTTCTAGCTTTGTAGTGGCCACATGGCCAGCAGAGGCCTCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCCTTTCTAGCTTTGTAGTGGCCACATGGCCAGCAGAGGCCTCAC  747

seq1  TTACAGCCACAACAGAGACCAACCATCTCTGTAGCCAGAACCTCCTTCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCCACAACAGAGACCAACCATCTCTGTAGCCAGAACCTCCTTCAT  797

seq1  TATTTTCCTGAGTACACTTCTATACATCCCTCCAACATGGACTCCATGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCTGAGTACACTTCTATACATCCCTCCAACATGGACTCCATGTC  847

seq1  AGAGCCCATTTCTAGGCAACTTGACTTAATATACTGCTTCTCTTTCATCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCATTTCTAGGCAACTTGACTTAATATACTGCTTCTCTTTCATCT  897

seq1  CTGACTAAATGAGGGCATCAATATTGTCTTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAAATGAGGGCATCAATATTGTCTTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTC  947

seq1  ACAGAACTTAGGGAATATTTCTCTCTATTGAGGAAATGTATTGTGATGAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACTTAGGGAATATTTCTCTCTATTGAGGAAATGTATTGTGATGAC  997

seq1  TTACAGTCTGTAGTCCAACTCATGCATTGTAGTCAGCTGTGAATGGGAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTCTGTAGTCCAACTCATGCATTGTAGTCAGCTGTGAATGGGAAT  1047

seq1  TC  1049
      ||
seq2  TC  1049


seq1: chr2_138554773_138555939
seq2: B6Ng01-316K18.g_68_1216

seq1  GAATTCTTTAAAAGACATCAAATTTGAAAGACTATTAGTATTATTATCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAAGACATCAAATTTGAAAGACTATTAGTATTATTATCAC  50

seq1  TTATGGATGATGAGCATTTGATAAACTTCCTCTGTTTCAATAATCAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGATGATGAGCATTTGATAAACTTCCTCTGTTTCAATAATCAGAGT  100

seq1  ATACAGAGTGTAGCAAATTGGAACATCATTGATCTTTCATTTCTCTCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGTGTAGCAAATTGGAACATCATTGATCTTTCATTTCTCTCTTG  150

seq1  GAAATATACTCAGAAATGATTAAATCAAGACTTTACCTATACTGCAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATACTCAGAAATGATTAAATCAAGACTTTACCTATACTGCAAACA  200

seq1  TAAAGATTTAAAAGATTATGACTGACAGCAGCTCCAAAATGGAATCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTTAAAAGATTATGACTGACAGCAGCTCCAAAATGGAATCAGAG  250

seq1  ATATTATTTCTTGGGAAATTATAAAACTGTAATTTATTTATACATAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATTTCTTGGGAAATTATAAAACTGTAATTTATTTATACATAAACA  300

seq1  TAGAGTCAATAATAAAAGTGACTTACTGATAGTAGTTTATATAAATCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCAATAATAAAAGTGACTTACTGATAGTAGTTTATATAAATCATA  350

seq1  ATACATCATGTACAATAAAAGAATCCAGGCATAGAAAAACACATACTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCATGTACAATAAAAGAATCCAGGCATAGAAAAACACATACTATA  400

seq1  GGATTTCTTTTATACAAAACTCAAGACCAGTTAGAATGATGGTTATAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCTTTTATACAAAACTCAAGACCAGTTAGAATGATGGTTATAGTC  450

seq1  AAGTTTAGGAATATATACAAAGAAAGCACCTGGTGGCTTCCTTGAGGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAGGAATATATACAAAGAAAGCACCTGGTGGCTTCCTTGAGGTCA  500

seq1  CAAGGAAATGTTTCTTTCTTTCTGGATGCAGTTGCCAGGTTGTACATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAATGTTTCTTTCTTTCTGGATGCAGTTGCCAGGTTGTACATACA  550

seq1  GGTAAATGTTACATGTTAGTGTACAATGAATCAATGTCACTACACTATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATGTTACATGTTAGTGTACAATGAATCAATGTCACTACACTATTC  600

seq1  CTCACTGGACACATTAGAGAAAACATATAAACCTCTCCTGTATTTGAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGACACATTAGAGAAAACATATAAACCTCTCCTGTATTTGAGTG  650

seq1  CAGGAAGACCATTTAAAAGGGAAAGGAAGGTGAAATCTACTTTCTTATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGACCATTTAAAAGGGAAAGGAAGGTGAAATCTACTTTCTTATAA  700

seq1  TACGAACACGTATGTTCAATAATGATTGCTTGTATTTCAAAAGTAATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAACACGTATGTTCAATAATGATTGCTTGTATTTCAAAAGTAATCTC  750

seq1  TATTACACATAGAAAATGGACTCTTACCATCCAAAGGAACAAAAATGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACACATAGAAAATGGACTCTTACCATCCAAAGGAACAAAAATGAGG  800

seq1  CATTGAGAAAAGCAATGGAAAATAT-AAGGAGCAGTGAGCAGGATAAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGAAAAGCAATGGAAAATATAAAGGAGCAGTGAGCAGGATAAAAT  850

seq1  CAATACTTTGTTGTTTTCCTTCACTGAGGGCAAGCTAAATTGTCCTAAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTTTGTTGTTTTCCTTCACTGAGGGCAAGCTAAATTGTCCTAAGA  900

seq1  AAAGTACAGATGATGGAATTCACTTACAAAATGCAGTCTTTTTGTTTATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACAGATGATGGAATTCACTTACAAAATGCAGTCTTTTTGTTTATA  950

seq1  ACATATAAAAGAACCGGGGCAGAAGTGCTGCTAGCAACCATGGGCAAAAA  999
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAAAGAACC-GGGCAGAAGTGCTGCTAGCAACCATGGGCAAAAA  999

seq1  ACATATCAAGAGGCAAAAGAAGCACACAGACTACGTGTAAAGTGCAGAAG  1049
      ||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  ACATATC-AGAG--CAAAGAAGCACACAGACTACGTGT-AAGTGCAG-AG  1044

seq1  GAATAATTTAAGAAGAACCATCAACCCCACA-CTTATGTTTACTGGAAAA  1098
      ||||| ||  ||    || ||| |||||||| |||||||| |||| ||||
seq2  GAATATTTAGAG----ACAATC-ACCCCACACCTTATGTTAACTGCAAAA  1089

seq1  AAAAGGAAATTGTGGATATACATGTACACAGATCTAGAGGTCTAGAATAC  1148
      ||   |||    |||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||
seq2  AA---GAA---TTGGATA-ACATGT--ACAGATCTAGAGGTCTAG-ATAC  1129

seq1  TCAATGCAG-ATATGTTTTT  1167
      ||| ||||| ||||||||||
seq2  TCAGTGCAGAATATGTTTTT  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |