BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344B18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 108,604,920 - 108,725,966
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043423
Upstream geneLOC100043078, LOC668790, LOC623003
Downstream geneLOC623031, Mett5d1, Kif18a, Bdnf, LOC100043427
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344B18.bB6Ng01-344B18.g
ACCGA126697GA126698
length3691,166
definitionB6Ng01-344B18.b B6Ng01-344B18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,725,598 - 108,725,966)(108,604,920 - 108,606,099)
sequence
caggctgatttttaactcatggtgacctgtctgtctctgcatcccgtgtt
ctgtgattaaaggcatgtgccaccatgctgggcttcaatatagtcattta
aaacattgtttgaaattgcagtgtgagagcctgtatttttcagaggaaca
aaatcagtaggatagatatgaggaaaatagatgaatacatgaatacataa
atacaaagacatctagctacccagcatcctttattaatatggaagtatga
aattatcaaattctcagggtggattggcaggctagaaatctaaagaagag
cgaacttaaattttattttagaaggatataaattgtaattgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattcactttcactttcaggtagacccagcctgctgtgcagtcaattct
atggcctcctggggacccagaggagagacaacttggcataagtgagtgga
ccgcattctgctgaggaagtgatggttttgtaccacattattcatcgagc
cactgtgccaagtagctatatttcttggatgatggggagaggaagactaa
caactcgagcccacacagtgatgcaatgcaacttccaggaaagagagcag
cagactgtccctggctacagagtgcaaggtgaaaagtagctgaagagatt
atacatgtgcccttgagaaggctgagagcatcccaggctctgggcaacac
aagtcaggacaaacagtaccctctcctgagtgctacactagagccaccac
ttccattaaatcttcccagactctcagcatacagtattctctctgtgtaa
ccaaaacaactcatcagtactaagtactgaccacaagctgcctaagacat
catgctttttgttatttaaccatgaaagcatgccttgagcataaccagtt
atgctggttaatgtttttgtcaacttgacataagctaggttcatctggga
agaagaatcctcagttgagaaaatgcctccatcagactggcctatagcca
tgtctgggagaacattctctttattgatgacagatgtaggagggctcatc
ccactgtgggtagaaccaatcctagccagagactctgatatgtatcagaa
atcaaacagagcataccaataagtacaactcctcaatggcctctgcttca
gtttctacttccaggttcctgcctgaattttctatactggctttctcgta
atggactggaagctctaagataaaataaagcatctggtcaccatattgtt
tgatgttatcaaagtaatagacagcaaactaaaatgctccccagattggg
ttttaaaggtcacgatctatgctgtgctactctttatataccttctccaa
ggcatagcagagactcagttctattttgtgctgagatatccagagtcact
caacagagagtgtataatcaatgacttatcactggtggaaaggtctacag
tatcagcttcttcctgactaaccaggtatcattggtagcctatcacttta
ccattcattccaaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_108725598_108725966
seq2: B6Ng01-344B18.b_51_419 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACAATTACAATTTATATCCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACAATTACAATTTATATCCTTCT  50

seq1  AAAATAAAATTTAAGTTCGCTCTTCTTTAGATTTCTAGCCTGCCAATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATTTAAGTTCGCTCTTCTTTAGATTTCTAGCCTGCCAATCCA  100

seq1  CCCTGAGAATTTGATAATTTCATACTTCCATATTAATAAAGGATGCTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGAATTTGATAATTTCATACTTCCATATTAATAAAGGATGCTGGG  150

seq1  TAGCTAGATGTCTTTGTATTTATGTATTCATGTATTCATCTATTTTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGATGTCTTTGTATTTATGTATTCATGTATTCATCTATTTTCCTC  200

seq1  ATATCTATCCTACTGATTTTGTTCCTCTGAAAAATACAGGCTCTCACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTATCCTACTGATTTTGTTCCTCTGAAAAATACAGGCTCTCACACT  250

seq1  GCAATTTCAAACAATGTTTTAAATGACTATATTGAAGCCCAGCATGGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTCAAACAATGTTTTAAATGACTATATTGAAGCCCAGCATGGTGG  300

seq1  CACATGCCTTTAATCACAGAACACGGGATGCAGAGACAGACAGGTCACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCCTTTAATCACAGAACACGGGATGCAGAGACAGACAGGTCACCA  350

seq1  TGAGTTAAAAATCAGCCTG  369
      |||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAAAAATCAGCCTG  369


seq1: chr2_108604920_108606099
seq2: B6Ng01-344B18.g_63_1228

seq1  GAATTCACTTTCACTTTCAGGTAGACCCAGCCTGCTGTGCAGTCAATTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTCACTTTCAGGTAGACCCAGCCTGCTGTGCAGTCAATTCT  50

seq1  ATGGCCTCCTGGGGACCCAGAGGAGAGACAACTTGGCATAAGTGAGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTCCTGGGGACCCAGAGGAGAGACAACTTGGCATAAGTGAGTGGA  100

seq1  CCGCATTCTGCTGAGGAAGTGATGGTTTTGTACCACATTATTCATCGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATTCTGCTGAGGAAGTGATGGTTTTGTACCACATTATTCATCGAGC  150

seq1  CACTGTGCCAAGTAGCTATATTTCTTGGATGATGGGGAGAGGAAGACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCCAAGTAGCTATATTTCTTGGATGATGGGGAGAGGAAGACTAA  200

seq1  CAACTCGAGCCCACACAGTGATGCAATGCAACTTCCAGGAAAGAGAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCGAGCCCACACAGTGATGCAATGCAACTTCCAGGAAAGAGAGCAG  250

seq1  CAGACTGTCCCTGGCTACAGAGTGCAAGGTGAAAAGTAGCTGAAGAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGTCCCTGGCTACAGAGTGCAAGGTGAAAAGTAGCTGAAGAGATT  300

seq1  ATACATGTGCCCTTGAGAAGGCTGAGAGCATCCCAGGCTCTGGGCAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGCCCTTGAGAAGGCTGAGAGCATCCCAGGCTCTGGGCAACAC  350

seq1  AAGTCAGGACAAACAGTACCCTCTCCTGAGTGCTACACTAGAGCCACCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGACAAACAGTACCCTCTCCTGAGTGCTACACTAGAGCCACCAC  400

seq1  TTCCATTAAATCTTCCCAGACTCTCAGCATACAGTATTCTCTCTGTGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTAAATCTTCCCAGACTCTCAGCATACAGTATTCTCTCTGTGTAA  450

seq1  CCAAAACAACTCATCAGTACTAAGTACTGACCACAAGCTGCCTAAGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACAACTCATCAGTACTAAGTACTGACCACAAGCTGCCTAAGACAT  500

seq1  CATGCTTTTTGTTATTTAACCATGAAAGCATGCCTTGAGCATAACCAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTTTGTTATTTAACCATGAAAGCATGCCTTGAGCATAACCAGTT  550

seq1  ATGCTGGTTAATGTTTTTGTCAACTTGACATAAGCTAGGTTCATCTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGTTAATGTTTTTGTCAACTTGACATAAGCTAGGTTCATCTGGGA  600

seq1  AGAAGAATCCTCAGTTGAGAAAATGCCTCCATCAGACTGGCCTATAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATCCTCAGTTGAGAAAATGCCTCCATCAGACTGGCCTATAGCCA  650

seq1  TGTCTGGGAGAACATTCTCTTTATTGATGACAGATGTAGGAGGGCTCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGGAGAACATTCTCTTTATTGATGACAGATGTAGGAGGGCTCATC  700

seq1  CCACTGTGGGTAGAACCAATCCTAGCCAGAGACTCTGATATGTATCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTGGGTAGAACCAATCCTAGCCAGAGACTCTGATATGTATCAGAA  750

seq1  ATCAAACAGAGCATACCAATAAGTACAACTCCTCAATGGCCTCTGCTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACAGAGCATACCAATAAGTACAACTCCTCAATGGCCTCTGCTTCA  800

seq1  GTTTCTACTTCCAGGTTCCTGCCTGAATTTTCTATACTGGCTTTCTCGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACTTCCAGGTTCCTGCCTGAATTTTCTATACTGGCTTTCTCGTA  850

seq1  ATGGACTGGAAGCTCTAAGATAAAATAAAGCATCTGGTCACCATATTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGGAAGCTCTAAGATAAAATAAAGCATCTGGTCACCATATTGTT  900

seq1  TGATGTTTATCAAAGTAATAGACAGCAAACTAAAATGCTCCCCAGATT-G  949
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGATG-TTATCAAAGTAATAGACAGCAAACTAAAATGCTCCCCAGATTGG  949

seq1  GTTTTAAAGGTCACGATCTATGCTGTGCTACTCTTTATATACCTTCTCCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTTTAAAGGTCACGATCTATGCTGTGCTACTCTTTATATACCTTCTCC-  998

seq1  AAGGCATAGCAGGAGACTCAGTTCTATTTGTGGCTGAGATATCCAGAGTC  1049
      ||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATAGCA-GAGACTCAGTTCTATTTTGTGCTGAGATATCCAGAGTC  1047

seq1  ACTCAACAGAGGAGTGTATAAATCAAAATGACTTATTCACCTGTGGAAAA  1099
      |||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| ||||  ||||||| 
seq2  ACTCAACAGA-GAGTGTAT-AATC--AATGACTTA-TCACTGGTGGAAAG  1092

seq1  GTTCCTACAGTAATCAGCTTC-TCCTGACCCTAAAACACAGGTGTATCAT  1148
      ||  ||||||| ||||||||| ||||||  ||||    |||  |||||||
seq2  GT--CTACAGT-ATCAGCTTCTTCCTGA--CTAA---CCAG--GTATCAT  1132

seq1  TGGTAAGCTATCACTTTACCA-TCA-TCCAAATG  1180
      |||||  |||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  TGGTAGCCTATCACTTTACCATTCATTCCAAATG  1166


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |