BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331M20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 143,135,368 - 143,284,615
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668915
Upstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b, Snrpb2, Otor
Downstream geneLOC668916, Pcsk2, Bfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331M20.bB6Ng01-331M20.g
ACCGA118076GA118077
length1,0971,132
definitionB6Ng01-331M20.b B6Ng01-331M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,283,513 - 143,284,615)(143,135,368 - 143,136,500)
sequence
gaattccctaataatggtaagctgtaggtttaaacaaatcttttaaatct
attattgtgtgatacatgtgttactgactagtgtttcttctaatgtttta
cgatatcttatggaaaaatgaaacccttttctgtctggtcaacctctgct
acacagtgtgtgacctggtgcactttcattttggacaactgggtgtatgc
agctgcagaactctgggagactgtagaaactgtctgagttactacccatg
aaggatgaaaaactgaggattttagcaacccactccatgtttgtcagtat
ttgtggactgcttccaaaggcactgagtctggtaccttgtaaacagggaa
atgtccgaggcagagatccactgaaatttgcttttggtgtataggagaga
gtactgagaagctatggaacagatgctcacagcaatgctgtaagatattg
gttggcttgaaggtcactgtgaaccttcatcttggaaatcatgagatggg
gtttcttatactcagcaattcatgggtacatggaaaaaggtaaataggta
aatcaaagagtattcatcaataccactaaagctcagagaagctgccaagt
gctatgatcattttttcttatactgctatggaagtatagaaaacaccaaa
ccctctgtaataacaaggatggagaaaaagagaggagaggagagcattga
gcctgttgctctgattcatgtgctcatgcagagccaacctgacagcagct
ggcttcagccttttggactctgctcataacagtagtctcagtgcaatgcc
ttttaaatgtcagagccttctggaaaacatcttggagcttgtagtcatga
gaagcattaaggagaatgctttcctcttccctaagacataactcagcgta
aatgttaggcaaccctgtaaccctgtttagttgctcatctcatctcatct
catctcatctcatctcatctcatctcatctcatctcatctcatctcatct
catctcatctcatagagacttctttgttaaatcaagaacattatggagca
tttgcctctattttcaatagtatcaattggatagacggagctctgta
gaattcatcacaggaaatgaagcaaaatatagttacaaatttgctactct
ggggtgagatggattctggacatcaaaaggagagctcaggagactccagc
aggcttcagctagaaggacagaagacaatcaggtgaccctgcagtggagg
gaatcacattcatgggggtagagagaaacaaagacagacagacagaaaga
gacagacagagagacagacagagacaaacagacagacagacacacagaga
gacagaggaagagactgagacagaaagagagagagagacagagacaggca
gtcaaaggtttagttattatcacgcctatatgcctgattttctctgtcac
ccactgtagacagaagcaattgtcagccatattttttttaagacatggtc
tcactatatgggtagccctggctcttctggaacttaatacatagactagg
ctagcatgaaaattcagagagatatctgcctctacctgagtgctatgatt
aaacacgtgtcaccatatgcagtgtgattatagctatagttttgtttacc
tttgagattataataaaattacaatgtttctcctttccctttccacctca
caaactctctcatatacccctccccattcttcttcaaattcatggcctct
tttcattaattgttattgcatataacagactgtttatataggatatatat
gataatatatatgattatatatatacatatgtgtgtgttactctaagaac
aaataaaattaataaaaaaggaagaatccctgaatttatccaactcaaaa
tcttattttgtttgttttggagactgtaatttaattacaatgcttttccc
ttccctgtcctccctctcaaccctcccacatacccctccctgctctcctt
caaattcttgacttgttttcattaattgttagtgtatgtatgtgcttgta
gatctatccctaaatatagcctattaggaacacacaatgctactttgttc
tctgggcaaaaccacccgcccacttcagcttccacagccacctagaagtt
ctttctctagagctgaggtcttatggacttttctcctgtcagtttggcaa
tttgtctttgatagctcaagtgtggatagtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_143283513_143284615
seq2: B6Ng01-331M20.b_49_1145 (reverse)

seq1  TACAGAGCTCCTTCTAT-CAAATGATACTATTGAAAATAGAGGGCAATTG  49
      ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TACAGAGCTCCGTCTATCCAATTGATACTATTGAAAATAGA-GGCAAATG  49

seq1  CCTTCATAATGTTCTTGATTTTAAACAAAGAAGTTCTCCTATGAGATGAG  99
       || |||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  -CTCCATAATGTTCTTGATTT--AACAAAGAAG-TCT-CTATGAGATGAG  94

seq1  ATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAGATGAG  144

seq1  ATGAGATGAGATGAGATGAGCAACTAAAACAGGGTTACAGGGTTGCCTAA  199
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATGAGATGAGATGAGCAACT-AAACAGGGTTACAGGGTTGCCTAA  193

seq1  CATTTACGCTGAGTTATGTCTTAGGGAAGAGGAAAGCATTCTCCTTAATG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACGCTGAGTTATGTCTTAGGGAAGAGGAAAGCATTCTCCTTAATG  243

seq1  CTTCTCATGACTACAAGCTCCAAGATGTTTTCCAGAAGGCTCTGACATTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCATGACTACAAGCTCCAAGATGTTTTCCAGAAGGCTCTGACATTT  293

seq1  AAAAGGCATTGCACTGAGACTACTGTTATGAGCAGAGTCCAAAAGGCTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCATTGCACTGAGACTACTGTTATGAGCAGAGTCCAAAAGGCTGA  343

seq1  AGCCAGCTGCTGTCAGGTTGGCTCTGCATGAGCACATGAATCAGAGCAAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCTGCTGTCAGGTTGGCTCTGCATGAGCACATGAATCAGAGCAAC  393

seq1  AGGCTCAATGCTCTCCTCTCCTCTCTTTTTCTCCATCCTTGTTATTACAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAATGCTCTCCTCTCCTCTCTTTTTCTCCATCCTTGTTATTACAG  443

seq1  AGGGTTTGGTGTTTTCTATACTTCCATAGCAGTATAAGAAAAAATGATCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTGGTGTTTTCTATACTTCCATAGCAGTATAAGAAAAAATGATCA  493

seq1  TAGCACTTGGCAGCTTCTCTGAGCTTTAGTGGTATTGATGAATACTCTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTGGCAGCTTCTCTGAGCTTTAGTGGTATTGATGAATACTCTTT  543

seq1  GATTTACCTATTTACCTTTTTCCATGTACCCATGAATTGCTGAGTATAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACCTATTTACCTTTTTCCATGTACCCATGAATTGCTGAGTATAAG  593

seq1  AAACCCCATCTCATGATTTCCAAGATGAAGGTTCACAGTGACCTTCAAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCATCTCATGATTTCCAAGATGAAGGTTCACAGTGACCTTCAAGC  643

seq1  CAACCAATATCTTACAGCATTGCTGTGAGCATCTGTTCCATAGCTTCTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAATATCTTACAGCATTGCTGTGAGCATCTGTTCCATAGCTTCTCA  693

seq1  GTACTCTCTCCTATACACCAAAAGCAAATTTCAGTGGATCTCTGCCTCGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTCTCCTATACACCAAAAGCAAATTTCAGTGGATCTCTGCCTCGG  743

seq1  ACATTTCCCTGTTTACAAGGTACCAGACTCAGTGCCTTTGGAAGCAGTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCCTGTTTACAAGGTACCAGACTCAGTGCCTTTGGAAGCAGTCC  793

seq1  ACAAATACTGACAAACATGGAGTGGGTTGCTAAAATCCTCAGTTTTTCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACTGACAAACATGGAGTGGGTTGCTAAAATCCTCAGTTTTTCAT  843

seq1  CCTTCATGGGTAGTAACTCAGACAGTTTCTACAGTCTCCCAGAGTTCTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGGGTAGTAACTCAGACAGTTTCTACAGTCTCCCAGAGTTCTGC  893

seq1  AGCTGCATACACCCAGTTGTCCAAAATGAAAGTGCACCAGGTCACACACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCATACACCCAGTTGTCCAAAATGAAAGTGCACCAGGTCACACACT  943

seq1  GTGTAGCAGAGGTTGACCAGACAGAAAAGGGTTTCATTTTTCCATAAGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCAGAGGTTGACCAGACAGAAAAGGGTTTCATTTTTCCATAAGAT  993

seq1  ATCGTAAAACATTAGAAGAAACACTAGTCAGTAACACATGTATCACACAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTAAAACATTAGAAGAAACACTAGTCAGTAACACATGTATCACACAA  1043

seq1  TAATAGATTTAAAAGATTTGTTTAAACCTACAGCTTACCATTATTAGGGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGATTTAAAAGATTTGTTTAAACCTACAGCTTACCATTATTAGGGA  1093

seq1  ATTC  1103
      ||||
seq2  ATTC  1097

seq1: chr2_143135368_143136500
seq2: B6Ng01-331M20.g_66_1197

seq1  GAATTCATCACAGGAAATGAAGCAAAATATAGTTACAAATTTGCTACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACAGGAAATGAAGCAAAATATAGTTACAAATTTGCTACTCT  50

seq1  GGGGTGAGATGGATTCTGGACATCAAAAGGAGAGCTCAGGAGACTCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAGATGGATTCTGGACATCAAAAGGAGAGCTCAGGAGACTCCAGC  100

seq1  AGGCTTCAGCTAGAAGGACAGAAGACAATCAGGTGACCCTGCAGTGGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCAGCTAGAAGGACAGAAGACAATCAGGTGACCCTGCAGTGGAGG  150

seq1  GAATCACATTCATGGGGGTAGAGAGAAACAAAGACAGACAGACAGAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACATTCATGGGGGTAGAGAGAAACAAAGACAGACAGACAGAAAGA  200

seq1  GACAGACAGAGAGACAGACAGAGACAAACAGACAGACAGACACACAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAGAGAGACAGACAGAGACAAACAGACAGACAGACACACAGAGA  250

seq1  GACAGAGGAAGAGACTGAGACAGAAAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGAAGAGACTGAGACAGAAAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGGCA  300

seq1  GTCAAAGGTTTAGTTATTATCACGCCTATATGCCTGATTTTCTCTGTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGTTTAGTTATTATCACGCCTATATGCCTGATTTTCTCTGTCAC  350

seq1  CCACTGTAGACAGAAGCAATTGTCAGCCATATTTTTTTTAAGACATGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTAGACAGAAGCAATTGTCAGCCATATTTTTTTTAAGACATGGTC  400

seq1  TCACTATATGGGTAGCCCTGGCTCTTCTGGAACTTAATACATAGACTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATATGGGTAGCCCTGGCTCTTCTGGAACTTAATACATAGACTAGG  450

seq1  CTAGCATGAAAATTCAGAGAGATATCTGCCTCTACCTGAGTGCTATGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATGAAAATTCAGAGAGATATCTGCCTCTACCTGAGTGCTATGATT  500

seq1  AAACACGTGTCACCATATGCAGTGTGATTATAGCTATAGTTTTGTTTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACGTGTCACCATATGCAGTGTGATTATAGCTATAGTTTTGTTTACC  550

seq1  TTTGAGATTATAATAAAATTACAATGTTTCTCCTTTCCCTTTCCACCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGATTATAATAAAATTACAATGTTTCTCCTTTCCCTTTCCACCTCA  600

seq1  CAAACTCTCTCATATACCCCTCCCCATTCTTCTTCAAATTCATGGCCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCTCTCATATACCCCTCCCCATTCTTCTTCAAATTCATGGCCTCT  650

seq1  TTTCATTAATTGTTATTGCATATAACAGACTGTTTATATAGGATATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTAATTGTTATTGCATATAACAGACTGTTTATATAGGATATATAT  700

seq1  GATAATATATATGATTATATATATACATATGTGTGTGTTACTCTAAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATATATATGATTATATATATACATATGTGTGTGTTACTCTAAGAAC  750

seq1  AAATAAAATTAATAAAAAAGGAAGAATCCCTGAATTTATCCAACTCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATTAATAAAAAAGGAAGAATCCCTGAATTTATCCAACTCAAAA  800

seq1  TCTTATTTTGTTTGTTTTGGAGACTGTAATTTAATTACAATGCTTTTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTTGTTTGTTTTGGAGACTGTAATTTAATTACAATGCTTTTCCC  850

seq1  TTCCCTGTCCTCCCTCTCAACCCTCCCACATACCCCTCCCTGCTCTCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGTCCTCCCTCTCAACCCTCCCACATACCCCTCCCTGCTCTCCTT  900

seq1  CAAATTCTTGACTTGTTTTCATTAATTGTTAGTGTATGTATGTGCTTGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCTTGACTTGTTTTCATTAATTGTTAGTGTATGTATGTGCTTGTA  950

seq1  GATCTATCCCTAAATATAGCCTATTAGGAACACACAATGCTACTTTG-TC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATCTATCCCTAAATATAGCCTATTAGGAACACACAATGCTACTTTGTTC  1000

seq1  TCTGGGCAAAACCACCCCGCCCACTTCCAGCTTTCCACAGCCACCTAG-A  1048
      |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
seq2  TCTGGGCAAAACCA-CCCGCCCACTT-CAGC-TTCCACAGCCACCTAGAA  1047

seq1  GTTCTTTCTCTAGAGCTGAGGTCTTATGGAC-TTTCTCCTGTCCAGTTTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  GTTCTTTCTCTAGAGCTGAGGTCTTATGGACTTTTCTCCTGT-CAGTTTG  1096

seq1  GCATATTGTCTTTGTTAGCTCATGTGTGGATAGTCA  1133
      |||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GCAATTTGTCTTTGATAGCTCAAGTGTGGATAGTCA  1132