BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329L04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 178,359,810 - 178,508,176
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039233, LOC626802, LOC329575, LOC433515, LOC665205, OTTMUSG00000016327, LOC100039263, LOC626848, 2810021G02Rik, Phactr3, Sycp2, Ppp1r3d, 9030418K01Rik, Cdh26
Downstream geneLOC100039368, LOC665264, LOC100043168, LOC100039413, Cdh4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329L04.bB6Ng01-329L04.g
ACCGA116587GA116588
length1,0751,104
definitionB6Ng01-329L04.b B6Ng01-329L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(178,507,111 - 178,508,176)(178,359,810 - 178,360,934)
sequence
gaattcttctctagggtgatgacagaatcatgatccgacctggcagcaat
gcctcaaagagatcaagcattgttgttgtgagtgccggagatactgcgca
gtcaggggctggaagctcccttaagagttttcatatactcgagtcagagg
gatgtgagggtagcaagcagagcagatctccacaacagcacaaagtcctc
aggacacagtcctcggggctgtgccacaccaaggcccacccatgtggcta
tggtaacccgtgggctgcattccgtgagttctgaagccatttgtcctccc
tccttcgtggccctcggcactcccagactgactgtatcagtaagtaggga
ggagaccacatgcactgttgatctggggtacactccgggcatttgctccc
tcacaggtcatacacaacagagtaaggagggaggcagagtggggtggcaa
gtgttcccacaagctaggcttcttatggaggaggctcacaactactacca
tgtagaatcagcatatatatgatgttgtgatcaatataaagattttgatg
atgatgatgatgagatacccctggtgtttggccagagcaggagtaaagaa
agtccaactttatccttaacagataaaagccaatttacagggggattctt
tcattatgtctagctctacacagctcactctcagacccagtgaattctgt
attcttccttgaaaattcacctgcctgtgtgtcttcatatcccaccctat
gtctacactaaatcctcacgctctaacttacaaaccactgtgagtggata
tctctacatttcctttaaaagatgtatttactttatgtgtctaagtgttt
gcctgaagtcttgtctgtgcaccatgtgtgtgcctggtgcccatggggga
ttcagaaagcggcaccagatgcccgggagctggaagtttgctgacagcgg
gacagcctctgtgctggtgctgtgagcagaaccaggtcctcgggcaagag
caacatgtgctcggagccactggagcaatctccgcagcccttagtctaga
ttcttgaatatatactaacactcta

gaattcagcagtggaagtgtctcctctgccttgcctagtgctggattgca
tgcataattatcagagctcattttaataaaaccaataaagaatgctaagt
tgggagtttcgctacaatattaagctaaacagatggaaaaaattcttgct
ggtgctgattcatctaataaaactcagcataagctaatccaatttcttaa
aattaagacaagtagagtgagtgctgtaacgtatctgtcatctatctgtc
tgtctgtctatctatatctgttgacctatctatcaatcattatcatctaa
atacctacctatcatatctatcatctctcaatctattgatctattaatct
atgtatttatctatctttctaccttttatctacctactattatctatcta
gctatcatatatgtatcatcttcctacatgtcttattactattatttatc
tatctattacctatctatcatctattgtctaactatgaatctataatcta
tcatctatctgtcatctatctatcatctattatcatatcgtcgattaact
atcatgggttgttttgcctctgaccactctgagcaatccagctacaaact
ccagcacctttaggagccattgcttttaaatttttgattgtatggtgaag
agtgaagcattgaggtttgatttttttgagatgtattgtaatgataagta
ctggccccctaggcctggttgctcccagggttgagagagtctgccatact
caagtgatgctatgtaagatatctatagtcagtagttgagaagaagagag
ataggcagggtattgggttccagggcttggggatcgggaggagaaccaag
agggaaaagagaagtgaagggaggagaaagacaccatggtttagagtcaa
gaaagcatggtcctgaggctggccaattggagttaagagcagctcagatg
aaacatggtaaggttatcaaaaggaattgatttaataatatacaggggca
gatatctgccagctctagtgctgattggctctgtaagggaactgaataat
caaggcttggtgaacctgattgagataaattttctaacaaagtcactgct
gtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_178507111_178508176
seq2: B6Ng01-329L04.b_46_1120 (reverse)

seq1  TAGAGTG-TAGTATATA-TCAAGAATCTAGACTAAGGGCTGCGGAGA-TG  47
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGAGTGTTAGTATATATTCAAGAATCTAGACTAAGGGCTGCGGAGATTG  50

seq1  CT-CAGTGGCTCCGAGCACATGTTGCTCTTG-CCGAGGACCTGGGTTCTG  95
      || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CTCCAGTGGCTCCGAGCACATGTTGCTCTTGCCCGAGGACCT-GGTTCTG  99

seq1  CTCACAGCACCAGCACAGAGGCTGT-CCGCTGTCAGCAA--CTCCAGCTC  142
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||
seq2  CTCACAGCACCAGCACAGAGGCTGTCCCGCTGTCAGCAAACTTCCAGCTC  149

seq1  CCGGGCATCTGGTGCCGC-TTCTGAAT-CCCCATGGGCACCAGGCACACA  190
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGCATCTGGTGCCGCTTTCTGAATCCCCCATGGGCACCAGGCACACA  199

seq1  CATGGTGCACAGACAAGACTTCAGGCAAACACTTAGACACATAAAGTAAA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGCACAGACAAGACTTCAGGCAAACACTTAGACACATAAAGTAAA  249

seq1  TACATCTTTTAAAGGAAATGTAGAGATATCCACTCACAGTGGTTTGTAAG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTTTTAAAGGAAATGTAGAGATATCCACTCACAGTGGTTTGTAAG  299

seq1  TTAGAGCGTGAGGATTTAGTGTAGACATAGGGTGGGATATGAAGACACAC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCGTGAGGATTTAGTGTAGACATAGGGTGGGATATGAAGACACAC  349

seq1  AGGCAGGTGAATTTTCAAGGAAGAATACAGAATTCACTGGGTCTGAGAGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTGAATTTTCAAGGAAGAATACAGAATTCACTGGGTCTGAGAGT  399

seq1  GAGCTGTGTAGAGCTAGACATAATGAAAGAATCCCCCTGTAAATTGGCTT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTGTAGAGCTAGACATAATGAAAGAATCCCCCTGTAAATTGGCTT  449

seq1  TTATCTGTTAAGGATAAAGTTGGACTTTCTTTACTCCTGCTCTGGCCAAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGTTAAGGATAAAGTTGGACTTTCTTTACTCCTGCTCTGGCCAAA  499

seq1  CACCAGGGGTATCTCATCATCATCATCATCAAAATCTTTATATTGATCAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGGGTATCTCATCATCATCATCATCAAAATCTTTATATTGATCAC  549

seq1  AACATCATATATATGCTGATTCTACATGGTAGTAGTTGTGAGCCTCCTCC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATATATATGCTGATTCTACATGGTAGTAGTTGTGAGCCTCCTCC  599

seq1  ATAAGAAGCCTAGCTTGTGGGAACACTTGCCACCCCACTCTGCCTCCCTC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGCCTAGCTTGTGGGAACACTTGCCACCCCACTCTGCCTCCCTC  649

seq1  CTTACTCTGTTGTGTATGACCTGTGAGGGAGCAAATGCCCGGAGTGTACC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCTGTTGTGTATGACCTGTGAGGGAGCAAATGCCCGGAGTGTACC  699

seq1  CCAGATCAACAGTGCATGTGGTCTCCTCCCTACTTACTGATACAGTCAGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCAACAGTGCATGTGGTCTCCTCCCTACTTACTGATACAGTCAGT  749

seq1  CTGGGAGTGCCGAGGGCCACGAAGGAGGGAGGACAAATGGCTTCAGAACT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGTGCCGAGGGCCACGAAGGAGGGAGGACAAATGGCTTCAGAACT  799

seq1  CACGGAATGCAGCCCACGGGTTACCATAGCCACATGGGTGGGCCTTGGTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGAATGCAGCCCACGGGTTACCATAGCCACATGGGTGGGCCTTGGTG  849

seq1  TGGCACAGCCCCGAGGACTGTGTCCTGAGGACTTTGTGCTGTTGTGGAGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACAGCCCCGAGGACTGTGTCCTGAGGACTTTGTGCTGTTGTGGAGA  899

seq1  TCTGCTCTGCTTGCTACCCTCACATCCCTCTGACTCGAGTATATGAAAAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTGCTTGCTACCCTCACATCCCTCTGACTCGAGTATATGAAAAC  949

seq1  TCTTAAGGGAGCTTCCAGCCCCTGACTGCGCAGTATCTCCGGCACTCACA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGGGAGCTTCCAGCCCCTGACTGCGCAGTATCTCCGGCACTCACA  999

seq1  ACAACAATGCTTGATCTCTTTGAGGCATTGCTGCCAGGTCGGATCATGAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATGCTTGATCTCTTTGAGGCATTGCTGCCAGGTCGGATCATGAT  1049

seq1  TCTGTCATCACCCTAGAGAAGAATTC  1066
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATCACCCTAGAGAAGAATTC  1075


seq1: chr2_178359810_178360934
seq2: B6Ng01-329L04.g_65_1168

seq1  GAATTCAGCAGTGGAAGTGTCTCCTCTGCCTTGCCTAGTGCTGGATTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGTGGAAGTGTCTCCTCTGCCTTGCCTAGTGCTGGATTGCA  50

seq1  TGCATAATTATCAGAGCTCATTTTAATAAAACCAATAAAGAATGCTAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAATTATCAGAGCTCATTTTAATAAAACCAATAAAGAATGCTAAGT  100

seq1  TGGGAGTTTCGCTACAATATTAAGCTAAACAGATGGAAAAAATTCTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTTTCGCTACAATATTAAGCTAAACAGATGGAAAAAATTCTTGCT  150

seq1  GGTGCTGATTCATCTAATAAAACTCAGCATAAGCTAATCCAATTTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGATTCATCTAATAAAACTCAGCATAAGCTAATCCAATTTCTTAA  200

seq1  AATTAAGACAAGTAGAGTGAGTGCTGTAACGTATCTGTCATCTATCTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGACAAGTAGAGTGAGTGCTGTAACGTATCTGTCATCTATCTGTC  250

seq1  TGTCTGTCTATCTATATCTGTTGACCTATCTATCAATCATTATCATCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTATCTATATCTGTTGACCTATCTATCAATCATTATCATCTAA  300

seq1  ATACCTACCTATCATATCTATCATCTCTCAATCTATTGATCTATTAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTACCTATCATATCTATCATCTCTCAATCTATTGATCTATTAATCT  350

seq1  ATGTATTTATCTATCTTTCTACCTTTTATCTACCTACTATTATCTATCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTATCTATCTTTCTACCTTTTATCTACCTACTATTATCTATCTA  400

seq1  GCTATCATATATGTATCATCTTCCTACATGTCTTATTACTATTATTTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCATATATGTATCATCTTCCTACATGTCTTATTACTATTATTTATC  450

seq1  TATCTATTACCTATCTATCATCTATTGTCTAACTATGAATCTATAATCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATTACCTATCTATCATCTATTGTCTAACTATGAATCTATAATCTA  500

seq1  TCATCTATCTGTCATCTATCTATCATCTATTATCATATCGTCGATTAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATCTGTCATCTATCTATCATCTATTATCATATCGTCGATTAACT  550

seq1  ATCATGGGTTGTTTTGCCTCTGACCACTCTGAGCAATCCAGCTACAAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGGTTGTTTTGCCTCTGACCACTCTGAGCAATCCAGCTACAAACT  600

seq1  CCAGCACCTTTAGGAGCCATTGCTTTTAAATTTTTGATTGTATGGTGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACCTTTAGGAGCCATTGCTTTTAAATTTTTGATTGTATGGTGAAG  650

seq1  AGTGAAGCATTGAGGTTTGATTTTTTTGAGATGTATTGTAATGATAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGCATTGAGGTTTGATTTTTTTGAGATGTATTGTAATGATAAGTA  700

seq1  CTGGCCCCCTAGGCCTGGTTGCTCCCAGGGTTGAGAGAGTCTGCCATACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCCCTAGGCCTGGTTGCTCCCAGGGTTGAGAGAGTCTGCCATACT  750

seq1  CAAGTGATGCTATGTAAGATATCTATAGTCAGTAGTTGAGAAGAAGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGATGCTATGTAAGATATCTATAGTCAGTAGTTGAGAAGAAGAGAG  800

seq1  ATAGGCAGGGTATTGGGTTCCAGGGCTTGGGGATC-GGAGGAGAACCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATAGGCAGGGTATTGGGTTCCAGGGCTTGGGGATCGGGAGGAGAACCAAG  850

seq1  AGGGAAAAGAGAAGGTGAAGGGAGGAGAAAGACACCATGGGTTAGGAGTC  899
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  AGGGAAAAGAGAA-GTGAAGGGAGGAGAAAGACACCATGGTTTA-GAGTC  898

seq1  AAGAAAGCATGGCCCTGAGGGCTGGCCAATTGGAGTTAAGAGCAGCTCAG  949
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCATGGTCCTGA-GGCTGGCCAATTGGAGTTAAGAGCAGCTCAG  947

seq1  ATGAAACATGGTAAGGGTTATCAAAAGGAAATTGATTTTAATAATATACA  999
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  ATGAAACATGGTAA-GGTTATCAAAAGG-AATTGA-TTTAATAATATACA  994

seq1  GGGGCAGATATCTGCCCAGCTCTAGTGCTGATTTGGGCTTCTTGTAAAGG  1049
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||   ||| ||||
seq2  GGGGCAGATATCTG-CCAGCTCTAGTGCTGATT--GGCT--CTGT-AAGG  1038

seq1  GAACTGAATAATCAAAGGCTGGGTGGAAACCCTGGATTGAGATTAAATAT  1099
      ||||||||||||| |||||| ||||  ||||   |||||||||   | ||
seq2  GAACTGAATAATC-AAGGCTTGGTG--AACC--TGATTGAGAT---AAAT  1080

seq1  TTTCTACAAAAGTGAAATTGCTGTAT  1125
      ||||||  |||||   | ||||||||
seq2  TTTCTAACAAAGT--CACTGCTGTAT  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |