BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334O22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 75,179,918 - 75,357,198
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLnp, LOC100040519, Evx2, Hoxd13, Hoxd12, Hoxd11, Hoxd10, Hoxd9, Hoxd8, 1700109F18Rik, Hoxd3, Hoxd4, LOC667804, Hoxd1, Mtx2, LOC667817, A330043C09Rik, LOC667739, LOC545423
Downstream geneLOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik, LOC623453, Agps, Ttc30b, Ttc30a2, Ttc30a1, Pde11a, Cyct, Drbp1, Osbpl6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334O22.bB6Ng01-334O22.g
ACCGA120313GA120314
length1,0911,163
definitionB6Ng01-334O22.b B6Ng01-334O22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,356,105 - 75,357,198)(75,179,918 - 75,181,085)
sequence
gaattctatcccctgcaatgttttgcagtcacaggtcagggtacctcata
gcagtgttatgctgggatggcagcttctccctcttaaagatgagcaaaat
gagattgaataaacgaagtcattttcaatcgtctgacttcaaggaagcct
cagttattctctcagaaggaaggaacagaacaatttatgtctcctattct
gatgtcactggaaactggggtacagaaacttgggtcagccagcaccagat
ttctgtcttttgggctgcttgttcttggaagctgtgagctacaaaagaaa
atacaactcctcaggagatcaagctggccagagtgtagccatctgctctg
ttggcacggactgataaaggctgacttcataaataatggagatggggaag
acatgccattgctggcaggggcacattaagacagacttctaagctgttgg
catcttaaagtcttcaggacagctgtagtaaaaaacatacatcttgatgt
acaatgtgatggagtcttggtagcaagacagcaccagttgtggaaggcta
tccctctggtcagcatccccaataggtgccattttaaagatcgacggtag
agcaatagacatgagagtagagtggcaagttaggaaggcacaagaatcac
tgcacgtatatctttaactacagtggtcatggtcttcaagatgaaagtag
ggtgatagttgatagcaggctacggagggttttagtgcatgaggggctag
gcttgtagagagggctctcctgaaaagcgacatctctagtaagccctata
ggtttttataacatcatatagacagctcgggaacagcgtcttcactttgg
tgtttaggtgtccatcctcctttatgtagccatatccttcaagggaagtg
gaaactgggtcctgattggtctgggttaatcataacggccttagtccctt
ggcattgactgtttcagatcatgttaagttattagggcatgcattacaga
tcttctccaatgagagaggaattatgctagaaaactattgggaagtttct
tcagtttttataattataaaactgatctcttttgcatctga
gaattcttgcctgagaagcatcacctcctctgcgactcccaacaaactct
gtttcttagctacctgcacctcctaccccagctttccactcatctttgaa
atgttcagattccacatgctgcgactccttcctttccagctagttttgct
taggaaaacttttccttaaagccaaaagctatgcttcagttgtgcccctg
ggccagaaattgggttagaattaatcttgttttctctgtgtctcaagagt
aaagacgtcatcttggcctttgagcgtccactccacaatgttcttggatt
cagtattttttttccacttgcattccagaatcttatgttctttactcaca
gcaattcaaactttccttactctataaatgccccatcttagttccaaagc
catagaattacagaggagtaaaatggaaagatttttgaagacatctccat
cattttttttttcatttcattttgtttttgcatttctgagacagatctca
ctacacagccctagctggcttgaaatcccctatgtgaaccaagctgccct
caaactcacagagatctctgcttagtgaatgctaggattaaagtcgtatg
ccaccatgcccagaaccaagctcatttgtgagatgaggtgtaatttgttc
aatggagcagcttagcattcactttgcaaccttcaagcttcctcccacat
gctttcttgtctccaaaatgtactctccagcactctttcctaacatagag
ccatgttggtcatgctcagactaaaatgactctcctattctctgcctcgg
atagcctcaagagcttccatgctcctctaaaaccaggacatctgctcact
cttcctggatgcgctgctcctagattgccactcagatcttcagcctggca
gctgagttagtattcataagctgacacctcgctgctagccacagagatca
gaagtggagatcaattaaaagcagtgtaagagggaaaaaatatgagatca
atattagaaaggcttctgattattaaaactgccaattgatggcacattct
tctagaatatgacttctgataagccctatgtcaggaatagggagtctaaa
tacaactttcaaagacagtctgggagagcctccttgatcatggagggtga
acacgggaagtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_75356105_75357198
seq2: B6Ng01-334O22.b_51_1141 (reverse)

seq1  TCAGATGCAAAAGAGATCACCTTTTAT-ATTATAAAAACTGAGGAAATTT  49
      |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||| ||
seq2  TCAGATGCAAAAGAGATCA-GTTTTATAATTATAAAAACTGAAGAAACTT  49

seq1  CCCCAATAGTTTTCTAGCAT-ATTCCTCTCTCATTTGGAGAAGATCTGTA  98
       ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -CCCAATAGTTTTCTAGCATAATTCCTCTCTCA-TTGGAGAAGATCTGTA  97

seq1  ATGCATGCCCTAAATAACTTAACATGATCCTGAAACAGTCAATGCCAAGG  148
      ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGCCCT-AATAACTTAACATGAT-CTGAAACAGTCAATGCCAAGG  145

seq1  GACTAAGGCCGTTATGATTAACCCAGACCAATCAGGACCCAGTTTCCACT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAGGCCGTTATGATTAACCCAGACCAATCAGGACCCAGTTTCCACT  195

seq1  TCCCTTGAAGGATATGGCTACATAAAGGAGGATGGACACCTAAACACCAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGAAGGATATGGCTACATAAAGGAGGATGGACACCTAAACACCAA  245

seq1  AGTGAAGACGCTGTTCCCGAGCTGTCTATATGATGTTATAAAAACCTATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGACGCTGTTCCCGAGCTGTCTATATGATGTTATAAAAACCTATA  295

seq1  GGGCTTACTAGAGATGTCGCTTTTCAGGAGAGCCCTCTCTACAAGCCTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTACTAGAGATGTCGCTTTTCAGGAGAGCCCTCTCTACAAGCCTAG  345

seq1  CCCCTCATGCACTAAAACCCTCCGTAGCCTGCTATCAACTATCACCCTAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCATGCACTAAAACCCTCCGTAGCCTGCTATCAACTATCACCCTAC  395

seq1  TTTCATCTTGAAGACCATGACCACTGTAGTTAAAGATATACGTGCAGTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTTGAAGACCATGACCACTGTAGTTAAAGATATACGTGCAGTGA  445

seq1  TTCTTGTGCCTTCCTAACTTGCCACTCTACTCTCATGTCTATTGCTCTAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTGCCTTCCTAACTTGCCACTCTACTCTCATGTCTATTGCTCTAC  495

seq1  CGTCGATCTTTAAAATGGCACCTATTGGGGATGCTGACCAGAGGGATAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCGATCTTTAAAATGGCACCTATTGGGGATGCTGACCAGAGGGATAGC  545

seq1  CTTCCACAACTGGTGCTGTCTTGCTACCAAGACTCCATCACATTGTACAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACAACTGGTGCTGTCTTGCTACCAAGACTCCATCACATTGTACAT  595

seq1  CAAGATGTATGTTTTTTACTACAGCTGTCCTGAAGACTTTAAGATGCCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGTATGTTTTTTACTACAGCTGTCCTGAAGACTTTAAGATGCCAA  645

seq1  CAGCTTAGAAGTCTGTCTTAATGTGCCCCTGCCAGCAATGGCATGTCTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTAGAAGTCTGTCTTAATGTGCCCCTGCCAGCAATGGCATGTCTTC  695

seq1  CCCATCTCCATTATTTATGAAGTCAGCCTTTATCAGTCCGTGCCAACAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTCCATTATTTATGAAGTCAGCCTTTATCAGTCCGTGCCAACAGA  745

seq1  GCAGATGGCTACACTCTGGCCAGCTTGATCTCCTGAGGAGTTGTATTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGCTACACTCTGGCCAGCTTGATCTCCTGAGGAGTTGTATTTTC  795

seq1  TTTTGTAGCTCACAGCTTCCAAGAACAAGCAGCCCAAAAGACAGAAATCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGCTCACAGCTTCCAAGAACAAGCAGCCCAAAAGACAGAAATCT  845

seq1  GGTGCTGGCTGACCCAAGTTTCTGTACCCCAGTTTCCAGTGACATCAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGCTGACCCAAGTTTCTGTACCCCAGTTTCCAGTGACATCAGAA  895

seq1  TAGGAGACATAAATTGTTCTGTTCCTTCCTTCTGAGAGAATAACTGAGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGACATAAATTGTTCTGTTCCTTCCTTCTGAGAGAATAACTGAGGC  945

seq1  TTCCTTGAAGTCAGACGATTGAAAATGACTTCGTTTATTCAATCTCATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGAAGTCAGACGATTGAAAATGACTTCGTTTATTCAATCTCATTT  995

seq1  TGCTCATCTTTAAGAGGGAGAAGCTGCCATCCCAGCATAACACTGCTATG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATCTTTAAGAGGGAGAAGCTGCCATCCCAGCATAACACTGCTATG  1045

seq1  AGGTACCCTGACCTGTGACTGCAAAACATTGCAGGGGATAGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCCTGACCTGTGACTGCAAAACATTGCAGGGGATAGAATTC  1091

seq1: chr2_75179918_75181085
seq2: B6Ng01-334O22.g_66_1228

seq1  GAATTCTTGCCTGAGAAGCATCACCTCCTCTGCGACTCCCAACAAACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCCTGAGAAGCATCACCTCCTCTGCGACTCCCAACAAACTCT  50

seq1  GTTTCTTAGCTACCTGCACCTCCTACCCCAGCTTTCCACTCATCTTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTAGCTACCTGCACCTCCTACCCCAGCTTTCCACTCATCTTTGAA  100

seq1  ATGTTCAGATTCCACATGCTGCGACTCCTTCCTTTCCAGCTAGTTTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGATTCCACATGCTGCGACTCCTTCCTTTCCAGCTAGTTTTGCT  150

seq1  TAGGAAAACTTTTCCTTAAAGCCAAAAGCTATGCTTCAGTTGTGCCCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAACTTTTCCTTAAAGCCAAAAGCTATGCTTCAGTTGTGCCCCTG  200

seq1  GGCCAGAAATTGGGTTAGAATTAATCTTGTTTTCTCTGTGTCTCAAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAAATTGGGTTAGAATTAATCTTGTTTTCTCTGTGTCTCAAGAGT  250

seq1  AAAGACGTCATCTTGGCCTTTGAGCGTCCACTCCACAATGTTCTTGGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACGTCATCTTGGCCTTTGAGCGTCCACTCCACAATGTTCTTGGATT  300

seq1  CAGTATTTTTTTTCCACTTGCATTCCAGAATCTTATGTTCTTTACTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTTTTTTTCCACTTGCATTCCAGAATCTTATGTTCTTTACTCACA  350

seq1  GCAATTCAAACTTTCCTTACTCTATAAATGCCCCATCTTAGTTCCAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTCAAACTTTCCTTACTCTATAAATGCCCCATCTTAGTTCCAAAGC  400

seq1  CATAGAATTACAGAGGAGTAAAATGGAAAGATTTTTGAAGACATCTCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAATTACAGAGGAGTAAAATGGAAAGATTTTTGAAGACATCTCCAT  450

seq1  CATTTTTTTTTTCATTTCATTTTGTTTTTGCATTTCTGAGACAGATCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTTTTTTCATTTCATTTTGTTTTTGCATTTCTGAGACAGATCTCA  500

seq1  CTACACAGCCCTAGCTGGCTTGAAATCCCCTATGTGAACCAAGCTGCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAGCCCTAGCTGGCTTGAAATCCCCTATGTGAACCAAGCTGCCCT  550

seq1  CAAACTCACAGAGATCTCTGCTTAGTGAATGCTAGGATTAAAGTCGTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCACAGAGATCTCTGCTTAGTGAATGCTAGGATTAAAGTCGTATG  600

seq1  CCACCATGCCCAGAACCAAGCTCATTTGTGAGATGAGGTGTAATTTGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATGCCCAGAACCAAGCTCATTTGTGAGATGAGGTGTAATTTGTTC  650

seq1  AATGGAGCAGCTTAGCATTCACTTTGCAACCTTCAAGCTTCCTCCCACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGCAGCTTAGCATTCACTTTGCAACCTTCAAGCTTCCTCCCACAT  700

seq1  GCTTTCTTGTCTCCAAAATGTACTCTCCAGCACTCTTTCCTAACATAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTGTCTCCAAAATGTACTCTCCAGCACTCTTTCCTAACATAGAG  750

seq1  CCATGTTGGTCATGCTCAGACTAAAATGACTCTCCTATTCTCTGCCTCGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTGGTCATGCTCAGACTAAAATGACTCTCCTATTCTCTGCCTCGG  800

seq1  ATAGCCTCAAGAGCTTCCATGCTCCTCTAAAACCAGGACATCTGCTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTCAAGAGCTTCCATGCTCCTCTAAAACCAGGACATCTGCTCACT  850

seq1  CTTCCTGGATGCGCTGCTCCTAGATTGCCACTCAGATCTTCAGCCTGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGATGCGCTGCTCCTAGATTGCCACTCAGATCTTCAGCCTGGCA  900

seq1  GCTGAGTTAGTATTCATAAGCTGACACCTCGCTGCTAGCCACAGAGATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTAGTATTCATAAGCTGACACCTCGCTGCTAGCCACAGAGATCA  950

seq1  GAAGT-GAGATCAATTAAAAGCAGTGTTAAGAGGGAAAAAAATATGAGAT  999
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAGTGGAGATCAATTAAAAGCAGTG-TAAGAGGG-AAAAAATATGAGAT  998

seq1  CAATATTAAGAAAAGGCTTCTGATTATTAAAACTGCCATTTGATGGCACA  1049
      ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CAATATTA--GAAAGGCTTCTGATTATTAAAACTGCCAATTGATGGCAC-  1045

seq1  ATTCTTCTAGGAAATAATGAACTTCTGATAAGCCTAATGTTCAGGAATA-  1098
      ||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||  ||| ||||||||| 
seq2  ATTCTTCTAG--AAT-ATG-ACTTCTGATAAGCCCTATG-TCAGGAATAG  1090

seq1  GGAGTCTAAATAACAC-TTCAAAGACATTCTGGGAAGAGCCTTCCCTGGT  1147
      ||||||||||||  || |||||||||| |||||| |||||| ||| || |
seq2  GGAGTCTAAATACAACTTTCAAAGACAGTCTGGG-AGAGCC-TCCTTGAT  1138

seq1  CATGGA-GGTGAACA---GAAGTAG  1168
      |||||| ||||||||   |||||||
seq2  CATGGAGGGTGAACACGGGAAGTAG  1163