BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317K19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 9,497,816 - 9,633,186
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040548, LOC100040566
Upstream geneLOC100040710
Downstream geneGata3, LOC100040768, 4930412O13Rik, Taf3, Atp5c1, Kin, Itih2, Itih5, Sfmbt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317K19.bB6Ng01-317K19.g
ACCGA107759GA107760
length1,103326
definitionB6Ng01-317K19.b B6Ng01-317K19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,632,093 - 9,633,186)(9,497,816 - 9,498,141)
sequence
gaattctcttctttctgtttatgtgtttttataaaaactcagtaaaagag
actcattggaagagatattgttttatcatatttgcctgacatctgatctg
atacttgagcttaagcaggcaatatgtctgatttgaagtccccaaggacc
tcatgctaatgagctgagagcagataaccatgatttgctgatagttggct
cactgtttccatcctacgataatctgcagtcatttggcccatttctcaaa
gacctacttgaattgttcgaacccatgaacttcctaaaagtctagccact
aaactccatttggagaaccaatggctcctactcaagaacatttattttat
tcctttcttcagttcaagagccttcccaaacccaggataaggcatcagct
ggctgtgtttccttcctcaacaagaaattttcataccaaccagatatcat
acttataactggcccaaatcacatcggagtttccctgtcttattggtttg
gaaaccagagtagagtttgttcgtttgattatctgtctatctgtctgtct
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctattggagctagagtctcaac
tatgtagtcatggctggcctggaacatgatatgtagatcagggtgagcct
ttaactcgtaaagatgcacctgcttctgctttctgagtggtgagattaaa
ggcatgagctgccacacctggtcagaatacaactttattaagaaaagtat
gtttaaaaagaaagttgggggttaggtgtggtgacatacatcagtaataa
cagttttttgagagatggaggcaggatgaacagagccaaggttatcctag
gatagagttctagggagttgacgtcagcctgggcttaccttgtgatccct
gccccaaaaacactaaagggaagaagatgcttatatgagatagataagat
agatacagatatagatatagatttaaaatttcaaggtactacccatatct
tgtatatctggaaaaagctttacaagtaatcaaaaataaagagaaacaat
gct

atagagcacagcatcagatcaacctatacacagaccccgcaccccctgcc
atattgggacaatcctcactgacacaggaagtgttcctaagcaagaaaaa
gaggatgctcgggggtaaaaagaaatcccatatcaagtggtcaaccctga
taacatacatgcaagtaacagtgtaaatgggttgaacatgttgtagttat
gtttatgagtgagtgtgtgtgtgtgtgtaaagcaattaaagaaaagaggc
ctctaaagagagcaggaagggatgttacatgggagagaaagtttggtggt
atataagatagaagagatggggtaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_9632093_9633186
seq2: B6Ng01-317K19.b_50_1152 (reverse)

seq1  AGCATGGTTTCTCTTTATTTTT-ATTACTTTGTAAGCTTTTTCCAGATAT  49
      ||||| |||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||
seq2  AGCATTGTTTCTCTTTATTTTTGATTACTTGTAAAGCTTTTTCCAGATAT  50

seq1  AACAAGATATGGGTAATACC-TGAAATTTT-AATCTATATCTATATCTGT  97
       |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -ACAAGATATGGGTAGTACCTTGAAATTTTAAATCTATATCTATATCTGT  99

seq1  ATCTATC-TATCTATCTC--ATAAGCATCTTC-TCCCTTTAGTGTTTTTG  143
      ||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTTATCTATCTCATATAAGCATCTTCTTCCCTTTAGTGTTTTTG  149

seq1  GGGCAGGG-TCAC-AGGT-AGCCCAGGCTGACGTCAAACTCCCTAG-ACT  189
      |||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  GGGCAGGGATCACAAGGTAAGCCCAGGCTGACGTC-AACTCCCTAGAACT  198

seq1  CTATCCTAGGATAACCTTGGGCTCCTGTTCATCCTGCCTCCATCTCTC-A  238
      |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTATCCTAGGATAACCTT-GGCT-CTGTTCATCCTGCCTCCATCTCTCAA  246

seq1  AAAACTGTTATTACTGATGTATGTCACCACACCTAACCCCCAACTTTCTT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGTTATTACTGATGTATGTCACCACACCTAACCCCCAACTTTCTT  296

seq1  TTTAAACATACTTTTCTTAATAAAGTTGTATTCTGACCAGGTGTGGCAGC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATACTTTTCTTAATAAAGTTGTATTCTGACCAGGTGTGGCAGC  346

seq1  TCATGCCTTTAATCTCACCACTCAGAAAGCAGAAGCAGGTGCATCTTTAC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTTTAATCTCACCACTCAGAAAGCAGAAGCAGGTGCATCTTTAC  396

seq1  GAGTT-AAGGCTCACCCTGATCTACATATCATGTTCCAGGCCAGCCATGA  437
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAAGGCTCACCCTGATCTACATATCATGTTCCAGGCCAGCCATGA  446

seq1  CTACATAGTTGAGACTCTAGCTCCAATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGTTGAGACTCTAGCTCCAATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  496

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  546

seq1  GATAGATAGACAGACAGATAGACAGATAATCAAACGAACAAACTCTACTC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGACAGACAGATAGACAGATAATCAAACGAACAAACTCTACTC  596

seq1  TGGTTTCCAAACCAATAAGACAGGGAAACTCCGATGTGATTTGGGCCAGT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCCAAACCAATAAGACAGGGAAACTCCGATGTGATTTGGGCCAGT  646

seq1  TATAAGTATGATATCTGGTTGGTATGAAAATTTCTTGTTGAGGAAGGAAA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTATGATATCTGGTTGGTATGAAAATTTCTTGTTGAGGAAGGAAA  696

seq1  CACAGCCAGCTGATGCCTTATCCTGGGTTTGGGAAGGCTCTTGAACTGAA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCAGCTGATGCCTTATCCTGGGTTTGGGAAGGCTCTTGAACTGAA  746

seq1  GAAAGGAATAAAATAAATGTTCTTGAGTAGGAGCCATTGGTTCTCCAAAT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAATAAAATAAATGTTCTTGAGTAGGAGCCATTGGTTCTCCAAAT  796

seq1  GGAGTTTAGTGGCTAGACTTTTAGGAAGTTCATGGGTTCGAACAATTCAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTAGTGGCTAGACTTTTAGGAAGTTCATGGGTTCGAACAATTCAA  846

seq1  GTAGGTCTTTGAGAAATGGGCCAAATGACTGCAGATTATCGTAGGATGGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTCTTTGAGAAATGGGCCAAATGACTGCAGATTATCGTAGGATGGA  896

seq1  AACAGTGAGCCAACTATCAGCAAATCATGGTTATCTGCTCTCAGCTCATT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGAGCCAACTATCAGCAAATCATGGTTATCTGCTCTCAGCTCATT  946

seq1  AGCATGAGGTCCTTGGGGACTTCAAATCAGACATATTGCCTGCTTAAGCT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGGTCCTTGGGGACTTCAAATCAGACATATTGCCTGCTTAAGCT  996

seq1  CAAGTATCAGATCAGATGTCAGGCAAATATGATAAAACAATATCTCTTCC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATCAGATCAGATGTCAGGCAAATATGATAAAACAATATCTCTTCC  1046

seq1  AATGAGTCTCTTTTACTGAGTTTTTATAAAAACACATAAACAGAAAGAAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTCTCTTTTACTGAGTTTTTATAAAAACACATAAACAGAAAGAAG  1096

seq1  AGAATTC  1094
      |||||||
seq2  AGAATTC  1103


seq1: chr2_9497816_9498141
seq2: B6Ng01-317K19.g_74_399

seq1  ATAGAGCACAGCATCAGATCAACCTATACACAGACCCCGCACCCCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCACAGCATCAGATCAACCTATACACAGACCCCGCACCCCCTGCC  50

seq1  ATATTGGGACAATCCTCACTGACACAGGAAGTGTTCCTAAGCAAGAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGGACAATCCTCACTGACACAGGAAGTGTTCCTAAGCAAGAAAAA  100

seq1  GAGGATGCTCGGGGGTAAAAAGAAATCCCATATCAAGTGGTCAACCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGCTCGGGGGTAAAAAGAAATCCCATATCAAGTGGTCAACCCTGA  150

seq1  TAACATACATGCAAGTAACAGTGTAAATGGGTTGAACATGTTGTAGTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATACATGCAAGTAACAGTGTAAATGGGTTGAACATGTTGTAGTTAT  200

seq1  GTTTATGAGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTAAAGCAATTAAAGAAAAGAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGAGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTAAAGCAATTAAAGAAAAGAGGC  250

seq1  CTCTAAAGAGAGCAGGAAGGGATGTTACATGGGAGAGAAAGTTTGGTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGAGAGCAGGAAGGGATGTTACATGGGAGAGAAAGTTTGGTGGT  300

seq1  ATATAAGATAGAAGAGATGGGGTAAT  326
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGATAGAAGAGATGGGGTAAT  326


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |