BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321H03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,543,587 - 44,648,779
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGtdc1
Upstream geneArhgap15
Downstream geneZeb2, LOC100042661, LOC100041337
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321H03.bB6Ng01-321H03.g
ACCGA110548GA110549
length1,1331,188
definitionB6Ng01-321H03.b B6Ng01-321H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,647,643 - 44,648,779)(44,543,587 - 44,544,797)
sequence
gaattcatgttttcagagttctttcccacagctttaaaggatgtcctgaa
ggtctcagcatttaccattttgctaagatattagccgcacactctcatat
acgtgactaatgctgtgtctgattatcatggatgagaaacatgaagatac
acacacacacacacacacacacacacacacaaaacacacacacacacaca
cacaaggcttataccctacagcaactattggcattcttgaaggcctatgc
cttgctggttctcttccatgccatgtcaagccataccagcaggacttgcc
aacttccttcttcccaaatagaaataaaactaagaataaaagaaaccagt
acaataaaaaatattcaaacaaagcaaactgagacaaaaagtatctataa
aaattctattgagttagttttgttttggccaatgattcctaagcatagaa
cttgccctgaagtatatttaaaatacccagtgaaacatttttggagaaaa
atgacttttcctttggtagtggatattagttgtaggtagcttcttggtca
gggaaggaggcccacatctattagaacatttgtggagctactagaaaatt
taaaatagtatgttttatttttattactgatatactatatatccataagg
actaccctctgaggaaatttatcttacagtactttagattattagtggtt
ttttatgtatggatccttagtatttttaacattgaggcatttggatcatt
tgaaatttattttgttatgtgctggtctatgtcagccttttaccttctgt
agattccttcaacttggctcaatatcattcattaggactttcacctttct
tttgataacttaatgatttatttattgtttggtttgattttctaggcaat
tttttgtttcttcttaattttttaatgttctgtaacatgttctgtagcaa
tgttttagattgttttcctcctatgttaaacaggttttgttttcctttgt
tctattaaacaaaaattctccttgagtttgtaaaatctgtagtcccctcc
attgttaacttataattacactgttagatacaaagcatgttattggcttt
tctgaggatagactggtcttaggcctgccacgt

gaattcagagaagccagaatccagagttgcataaaaaaggctttttgctt
ctccaaaacatgtgcctgtgaagagaaaaaccataaagggaattctactt
tccttatggatttctgcagcctccctaagtatgaaacctgtcaggtgcca
tgggacttccttagtccttaagtgtgcctcacaattacaaaagatataag
gagctcagagaggttaagtggacaagtccaaaagtcacacaaaaatgagt
agtgagtcacaaaggacaagagttagccaacatgcatgtccttagataaa
ttttatcactgtttattcatgagatgttaaaatggtgtagattcagagtt
aaagaggaatggccatgaggagtttgctttgttacttgaaggttgataga
catgggaggtctgccctgacctgggctatgaatctctgctaggcctgact
gagacctatagtttcagctctgagcaataaacctaggacccaagttccca
agccctaagtgaggtatctcacaccttcaaggacaccaggttccactcca
ataggaagatgtcactattttcccctttctctgctgagcttccttttaag
gcaagttcttccatcaattttaatgctggcaaatgtggtactcactaact
agacatactggaaactatgctcattttaaagatcagtttagaacatatat
ttgtacatgaggtttaataaggtatttcaaaatccaaaattggcccctaa
aagcttaaaactataaccaaattatgtttgagggtctctatctgagaaac
aacttttgaaaatgaggaagattgaaataaatgatggtatgttattagaa
cagataccaataaccttccaaccagcctacaaatataaaggaaggttctt
acacttctacatagtaattcttgctaggttccagcactgttaatatacag
gtaataatggatggctgtgcccattgaagtcaatacattcccacttaagt
gtgataaacatttacctctatgagacagaaacacacacacacacacacac
acacaccacacacaccacggagttttatctactaaaatgatgattttttt
ttatgagtaaaagataagaagttatgtttcttccattcatgatctgaatc
atccgaatggagcatttaatcttaagccaagtgagcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44647643_44648779
seq2: B6Ng01-321H03.b_45_1177 (reverse)

seq1  ACGT-GCAGGCCCTAGACCCAGTCCTTATTCCTCAG-AAAGCAAAT-ACA  47
      |||| |||||||  ||| ||||||  || ||||||| ||||| ||| |||
seq2  ACGTGGCAGGCCTAAGA-CCAGTC--TA-TCCTCAGAAAAGCCAATAACA  46

seq1  TGCCTTTGTTATCTAAACAGTGTAATTATAAAGGTTAACAATGGAGGGGA  97
      || ||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  TG-CTTTG-TATCT-AACAGTGTAATTATAA--GTTAACAATGGAGGGGA  91

seq1  CTACAGATTTTACAAACTCAAGGAGAATTTT--GTTAATAGAACAAAGGA  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  CTACAGATTTTACAAACTCAAGGAGAATTTTTGTTTAATAGAACAAAGGA  141

seq1  AAACAAAACCTGTTTAACATAGGAGGAAAACAATCTAAAACATTGCTACA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACCTGTTTAACATAGGAGGAAAACAATCTAAAACATTGCTACA  191

seq1  GAACATGTTACAGAACATTAAAAAATTAAGAAGAAACAAAAAATTGCCTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGTTACAGAACATTAAAAAATTAAGAAGAAACAAAAAATTGCCTA  241

seq1  GAAAATCAAACCAAACAATAAATAAATCATTAAGTTATCAAAAGAAAGGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCAAACCAAACAATAAATAAATCATTAAGTTATCAAAAGAAAGGT  291

seq1  GAAAGTCCTAATGAATGATATTGAGCCAAGTTGAAGGAATCTACAGAAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCCTAATGAATGATATTGAGCCAAGTTGAAGGAATCTACAGAAGG  341

seq1  TAAAAGGCTGACATAGACCAGCACATAACAAAATAAATTTCAAATGATCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGCTGACATAGACCAGCACATAACAAAATAAATTTCAAATGATCC  391

seq1  AAATGCCTCAATGTTAAAAATACTAAGGATCCATACATAAAAAACCACTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTCAATGTTAAAAATACTAAGGATCCATACATAAAAAACCACTA  441

seq1  ATAATCTAAAGTACTGTAAGATAAATTTCCTCAGAGGGTAGTCCTTATGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTAAAGTACTGTAAGATAAATTTCCTCAGAGGGTAGTCCTTATGG  491

seq1  ATATATAGTATATCAGTAATAAAAATAAAACATACTATTTTAAATTTTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAGTATATCAGTAATAAAAATAAAACATACTATTTTAAATTTTCT  541

seq1  AGTAGCTCCACAAATGTTCTAATAGATGTGGGCCTCCTTCCCTGACCAAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTCCACAAATGTTCTAATAGATGTGGGCCTCCTTCCCTGACCAAG  591

seq1  AAGCTACCTACAACTAATATCCACTACCAAAGGAAAAGTCATTTTTCTCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACCTACAACTAATATCCACTACCAAAGGAAAAGTCATTTTTCTCC  641

seq1  AAAAATGTTTCACTGGGTATTTTAAATATACTTCAGGGCAAGTTCTATGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTTTCACTGGGTATTTTAAATATACTTCAGGGCAAGTTCTATGC  691

seq1  TTAGGAATCATTGGCCAAAACAAAACTAACTCAATAGAATTTTTATAGAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAATCATTGGCCAAAACAAAACTAACTCAATAGAATTTTTATAGAT  741

seq1  ACTTTTTGTCTCAGTTTGCTTTGTTTGAATATTTTTTATTGTACTGGTTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTGTCTCAGTTTGCTTTGTTTGAATATTTTTTATTGTACTGGTTT  791

seq1  CTTTTATTCTTAGTTTTATTTCTATTTGGGAAGAAGGAAGTTGGCAAGTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTCTTAGTTTTATTTCTATTTGGGAAGAAGGAAGTTGGCAAGTC  841

seq1  CTGCTGGTATGGCTTGACATGGCATGGAAGAGAACCAGCAAGGCATAGGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTATGGCTTGACATGGCATGGAAGAGAACCAGCAAGGCATAGGC  891

seq1  CTTCAAGAATGCCAATAGTTGCTGTAGGGTATAAGCCTTGTGTGTGTGTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGAATGCCAATAGTTGCTGTAGGGTATAAGCCTTGTGTGTGTGTG  941

seq1  TGTGTGTGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTTC  991

seq1  ATGTTTCTCATCCATGATAATCAGACACAGCATTAGTCACGTATATGAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTCATCCATGATAATCAGACACAGCATTAGTCACGTATATGAGA  1041

seq1  GTGTGCGGCTAATATCTTAGCAAAATGGTAAATGCTGAGACCTTCAGGAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCGGCTAATATCTTAGCAAAATGGTAAATGCTGAGACCTTCAGGAC  1091

seq1  ATCCTTTAAAGCTGTGGGAAAGAACTCTGAAAACATGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTAAAGCTGTGGGAAAGAACTCTGAAAACATGAATTC  1133


seq1: chr2_44543587_44544797
seq2: B6Ng01-321H03.g_64_1251

seq1  GAATTCAGAGAAGCCAGAATCCAGAGTTGCATAAAAAAGGCTTTTTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAAGCCAGAATCCAGAGTTGCATAAAAAAGGCTTTTTGCTT  50

seq1  CTCCAAAACATGTGCCTGTGAAGAGAAAAACCATAAAGGGAATTCTACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAACATGTGCCTGTGAAGAGAAAAACCATAAAGGGAATTCTACTT  100

seq1  TCCTTATGGATTTCTGCAGCCTCCCTAAGTATGAAACCTGTCAGGTGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGGATTTCTGCAGCCTCCCTAAGTATGAAACCTGTCAGGTGCCA  150

seq1  TGGGACTTCCTTAGTCCTTAAGTGTGCCTCACAATTACAAAAGATATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTTCCTTAGTCCTTAAGTGTGCCTCACAATTACAAAAGATATAAG  200

seq1  GAGCTCAGAGAGGTTAAGTGGACAAGTCCAAAAGTCACACAAAAATGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCAGAGAGGTTAAGTGGACAAGTCCAAAAGTCACACAAAAATGAGT  250

seq1  AGTGAGTCACAAAGGACAAGAGTTAGCCAACATGCATGTCCTTAGATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTCACAAAGGACAAGAGTTAGCCAACATGCATGTCCTTAGATAAA  300

seq1  TTTTATCACTGTTTATTCATGAGATGTTAAAATGGTGTAGATTCAGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCACTGTTTATTCATGAGATGTTAAAATGGTGTAGATTCAGAGTT  350

seq1  AAAGAGGAATGGCCATGAGGAGTTTGCTTTGTTACTTGAAGGTTGATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGAATGGCCATGAGGAGTTTGCTTTGTTACTTGAAGGTTGATAGA  400

seq1  CATGGGAGGTCTGCCCTGACCTGGGCTATGAATCTCTGCTAGGCCTGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAGGTCTGCCCTGACCTGGGCTATGAATCTCTGCTAGGCCTGACT  450

seq1  GAGACCTATAGTTTCAGCTCTGAGCAATAAACCTAGGACCCAAGTTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTATAGTTTCAGCTCTGAGCAATAAACCTAGGACCCAAGTTCCCA  500

seq1  AGCCCTAAGTGAGGTATCTCACACCTTCAAGGACACCAGGTTCCACTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAAGTGAGGTATCTCACACCTTCAAGGACACCAGGTTCCACTCCA  550

seq1  ATAGGAAGATGTCACTATTTTCCCCTTTCTCTGCTGAGCTTCCTTTTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAGATGTCACTATTTTCCCCTTTCTCTGCTGAGCTTCCTTTTAAG  600

seq1  GCAAGTTCTTCCATCAATTTTAATGCTGGCAAATGTGGTACTCACTAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCTTCCATCAATTTTAATGCTGGCAAATGTGGTACTCACTAACT  650

seq1  AGACATACTGGAAACTATGCTCATTTTAAAGATCAGTTTAGAACATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATACTGGAAACTATGCTCATTTTAAAGATCAGTTTAGAACATATAT  700

seq1  TTGTACATGAGGTTTAATAAGGTATTTCAAAATCCAAAATTGGCCCCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACATGAGGTTTAATAAGGTATTTCAAAATCCAAAATTGGCCCCTAA  750

seq1  AAGCTTAAAACTATAACCAAATTATGTTTGAGGGTCTCTATCTGAGAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAAAACTATAACCAAATTATGTTTGAGGGTCTCTATCTGAGAAAC  800

seq1  AACTTTTGAAAATGAGGAAGATTGAAATAAATGATGGTATGTTATTAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTGAAAATGAGGAAGATTGAAATAAATGATGGTATGTTATTAGAA  850

seq1  CAGATACCAATAACCTTCCAACCAGCCTACAAATATAAAGGAAGGTTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACCAATAACCTTCCAACCAGCCTACAAATATAAAGGAAGGTTCTT  900

seq1  ACACTTCTACATAGTAATTCTTGCTAGGTTCCAGCACTGTTAATATACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCTACATAGTAATTCTTGCTAGGTTCCAGCACTGTTAATATACAG  950

seq1  GTAATAATGGATGGCTGTGCCCATTGAAGTCAAATACATTCCCACTTAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTAATAATGGATGGCTGTGCCCATTGAAGTC-AATACATTCCCACTTAAG  999

seq1  TGTTGATAAACATTTACCTCTATGAGACAGAAAACACACACACACACACA  1050
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TG-TGATAAACATTTACCTCTATGAGACAG-AAACACACACACACACACA  1047

seq1  CACACACACACACACACACACAC-GAGTTTTATCTACTAAAATTGATGAT  1099
      ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| 
seq2  CACACACAC-CACACACAC-CACGGAGTTTTATCTACTAAAA-TGATGA-  1093

seq1  TTTTTTTTTATGAGTTAAAAAAGGAATAAGGAAAGTTTTATGTTTTCTTC  1149
      |||||||||||||||   |||||  |||||  |||  ||||| |||||||
seq2  TTTTTTTTTATGAGT---AAAAG--ATAAG--AAG--TTATG-TTTCTTC  1133

seq1  CACTTTCCTTGTATCCTGACTCCATCCCCAGAAATGAGCATTTAATCTTT  1199
      ||  ||| |  |   |||| | |||||   |||  |||||||||||||| 
seq2  CA--TTCATGAT---CTGAAT-CATCC---GAATGGAGCATTTAATCTTA  1174

seq1  AGCCA--TGAGCCT  1211
      |||||  |||||||
seq2  AGCCAAGTGAGCCT  1188


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |