BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336D08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 178,550,034 - 178,691,484
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039368
Upstream geneLOC329575, LOC433515, LOC665205, OTTMUSG00000016327, LOC100039263, LOC626848, 2810021G02Rik, Phactr3, Sycp2, Ppp1r3d, 9030418K01Rik, Cdh26
Downstream geneLOC665264, LOC100043168, LOC100039413, Cdh4, Taf4a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336D08.bB6Ng01-336D08.g
ACCGA121201GA121202
length1,0851,122
definitionB6Ng01-336D08.b B6Ng01-336D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(178,550,034 - 178,551,116)(178,690,345 - 178,691,484)
sequence
gaattcaatttcttattcttaatgaacacaaaggctgttttatttttttt
ctttttcagtctgcggtcctgaaacgctggcaatgcgcagtgctgagtta
gcacactgaagagcatgcaagcgcgctggagggagggtgctcccttgagc
acctggcctttcttcttaattcttttaaattgatcacctttagtttcact
gaagcacagttcccatttagagaatgtgcagaggttaccatgctgtagtc
aagcatgtgtggggtctagcgaggaagattctagatcttgggaatagctg
taagtgaccattcgtggctcccatccgatgtgggatcaccgtgcctatcc
cattggaggaagagtcagagaggcaggatcaagaaaccacaaggatcaag
ccatctcgggagcaaaggtctggtgtccaagcaggaaccgcagccccgcc
ccttcacatatccaatcacctagatgggtgtggtagccccgccccttcac
atatccaatcacctaggctgatgtggtgaccttctatgcaggctttccat
ctccaggcttgctagtctttaatgctgatctcctctagacgtctggagat
gtaagctcaccttgccaaactcaccacaggccctcaagcatatctgtaag
actgagctcaaactgttcagctattcccattctcctcctgaatatgccca
ggcctggctccctgttctggctcagcagtgtcagctctctcagaactgaa
gctgcatcaggttccaaaggagcattgtccccgccctccccgtccccacc
cctccgtgcgcatgcgcatcctctccctctctctctctctctctctctct
ctctccctcctctccctcctcctctccttcccctccctcctcccccttgc
ttctgtgcctcactctcagatctcagccttctacagtctggccttccacc
tagaacactgtccctgtcctccctatcctgccttcctgagaaagctcacc
ccaagagcccgtccaactcaaaatgctcctcagcccccattcatttactc
tcctattaaaactgtaaaagctctgtaattatctg

gaattcagtatccgaatcaaaataattcttccctttttgccctgaggatg
tccctccttgaagatcacaccatgcctgcccctggctggacctttggata
aaggcaggacttgttttcaatgctgggatgtgtcagcttctgtcactgtc
cattgtacctttcaagcccagggctggcggcacgtgtgcgtttctctctt
gcgtgtgttgcttggggtatacactgcagcctgacaacattgccctttga
ctgacattttcaaaggtaggaatatgccacataggatttttccctagctg
gtcacacggggatcttgtaatctatgacctctggtgagattgaagatgag
aagcagcgatgaccccctgacctacagactcacctccccagagcccacct
gaacttccctggatctcagcaccaaagcttcaagttggtcctcatttagg
gcatagactaatgtgacatgttgacattgagccactgtcatcagaaagag
ggtcccacacaccatagaggaggccagtctgccatgccaggggcattgca
ttctgttaatctgaatggtgtccttctgactctgtcactccagagagtgc
ttctgctcaccactcttgccttgtgagatgcctttgatgttagtacatag
agctgtctcacaaatactggctggaaagctgagagctaatggaaaagacc
agggagacataattggggtagaaggaggctacctcagcctttcttgtcat
gtcttcctcctcagaatcagaaacagtggcaaatggagtctggggttggg
gcctgagtcggaacacagacctatattatccctgcttagtgagtaaggaa
accaagactctgaaaatcagatcatttacaacccaggttagagagacagg
agatcgatcataagtcattccccaggggtagacttggacttcatgcactg
aacccttttgtggtgcggcctggctcttttgaaagtgggctgatttggga
tgacattggttacagatagagctgtcttccgtgagcctctaaagacaagc
tcaattcccacactggaagatgagaaaacgatccttcaagtgatgttcaa
ccctatccccatgagttactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_178550034_178551116
seq2: B6Ng01-336D08.b_46_1130

seq1  GAATTCAATTTCTTATTCTTAATGAACACAAAGGCTGTTTTATTTTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTCTTATTCTTAATGAACACAAAGGCTGTTTTATTTTTTTT  50

seq1  CTTTTTCAGTCTGCGGTCCTGAAACGCTGGCAATGCGCAGTGCTGAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCAGTCTGCGGTCCTGAAACGCTGGCAATGCGCAGTGCTGAGTTA  100

seq1  GCACACTGAAGAGCATGCAAGCGCGCTGGAGGGAGGGTGCTCCCTTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTGAAGAGCATGCAAGCGCGCTGGAGGGAGGGTGCTCCCTTGAGC  150

seq1  ACCTGGCCTTTCTTCTTAATTCTTTTAAATTGATCACCTTTAGTTTCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGCCTTTCTTCTTAATTCTTTTAAATTGATCACCTTTAGTTTCACT  200

seq1  GAAGCACAGTTCCCATTTAGAGAATGTGCAGAGGTTACCATGCTGTAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACAGTTCCCATTTAGAGAATGTGCAGAGGTTACCATGCTGTAGTC  250

seq1  AAGCATGTGTGGGGTCTAGCGAGGAAGATTCTAGATCTTGGGAATAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTGTGGGGTCTAGCGAGGAAGATTCTAGATCTTGGGAATAGCTG  300

seq1  TAAGTGACCATTCGTGGCTCCCATCCGATGTGGGATCACCGTGCCTATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGACCATTCGTGGCTCCCATCCGATGTGGGATCACCGTGCCTATCC  350

seq1  CATTGGAGGAAGAGTCAGAGAGGCAGGATCAAGAAACCACAAGGATCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGAGGAAGAGTCAGAGAGGCAGGATCAAGAAACCACAAGGATCAAG  400

seq1  CCATCTCGGGAGCAAAGGTCTGGTGTCCAAGCAGGAACCGCAGCCCCGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCGGGAGCAAAGGTCTGGTGTCCAAGCAGGAACCGCAGCCCCGCC  450

seq1  CCTTCACATATCCAATCACCTAGATGGGTGTGGTAGCCCCGCCCCTTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACATATCCAATCACCTAGATGGGTGTGGTAGCCCCGCCCCTTCAC  500

seq1  ATATCCAATCACCTAGGCTGATGTGGTGACCTTCTATGCAGGCTTTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAATCACCTAGGCTGATGTGGTGACCTTCTATGCAGGCTTTCCAT  550

seq1  CTCCAGGCTTGCTAGTCTTTAATGCTGATCTCCTCTAGACGTCTGGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGCTTGCTAGTCTTTAATGCTGATCTCCTCTAGACGTCTGGAGAT  600

seq1  GTAAGCTCACCTTGCCAAACTCACCACAGGCCCTCAAGCATATCTGTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTCACCTTGCCAAACTCACCACAGGCCCTCAAGCATATCTGTAAG  650

seq1  ACTGAGCTCAAACTGTTCAGCTATTCCCATTCTCCTCCTGAATATGCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTCAAACTGTTCAGCTATTCCCATTCTCCTCCTGAATATGCCCA  700

seq1  GGCCTGGCTCCCTGTTCTGGCTCAGCAGTGTCAGCTCTCTCAGAACTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGCTCCCTGTTCTGGCTCAGCAGTGTCAGCTCTCTCAGAACTGAA  750

seq1  GCTGCATCAGGTTCCAAAGGAGCATTGTCCCCGCCCTCCCCGTCCCCACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATCAGGTTCCAAAGGAGCATTGTCCCCGCCCTCCCCGTCCCCACC  800

seq1  CCTCCGTGCGCATGCGCATCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGTGCGCATGCGCATCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  850

seq1  CTCTCCCTCCTCTCCCTCCTCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCTCCCCC-TG  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCTCCCTCCTCTCCCTCCTCCTCT-CCTTCCCCTCCCTCCTCCCCCTTG  899

seq1  CTTCTGTGCCTCACTCTCAGATCTCAGCCTTCCTACAGTCT-GCCTTCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CTTCTGTGCCTCACTCTCAGATCTCAGCCTT-CTACAGTCTGGCCTTCCA  948

seq1  CCTAGAACACTGTCCCTGTCCT-CCTATCCTGCCTTCCTGAGAAGCCTCA  997
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CCTAGAACACTGTCCCTGTCCTCCCTATCCTGCCTTCCTGAGAAAGCTCA  998

seq1  CCCCAAGAGCCCGTCCAACTC-AAATGCTCCTCAGCCCCCATTCTATTTA  1046
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCCAAGAGCCCGTCCAACTCAAAATGCTCCTCAGCCCCCATTC-ATTTA  1047

seq1  CTCTTCTATT-AGACTGTAGAAG-TCTGTAAGTTATCTG  1083
      |||| ||||| | |||||| ||| ||||||| |||||||
seq2  CTCTCCTATTAAAACTGTAAAAGCTCTGTAA-TTATCTG  1085


seq1: chr2_178690345_178691484
seq2: B6Ng01-336D08.g_68_1189 (reverse)

seq1  TCAGTAACTCATGGGGGATAGGGTTGAACATCACTTTGGAGGATTCTGTT  50
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||   |||
seq2  TCAGTAACTCAT-GGGGATAGGGTTGAACATCAC-TTGAAGGAT--CGTT  46

seq1  TTCCTTCATCTTCCAGGTGGTGGGAATTGAGCTTTGTCCTTTAGAGGCTT  100
      |||  |||||||||||   ||||||||||||| |||| |||||||||| |
seq2  TTC--TCATCTTCCAG--TGTGGGAATTGAGC-TTGT-CTTTAGAGGC-T  89

seq1  CACCGGAAGGACCAGCCTTCTATCTGTAACCAATGTCATCCCAAATCAGC  150
      || ||||||   ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CGGAAG--ACAGC--TCTATCTGTAACCAATGTCATCCCAAATCAGC  134

seq1  CCACCTTTCAAAAGAGCCCAGGCCGCACCACAAAAGGGTTCAGTGCATGG  200
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCA-CTTTCAAAAGAG-CCAGGCCGCACCACAAAAGGGTTCAGTGCATGA  182

seq1  AGTCCAAGTCTACCCCTGGGGAATGACTTATGATCGATCTCCTGTCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAAGTCTACCCCTGGGGAATGACTTATGATCGATCTCCTGTCTCTC  232

seq1  TAACCTGGGTTGTAAATGATCTGATTTTCAGAGTCTTGGTTTCCTTACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGGGTTGTAAATGATCTGATTTTCAGAGTCTTGGTTTCCTTACTC  282

seq1  ACTAAGCAGGGATAATATAGGTCTGTGTTCCGACTCAGGCCCCAACCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCAGGGATAATATAGGTCTGTGTTCCGACTCAGGCCCCAACCCCA  332

seq1  GACTCCATTTGCCACTGTTTCTGATTCTGAGGAGGAAGACATGACAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCATTTGCCACTGTTTCTGATTCTGAGGAGGAAGACATGACAAGAA  382

seq1  AGGCTGAGGTAGCCTCCTTCTACCCCAATTATGTCTCCCTGGTCTTTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGGTAGCCTCCTTCTACCCCAATTATGTCTCCCTGGTCTTTTCC  432

seq1  ATTAGCTCTCAGCTTTCCAGCCAGTATTTGTGAGACAGCTCTATGTACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTCTCAGCTTTCCAGCCAGTATTTGTGAGACAGCTCTATGTACTA  482

seq1  ACATCAAAGGCATCTCACAAGGCAAGAGTGGTGAGCAGAAGCACTCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAAAGGCATCTCACAAGGCAAGAGTGGTGAGCAGAAGCACTCTCTG  532

seq1  GAGTGACAGAGTCAGAAGGACACCATTCAGATTAACAGAATGCAATGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGACAGAGTCAGAAGGACACCATTCAGATTAACAGAATGCAATGCCC  582

seq1  CTGGCATGGCAGACTGGCCTCCTCTATGGTGTGTGGGACCCTCTTTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATGGCAGACTGGCCTCCTCTATGGTGTGTGGGACCCTCTTTCTGA  632

seq1  TGACAGTGGCTCAATGTCAACATGTCACATTAGTCTATGCCCTAAATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTGGCTCAATGTCAACATGTCACATTAGTCTATGCCCTAAATGAG  682

seq1  GACCAACTTGAAGCTTTGGTGCTGAGATCCAGGGAAGTTCAGGTGGGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACTTGAAGCTTTGGTGCTGAGATCCAGGGAAGTTCAGGTGGGCTC  732

seq1  TGGGGAGGTGAGTCTGTAGGTCAGGGGGTCATCGCTGCTTCTCATCTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGTGAGTCTGTAGGTCAGGGGGTCATCGCTGCTTCTCATCTTCA  782

seq1  ATCTCACCAGAGGTCATAGATTACAAGATCCCCGTGTGACCAGCTAGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACCAGAGGTCATAGATTACAAGATCCCCGTGTGACCAGCTAGGGA  832

seq1  AAAATCCTATGTGGCATATTCCTACCTTTGAAAATGTCAGTCAAAGGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTATGTGGCATATTCCTACCTTTGAAAATGTCAGTCAAAGGGCA  882

seq1  ATGTTGTCAGGCTGCAGTGTATACCCCAAGCAACACACGCAAGAGAGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTCAGGCTGCAGTGTATACCCCAAGCAACACACGCAAGAGAGAAA  932

seq1  CGCACACGTGCCGCCAGCCCTGGGCTTGAAAGGTACAATGGACAGTGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACGTGCCGCCAGCCCTGGGCTTGAAAGGTACAATGGACAGTGACA  982

seq1  GAAGCTGACACATCCCAGCATTGAAAACAAGTCCTGCCTTTATCCAAAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGACACATCCCAGCATTGAAAACAAGTCCTGCCTTTATCCAAAGG  1032

seq1  TCCAGCCAGGGGCAGGCATGGTGTGATCTTCAAGGAGGGACATCCTCAGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCAGGGGCAGGCATGGTGTGATCTTCAAGGAGGGACATCCTCAGG  1082

seq1  GCAAAAAGGGAAGAATTATTTTGATTCGGATACTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAGGGAAGAATTATTTTGATTCGGATACTGAATTC  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |