BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332I22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 143,513,242 - 143,610,768
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk2
Upstream geneKif16b, Snrpb2, Otor, LOC668915, LOC668916
Downstream geneBfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332I22.bB6Ng01-332I22.g
ACCGA118625GA118626
length1,0131,185
definitionB6Ng01-332I22.b B6Ng01-332I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,609,755 - 143,610,768)(143,513,242 - 143,514,439)
sequence
gaattcatttgctgagagcttcttggatactaggaattggaatagggtct
tggcccaggagtgctctgatccctgagcctggctcatgtcctacctaggt
gacgcctgccctgtatattctctaggaattctttaccatgtgcctcttac
actactaaacccaactctgtgcctatcttccacaggatctaaacatagag
gtctatagggatgtagacccacttccacttgaccctgccactccatccac
tctatatcaataccacttcaccctctatatcctacctcatgggtggacca
gggccttgtggtgacaggaaagtctttaccttgttcacgccatcagccat
ggcctggagtgtgagctctcggggcccatcaaccgtcttcccattgtctg
tggggccccagcttgcactgtagatgtcgatcagttgaggcatgtggctg
atggaggaggcttcgatgatgtctgtcataaagggctggtccagcatccg
gatccctgtgcgcaggtgggacaagaaacaagactttggcaccctagctc
tcagaagacatgggggtagagaaaagtttgggttctgggaggagctgggg
accttcagtgctttcagaacaccatggagtctgagggtcaaaaatggttt
tcagagccgggtggtggtggcgcatgcctttaattccagcacttgggagg
cagaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcctggtctacaaagtga
gttccagaacagccagggctacacagagaaaccctgtctcgaaaacccct
ctccccccaaaaaagaaaggtgctcagatcaccttactcactcctcttta
gaccggactcatgtctttccttgaggcacatttattctgtaaacaaaaat
tacttgagttcttaatggggaaagacatgctgtgcaagtatccctaagtt
tctaagtgggaacctagcctccagcagtgcacaattgatcactgttgatg
gggggaggggggg
gaattccagaagacgggtattaggtttgcacttacgtgatctgttggtat
tgtttcagataaagatggcgctgcaacaagaaggatttgaccgtaaaaag
agagggtacagggacatcaatgagattgacatcaacatgaatgatcctct
ctttacaaagcaatggtacctggtaagtttctctattatttataatggcc
cacacttaaaaagatgaacttctagggggctggagagatggctcagcagt
taagagcattgactgttcttccaaaggtcctgagttcaattcccagcaac
cacatggtggctcacaaccatctgtaatggggtccaatgcccttttctgg
tgtgcatgaagacagctacagtgtactcataaaataaataaacaaatctt
tttaaaaaaagatgaacttctatttctttgttatttggtaggataataac
cagaatccaggttaatgaatgcctgtatgcccttccatatccttccaatg
tctatctgttacctcctattcatcttgccccctaagcatctaccaacagc
tgatcacatggtcttgcattctaaacaggtgcacctgtatgagaataaga
catgcaaacttcagaaggtcagatcaaatatttaggagaagtaatccaga
ggtgtttacaggcatagaaaggtgagagggacctactgaggtcacagcct
taagagtgagaatccagtgttttcctgagcaagagagatgagagactgtc
aaagatggcatttcagcactgcctaaaataatgacagcaaatcaggattc
agagcactgaaacctaggctgtctcatggcgagtgcttctgacccatcta
caatccattgggacctatgtgggtttaaaagattaatagggacaagagag
atggctcagtgactaagagcacatactgttcttccagatgacccatgttc
agttcccagtacctattatcaagcagccacacggtctgcactcctgctcc
catgcagcccacacctctggcccttaggcactgctctcactttcaataaa
cccacgcatataccatcattaaaataataaaaggtaaatctcttcagagg
aatcaatgactcaaacaccagttgccagccactttattaatgactgattt
acctgtgagtgtgatggccttactttataggatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_143609755_143610768
seq2: B6Ng01-332I22.b_45_1057 (reverse)

seq1  CCCCCCCT-CCCCCATCAACAGTGATCAATTGTGCACTGCTGGAGGCTAG  49
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCTCCCCCCATCAACAGTGATCAATTGTGCACTGCTGGAGGCTAG  50

seq1  GTTCCCACTTAGAAACTTAGGGATAACCTTGCACAGCATGTCTTTCCCCA  99
      |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCACTTAGAAACTTAGGGATA--CTTGCACAGCATGTCTTTCCCCA  98

seq1  TTAAGAACTCAAGTAATTTTTGTTTACAGAATAAATGTGCCTCAAGGAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAACTCAAGTAATTTTTGTTTACAGAATAAATGTGCCTCAAGGAAA  148

seq1  GACATGAGTCCGGTCTAAAGAGGAGTGAGTAAGGTGATCTGAGCACCTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAGTCCGGTCTAAAGAGGAGTGAGTAAGGTGATCTGAGCACCTTT  198

seq1  CTTTTTTGGGGGGAGAGGGGTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGGGGGGAGAGGGGTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCC  248

seq1  TGGCTGTTCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTTCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAA  298

seq1  ATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGAATTAAAGGCATGCGCCACC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGAATTAAAGGCATGCGCCACC  348

seq1  ACCACCCGGCTCTGAAAACCATTTTTGACCCTCAGACTCCATGGTGTTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCGGCTCTGAAAACCATTTTTGACCCTCAGACTCCATGGTGTTCT  398

seq1  GAAAGCACTGAAGGTCCCCAGCTCCTCCCAGAACCCAAACTTTTCTCTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCACTGAAGGTCCCCAGCTCCTCCCAGAACCCAAACTTTTCTCTAC  448

seq1  CCCCATGTCTTCTGAGAGCTAGGGTGCCAAAGTCTTGTTTCTTGTCCCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGTCTTCTGAGAGCTAGGGTGCCAAAGTCTTGTTTCTTGTCCCAC  498

seq1  CTGCGCACAGGGATCCGGATGCTGGACCAGCCCTTTATGACAGACATCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGCACAGGGATCCGGATGCTGGACCAGCCCTTTATGACAGACATCAT  548

seq1  CGAAGCCTCCTCCATCAGCCACATGCCTCAACTGATCGACATCTACAGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCCTCCTCCATCAGCCACATGCCTCAACTGATCGACATCTACAGTG  598

seq1  CAAGCTGGGGCCCCACAGACAATGGGAAGACGGTTGATGGGCCCCGAGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGGGGCCCCACAGACAATGGGAAGACGGTTGATGGGCCCCGAGAG  648

seq1  CTCACACTCCAGGCCATGGCTGATGGCGTGAACAAGGTAAAGACTTTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACTCCAGGCCATGGCTGATGGCGTGAACAAGGTAAAGACTTTCCT  698

seq1  GTCACCACAAGGCCCTGGTCCACCCATGAGGTAGGATATAGAGGGTGAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACAAGGCCCTGGTCCACCCATGAGGTAGGATATAGAGGGTGAAG  748

seq1  TGGTATTGATATAGAGTGGATGGAGTGGCAGGGTCAAGTGGAAGTGGGTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTGATATAGAGTGGATGGAGTGGCAGGGTCAAGTGGAAGTGGGTC  798

seq1  TACATCCCTATAGACCTCTATGTTTAGATCCTGTGGAAGATAGGCACAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCCTATAGACCTCTATGTTTAGATCCTGTGGAAGATAGGCACAGA  848

seq1  GTTGGGTTTAGTAGTGTAAGAGGCACATGGTAAAGAATTCCTAGAGAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTTTAGTAGTGTAAGAGGCACATGGTAAAGAATTCCTAGAGAATA  898

seq1  TACAGGGCAGGCGTCACCTAGGTAGGACATGAGCCAGGCTCAGGGATCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGGCAGGCGTCACCTAGGTAGGACATGAGCCAGGCTCAGGGATCAG  948

seq1  AGCACTCCTGGGCCAAGACCCTATTCCAATTCCTAGTATCCAAGAAGCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCCTGGGCCAAGACCCTATTCCAATTCCTAGTATCCAAGAAGCTC  998

seq1  TCAGCAAATGAATTC  1014
      |||||||||||||||
seq2  TCAGCAAATGAATTC  1013

seq1: chr2_143513242_143514439
seq2: B6Ng01-332I22.g_67_1251

seq1  GAATTCCAGAAGACGGGTATTAGGTTTGCACTTACGTGATCTGTTGGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAGACGGGTATTAGGTTTGCACTTACGTGATCTGTTGGTAT  50

seq1  TGTTTCAGATAAAGATGGCGCTGCAACAAGAAGGATTTGACCGTAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGATAAAGATGGCGCTGCAACAAGAAGGATTTGACCGTAAAAAG  100

seq1  AGAGGGTACAGGGACATCAATGAGATTGACATCAACATGAATGATCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTACAGGGACATCAATGAGATTGACATCAACATGAATGATCCTCT  150

seq1  CTTTACAAAGCAATGGTACCTGGTAAGTTTCTCTATTATTTATAATGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAAAGCAATGGTACCTGGTAAGTTTCTCTATTATTTATAATGGCC  200

seq1  CACACTTAAAAAGATGAACTTCTAGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTAAAAAGATGAACTTCTAGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGT  250

seq1  TAAGAGCATTGACTGTTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCATTGACTGTTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAAC  300

seq1  CACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGGTCCAATGCCCTTTTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGGTCCAATGCCCTTTTCTGG  350

seq1  TGTGCATGAAGACAGCTACAGTGTACTCATAAAATAAATAAACAAATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGAAGACAGCTACAGTGTACTCATAAAATAAATAAACAAATCTT  400

seq1  TTTAAAAAAAGATGAACTTCTATTTCTTTGTTATTTGGTAGGATAATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAGATGAACTTCTATTTCTTTGTTATTTGGTAGGATAATAAC  450

seq1  CAGAATCCAGGTTAATGAATGCCTGTATGCCCTTCCATATCCTTCCAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCAGGTTAATGAATGCCTGTATGCCCTTCCATATCCTTCCAATG  500

seq1  TCTATCTGTTACCTCCTATTCATCTTGCCCCCTAAGCATCTACCAACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTGTTACCTCCTATTCATCTTGCCCCCTAAGCATCTACCAACAGC  550

seq1  TGATCACATGGTCTTGCATTCTAAACAGGTGCACCTGTATGAGAATAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACATGGTCTTGCATTCTAAACAGGTGCACCTGTATGAGAATAAGA  600

seq1  CATGCAAACTTCAGAAGGTCAGATCAAATATTTAGGAGAAGTAATCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAACTTCAGAAGGTCAGATCAAATATTTAGGAGAAGTAATCCAGA  650

seq1  GGTGTTTACAGGCATAGAAAGGTGAGAGGGACCTACTGAGGTCACAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTACAGGCATAGAAAGGTGAGAGGGACCTACTGAGGTCACAGCCT  700

seq1  TAAGAGTGAGAATCCAGTGTTTTCCTGAGCAAGAGAGATGAGAGACTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTGAGAATCCAGTGTTTTCCTGAGCAAGAGAGATGAGAGACTGTC  750

seq1  AAAGATGGCATTTCAGCACTGCCTAAAATAATGACAGCAAATCAGGATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGCATTTCAGCACTGCCTAAAATAATGACAGCAAATCAGGATTC  800

seq1  AGAGCACTGAAACCTAGGCTGTCTCATGGCGAGTGCTTCTGACCCATCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACTGAAACCTAGGCTGTCTCATGGCGAGTGCTTCTGACCCATCTA  850

seq1  CAATCCATTGGGACCTATGTGGGTTTAAAAGATTAATAGGGACAAGAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCATTGGGACCTATGTGGGTTTAAAAGATTAATAGGGACAAGAGAG  900

seq1  ATGGCTCAGTGACTAAGAGCACATACTGTTCTTCCAGATGACCCATGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGTGACTAAGAGCACATACTGTTCTTCCAGATGACCCATGTTC  950

seq1  AGTTCCCAGTACCTATTATCAAGCAGCCCACAACGGTCTGCAACTCCTGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||
seq2  AGTTCCCAGTACCTATTATCAAGCAG-CCAC-ACGGTCTGC-ACTCCTGC  997

seq1  TCCCATGCAGCCCACACCTCTGGCCCCTTAGGCACCTGCTCTCACTTTC-  1049
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| 
seq2  TCCCATGCAGCCCACACCTCTGG-CCCTTAGGCA-CTGCTCTCACTTTCA  1045

seq1  ATAAACCCACGCATATACACATCATTAAAAATAATAAAA-GTAAATCTCT  1098
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  ATAAACCCACGCATATAC-CATCATT-AAAATAATAAAAGGTAAATCTCT  1093

seq1  TCAAGAAGGAAATCAATGACTCCAAACCAACCCAAGTTGCCAAGCACTTT  1148
      || |||  | ||||||||||| |||||  |||  ||||||||  ||||||
seq2  TC-AGA--GGAATCAATGACT-CAAAC--ACC--AGTTGCCAGCCACTTT  1135

seq1  ATAAATGACTGATTTTTAACTGTGA--GTGATGG-CTTACTTTATTAGGA  1195
      || |||||||||  |||| ||||||  ||||||| ||||||||| |||||
seq2  ATTAATGACTGA--TTTACCTGTGAGTGTGATGGCCTTACTTTA-TAGGA  1182

seq1  TTA  1198
      |||
seq2  TTA  1185